Protéomique / Bioinformatique

Protéomique / BioinformatiqueCode de l'UE : HMCH304

Présentation

L’enseignement dispensé s’articule autour de deux thèmes majeurs complémentaires:
Les stratégies analytiques en protéomique et la bioinformatique.
Les thèmes majeurs abordés sont : « Stratégies Top-down et Bottom-up, MALDI et Cartographie peptique massique, LC/MS/MS et Séquençage peptidique, Protéomique différentielle et biomarqueur, Recherche dans les bases de données, Alignement de séquences » afin de maîtriser :
- les procédures de séquençage peptique et d’identification De novo,
- les protocoles protéomiques,
- les techniques et appareillages utilisés pour les études protéomiques,
- les techniques de protéomique quantitative,
- les notions de base en bio-Informatique (définition et objectifs),
- l’utilisation de bases de données, SGBD, FTP, Serveurs, Fichiers utilisés,
- les notions de base de programmation,
- les algorithmes principaux,
- la recherche d'informations biologiques,
- l’alignement multiple,
- les comparaisons de séquences,
- les recherches de motifs.

Objectifs

Choix de la stratégie analytique en fonction de la problématique : protéomique différentielle, Modifications post-traductionnelles, analyses haut débit en top-down, shotgun, recherche de biomarqueur.
Séquençage de peptides : choisir la technique de dissociation et appareillage adapté et interpréter les données spectrales obtenus en appliquant les règles de fragmentation.

Formation expérimentale : Les travaux dirigés de bioinformatique sur des postes informatiques en ligne traitent de l’utilisation de banques de données protéines de protéines existantes (RefSeq, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL, PRF, Entrez protein....). Les démarches / stratégies pour déduire des séquences de protéines à partir des séquences d’ADN seront illustrées. L’utilisation des banques de données de protéines, la comparaison des différents sites (ExPASy, NCBI....) et la recherche et l’alignement de séquence seront abordés.

Pré-requis recommandés

Connaissances approfondies de spectrométrie de masse (expériences MS/MS, méthodes d’activation, techniques de dissociation / configuration d’analyseurs), et de chimie des peptides.

Volume horaire

  • CM : 21
  • TD : 3
  • TP : 0
Diplômes intégrant cette UE

En bref

Crédits ECTS 2.5

Période de l'année
S3

Langue d'enseignement
fr