Analyse des séquences biologiques

Analyse des séquences biologiquesCode de l'UE : HMMA412

Présentation

Les séquences biologiques (ADN, protéines) constituent une source d’information majeure sur le vivant. Avec les progrès de la génomique, elles sont aujourd’hui acquises à très bas coût et trouvent des applications dans de nombreux domaines en biologie moléculaire et cellulaire, santé, agronomie et environnement. Ce module présentera les modèles utilisés pour analyser ces séquences. On distinguera les modèles évolutifs "verticaux", basés sur des processus de Markov à temps continu, qui sont utilisés pour représenter l’évolution des séquences le long de l’arbre du vivant, et les modèles "horizontaux", basés sur des modèles de Markov discrets et des modèles de Markov cachés, destinés à représenter les séquences elles-mêmes et l’enchainement des caractères qu’elles contiennent.
Complémentaire de la génomique, la post-génomique étend l'observation du fonctionnement de la cellule à travers l'étude du transcriptome et du protéome. Il s'agit de savoir quand et dans quelles conditions un gène s'exprime, notamment pour enclencher la fabrication de protéines, et quelle est l'activité des protéines fabriquées. Les motifs présents dans la région promotrice d'un gène conditionnent la transcription de ce gène. Ce module présentera des méthodes statistiques pour l'identification de régulations géniques, en particulier par la détection de motifs au sein de régions promotrices (Modèles de Markov cachés) et l'inférence de réseaux de régulation à partir de données d’expression (Modèles graphiques et sélection de variables en grande dimension).
Le cours présentera le versant biologique, les modèles statistiques et les algorithmes permettant de les mettre en oeuvre.

Plan
1 Modèles probabilistes d'évolution des séquences biologiques 2 Inférence des phylogénies 3 Modèles de Markov cachés pour la détection de motifs 4 Modèles graphiques et inférence de réseaux de régulation génique

Volume horaire

  • CM : 21
  • TD : 0
  • TP : 0
Diplômes intégrant cette UE

En bref

Crédits ECTS 5

Période de l'année
S4

Contact(s)

Contact(s) administratif(s)

Benoite DE SAPORTA (benoite.de-saporta @ umontpellier.fr)