Alignement et phylogénie

Alignement et phylogénieCode de l'UE : HMSN206

Présentation

Le modules est composée de 2 parties.

Partie Alignement :
Cette partie vise à comprendre les méthodes d’alignement de séquences génétiques, et à utiliser ces méthodes au travers des outils disponibles via le web et des programmes exécutés en ligne de commande. Trois thèmes seront abordés : Alignement 2 à 2 (dotplot, programmation dynamique, BLAST, FASTA, matrices de scores); Alignement multiple (alignement global et local, motif, profil, séquence consensus); Utilisations des programmes d’alignement en ligne de commande (installation de procgrammes, commande shell, script shell, commande sed, commande awk)

Partie Phylogénie & Évolution :
Cette partie aborde les bases de la reconstruction phylogénétique, les méthodes de distance, les méthodes cladistiques, les méthodes probabilistes, ainsi que l'évolution moléculaire, des exemples d'applications de la phylogénie et l'utilisation des logiciels courants : PAUP*, PHYLIP, GCG, APE (sous R), PHYML.

Volume horaire

  • CM : 18
  • TD : 10.5
  • TP : 21
Diplômes intégrant cette UE

En bref

Crédits ECTS 5

Période de l'année
secondSemestre

Contact(s)

Contact(s) administratif(s)

Emmanuel DOUZERY (emmanuel.douzery @ umontpellier.fr)

Anne-muriel CHIFOLLEAU (anne-muriel.chifolleau @ umontpellier.fr)