Introduction Algorithmique pour la bioinformatique

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Introduction Algorithmique pour la bioinformatiqueCode de l'UE : HMSN205

Présentation

Cette UE décrit les fondements d'algorithmes classiques en bioInformatique, dont certains seront codés lors de séances de TP. Au travers de ces exemples, elle vise à fournir des éléments de réflexions sur l'interaction entre biologistes et bioInformaticiens. Les données biologiques étant généralement de tailles importantes, une partie du module traite de la manière dont il est possible de comparer l'efficacité de différentes solutions algorithmiques. Un focus particulier est donné aux structures d'indexation de texte et leur exploitation dans les outils d'analyse de données issues des séquenceurs à haut-débit (NGS), notament les méthodes de mapping.

Objectifs

Les étudiants doivent appréhender les notions élémentaires de complexité (tant au niveau spatial que temporel) afin de pouvoir comparer objectivement des algorithmes d'analyse de données.
L'objectif est clairement que les étudiants comprennent que l'élaboration d'un algorithme nécessite une réflexion importante, notamment en bioinformatique où le volume de données croît exponentiellement.
Dans le cadre des TP, ils sont amenés à comprendre également les difficultés à modéliser formellement le vivant et les biais que cela introduit nécessairement dans l'interprétation des résultats.
Enfin, c'est l'occasion pour les étudiants de découvrir de nouveaux langages de programmation et de mesurer l'impact du choix d'un langage sur les performances d'un algorithme dans la pratique.

Volume horaire

  • CM : 19.5
  • TD : 0
  • TP : 30
Diplômes intégrant cette UE

En bref

Crédits ECTS 5

Période de l'année
secondSemestre

Méthode d'enseignement
En présence

Langue d'enseignement
fr

Contact(s)

Contact(s) administratif(s)

Alban MANCHERON (alban.mancheron @ umontpellier.fr)