Structures de molécules

Structures de moléculesCode de l'UE : HMSN304

Présentation

Enseignements théoriques et pratiques sur :

  1. l'analyse de structures biomoléculaires 3D ;
  2. l'utilisation de la banque de données de structures PDB ( Protein Data Bank ) ;
  3. l'utilisation d'outils de graphisme moléculaire ( Jmol , application et web applet )
  4. le développement de procédures (fonctions, scripts ) personnalisées pour l'analyse structurale
  5. l’analyse comparative de séquences/structures ;
  6. l’analyse des interactions protéine-ligand (avec un exemple d’étude standardisée des interactions des récepteurs d’antigènes -- immunoglobulines ou anticorps, récepteurs T -- avec leurs ligands) ;

Une série de cours et séances pratiques sur ordinateur permettent aux étudiants de réaliser un projet (par groupes de deux ou trois) pour lequel on demande de tenir un "carnet de bord" retraçant les résultats partiels.

Objectifs

  1. Se familiariser dans le contexte de la formulation d'une hypothèse ou analyse d'un problème biologique, à la recherche et l'exploitation de l'information structurale disponible dans les bases de données.
  2. Acquérir des compétences avancées en tant qu'utilisateur de la base de données PDB (structure moléculaires 3D).
  3. Apprendre à développer ( Jmol scripting ) des procédures d'affichage 3D adaptées à des besoins d'analyse spécifique.

Volume horaire

  • CM : 3
  • TD : 0
  • TP : 22
Diplômes intégrant cette UE

En bref

Crédits ECTS 2.5

Période de l'année
S3

Langue d'enseignement
fr

Contact(s)

Contact(s) administratif(s)

Stefano TRAPANI (stefano.trapani @ umontpellier.fr)