UE A CREER

UE A CREERCode de l'UE : HMIN309M

Présentation

L'U.E. donne un panorama des algorithmes utilisés en bioinformatique
ou en biologie pour la comparaison de séquences moléculaires et la
phylogénie. Elle introduit les concepts d'alignement et autres notions
de similarités entre séquences (Plus Longue Sous-Séquence Commune,
distance d'édition, etc.), et présente les algorithmes correspondants
avec leurs complexités en temps et en espace. Elle sensibilise les
étudiants à leurs applications pratiques pour la comparaison de
séquences de gènes, de protéines, de génomes, et donne un aperçu des
problèmes ouverts en recherche dans ce domaine. Ce module se focalise
également sur le problème de la reconstruction de l'arbre du vivant
(reconstruction phylogénétique). Il s'agit de retrouver l'arbre
d'évolution des espèces au cours du temps. Des méthodes algorithmiques
et mathématiques originales sont vues pour répondre aux différents
aspects de ce défi.

Objectifs

Compréhension des algorithmes classiques en analyse de séquence et en phylogénie, capacité de réflexion autour de ces algorithmes. Pratique de l'analyse bibliographique et capacité de restitution scientifique.

Volume horaire

  • CM : 18
  • TD : 18
  • TP : 15
Diplômes intégrant cette UE

En bref

Crédits ECTS 5

Période de l'année
S3

Méthode d'enseignement
En présence

Langue d'enseignement
fr

Contact(s)

Contact(s) administratif(s)

Severine BERARD (severine.berard @ umontpellier.fr)

Annie CHATEAU (annie.chateau @ umontpellier.fr)