ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Liste des enseignements
Au choix : 1 parmi 2
BioInformatique appliquée à la biologie des plantes
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La bioinformatique est une discipline au carrefour de l'informatique, des mathématiques et des sciences de la vie. Elle repose notamment sur l'utilisation et le développement d'outils informatiques permettant d'analyser des données biologiques massives. A terme ces mégadonnées peuvent être organisées au sein de base de données interrogeables en ligne pour qu'un utilisateur puisse extraire des données pertinentes à une problématique biologique.
L'Unité d’Enseignement « Bioinformatique appliquée à la biologie de la plantes » a pour but de sensibiliser les étudiants à l'utilisation de bases de données et de proposer une première approche de l’exploration de données au travers du logiciel R.
La quasi-totalité des enseignements se feront sous la forme de cas pratiques en salle informatique en sous-groupe d'étudiants.
Dans une première partie, les étudiants apprendront les rudiments du langage informatique R permettant d'organiser et nettoyer leurs données brutes afin de les rendre pleinement exploitables pour des analyses ultérieures. Puis, ils devront apprendre à proposer des représentations graphiques explicites à partir de données biologiques. Une attention particulière sera donnée à la rédaction de scripts réutilisables et au choix des graphiques associés aux calculs en fonction de la question biologique.
Dans une seconde partie, les étudiants exploiteront des bases de données généralistes comme NCBI ou exclusivement consacrées à la plante modèle Arabidopsis (TAIR) pour réaliser des fouilles de données.
Approches innovantes en ingénierie métabolique
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Dans cette UE les étudiants pratiquent par groupe une recherche bibliographique sur un choix de plantes médicinales lors de travaux dirigés tuteurés afin d'identifier les biomolécules de la plante pouvant avoir des propriétés biologiques, voire pharmacologiques. Chaque groupe à partir de documents qui leur seront fournis identifient, proposent et mettent en oeuvre en travaux pratiques un protocole d'extraction et un protocole de test d'activité biologique simple permettant de tester l'activité biostatique, antibiotique ou antioxydante des molécules ciblées. La démarche de veille bibliographique et les résultats obtenus en travaux pratiques et leurs analyses et interprétation seront discutés lors d’une séance de présentation de poster qui donnera lieu à une évaluation.