Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description
Les enseignements dispensés concerneront les bases et principes d’application de l’écologie microbienne (biodiversité microbienne ; microorganismes cultivables/non cultivables ; grands groupes microbiens, principales fonctions microbiennes et cycles biogéochimiques, métabolismes microbiens dans l’environnement et applications environnementales, bases de l’écologie applicables aux microorganismes (interactions microbiennes, vie libre, compétition, collaboration, symbiose , parasitisme et leurs applications). Seront en particulier abordés à titre d’illustration
- les virus : notion d’émergence et de réémergence
-les vibrios, facteurs de virulence, adaptation à l’hôte et transfert horizontal
-les streptocoques, génomique comparative, réduction génomique, spécialisation
Les applications de l’écologie microbienne aux biotechnologies concerneront : la détection, production d’inocula, les bioproductions, la bioremediation, le traitement de l’eau sur des exemples concrets (mise au point d’outils de détection multpathogènes tenant compte de la mutation, production d’un exhausteur de gout par une corynebacterie du sol, applications de l’étude d’interactions microbiennes à la sélection d’arômes fromagers, indice de qualité d’un sol viticole…)
TP analyse de l’eau, principes, normes, applications : totaux 6h
TD/ travail personnel sur la base des résultats du TP : conception d’un modèle d’épuration de l’eau en situation réelle (données cadastrales, relevé topologique, charge en coliformes totaux fécaux streptocoques issus des TP, exposé des étudiants sur les différents types de (micro)stations d’épuration….) il s »agit de proposer une solution conceptuelle adaptée au cas de terrain.
Objectifs
- fondements de l’écologie microbienne (comprendre les interactions entre les microorganismes et leurs environnements)
- avoir des notions des applications concrètes de l’écologie microbienne en biotechnologies de l’environnement et de la santé et de possibilités d’emploi.
Heures d'enseignement
- Ecologie microbienne - TDTravaux Dirigés4,5h
- Ecologie microbienne - CMCours Magistral22,5h
- Ecologie microbienne - TPTravaux Pratiques6h
Pré-requis nécessaires
microbiologie fondamentale, maitrise des techniques de base en microbiologie