Choix Profil 4

1. Bayesian inference: Motivation and simple example. 

2. The likelihood. 

3. A detour to explore priors. 

4. Markov chains Monte Carlo methods (MCMC)

5. Bayesian analyses in R with the Jags software.  

6. Contrast scientific hypotheses with model selection (WAIC).

7. Heterogeneity and multilevel models (aka mixed models. 

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Les cours présentent 4 aspects de la Biologie de la Conservation en s’appuyant sur la recherche scientifique actuellement menée dans cette discipline:  

1. Introduction à la conservation de la biodiversité(BC) : définition de Biologie de la conservation.  Pourquoi conserver la biodiversité ?  Quels sont les principaux acteurs de la BC et le rôle de la science dans la BC. 
2. La conservation des espèces : Quelles sont les espèces prioritaires ? Comment conserver les espèces ? Comment savoir si une espèce est "bien conservée" ? 
3. La conservation des espaces: Quels sont les espaces prioritaires ? Comment conserver les espaces ? 
4. La conservation fonctionne-t-elle ?Importance de l’acceptabilité sociale et de l’engagement politique. Besoin d’indicateurs de la biodiversité et de mesurer l'impact de la conservation. 

Les étudiant.e.s réalisent également un travail de groupe dans lequel ils/elles présentent un projet de BC, autour des questions : pourquoi, quoi, où, comment, combien il coûte et comment savoir s'il est efficace ? 

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Cette UE a pour buts d’approfondir les concepts-clés ayant trait aux changements climatiques, d’illustrer des notions importantes en écologie et évolution à la lumière des changements climatiques, dans de nombreux écosystèmes différents, et de réaliser une synthèse des différentes questions et enjeux scientifiques et sociétaux que posent les CC.

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La génétique quantitative est une discipline née au début du 20e siècle pour comprendre l'hérédité des caractères continus, c'est à dire la majorité des caractères d'intérêt agronomique (rendement...) ou évolutif (traits d'histoire de vie, morphologie). Elle est donc un outil incontournable pour comprendre, modéliser, prédire la sélection naturelle ou artificielle, l'évolution des systèmes naturels ou des plantes / animaux cultivés. Sa pertinence est plus que jamais d'actualité en ce début du XXIe siècle, avec l'irruption de la génomique (facteur de progrès scientifique à condition de ne pas réduire tout problème évolutif à la fiction de quelques allèles mendéliens à effet fort), et le retour en force de modèles alternatifs d'hérédité (épigénétique) dépassant la vision séquence-centrée héritée de la biologie moléculaire classique.

Le but du module est de donner une culture en génétique quantitative suffisante pour (i) comprendre les bases classiques de la discipline, manipuler les quantités clé (variances génétiques, héritabilités, corrélations génétiques) et les techniques statistiques d'estimation de ces paramètres (ii) comprendre la puissance de cette technique pour poser et comprendre des problèmes évolutifs fondamentaux ou appliqués (amélioration agronomique) (iii) comprendre comment cette formalisation de l'hérédité s'articule avec la vision mendélienne classique.

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L’objectif général est de présenter la biologie évolutive humaine, en proposant de mobiliser les outils de la biologie évolutive afin de mieux appréhender les comportements humains et ceux observés chez les primates non-humains dans le contexte de leur histoire évolutive. Que ce soient la santé, la socialité, la culture, les adaptations locales, le langage, la morale, la reproduction ou les préférences sexuelles, les thématiques sont abordées dans le cadre théorique de la biologie de l'évolution et de l'écologie. Contenu synthétique de l’UE : Anthropologie, sciences humaines et biologie évolutive / Évolution de la coopération / Évolution culturelle / Évolution de l’alimentation / Évolution de la socialité chez les primates / Écologie de la Famille / Médecine, Santé Publique & Évolution / Évolution du langage / Démographie Évolutionniste / Aux origines de l'équité.

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L’Ecologie comportementale aborde l'étude du comportement à partir d'une approche évolutive pour en étudier les mécanismes, la fonction et la contribution des comportements aux processus évolutifs et écologiques. Les travaux menés en Ecologie comportementale aident à comprendre d'autres phénomènes observés dans les autres disciplines de la biologie du vivant, car tous les animaux, des unicellulaires aux vertèbres les plus complexes, montrent des comportements.

Le module permet aux étudiants d’être exposés aux différents concepts de base, ainsi qu’à la multitude d’outils susceptibles d’être utilisés (observations et expérimentation en populations naturelles ou sur individus captifs, analyses comparatives, utilisation d’outils de la modélisation, l’écophysiologie, la biologie moléculaire, la biochimie, l’électronique embarquée…). Une part de la formation repose sur des discussions spécifiques sur les démarches de recherche susceptibles d’être employées, les outils utilisés et les limites des inférences qui peuvent être faites. Une participation active des étudiants sera demandée à ces différents niveaux, notamment via des discussions critiques d’articles.

Les thématiques abordées vont de l’exploration des stratégies d’approvisionnement alimentaire, de choix de partenaire, de choix d’habitat, d’investissement dans la reproduction, à l’étude de la communication animale et du pourquoi de la vie en groupe. La dimension historique de la discipline est abordée à l’occasion de l’introduction, mais aussi en fonction de la sensibilité des intervenants et des thématiques abordées (signification et relations entre ‘Animal Behaviour’, ‘Ethology’, Behavioral Ecology etc…).

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