M1 IBIS Ingénierie thérapeutique et Bioproduction en Biotechnologie-Santé

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Les protéines sont maintenant largement utilisées comme outils thérapeutiques en santé humaine et animale. La connaissance des voies de synthèse des peptides et protéines, de leur repliement, de leurs éventuelles modifications post-traductionnelles est indispensable avant d’envisager toute biosynthèse de protéine thérapeutique. Les méthodes permettant de mieux caractériser ces protéines sont également essentielles pour garantir la qualité des protéines produites dans l’optique d’une utilisation thérapeutique ou industrielle. Les méthodes d’ingénierie des protéines destinées à améliorer leurs propriétés originales seront également abordées.

L’UE comprend des cours magistraux et des travaux dirigés, réalisés par des enseignants-chercheurs et des chercheurs.

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La bioinformatique s’intéresse à la création et à l’utilisation d’approches numériques et mathématiques appliquées aux sciences du vivant. Les principales applications concernent le traitement automatique de données biologiques et les questions de modélisation, d’analyse et d’intégration des données dans le domaine de la biologie du vivant.Cette UE se propose de donner des bases solides sur l’analyse des séquences avec l’aide des outils de la bioinformatique ainsi que sur l’immunoinformatique. Les aspects théoriques seront couverts et ceux-ci seront renforcés par des aspects pratiques (exercices et travaux sur projets). Cette UE pourra être réalisée ou non en anglais en fonction du niveau des étudiants. L’UE comprenddes cours magistraux et des TPs, réalisés par des enseignants-chercheurs.

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L'UE a pour but de présenter les technologies de génomique fonctionnelle en -omique, et d'exposer des exemples de questions biologiques qui peuvent être posées grâce à elles.Les cours sont assurés par des enseignants-chercheurs et des chercheurs.

This unit aims to present "omics" functional genomics technologies, and some biological questions that they can address.The lectures are given by both associate professors and researchers.

Introduction à la génomique fonctionnelle: approches, concepts et méthodes

An introduction to functional Genomics: approaches, concepts and methods

V. Coulon, UM / IGMM

Organisation des génomes / Genome organisation

Techniques de séquençage / DNA sequencing methodsL. Journot, IGF

Organisation 3D des génomes / 3D genome organisation J. Poli, UM / IGH

Organisation topologique et réplication des génomes / Genome topological organisation and replication-V. Coulon, UM / IGMM

Régulation spatio-temporelle de l'expression des génomes / Spatio-temporal regulation of gene expressionTranscriptionEpissage / Splicing-V. Coulon, UM / IGMM

ARN non-codants / non-coding RNAsV. Coulon, UM / IGMM

Interactomique / InteractomicsIan Robbins, UM / IGMM

Protéomique et pharmacogénomique / Proteomics and PharmacogenomicsC. Bécamel, UM / IGF

Modèles animaux / Animal Models

Utilisation de la souris en génomique fonctionnelle / Using Mice in Functional Genomics F. Poulat, IGH

La Drosophile en génomique fonctionnelle / Using Drosophila in Functional Genomics -F. Juge et S. Chambeyron, IGH

Analyse et présentation d'articles scientifiques/ Scientificarticles analysis and presentation(15min + 10 min de discussion par groupe de 3 étudiants)

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Au sein des biotechnologies, les bioprocédés correspondent à la mise en œuvre industrielle des outils du vivant (que ce soit des enzymes, des microorganismes ou des cellules issues d’organismes supérieurs) pour la synthèse de produits d’intérêts. Dans cette unité d’enseignement (UE), un focus sera fait sur l’exploitation de catalyseurs microbiens et cellulaires. Les produits d’intérêt peuvent être par exemple des aliments fermentés (vin, bière, ...), des molécules énergétiques (bioéthanol, méthane, ...), des intermédiaires chimiques, ou encore des biomédicaments (vaccins, anticorps monoclonaux, facteurs de croissance...). Les connaissances, savoirs-faire et compétences acquis au cours de cette UE seront transposables à n’importe quel secteur d’activité en biotechnologies. Les exemples qui seront donnés correspondront aux débouchés visés par les deux formations (les mentions Agrosciences et Santé).

L’UE sera dédiée aux bioprocédés et à l’environnement dans laquelle la réaction biologique va être contrôlée (le bioréacteur). Le cours abordera aussi la question de la description et de la modélisation d’une réaction biologique avec notamment la présentation de la démarche appliquée en ingénierie des bioprocédés. Le reste de l’UE sera consacré à l’application de cette démarche à des réacteurs opérés en mode Batch (ou culture discontinue). Les autres modes opératoires seront couverts par l’UE de M2 HAV930V “Ingénierie des bioprocédés -continu et fed-batch”.

Cette UE comprend des cours magistraux interactifs, des travaux dirigés et des mises en pratique (TP en salle informatique + travail personnel en mode projet par petit groupes).

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Dans le cadre de l’ingénierie des bioprocédés, la connaissance du métabolisme des catalyseurs (cellules, micro-organismes), est essentielle. L’UE sera dédiée à la description de la diversité des métabolites microbiens valorisables (métabolites primaires et secondaires) et des bioprocédés exploitant ces microorganismes afin de produire ces molécules.

Cette UE comprend des cours magistraux interactifs, des travaux dirigés et des mises en pratique (TP en salle informatique + travail personnel en mode projet par petit groupes)

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