Niveau d'étude visé
BAC +5
ECTS
120 crédits
Durée
2 ans
Structure de formation
Faculté des Sciences
Langue(s) d'enseignement
Français, Anglais
Présentation
Épidémies et émergences des maladies liées à des agents pathogènes (virus, bactéries, champignons, parasites eucaryotes) sont en augmentation depuis les dernières décennies. Les épisodes récents des épidémies de SRAS, d’Ebola, de Zika, de grippe aviaire hautement pathogène, ont été encore plus récemment complétées par l’épidémie de COVID 19 et celle de Peste Porcine. Elles ne doivent pas faire oublier la résurgence de la Rougeole, la résistance aux antibiotiques du bacille de la Tuberculose, la pression de plus en plus tenace des maladies nosocomiales ou la présence toujours inquiétante de la Malaria, de la Dengue et de l’Anthrax…
Cette augmentation des « cas » est la résultante de phénomènes complexes et multiples : densité(s) humaine(s), dégradation des écosystèmes naturels, dégradation de la biodiversité, surexploitation, élevage intensif, urbanisation, artificialisation des milieux, changements climatiques, pollution(s), mondialisation des échanges humains et marchands, usages inappropriés des antibiotiques, soins mal adaptés, diminution de la couverture vaccinale, pauvreté … Ces changements et déséquilibres sont donc d’origines diverses et variées. L’étude ou la gestion de ces phénomènes épidémiques nécessitent donc l’implication de compétences variées et de différents niveaux d’analyse, donc une approche intégrative et pluridisciplinaire (Ecologie, Biologie évolutive, Microbiologie, Parasitologie, statistiques, informatique, géomatique, géographie mais aussi sociologie, économie, anthropologie…). L’éclairage éco-évolutif facilite cette synthèse en inscrivant les analyses des phénomènes biologiques sous-jacents dans des dimensions populationnelles, spatiales et temporelles.
Les + de la formation
1/La mention Eco-EPI a obtenu le soutien de l’e-site MUSE via le financement du projet Eco-Epidemiology of Animal and Human Pathogens Comprehensive and Utilitary Resources –EpiCURe (Appel à projet Take Off #3 : Cursus - ACCOMPAGNER LA TRANSFORMATION ET/OU LA CRÉATION DE CURSUS). Ce projet consiste en la mise en œuvre d’une plateforme de collections de données établie par les promotions successives d’étudiants de la mention. Elle sera couplée à un ensemble de services web permettant d’exploiter les données stockées. A travers cet outil transversal et décloisonnant, appuyé concrètement sur la trame pédagogique complète du M1 et du M2, les étudiants pourront « prendre en main » le contenu scientifique et la connaissance à acquérir durant leur master. Cette plateforme valorisera la connaissance acquise et synthétisée selon une démarche coopérative, par les étudiants, l’équipe pédagogique, les acteurs de recherche et les acteurs opérationnels de terrain. Le savoir accumulé sera pérennisé, exploité et diffusé en français et en anglais, au-delà de la mention et de l’université, donnant une visibilité nationale et internationale à la formation en Eco-épidémiologie des maladies Infectieuses et Parasitaires et aux formations associées au projet (Bio-Informatique, Géomatique).
2/ A l’automne 2021, sont projetées deux demandes d’ouverture à l’apprentissage : une concernant le M2 du parcours GS (orienté principalement vers les services de veille sanitaire), et le second décliné comme un parcours de M2 spécifique (orienté vers les internes en Pharmacie chefs de cliniques et les R&D des entreprises pharmaceutiques).
Objectifs
Le master Eco-EPI a pour ambition de former des experts capables de répondre aux enjeux de l’émergence et de la gestion épidémiologique des agents pathogènes humains et/ou animaux dans le cadre des changements actuels et futurs. Une fois diplômé(e)s, ils / elles seront donc
- de futurs chercheurs épidémiologistes conscients des contextes et des enjeux socio–économiques
- de futurs gestionnaires conscients des données scientifiques.
La « démarche scientifique pluridisciplinaire et intégrative » qui caractérise le programme de la formation est indispensable aux défis que doivent relever nos sociétés contemporaines. Les diplômés de cette mention, qu’ils soient chercheurs, experts ou gestionnaires, seront des scientifiques « impliqués », des acteurs à part entière de différentes étapes de ces défis.
Savoir faire et compétences
Les diplômés de la mention Eco-EPI sont capables d’analyser et d’étudier(recherche) ou d’identifier ( gestion) les facteurs d'émergence des maladies parasitaires et infectieuses, à savoir :
- les cycles écologiques et les dynamiques de transmission
- les mécanismes évolutifs et moléculaires favorisant les épidémies, l’émergence et /ou les changements d’hôtes
- les facteurs éco-environnementaux favorisant épidémies et/ou émergence
- les facteurs socio-économiques favorisant épidémies et/ou émergences
- les risques relatifs liés à chacun de ces facteurs dans chaque cas d’épidémie et/ou d’émergence
Pour mettre en œuvre leur programme de recherche ou de gestion/surveillance, ils maitrisent des compétences disciplinaires et des outils dans des domaines variés comprenant
- les sciences biologique et écologique (incluant la biologie évolutive) centrées sur les maladies induites par les agents pathogènes
- les sciences mathématiques (statistiques et modélisation) et informatiques centrées sur le recueil et l’analyse de données épidémiologiques (bases de données, SIG...)
-les sciences humaines appliquées centrées sur les facteurs d’émergence, de risques et la gestion : sociologie, économie, gouvernance politique, droit (à travers les organisations et institutions), identification et gestion des risques…
Ils savent mettent en œuvre de manière autonome une démarche scientifique, dans un objectif prospectif de recherche ou organisationnel de surveillance ou de contrôle, en l’adaptant à un contexte spécifique, et en intégrant des informations de nature variée.
Ils maitrisent la gestion de projet et le travail collaboratif avec des partenaires et interlocuteurs variés.
Ils sont capables de diffuser des résultats à différents publics et d’établir des préconisations.
Cf. les compétences spécifiques à chacun des parcours pour plus d’informations
Organisation
Contrôle des connaissances
Défini à l'échelle de chaque Unité d'enseignement : Contrôle terminal, ou Contrôle continu, ou Oral, Individuel ou par groupe.
L’évaluation des stages constitue un contrôle continu spécifique : - évaluation d'un rapport ou d'un mémoire - soutenance devant un jury
Aménagements particuliers
- M1 spécifique aux étudiants de 4ième année de pharmacie, filière recherche, pour concentrer la formation sur les compétences non abordées dans leur cursus antérieur
- M2 en apprentissage (en cours de montage et attente de validation): alternance périodes d’étude sur le campus/ périodes de stage
Ouvert en alternance
En construction
Modalités d'alternance
En cours de demande. Ouverture envisagée septembre 2022
- Le parcours Gestion et Surveillance des Émergences Parasitaires et Infectieuses – GS-EPI proposera une version adaptée à l'apprentissage en M2
- Un parcours de M2 spécifiquement décliné à l’apprentissage (Eco-Epidémiologie infectieuse et parasitaire – apprentissage), orienté recherche, en réponse au besoin de compétences intégratives de futurs professionnels de Santé (pharmaciens, médecins en internat) ou de futurs cadres R&D d’entreprises pharmaceutiques.
Programme
La mention permet de se spécialiser selon deux parcours principaux :
- le parcours Étude Intégrative des Emergences Parasitaires et Infectieuses - EI-EPI a pour vocation la poursuite en thèse dans la recherche fondamentale, appliquée ou finalisée;
- le parcours Gestion et Surveillance des Emergences Parasitaires et Infectieuses – GS-EPI a une vocation appliquée et opérationnelle, qui proposera une déclinaison apprentissage en M2 en 2022
Ces deux parcours seront complétés en cours d’accréditation par un parcours de M2 spécifiquement décliné à l’apprentissage (Eco-Epidémiologie infectieuse et parasitaire – apprentissage), orienté recherche, en réponse au besoin de compétences intégratives de futurs professionnels de Santé (pharmaciens, médecins en internat) ou de futurs cadres R&D d’entreprises pharmaceutiques.
L’année 1 est principalement une année commune aux deux parcours de la mention : elle présente un tronc très majoritairement commun en M1 semestre 1 (26 ECTS/ 30) avec une option libre permettant d’explorer des domaines et d’approfondir des enjeux.
Le choix du parcours se réalise en M2, mais il se prépare dès le semestre 2 du M1 par le choix d’une option d’orientation apportant des éléments d’approfondissement dans la démarche de recherche ou de gestion. Il sera également préparé par le choix du thème de stage ou Projet Tuteuré Approfondi.
Quel que soit l’objectif d’insertion (Recherche ou Opérationnel) et donc le choix du M2, quatre grands champs de spécialisation sont possibles. Ces spécialisations ne sont pas des thèmes hermétiques entre eux, mais présente des interfaces. Il s’agit
- Zoonoses et maladies animales
- Maladies à transmission vectorielle
- Changements Globaux
- Artificialisation, Technologies et thérapeutiques modernes
Cette spécialisation est travaillée dès le M1 S2 au cours de projets thématiques, du stage ou Projet Tuteuré Approfondi. Elle sera approfondie par les choix d’UE du M2S3 et le stage de M2
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Etude Intégrative des Emergences Parasitaires et Infectieuses (EI-EPI)
Le parcours Etude Intégrative des Emergences Parasitaires et Infectieuses – EI-EPI s’inscrit dans la mention de master Eco-épidémiologie Eco-EPI dont l’ambition est de former des experts capables de relever les défis posés par les phénomènes épidémiologiques contemporains.
En effet, épidémies et émergences des maladies liées à des agents pathogènes (virus, bactéries, champignons, parasites eucaryotes) sont en augmentation depuis les dernières décennies. Ce phénomène est la résultante de facteurs complexes, multiples et d’origines variées : densité(s) humaine(s), dégradation des écosystèmes naturels, dégradation de la biodiversité, surexploitation, élevage intensif, urbanisation, artificialisation des milieux, changements climatiques, pollution(s), mondialisation des échanges humains et marchands, usages inappropriés des antibiotiques, soins mal adaptés, diminution de la couverture vaccinale, pauvreté …
L’étude ou la gestion de ces phénomènes épidémiques nécessitent donc l’implication de compétences variées et de différents niveaux d’analyse, donc une approche intégrative et pluridisciplinaire (Ecologie, Biologie évolutive, Microbiologie, Parasitologie, statistiques, informatique, géomatique, géographie mais aussi sociologie, économie, anthropologie…). L’éclairage éco-évolutif facilite cette synthèse en inscrivant les analyses des phénomènes biologiques sous-jacents dans des dimensions populationnelles, spatiales et temporelles.
Gestion et Surveillance des Emergences Parasitaires et Infectieuses (GS-EPI)
Le parcours Gestion et Surveillance des Emergences Parasitaires et Infectieuses - GS-EPI s’inscrit dans la mention de master Eco-épidémiologie Eco-EPI dont l’ambition est de former des experts capables de relever les défis posés par les phénomènes épidémiologiques contemporains.
En effet, épidémies et émergences des maladies liées à des agents pathogènes (virus, bactéries, champignons, parasites eucaryotes) sont en augmentation depuis les dernières décennies. Ce phénomène est la résultante de facteurs complexes, multiples et d’origines variées : densité(s) humaine(s), dégradation des écosystèmes naturels, dégradation de la biodiversité, surexploitation, élevage intensif, urbanisation, artificialisation des milieux, changements climatiques, pollution(s), mondialisation des échanges humains et marchands, usages inappropriés des antibiotiques, soins mal adaptés, diminution de la couverture vaccinale, pauvreté …
L’étude ou la gestion de ces phénomènes épidémiques nécessitent donc l’implication de compétences variées et de différents niveaux d’analyse, donc une approche intégrative et pluridisciplinaire (Ecologie, Biologie évolutive, Microbiologie, Parasitologie, statistiques, informatique, géomatique, géographie mais aussi sociologie, économie, anthropologie…). L’éclairage éco-évolutif facilite cette synthèse en inscrivant les analyses des phénomènes biologiques sous-jacents dans des dimensions populationnelles, spatiales et temporelles.
Eco-Epidémiologie infectieuse et parasitaire - apprentissage (Eco-EPI App)
IDIL- Eco-EPIdémiologie des Maladies Emergentes (Eco-EPIED)
Le master Eco-Épidémiologie des Maladies Émergentes Eco-EPIED répond au défi contemporain des maladies infectieuses et parasitaires émergentes dans les populations humaines et animales.
À la lumière de l’analyse écologique, environnementale et évolutive de ces phénomènes, ce programme pluridisciplinaire permet une approche synthétique. Il intègre toutes les compétences et outils scientifiques pertinents (y compris la biologie, les statistiques, la bio-informatique ainsi que les concepts des sciences humaines) dans différents contextes et besoins concrets de la santé publique. Ainsi, Eco-EPIED est un programme One Health dédié à la recherche et à ses applications concrète.
Des unités de recherche montpelliéraines reconnues et dédiées à l’analyse et au contrôle des maladies émergentes soutiennent le programme. Il implique également des experts d’organisations internationales, d’agences de santé publique, de laboratoires pharmaceutiques et d’organisations non gouvernementales.
Cette formation interdisciplinaire est ouverte en priorité aux étudiants titulaires d’une licence en sciences de la vie, en sciences de la santé et en 4e année de pharmacie ou de médecine humaine. Secondairement, les étudiants titulaires d’une licence en Géographie et Développement, Sciences Sociales, Santé et Sciences Sociales (leur intégration sera validée en fonction d’éléments de formation complémentaires indiquant leur capacité à acquérir rapidement des compétences en sciences dites « dures »). Néanmoins, tous les étudiants doivent avoir un très fort intérêt pour la biologie/écologie des agents pathogènes, les maladies transmissibles et l’épidémiologie. Et leur parcours académique et non académique doit attester de leur ouverture d’esprit à l’approche transdisciplinaire incluant la bio-informatique, les statistiques et les sciences humaines. La maîtrise de l’anglais scientifique (niveau B2) est requise. L’autonomie et le travail en équipe sont également nécessaires.
Exemples d’Unités d’enseignement :
- Écologie et Évolution des Microorganismes and Parasitisme
- Transmission : études de cas
- Risques, Analyse de risque et Surveillance
- Bio-informatique et bases de données
- Étude de la Variabilité
Admission
Public cible
A l’entrée du M1, étudiants issus :
- des licences Sciences de la Vie ou Sciences de la Vie et de la Terre, en particulier les parcours suivant : Écologie et Biologie des Organismes, Biologie des Organismes et des Populations, Sciences de l’Environnement, Microbiologie, Biologie Cellulaire et Physiologie,
- des licences Sciences de la Santé
- des licences Biologie et Humanité (universités catholiques)….,
- des étudiants de 4ième année de pharmacie ou de médecine humaine.
- Plus secondairement, des étudiants issus de licence de Géographie et Aménagement, Sciences Sociales, Sciences sanitaires et sociales.[1]. Leur intégration sera validée en fonction d’éléments additionnels de leur dossier indiquant leurs capacités à acquérir rapidement certains éléments de sciences dites « dures ».
A l’entrée du M2 :
- de droit, les étudiants ayant acquis le M1 Eco-EPI
- des étudiants en réorientation, issus d’un M1 Biologie, Biologie-santé, Santé, Sciences du vivant, Santé publique, Microbiologie, Nutrition et sciences des aliments, Biologie–agro sciences, Agrosciences, environnement, territoires, paysage, forêt, Biodiversité, écologie et évolution, Risques et environnement, Métiers de l'enseignement, de l'éducation et de la formation (MEEF), 2nd degré. Leur intégration sera évaluée sur les éléments de prérequis de M1 indispensables à la poursuite en M2 Eco-EPI, des éléments de cohérence entre leur projet de formation et les objectifs de la mention et en fonction des places vacantes potentielles par rapport aux capacités d’accueil
- des étudiants de 6ième année vétérinaire au projet professionnel tourné vers la surveillance épidémiologique « One Health » ou la recherche ( sous des conditions identiques à celles listes au-dessus)
- En formation continue, et surtout en alternance (si demande validée par le CFA)
- des personnels des services de veille sanitaire (souvent issus des masters centrées sur des sciences humaines)[2]
- des pharmaciens, médecins en internat en réponse au besoin de compétences intégratives de futurs professionnels de Santé
- des étudiants de niveau Master 1 en Pharmacologie, Biotechnologie, Sciences du médicament, se projetant futurs cadres R & D d’entreprises pharmaceutiques dans le domaine des épidémies infectieuses et parasitaires
[1] Pour une poursuite a priori en M2 « gestion et surveillance »
[2] Pour une poursuite en M2 « gestion et surveillance »
Capacité d'accueil
30 étudiants par année de formation
Pré-requis nécessaires
Imposés par le niveau d’entrée (cf Public cible), les modalités spécifiques liées à la formation initiale, continue ou en alternance et le parcours de M2 envisagés ou choisi. Il s’agit donc principalement
- des acquis de licence en sciences biologiques et environnementales, ou leur équivalent pour l’entrée en M1 ;
- des acquis de niveau master 1 en sciences biologiques et peri–biologiques, ou leur équivalent, en M2, incluant dans ce cas des connaissances fondamentales sur les agents pathogènes, ou les maladies d’origine infectieuses et parasitaires.
Pour l’entrée en M1, des « connaissances » de niveau L3 ou équivalent dans au moins 2 de ces domaines
- Biologie des organismes
- Physiologie
- Biologie cellulaire et moléculaire
- Ecologie
- Biologie évolutive
- Parasitologie
- Microbiologie
Pour l’entrée en M2, des connaissances de niveau M1 ou équivalent obligatoire en Biologie des principaux organismes pathogènes et dans au moins 2 des domaines suivants
- Physiologie, Immunologie
- Biologie cellulaire et moléculaire
- Processus infectieux
- Pathologies d’origine infectieuses et parasitaires
- Antibiothérapie et médicaments anti infectieux
- Ecologie générale
- Ecologie parasitaire
- Ecologie microbienne
- Ecologie de la santé
- Biologie évolutive et/ou Biologie de la conservation
- Parasitologie
- Microbiologie
- Entomologie vectorielle
- Epidémiologie descriptive (statistique)
- Modélisation
- Gestion des risques sanitaires
- Politique de santé publique
- Surveillance épidémiologique
Pré-requis recommandés
Pour l’entrée en M1,
- Des connaissances de niveau L1-L2 dans au moins 1 de ces domaines
- Bio-Statistiques
- Informatiques (base de données, SIG)
- Des connaissances de base, même autodidactes, dans 1 ou 2 des domaines suivants peuvent être précieuses
- Systèmes d’élevage
- Economie
- Sociologie
- Anthropologie
- Aménagement des territoires
- Gestion de l’environnement
- Biologie de la conservation
Pour l’entrée en M2
- Des connaissances de niveau M1 dans au moins 1 de ces domaines (Formation initiale)
- Bio-Statistiques
- Informatiques (base de données, SIG)
- Des connaissances (expériences professionnelles, stages, études, expériences extra universitaires) dans 1 ou 2 des domaines suivants
- Génétique humaine/ animale
- Santé humaine ou vétérinaire
- Biotechnologies des outils de Diagnostic et de prévention (traitements, vaccins…)
- Systèmes d’élevage et de production animale
- Economie et mondialisation des échanges
- Sciences participatives
- Sociologie /Anthropologie
- Aide au développement
- Aide humanitaire
- Aménagement des territoires
- Gestion de l’environnement
Et après
Poursuites d'études
Pour les diplômés du parcours Etude Intégrative des Emergences Parasitaires et Infectieuses EI-EPI , l'objectif majeur est la poursuite thèse de recherche fondamentale, appliquée ou finalisée.
Bien que conduisant prioritairement à l'insertion à bac+5 à l’issue du master, la poursuite en thèse est possible pour certains diplômés du parcours Gestion et Surveillance des Émergences Parasitaires et Infectieuses GS-EPI : thèse de recherche finalisée, aux interfaces disciplinaires, en surveillance ou gestion.
Poursuites d'études à l'étranger
Poursuite d’études à l’étranger : Oui (cf. poursuite d'étude)
Insertion professionnelle
Métiers : Chercheur-se en éco-épidémiologie et assimilé, Expert-e éco-épidémiologiste, chargé-e de suivis épidémiologiques, chargé-e de veille sanitaire, coordinateur-trice de réseaux de surveillance (dont maladies animales), consultant-e en gestion des risques épidémiologiques …
Insertion : Organismes/Instituts de recherche, Universités, Organismes Internationaux, Organismes nationaux de gestion et surveillance, Instituts de veille, Réseaux de surveillance, R&D entreprises pharmaceutiques, …