Écologie fonctionnelle et conceptualisation des écosystèmes terrestres et aquatiques (EcoSystèmes)

"Modèles linéaires généraux à 1 ou plusieurs variables aléatoires explicatives : de la traduction de la figure qui répond à la question biologique au modèle statistique, i.e. prendre en compte de nombreux effets et savoir les interpréter

propriétés générales vues à travers la régression et l'ANOVA à 1 facteur (R2, F, ddl, moindre carrés, vraisemblance, diagnostic, validation, goodness of fit, interprétation de la taille des effets); ANOVA à facteurs emboités et croisés, régression multiple (notion de paramètre et d’effets, et d’interaction)

incorporation de la dépendance des variables aléatoires explicatives, confusion d'effets (quantitatives pour la régression multiples, et plans déséquilibrés pour les ANOVA)"

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L’objectif général est de consolider les bases en écologie acquises par les étudiants, et de leur donner les outils leur permettant de les mobiliser de façon intégrative pour interpréter le fonctionnement des systèmes écologiques. Les enseignements comprennent : 1) des cours magistraux portant sur les concepts de l’écologie depuis l’échelle des populations aux échelles macroécologiques, et s’appuyant sur des exemples d’application replaçant la discipline dans le contexte écologique et sociétal actuel ; 2) des travaux pratiques et dirigés focalisés sur les outils (stratégies d’échantillonnage, modélisation, analyses de données) ; 3) des enseignements sur le terrain à l’occasion desquels les étudiants sont invités à se poser des questions scientifiques pertinentes en partant de l’observation en situation, et à mobiliser leurs connaissances pour y répondre de façon argumentée.

Contenu synthétique de l’UE :

- CM : Histoire de l'émergence des concepts en écologie ; Dynamique des populations / métapopulations ; Interactions biotiques et réseaux trophiques ; Ecologie des communautés, méta-communautés ; Ecologie des écosystèmes / écologie fonctionnelle ; Notions de macroécologie / biogéographie ; Changements globaux et fonctionnement des écosystèmes ;

- Terrain : Analyse intégrative du fonctionnement des écosystèmes en situation ;

- TD/TP : stratégies d’échantillonnage et d’expérimentation en écologie ; modélisation en dynamique des populations / méta-populations, en écologie des communautés/méta-communautés, des réseaux trophiques ; mesures de biodiversité (alpha, beta, etc)."

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"L’objectif général est de consolider les bases en biologie évolutive des étudiants, en abordant à la fois (i) les phénomènes macro-évolutifs, et les méthodes générales utilisées pour leur analyse et (ii) les processus micro-évolutifs en insistant sur l’approche de génétique des populations. Cette UE a pour objectif à la fois de proposer un socle commun de connaissances solides en biologie évolutive et d’illustrer les applications de la discipline aux futurs domaines de spécialisation des étudiants. Les enseignements comprennent : 1) des cours magistraux portant sur les concepts de l’évolution ; 2) des travaux pratiques ayant deux formes principales : 2a. des séances focalisées sur l’utilisation des outils (phylogénie) et sur la formalisation mathématique des processus évolutifs (génétique des populations) ainsi que 2b : des séances construites autour d’un travail en groupe, permettant aux étudiants, en fonction de leur parcours et de leurs objectifs professionnels, d’approfondir une thématique particulière (question fondamentale ou application de la biologie évolutive)."

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Cours TD d'anglais qui visent l'autonomie professionnelle en langue anglaise.

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ORPAL est une UE en APP (1/3 terrain et 2/3 TP en laboratoire). Le travail réalisé en binôme ou en trinôme sous la responsabilité d’un référent, couvre toute la chaîne opératoire des recherches, depuis la depuis la définition de la problématique, l’échantillonnage sur le terrain, l’acquisition des données jusqu’à l’interprétation, la rédaction d’un article scientifique (voir https://biologie-ecologie.com/exemples-travaux/) et la présentation à l’oral des résultats.

'ORPAM se déroule dès les premières semaines d'enseignement. Cette UE débute par une école de terrain de 3 jours (24h - stage d'intégration) et se poursuit par un mini stage en laboratoire (24h). L'UE s'achève par la rédaction d'un article scientifique de vulgarisation et par une présentation orale des résultats.

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Modèles linéaires généralisés mixtes + méthodologie et protocoles expérimentaux pour prendre en compte une réalité biologique: loi autre que normale et pseudo-réplication

Optimisation de protocoles, puissance et risque de 1ère espèce non contrôlé : transformation de variable, régression polynomiale, fonction de lien, vraisemblance, sélection de modèles

Analyse de déviance et goodness of fit

Incorporation des blocs, des mesures répétées dans le temps, prise en compte de la corrélation spatiale et temporelle, de la sur-dispersion

Représentation graphique des prédictions.

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L'objectif de cette UE est d'offrir les bases nécessaires en statistiques pour suivre l'ensembles des modules plus élaborés du cursus, il s'agit donc d'une mise à niveau général. Les statistiques descriptives sont revues (quantile, polygone des fréquences cumulées, estimateurs à partir d'échantillon), les tests simples sont présentés, les graphiques essentiels pour des données univariée et multivariées sont présentés, le principe général d'un test statistique, de plan d'hypothèse,  de notion de p-value, de risque de première et seconde espèces sont présentés. En TP, les étudiants sont également mis à niveau dans l'environnement R.

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Le stage individuel de M1 est d’une durée d’environ trois mois, et doit se réaliser, suivant le parcours concerné,  dans un laboratoire de recherche ou une structure du secteur non-académique. Il permet à l’étudiant d’acquérir une expérience professionnelle dans le domaine de la biodiversité, de l’évolution ou de l’écologie. Il peut s’effectuer dans une structure locale, nationale, ou internationale, sur un sujet validé par l’équipe pédagogique de façon à cadrer avec les objectifs propre au parcours suivi par l’étudiant.

Évaluation : La préparation du stage constitue un exercice noté sur la base d’un document écrit et d’une soutenance de projet de stage. Le travail de stage est évalué à l’occasion d’une soutenance publique devant un jury au cours de laquelle sont évalués le contenu du mémoire et la qualité des réponses aux questions du jury. Le comportement et le dynamisme de l'étudiant lors du stage sont évalués par le maitre de stage.

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Le but de cette UE est d’appréhender la biologie adaptative des organismes en considérant les réponses individuelles et populationnelles aux variations de l’environnement. Des exemples concrets en écophysiologie évolutive animale seront abordés dans le contexte des changements globaux. Les réponses des organismes et populations aux paramètres abiotiques (tels que la température, la salinité, la disponibilité en oxygène, les polluants) seront considérées ainsi que leurs effets interactifs. L’UE montrera l’implication des mécanismes physiologiques en écologie, depuis les processus phénotypiques et cognitifs au niveau intra-individuel jusqu’aux variants fonctionnels entre individus et entre espèces. Seront également abordées les notions de variabilité intraspécifique, de plasticité phénotypique et les effets transgénérationnels. Cette UE sera illustrée par des exemples d’analyse de traits phénotypiques (y compris le comportement) au sein des populations. Les liens avec les marqueurs génétiques et épigénétiques seront aussi abordés. Différentes approches (-omiques vs gène/protéine cible), plusieurs dispositifs expérimentaux et diverses échelles d’organisation du vivant seront considérés (molécule, gène, phénotype, individu, population, espèce).

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Les enseignements de ce module sont une initiation à l’ethnobotanique et à l’ethnoécologie afin d’appréhender les dimensions matérielles et immatérielles des relations entre les humains et leur environnement, avec une attention particulière au monde végétal. Nous nous intéresserons en particulier aux systèmes locaux de nomenclature et de classification, aux perceptions et représentations de la nature, aux usages et pratiques de gestion des ressources, aux interactions bioculturelles, écologiques et évolutives. L’ethnobotanique et l’ethnoécologie sont des disciplines à l’interface de l’anthropologie, de la botanique et de l’écologie, pouvant aussi emprunter des outils et concepts à la linguistique, l’archéologie, la géographie et l’agronomie. Ce module est complémentaire du module « Ethnoécologie et Développement Durable » (Master 2) en apportant les bases théoriques et méthodologiques de l’ethnobotanique.

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"L’objectif de cette UE est de compléter les enseignements du premier semestre en développant les problématiques liées à l’évolution des phénotypes et les principales approches méthodologiques associées. Les enseignements aborderont l’évolution de différents types de traits (traits d’histoire de vie, traits impliqués dans les stratégies reproductives, traits impliqués dans des interactions biotiques, caractères quantitatifs). Les principales approches abordées incluent la formalisation de théorie des jeux, la dynamique adaptative, les approches de génétique quantitative et le travail de confrontation entre prédictions théoriques et données empiriques. Les enseignements comprennent :

1) des cours magistraux portant sur les principaux concepts de l’écologie évolutive ;

2) des travaux dirigés focalisés sur des études de documents et sur des exercices"

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"L’objectif de cette UE est de consolider les bases des étudiants en écologie et/ou en évolution en les invitant à définir un sujet et question(s) de recherche, en définissant de façon argumentée des hypothèses pertinentes, et en justifiant une stratégie d’acquisition et d’analyses de données permettant de les tester.

Contenu synthétique de l’UE:

- Travail en autonomie tuteuré : identification d’une question scientifique pertinente ; synthèse bibliographique permettant de réaliser l’état de l’art et de justifier les hypothèses scientifiques ; proposition et justification d’une démarche méthodologique (matériel et méthodes) pour tester les hypothèses proposées.

Type de sujets:

Les sujets peuvent porter sur n’importe quelle question identifiée par les étudiants (par groupe de 3/4), et validés par l’équipe pédagogique, et s’appuyer sur différentes approches permettant de s’ajuster aux attendus des différents parcours. Par exemple, les étudiants peuvent proposer une stratégie d’échantillonnage sur le terrain ou de l’expérimentation, une méta-analyse de données de la littérature, une analyse de séquences récupérées sur GenBank, une analyse de données d’occurrence récupérées dans GBIF, etc.

Dans tous les cas les projets doivent impliquer une véritable stratégie d’acquisition de données, identifiée, justifiée et décrite par les étudiants dans le matériel et méthode demandé au M1S2, avec calendrier prévisionnel du déroulement du projet et identification des tâches que chaque étudiant réalisera au sein de chaque groupe dans le cadre de la mise en œuvre du projet au M2S3. Les projets doivent également être réalistes d’un point de vue financier et proposer un budget prévisionnel, et doivent pouvoir être finalisés dans le temps disponible au M2S3.

Modalités de contrôle des connaissances:

L’enseignement se base sur une approche de type apprentissage par problème, les étudiants sont évalués sur la façon dont ils progressent dans construction de leur démarche (40% de CC), ainsi que sur leur capacité à présenter et à défendre leur projet à l’occasion d’un oral final (60% de la note globale)."

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L’objectif de cette UE est de permettre la mise en œuvre des projets définis dans le cadre de l’UE projet du M1S2.

Contenu synthétique de l’UE:

- Travail en autonomie tuteuré par groupe d’étudiant : réajustement des objectifs et de la méthodologie du projet si nécessaire, acquisition des données, analyses et interprétations écologiques et/ou évolutives selon le calendrier prévisionnel défini en M1S2, restitution des résultats dans le cadre d’un colloque commun aux différents parcours.

Modalités de contrôle des connaissances:

Comme pour l’UE projet M1, l’UE s’appuie sur une approche de type apprentissage par problème. Les étudiants sont donc évalués au fil de l’eau sur la façon dont ils progressent dans la réalisation de leur projet (40% de CC), puis en fin de semestre sur leur capacité à présenter les résultats de leur projet et à les discuter à l’occasion d’une présentation orale dans un colloque général de restitution (60% de la note globale).

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L’objectif pédagogique de cette UE est de repositionner les grands types de sol à l’échelle de la planète, d’expliquer leur formation et d’identifier les phases minérales ou les facteurs abiotiques principaux susceptibles de réguler l’activité biologique des sols. A partir de cette analyse, les différents organismes du sol (micro-organismes, micro, méso et macrofaune) seront présentés ainsi que leurs relations afin de repositionner le cycle de la matière organique et des éléments minéraux dans le sol à différentes échelles temporelles et spatiales. Les notions de recyclage, de bouclage des cycles biogéochimiques et de règles d’assemblages des communautés seront également abordées. L’organisation de cette UE repose sur des cours et conférence ainsi que sur des TD et TP de terrain.

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L’écophysiologie est une discipline à l’interface entre la biologie des organismes et l’écologie. L’écophysiologie intégrative se focalise plus particulièrement sur la question du changement d’échelle. En d’autres termes, cette UE a pour objectif d’illustrer comment l’étude des mécanismes d’acclimatation/adaptation à l’échelle individuelle (voire sub-individuelle) permet d’expliquer la structure des populations, la distribution des espèces et le fonctionnement des écosystèmes. Les réponses des organismes et populations aux principaux paramètres abiotiques structurants (tels que la température, la salinité, la disponibilité en oxygène, les polluants) seront considérées ainsi que leurs effets interactifs. Le rôle des interactions entre les organismes sera également abordé. Dans cette UE, les animaux, les végétaux et les micro-organismes seront considérés et différents types d’approches seront illustrés : observations sur le terrain, expérimentation in situ ou en laboratoire.

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Cet enseignement a pour objectif essentiel de fournir l’ensemble des compétences nécessaires à la compréhension et à l’utilisation des concepts et méthodes sur lesquelles repose l'étude quantitative des phénomènes populationnels. Les principales méthodes d'analyse et de modélisation de ces phénomènes seront abordées tant d'un point de vue théorique (calculs formels) que pratique (statistiques, simulations), au moyen d'exemples explorant les différentes échelles phylogénétiques (dynamique microbienne, espèces invasives, démographie humaine), spatiale (du local au global) et temporelle (régimes transitoire et permanent, couplage éco-évolutif), avec une attention particulière portée à l'hétérogénéité (spatiale, génétique ou phénotypique) et au hasard (stochasticité, incertitudes) caractéristiques des populations ou inhérent à leur étude.

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Cette UE vise à mieux connaitre les principaux types de polluants (organiques vs. minéraux), leur(s) source(s), leur devenir dans l’environnement et la manière dont ils interagissent avec le vivant (bioaccumulation, biotransformation, effets). Les méthodes utilisées en dépollution et en bioremédiation seront abordées. Un focus particulier sera fait sur l’apport des végétaux terrestres et aquatiques en phytoremédiation ainsi que sur le rôle des micro-organismes (bactéries, champignons) dans les mécanismes de biodégradation, biotransformation ou bioséquestration. Cette UE sera illustrée à travers différentes études de cas au travers desquelles seront abordés des exemples de pollution chronique et aigues/accidentelles de l’eau, de l’air et du sol. Il sera notamment question du traitement des pollutions liées aux industries minières, pétrolières, plastiques et phyto-pharmaceutiques ainsi que du traitement des effluents liquides (eaux usées, effluents industriels). Une sortie terrain à Saint-Laurent-Le-Minier viendra illustrer un projet actuel de phytorémédiation d’un ancien site minier.

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L’objectif de cette UE sont de montrer que la diversité biologique est fonctionnelle :

1) pour différents groupes d’organismes: plantes, insectes, organismes aquatiques, vertébrés, et

2) à différentes échelles d’organisation (des organismes à l’écosystème). Les enseignements visent à expliquer comment aborder cette facette fonctionnelle de la diversité pour les 10+ millions d’organismes présents à la surface de la planète, en prenant des exemples dans des milieux très ou peu anthropisés.

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1. Bayesian inference: Motivation and simple example. 

2. The likelihood. 

3. A detour to explore priors. 

4. Markov chains Monte Carlo methods (MCMC)

5. Bayesian analyses in R with the Jags software.  

6. Contrast scientific hypotheses with model selection (WAIC).

7. Heterogeneity and multilevel models (aka mixed models. 

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Le module vise à fournir des connaissances théoriques et pratiques d'analyses statistiques de contraintes spatiales et temporelles : classification et ordination sous contraintes, 'méthodes d'ordinations à 2 tableaux et tests stats : analyses canoniques (AFD, CCA, RDA, CAP), 'tests statistiques sur matrices de distance, comparaison de matrices (PERMANOVA, Mantel, Procrustes)

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Les cours présentent 4 aspects de la Biologie de la Conservation en s’appuyant sur la recherche scientifique actuellement menée dans cette discipline:  

1. Introduction à la conservation de la biodiversité(BC) : définition de Biologie de la conservation.  Pourquoi conserver la biodiversité ?  Quels sont les principaux acteurs de la BC et le rôle de la science dans la BC. 
2. La conservation des espèces : Quelles sont les espèces prioritaires ? Comment conserver les espèces ? Comment savoir si une espèce est "bien conservée" ? 
3. La conservation des espaces: Quels sont les espaces prioritaires ? Comment conserver les espaces ? 
4. La conservation fonctionne-t-elle ?Importance de l’acceptabilité sociale et de l’engagement politique. Besoin d’indicateurs de la biodiversité et de mesurer l'impact de la conservation. 

Les étudiant.e.s réalisent également un travail de groupe dans lequel ils/elles présentent un projet de BC, autour des questions : pourquoi, quoi, où, comment, combien il coûte et comment savoir s'il est efficace ? 

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Cette UE a pour buts d’approfondir les concepts-clés ayant trait aux changements climatiques, d’illustrer des notions importantes en écologie et évolution à la lumière des changements climatiques, dans de nombreux écosystèmes différents, et de réaliser une synthèse des différentes questions et enjeux scientifiques et sociétaux que posent les CC.

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"Le contenu de cette UE est composé de 3 volets principaux I - Caractérisation physique et cycles biogéochimiques des écosystèmes marins côtiers II – Biodiversité et fonctionnement des écosystèmes marins côtiers III Droit du littoral et de la mer ; Usages, conflits et gestion intégrée de la zone côtière. Cette UE propose aux étudiants une approche systémique de l’étude des écosystèmes marins côtiers selon une optique très pluridisciplinaire. La structure physique de ces écosystèmes sera abordée à travers des cours sur leur géomorphologie et hydrologie avec notamment un intérêt aux couplages hydriques avec la mer ouverte et leurs bassins versants. Leur biogéochimie sera abordé notamment pour décrire les flux de carbone et de nutriments à travers les compartiments eau et sédiment. Plusieurs aspects de leur biodiversité seront illustrés pour décrire l’importance de ces écosystèmes comme milieu de vie pour les espèces inféodées et notamment sera abordé le rôle de cette biodiversité dans leur fonctionnement. La zone côtière est densément peuplée par l’homme (40 % de la population mondiale). Un intérêt particulier sera porté aux usages humains (par exemple l’aquaculture) et leur planification territoriale et notamment l’évaluation de leur services écosystémiques dans un contexte économique, les mesures de gestion et de protection (par exemple Aires Marines Protégés, Natura 2000)  et les professionnels de la gestion de ces milieux présentent des retours d’expériences concrètes. Finalement, les implications du droit de la mer pour la gestion de la zone littorale et côtière seront enseignées. "

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Le module présente des enseignements autour de l'identification, la quantification et la modélisation des interactions entre le climat, les espèces marines et leur exploitation.

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L’Ecologie comportementale aborde l'étude du comportement à partir d'une approche évolutive pour en étudier les mécanismes, la fonction et la contribution des comportements aux processus évolutifs et écologiques. Les travaux menés en Ecologie comportementale aident à comprendre d'autres phénomènes observés dans les autres disciplines de la biologie du vivant, car tous les animaux, des unicellulaires aux vertèbres les plus complexes, montrent des comportements.

Le module permet aux étudiants d’être exposés aux différents concepts de base, ainsi qu’à la multitude d’outils susceptibles d’être utilisés (observations et expérimentation en populations naturelles ou sur individus captifs, analyses comparatives, utilisation d’outils de la modélisation, l’écophysiologie, la biologie moléculaire, la biochimie, l’électronique embarquée…). Une part de la formation repose sur des discussions spécifiques sur les démarches de recherche susceptibles d’être employées, les outils utilisés et les limites des inférences qui peuvent être faites. Une participation active des étudiants sera demandée à ces différents niveaux, notamment via des discussions critiques d’articles.

Les thématiques abordées vont de l’exploration des stratégies d’approvisionnement alimentaire, de choix de partenaire, de choix d’habitat, d’investissement dans la reproduction, à l’étude de la communication animale et du pourquoi de la vie en groupe. La dimension historique de la discipline est abordée à l’occasion de l’introduction, mais aussi en fonction de la sensibilité des intervenants et des thématiques abordées (signification et relations entre ‘Animal Behaviour’, ‘Ethology’, Behavioral Ecology etc…).

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L’objectif de cet enseignement résolument transdisciplinaire est de fournir les compétences utiles à une gestion efficace et une exploitation pertinente de données d’origine et de nature variées, et en particulier à composante spatiale. L’UE est constituée de trois axes complémentaires successifs. Le premier aborde les enjeux inhérents à la compilation de données et les solutions apportées par les systèmes de gestion de bases de données (SGBD) : de la conception de bases aux requêtes. Le second porte sur les systèmes d’information géographique (SIG) : de la représentation cartographique au géotraitement. Le troisième axe enfin présente la diversité des outils d’analyse spatiale permettant d’exploiter quantitativement les données spatiales, qu’il s’agisse de métriques ou de tests statistiques.

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L’objectif pédagogique de cette UE est de repositionner les grands types de sol à l’échelle de la planète, d’expliquer leur formation et d’identifier les phases minérales ou les facteurs abiotiques principaux susceptibles de réguler l’activité biologique des sols. A partir de cette analyse, les différents organismes du sol (micro-organismes, micro, méso et macrofaune) seront présentés ainsi que leurs relations afin de repositionner le cycle de la matière organique et des éléments minéraux dans le sol à différentes échelles temporelles et spatiales. Les notions de recyclage, de bouclage des cycles biogéochimiques et de règles d’assemblages des communautés seront également abordées. L’organisation de cette UE repose sur des cours et conférence ainsi que sur des TD et TP de terrain.

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L’écophysiologie est une discipline à l’interface entre la biologie des organismes et l’écologie. L’écophysiologie intégrative se focalise plus particulièrement sur la question du changement d’échelle. En d’autres termes, cette UE a pour objectif d’illustrer comment l’étude des mécanismes d’acclimatation/adaptation à l’échelle individuelle (voire sub-individuelle) permet d’expliquer la structure des populations, la distribution des espèces et le fonctionnement des écosystèmes. Les réponses des organismes et populations aux principaux paramètres abiotiques structurants (tels que la température, la salinité, la disponibilité en oxygène, les polluants) seront considérées ainsi que leurs effets interactifs. Le rôle des interactions entre les organismes sera également abordé. Dans cette UE, les animaux, les végétaux et les micro-organismes seront considérés et différents types d’approches seront illustrés : observations sur le terrain, expérimentation in situ ou en laboratoire.

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Cet enseignement a pour objectif essentiel de fournir l’ensemble des compétences nécessaires à la compréhension et à l’utilisation des concepts et méthodes sur lesquelles repose l'étude quantitative des phénomènes populationnels. Les principales méthodes d'analyse et de modélisation de ces phénomènes seront abordées tant d'un point de vue théorique (calculs formels) que pratique (statistiques, simulations), au moyen d'exemples explorant les différentes échelles phylogénétiques (dynamique microbienne, espèces invasives, démographie humaine), spatiale (du local au global) et temporelle (régimes transitoire et permanent, couplage éco-évolutif), avec une attention particulière portée à l'hétérogénéité (spatiale, génétique ou phénotypique) et au hasard (stochasticité, incertitudes) caractéristiques des populations ou inhérent à leur étude.

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Cette UE vise à mieux connaitre les principaux types de polluants (organiques vs. minéraux), leur(s) source(s), leur devenir dans l’environnement et la manière dont ils interagissent avec le vivant (bioaccumulation, biotransformation, effets). Les méthodes utilisées en dépollution et en bioremédiation seront abordées. Un focus particulier sera fait sur l’apport des végétaux terrestres et aquatiques en phytoremédiation ainsi que sur le rôle des micro-organismes (bactéries, champignons) dans les mécanismes de biodégradation, biotransformation ou bioséquestration. Cette UE sera illustrée à travers différentes études de cas au travers desquelles seront abordés des exemples de pollution chronique et aigues/accidentelles de l’eau, de l’air et du sol. Il sera notamment question du traitement des pollutions liées aux industries minières, pétrolières, plastiques et phyto-pharmaceutiques ainsi que du traitement des effluents liquides (eaux usées, effluents industriels). Une sortie terrain à Saint-Laurent-Le-Minier viendra illustrer un projet actuel de phytorémédiation d’un ancien site minier.

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L’objectif de cette UE sont de montrer que la diversité biologique est fonctionnelle :

1) pour différents groupes d’organismes: plantes, insectes, organismes aquatiques, vertébrés, et

2) à différentes échelles d’organisation (des organismes à l’écosystème). Les enseignements visent à expliquer comment aborder cette facette fonctionnelle de la diversité pour les 10+ millions d’organismes présents à la surface de la planète, en prenant des exemples dans des milieux très ou peu anthropisés.

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L’objectif de cet enseignement résolument transdisciplinaire est de fournir les compétences utiles à une gestion efficace et une exploitation pertinente de données d’origine et de nature variées, et en particulier à composante spatiale. L’UE est constituée de trois axes complémentaires successifs. Le premier aborde les enjeux inhérents à la compilation de données et les solutions apportées par les systèmes de gestion de bases de données (SGBD) : de la conception de bases aux requêtes. Le second porte sur les systèmes d’information géographique (SIG) : de la représentation cartographique au géotraitement. Le troisième axe enfin présente la diversité des outils d’analyse spatiale permettant d’exploiter quantitativement les données spatiales, qu’il s’agisse de métriques ou de tests statistiques.

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1. Bayesian inference: Motivation and simple example. 

2. The likelihood. 

3. A detour to explore priors. 

4. Markov chains Monte Carlo methods (MCMC)

5. Bayesian analyses in R with the Jags software.  

6. Contrast scientific hypotheses with model selection (WAIC).

7. Heterogeneity and multilevel models (aka mixed models. 

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Le module vise à fournir des connaissances théoriques et pratiques d'analyses statistiques de contraintes spatiales et temporelles : classification et ordination sous contraintes, 'méthodes d'ordinations à 2 tableaux et tests stats : analyses canoniques (AFD, CCA, RDA, CAP), 'tests statistiques sur matrices de distance, comparaison de matrices (PERMANOVA, Mantel, Procrustes)

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Les cours présentent 4 aspects de la Biologie de la Conservation en s’appuyant sur la recherche scientifique actuellement menée dans cette discipline:  

1. Introduction à la conservation de la biodiversité(BC) : définition de Biologie de la conservation.  Pourquoi conserver la biodiversité ?  Quels sont les principaux acteurs de la BC et le rôle de la science dans la BC. 
2. La conservation des espèces : Quelles sont les espèces prioritaires ? Comment conserver les espèces ? Comment savoir si une espèce est "bien conservée" ? 
3. La conservation des espaces: Quels sont les espaces prioritaires ? Comment conserver les espaces ? 
4. La conservation fonctionne-t-elle ?Importance de l’acceptabilité sociale et de l’engagement politique. Besoin d’indicateurs de la biodiversité et de mesurer l'impact de la conservation. 

Les étudiant.e.s réalisent également un travail de groupe dans lequel ils/elles présentent un projet de BC, autour des questions : pourquoi, quoi, où, comment, combien il coûte et comment savoir s'il est efficace ? 

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Cette UE a pour buts d’approfondir les concepts-clés ayant trait aux changements climatiques, d’illustrer des notions importantes en écologie et évolution à la lumière des changements climatiques, dans de nombreux écosystèmes différents, et de réaliser une synthèse des différentes questions et enjeux scientifiques et sociétaux que posent les CC.

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"Le contenu de cette UE est composé de 3 volets principaux I - Caractérisation physique et cycles biogéochimiques des écosystèmes marins côtiers II – Biodiversité et fonctionnement des écosystèmes marins côtiers III Droit du littoral et de la mer ; Usages, conflits et gestion intégrée de la zone côtière. Cette UE propose aux étudiants une approche systémique de l’étude des écosystèmes marins côtiers selon une optique très pluridisciplinaire. La structure physique de ces écosystèmes sera abordée à travers des cours sur leur géomorphologie et hydrologie avec notamment un intérêt aux couplages hydriques avec la mer ouverte et leurs bassins versants. Leur biogéochimie sera abordé notamment pour décrire les flux de carbone et de nutriments à travers les compartiments eau et sédiment. Plusieurs aspects de leur biodiversité seront illustrés pour décrire l’importance de ces écosystèmes comme milieu de vie pour les espèces inféodées et notamment sera abordé le rôle de cette biodiversité dans leur fonctionnement. La zone côtière est densément peuplée par l’homme (40 % de la population mondiale). Un intérêt particulier sera porté aux usages humains (par exemple l’aquaculture) et leur planification territoriale et notamment l’évaluation de leur services écosystémiques dans un contexte économique, les mesures de gestion et de protection (par exemple Aires Marines Protégés, Natura 2000)  et les professionnels de la gestion de ces milieux présentent des retours d’expériences concrètes. Finalement, les implications du droit de la mer pour la gestion de la zone littorale et côtière seront enseignées. "

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Le module présente des enseignements autour de l'identification, la quantification et la modélisation des interactions entre le climat, les espèces marines et leur exploitation.

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L’Ecologie comportementale aborde l'étude du comportement à partir d'une approche évolutive pour en étudier les mécanismes, la fonction et la contribution des comportements aux processus évolutifs et écologiques. Les travaux menés en Ecologie comportementale aident à comprendre d'autres phénomènes observés dans les autres disciplines de la biologie du vivant, car tous les animaux, des unicellulaires aux vertèbres les plus complexes, montrent des comportements.

Le module permet aux étudiants d’être exposés aux différents concepts de base, ainsi qu’à la multitude d’outils susceptibles d’être utilisés (observations et expérimentation en populations naturelles ou sur individus captifs, analyses comparatives, utilisation d’outils de la modélisation, l’écophysiologie, la biologie moléculaire, la biochimie, l’électronique embarquée…). Une part de la formation repose sur des discussions spécifiques sur les démarches de recherche susceptibles d’être employées, les outils utilisés et les limites des inférences qui peuvent être faites. Une participation active des étudiants sera demandée à ces différents niveaux, notamment via des discussions critiques d’articles.

Les thématiques abordées vont de l’exploration des stratégies d’approvisionnement alimentaire, de choix de partenaire, de choix d’habitat, d’investissement dans la reproduction, à l’étude de la communication animale et du pourquoi de la vie en groupe. La dimension historique de la discipline est abordée à l’occasion de l’introduction, mais aussi en fonction de la sensibilité des intervenants et des thématiques abordées (signification et relations entre ‘Animal Behaviour’, ‘Ethology’, Behavioral Ecology etc…).

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1. Bayesian inference: Motivation and simple example. 

2. The likelihood. 

3. A detour to explore priors. 

4. Markov chains Monte Carlo methods (MCMC)

5. Bayesian analyses in R with the Jags software.  

6. Contrast scientific hypotheses with model selection (WAIC).

7. Heterogeneity and multilevel models (aka mixed models. 

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Le module vise à fournir des connaissances théoriques et pratiques d'analyses statistiques de contraintes spatiales et temporelles : classification et ordination sous contraintes, 'méthodes d'ordinations à 2 tableaux et tests stats : analyses canoniques (AFD, CCA, RDA, CAP), 'tests statistiques sur matrices de distance, comparaison de matrices (PERMANOVA, Mantel, Procrustes)

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Les cours présentent 4 aspects de la Biologie de la Conservation en s’appuyant sur la recherche scientifique actuellement menée dans cette discipline:  

1. Introduction à la conservation de la biodiversité(BC) : définition de Biologie de la conservation.  Pourquoi conserver la biodiversité ?  Quels sont les principaux acteurs de la BC et le rôle de la science dans la BC. 
2. La conservation des espèces : Quelles sont les espèces prioritaires ? Comment conserver les espèces ? Comment savoir si une espèce est "bien conservée" ? 
3. La conservation des espaces: Quels sont les espaces prioritaires ? Comment conserver les espaces ? 
4. La conservation fonctionne-t-elle ?Importance de l’acceptabilité sociale et de l’engagement politique. Besoin d’indicateurs de la biodiversité et de mesurer l'impact de la conservation. 

Les étudiant.e.s réalisent également un travail de groupe dans lequel ils/elles présentent un projet de BC, autour des questions : pourquoi, quoi, où, comment, combien il coûte et comment savoir s'il est efficace ? 

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Cette UE a pour buts d’approfondir les concepts-clés ayant trait aux changements climatiques, d’illustrer des notions importantes en écologie et évolution à la lumière des changements climatiques, dans de nombreux écosystèmes différents, et de réaliser une synthèse des différentes questions et enjeux scientifiques et sociétaux que posent les CC.

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"Le contenu de cette UE est composé de 3 volets principaux I - Caractérisation physique et cycles biogéochimiques des écosystèmes marins côtiers II – Biodiversité et fonctionnement des écosystèmes marins côtiers III Droit du littoral et de la mer ; Usages, conflits et gestion intégrée de la zone côtière. Cette UE propose aux étudiants une approche systémique de l’étude des écosystèmes marins côtiers selon une optique très pluridisciplinaire. La structure physique de ces écosystèmes sera abordée à travers des cours sur leur géomorphologie et hydrologie avec notamment un intérêt aux couplages hydriques avec la mer ouverte et leurs bassins versants. Leur biogéochimie sera abordé notamment pour décrire les flux de carbone et de nutriments à travers les compartiments eau et sédiment. Plusieurs aspects de leur biodiversité seront illustrés pour décrire l’importance de ces écosystèmes comme milieu de vie pour les espèces inféodées et notamment sera abordé le rôle de cette biodiversité dans leur fonctionnement. La zone côtière est densément peuplée par l’homme (40 % de la population mondiale). Un intérêt particulier sera porté aux usages humains (par exemple l’aquaculture) et leur planification territoriale et notamment l’évaluation de leur services écosystémiques dans un contexte économique, les mesures de gestion et de protection (par exemple Aires Marines Protégés, Natura 2000)  et les professionnels de la gestion de ces milieux présentent des retours d’expériences concrètes. Finalement, les implications du droit de la mer pour la gestion de la zone littorale et côtière seront enseignées. "

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Le module présente des enseignements autour de l'identification, la quantification et la modélisation des interactions entre le climat, les espèces marines et leur exploitation.

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L’Ecologie comportementale aborde l'étude du comportement à partir d'une approche évolutive pour en étudier les mécanismes, la fonction et la contribution des comportements aux processus évolutifs et écologiques. Les travaux menés en Ecologie comportementale aident à comprendre d'autres phénomènes observés dans les autres disciplines de la biologie du vivant, car tous les animaux, des unicellulaires aux vertèbres les plus complexes, montrent des comportements.

Le module permet aux étudiants d’être exposés aux différents concepts de base, ainsi qu’à la multitude d’outils susceptibles d’être utilisés (observations et expérimentation en populations naturelles ou sur individus captifs, analyses comparatives, utilisation d’outils de la modélisation, l’écophysiologie, la biologie moléculaire, la biochimie, l’électronique embarquée…). Une part de la formation repose sur des discussions spécifiques sur les démarches de recherche susceptibles d’être employées, les outils utilisés et les limites des inférences qui peuvent être faites. Une participation active des étudiants sera demandée à ces différents niveaux, notamment via des discussions critiques d’articles.

Les thématiques abordées vont de l’exploration des stratégies d’approvisionnement alimentaire, de choix de partenaire, de choix d’habitat, d’investissement dans la reproduction, à l’étude de la communication animale et du pourquoi de la vie en groupe. La dimension historique de la discipline est abordée à l’occasion de l’introduction, mais aussi en fonction de la sensibilité des intervenants et des thématiques abordées (signification et relations entre ‘Animal Behaviour’, ‘Ethology’, Behavioral Ecology etc…).

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L'objectif est de maîtriser la modélisation et l'analyse statistique de données d'écosystèmes. Les étudiants devront être capables de modéliser des systèmes complexes (plante d'un écosystème cultivé, dynamique des populations, écosystème lacustre par exemple). Ils devront également savoir quel type de modèle statistique utiliser pour le traitement de données écologiques, et comment l'interpréter.

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L’objectif de cette UE est d’accompagner l’étudiant dans la construction de son projet professionnel et sa recherche de stage, tout en commençant à préparer son intégration dans la vie professionnelle par une vision à la fois exhaustive et personnelle des parcours professionnels possibles.

Concrètement, des séances de rencontres avec différents intervenants permettent de présenter la thèse de doctorat (présentation de l’école doctorale GAIA, interventions d’étudiants en thèse) et le tissu professionnel ciblé par les différents parcours (métiers de la recherche et secteur non-académique). Des activités propres à chaque parcours permettent ensuite de mieux cibler les domaines scientifiques les plus en lien avec les projets professionnels des étudiants. Enfin des séances de TD sont destinées à préparer les étudiants à l’exercice de rédaction d’articles scientifiques en langue anglaise.

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Cette UE aborde les questionnements autour de la gestion des écosystèmes sous l’angle des sciences sociales, et plus particulièrement des « sciences studies ». Elle vise à contribuer à développer une culture générale en lien avec les rapports sciences écologiques –sociétés, et à outiller les participants pour l’analyse des enjeux sociaux et des controverses socioscientifiques sous-jacentes. Une première partie de l’UE apporte un cadrage conceptuel et méthodologique nécessaire à l’exposé d’un outil réflexif d’analyse des jeux d’acteurs et d’arguments (épistémologiques, axiologiques) intervenant dans les controverses socioscientifiques, et illustre cet outil sur des exemples actuels. Par la suite, des interventions thématiques de chercheur.e.s en écologie illustrent une diversité d’enjeux autour des sciences écologiques, et servent de base à l’application et l’acquisition par les étudiants de l’outil réflexif d’analyse. Les étudiants sont ainsi évalués sur leur capacité à mobiliser ce cadre d’analyse pour se positionner de manière individuelle et argumentée dans les controverses en lien avec les sciences écologiques.

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L’objectif de cette UE est d’accompagner les étudiants dans la finalisation de leurs projets professionnels et la préparation de l’après-master.

L’UE s’organise à l’échelle du parcours, avec des séances de discussion régulière entre l’équipe pédagogique et les étudiants.

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Le stage individuel de M2 est d’une durée d’environ 5 à 6 mois, et doit se réaliser, suivant le parcours concerné,  dans un laboratoire de recherche ou une structure du secteur non-académique. Il permet à l’étudiant d’acquérir une expérience professionnelle approfondie dans le domaine de la biodiversité, de l’évolution ou de l’écologie. Il peut s’effectuer dans une structure locale, nationale, ou internationale, sur un sujet validé par l’équipe pédagogique de façon à cadrer avec les objectifs propre au parcours suivi par l’étudiant.

Évaluation : Le stage est évalué à l’occasion d’une soutenance publique devant un jury au cours de laquelle sont évalués le contenu du mémoire et la qualité des réponses aux questions du jury. Le comportement et le dynamisme de l'étudiant lors du stage sont évalués par le maitre de stage.

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