Bioinformatique, connaissances, données (BCD)
Présentation
Objectifs
L'objectif du parcours BCD est de permettre à des étudiants issus des licences sciences et numériques (informatique, mathématique, ...), STAPS/Santé ou biologie de pouvoir acquérir les compétences liées à la bioinformatique comme aux systèmes d'information en santé, que ce soit du coté analyse des données du domaine, ou du coté intégration et gestion de ces données. Plus précisément :
L'
objectif scientifique
du parcours est de former des scientifiques pluri-disciplinaires ayant des compétences approfondies en analyse (statistique, traitements algorithmiques, fouille) de données bioinformatiques (séquences, données génomiques, transcriptomiques, protéomiques, ..., structures, données d'expression, ...), en conception d'outils, de banques de données et de systèmes d'information pour ce type de données. Les professionnels formés acquièrent aussi une connaissance pratique du milieu médical tout en ayant une vision claire des enjeux en biologie-santé.
L'
objectif professionnel
est de former des cadres qui exerceront le métier de bioinformaticien dans des équipes de R&D d'entreprises (domaine pharmaceutique de type Big Pharma ou start-up), dans des équipes de laboratoires (instituts de recherche, EPST), ou pourront intégrer des Sociétés de Service en Informatique (SSII) pour la production d’outils logiciels dédiés.
Les professionnels formés seront capables de remplir de multiples missions :
- Développer des outils logiciels destinés à visualiser, filtrer ou extraire des connaissances des masses de données en usage dans le domaine, et dont le volume s’accroît régulièrement en raison des progrès en biotechnologie (séquençage 454, etc) ;
- Analyser les données par des méthodes algorithmiques et statistiques reposant si besoin est sur une modélisation probabiliste des phénomènes du Vivant ;
- Assurer la maîtrise d’œuvre de banques et entrepôts de données génomiques et moléculaires, de systèmes d’information intégrant des données de natures hétérogènes, tout en mettant en place des moyens d’accès adéquats (interfaces web, LIMS, ...).
Les emplois types vont de l’ingénieur R&D au chef de projet en passant par la maîtrise d’œuvre pour des organismes de Santé.
Savoir faire et compétences
L'objectif du parcours BCD est de permettre à des étudiants issus des licences sciences et numériques (informatique, mathématique, ...), STAPS/Santé ou biologie de pouvoir acquérir les compétences liées à la bioinformatique comme aux systèmes d'information en santé, que ce soit du coté analyse des données du domaine, ou du coté intégration et gestion de ces données. Plus précisément :
L'
objectif scientifique
du parcours est de former des scientifiques pluri-disciplinaires ayant des compétences approfondies en analyse (statistique, traitements algorithmiques, fouille) de données bioinformatiques (séquences, données génomiques, transcriptomiques, protéomiques, ..., structures, données d'expression, ...), en conception d'outils, de banques de données et de systèmes d'information pour ce type de données. Les professionnels formés acquièrent aussi une connaissance pratique du milieu médical tout en ayant une vision claire des enjeux en biologie-santé.
L'
objectif professionnel
est de former des cadres qui exerceront le métier de bioinformaticien dans des équipes de R&D d'entreprises (domaine pharmaceutique de type Big Pharma ou start-up), dans des équipes de laboratoires (instituts de recherche, EPST), ou pourront intégrer des Sociétés de Service en Informatique (SSII) pour la production d’outils logiciels dédiés.
Les professionnels formés seront capables de remplir de multiples missions :
- Développer des outils logiciels destinés à visualiser, filtrer ou extraire des connaissances des masses de données en usage dans le domaine, et dont le volume s’accroît régulièrement en raison des progrès en biotechnologie (séquençage 454, etc) ;
- Analyser les données par des méthodes algorithmiques et statistiques reposant si besoin est sur une modélisation probabiliste des phénomènes du Vivant ;
- Assurer la maîtrise d’œuvre de banques et entrepôts de données génomiques et moléculaires, de systèmes d’information intégrant des données de natures hétérogènes, tout en mettant en place des moyens d’accès adéquats (interfaces web, LIMS, ...).
Les emplois types vont de l’ingénieur R&D au chef de projet en passant par la maîtrise d’œuvre pour des organismes de Santé.
Contenu
Organisation de la formation
- M1 - Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD)
- M1S1 - Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD)
- UE CHOIX Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD)
- UE CHOIX Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD)
1 option(s) au choix parmi 1 - UE CHOIX Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD)
1 option(s) au choix parmi 1 - UE CHOIX Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD)
- Structures et problématique de Santé (5 crédits ECTS)
- Projet M1 BCD (5 crédits ECTS)
- Conférences médecine &TIC (2.5 crédits ECTS)
- Données et Orga en Santé (2.5 crédits ECTS)
- M1S2 - Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD)
- M1S1 - Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD)
- M2 - Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD)
- M2S3 - Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD) - profil Formation continue
- Programmation (5 crédits ECTS)
- Système d'information et bases données (5 crédits ECTS)
- Système (5 crédits ECTS)
- Prolégomènes algorithmiques
- UE CHOIX Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD)
- Technologies du Web (5 crédits ECTS)
- Complexité algorithmique (5 crédits ECTS)
- Théorie de l'information (5 crédits ECTS)
- Méthodes et algorithmique probabilistes (5 crédits ECTS)
- E-applications (5 crédits ECTS)
- Nouvelles approches pour la persistance des données (5 crédits ECTS)
- Gestion des connaissances pour l'aide à la décision (5 crédits ECTS)
- Imagerie médicale et 3D (5 crédits ECTS)
- Jeux sérieux (5 crédits ECTS)
- Logiciel embarqué (5 crédits ECTS)
- Fouille de données (5 crédits ECTS)
- Programmation avancée (5 crédits ECTS)
- Administration de bases de données (5 crédits ECTS)
- Algorithmique et complexité (5 crédits ECTS)
- Optimisation combinatoire (5 crédits ECTS)
- Graphes, algorithmique et complexité (5 crédits ECTS)
- UE CHOIX Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD)
- Aspects technologiques du recueil données -omiques (2.5 crédits ECTS)
- Modèle linéaire général (2.5 crédits ECTS)
- Structures de molécules (2.5 crédits ECTS)
- Omique (2.5 crédits ECTS)
- Modélisation Informatique pour les médicaments (2.5 crédits ECTS)
- Analyse du protéome et de l'interactome (2.5 crédits ECTS)
2 option(s) au choix parmi 2 - Math/Stat/Analyse de Données (5 crédits ECTS)
- Eléments de biologie des systèmes (5 crédits ECTS)
- Algorithmique et optimisation pour la bioinformatique avanc. (5 crédits ECTS)
1 option(s) au choix parmi 1 - Projet M2 BCD (5 crédits ECTS)
- Tests statistiques pour la Bioinformatique (5 crédits ECTS)
- M2S3 - Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD) - profil Formation initiale
- UE CHOIX Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD)
- UE CHOIX Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD)
- Technologies du Web (5 crédits ECTS)
- Complexité algorithmique (5 crédits ECTS)
- Théorie de l'information (5 crédits ECTS)
- Méthodes et algorithmique probabilistes (5 crédits ECTS)
- E-applications (5 crédits ECTS)
- Nouvelles approches pour la persistance des données (5 crédits ECTS)
- Gestion des connaissances pour l'aide à la décision (5 crédits ECTS)
- Imagerie médicale et 3D (5 crédits ECTS)
- Jeux sérieux (5 crédits ECTS)
- Logiciel embarqué (5 crédits ECTS)
- Technologies avancées du web (5 crédits ECTS)
- Fouille de données (5 crédits ECTS)
- Programmation avancée (5 crédits ECTS)
- Administration de bases de données (5 crédits ECTS)
- Algorithmique et complexité (5 crédits ECTS)
- Optimisation combinatoire (5 crédits ECTS)
- Graphes, algorithmique et complexité (5 crédits ECTS)
- Math/Stat/Analyse de Données (5 crédits ECTS)
1 option(s) au choix parmi 1 - UE CHOIX Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD)
- Eléments de biologie des systèmes (5 crédits ECTS)
- Projet M2 BCD (5 crédits ECTS)
- Tests statistiques pour la Bioinformatique (5 crédits ECTS)
- Modélisation des interactions médicaments et cibles thérapeu (2.5 crédits ECTS)
- M2S3 - Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD) - profil Bi-diplomation
- M2S4 - Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD) profil Formation continue
- Analyse et conduite de projet (5 crédits ECTS)
- UE CHOIX SN BCD
- Développement logiciel pour mobiles (5 crédits ECTS)
- Ingénierie des connaissances (5 crédits ECTS)
- Analyse et traitemen des images (5 crédits ECTS)
- Structures de données (5 crédits ECTS)
- Methodes science données (5 crédits ECTS)
- Système d'information en Santé (5 crédits ECTS)
- Télémédecine (5 crédits ECTS)
- Introduction aux entreprises / à la recherche (5 crédits ECTS)
1 option(s) au choix parmi 1 - Info. Biologique & Outils bioinformatiques (5 crédits ECTS)
- Introduction Algorithmique pour la bioinformatique (5 crédits ECTS)
- Alignement et phylogénie (5 crédits ECTS)
- Stage court BCD (5 crédits ECTS)
- M2S4 - Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD) profil Formation initiale / Bi-diplomation
- M2S3 - Bioinformatique, Connaissances, Données (BCD) - profil Formation continue