Composante
Faculté des Sciences
Liste des enseignements
Au choix : 1 parmi 5
Profil CPES SV S5 profil Microbiologie
Profil CPES SV S5 profil Biologie des plantes
Développement des plantes
7 créditsTechniques de communication et Anglais Scientifique
4 créditsBioInformatique appliquée à la biologie des plantes
3 créditsBiologie Moléculaire
5 créditsGénétique fonctionnelle
5 crédits
Profil CPES SV S5 profil Biologie cellulaire biochimie
Biochimie Structurale
4 créditsEnzymologie
5 créditsTechniques de communication et Anglais Scientifique
4 créditsBiologie Moléculaire
5 créditsGénétique fonctionnelle
5 créditsMétabolisme Cellulaire Intégré
5 crédits
Profil CPES SV S5 profil Biologie écologie
Projets tuteurés S5
4 créditsEcologie évolutive
4 créditsBases génétiques de l'évolution
4 créditsMicroorganismes
4 créditsDiversité et évolution des métazoaires actuels et passés N3
4 créditsModélisation des données biologiques
4 créditsAnglais S5
2 crédits
Profil CPES SV S5 profil Physiologie neurosciences
Techniques de communication et Anglais Scientifique
4 créditsTravaux Pratiques de Physiologie Animale
4 créditsImmunologie (de la réponse aux infect° aux maladies auto-im)
4 créditsNeurobiologie Intégrée et Cognition
4 créditsNeurobiologie et Neurophysiologie Cellulaire
4 créditsPhysiologie Cardiaque
4 crédits
Profil CPES SV S5 profil Microbiologie
Composante
Faculté des Sciences
Approche pratique de la Biodiversité bactérienne
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE de travaux pratiques vise à mettre en application les connaissances des étudiants en microbiologie et biologie moléculaire afin d’identifier des bactéries de l’environnement.
L’analyse quantitative et qualitative de la population bactérienne présente dans un échantillon de terre se fera classiquement en identifiant les espèces par les moyens de la bactériologie classique par étapes successives : 1) isolement de la flore bactérienne ; 2) diagnostic de famille et de genre à l’aide de milieux et tests conventionnels ; 3) diagnostic de l’espèce à l’aide de galeries API System.
Les techniques de la biologie moléculaire permettent désormais d’identifier les bactéries présentes dans un échantillon sans avoir besoin de recourir à leur culture. Cette approche nécessite l’accès à une plateforme de séquençage et sera également réalisée en Travaux Pratiques, ce qui permettra de comparer les deux approches. Les résultats de séquençage obtenus permettront une analyse bioinformatique du gène rrsA spécifiant l’ARN16S des bactéries isolées.
Techniques de communication et Anglais Scientifique
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cet UE décrit la méthodologie suivie par les chercheurs en sciences de la vie afin de communiquer les résultats de leurs expériences, autant à l’écrit qu’à l’oral. L’anglais étant la langue commune des chercheurs internationaux, une grande partie de ce cours est enseigné dans cette langue.
La communication écrite est traitée à travers l’étude de la structuration (macro) d’un article de recherche ainsi que par une étude du processus de publication dans les journaux scientifiques. Plusieurs éléments de la structuration écrite (micro) sont examinés afin de comprendre les différences entre l’anglais scientifique et l’anglais littéraire : clarté, cohésion, cohérence.
Ces études sont complétées par un projet tuteuré durant le semestre pendant lequel les étudiants sont amenés à analyser un article de recherche récemment publié dans la littérature scientifique et de le retranscrire sous forme de présentation orale (conférence) en anglais.
Immunologie (de la réponse aux infect° aux maladies auto-im)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette EU se place comme la suite logique de l’UE de S4 (Base de la physiologie et de l’immunologie) et se propose d’approfondir les connaissances en immunologie fondamentale, appliquée et clinique. Nous aborderons aussi les notions d’immunologie « non conventionnelles » et nous développerons les stratégies d’immunothérapies innovantes. Cette UE abordera l’ensemble des thématiques liée à l’immunologie moderne et sera fortement orienté vers les aspects cliniques de cette discipline.
Mots clés
Immunologie fondamentale, Immunité anti infectieuse, Immunothérapie, vaccination, Auto-immunité, Déficits immunitaires, Immunité anti cancéreuse, Immunité non conventionnelle
Biologie Moléculaire
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La biologie moléculaire est à la fois un fascinant sujet d'étude en soi, mais elle fournit également aux autres disciplines de la biologie (biologie cellulaire, génétique, physiologie...) des outils fantastiques de modification et de quantification des gènes et de leurs produits.
L'UE approfondit la connaissance des mécanismes de l'organisation, du maintien, de la réplication et de l'expression (transcription, modifications post-transcriptionnelles, traduction) des génomes eucaryotes.
En particulier, seront explorées les propriétés des macromolécules porteuses d'information (ADN, ARN, protéines), et comment les transactions entre elles expliquent le fonctionnement des cellules eucaryotes et leur adaptation à l'environnement et au développement des organismes.
En parallèle, les principales techniques permettant de suivre ou modifier l'expression des gènes, ou d'étudier les mécanismes de cette expression, seront exposées en cours et approfondies en TD par l'analyse de résultats.
Ainsi, les TD abordent ces sujets sous forme (1) d'exercices amenant les étudiants à vérifier leur compréhension des savoirs décrits plus haut, et (2) d'expériences extraites d'articles scientifiques à analyser. Ainsi, les bases du raisonnement scientifique, et de l'analyse critique de résultats seront acquises et / ou approfondies.
Microbiologie 3
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE vise à approfondir les connaissances en microbiologie pour les étudiants qui souhaitent poursuivre leurs études dans cette discipline.
Elle abordera la génétique moléculaire appliquée aux procaryotes (éléments génétiques mobiles et résistance, CRISPR, système à 2 composants, quorum sensing, transferts horizontaux…) et les spécificités du métabolisme bactérien.
Des bactéries à morphologie particulière seront présentées.
En virologie, la physiopathologie des infections virales, ainsi que la prévention et le contrôle des maladies virales seront présentés. Les mécanismes d'échappement au système immunitaire seront détaillés. Les mécanismes d'évolution des virus seront décrits et mis en relation avec l'émergence virale.
Le mode de vie parasitaire de certains microorganismes eucaryotes sera illustré par la description de leur développement intracellulaire obligatoire et les modifications de la cellule hôte induites par ces parasites.
L'UE abordera enfin la notion de microbiote et exposera les dernières données sur la nature du microbiote humain et son rôle sur la santé.
Profil CPES SV S5 profil Biologie des plantes
Composante
Faculté des Sciences
Développement des plantes
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
7 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est un module de spécialisation en Biologie Fonctionnelle des Plantes abordant les mécanismes à la base des grandes étapes de développement des plantes.
Elle s'appuie sur les connaissances provenant principalement de la plante modèle Arabidopsis thaliana et aborde d’un point de vue moléculaire, cellulaire et physiologique, les notions suivantes :
- Rôles et fonctionnement des principales phytohormones.
- Développement des gamètes mâles et femelles, fécondation.
- Développement de l’embryon, de la graine et du fruit.
- Fonctionnement des méristèmes racinaires et caulinaires (végétatif et floral).
- Architecture de la fleur.
- Mécanismes de développement adaptatif en réponse à des facteurs abiotiques : lumière, gravité, froid.
Certains aspects du développement seront également analysés dans une perspective évolutive en étudiant le rôle de gènes de développement dans la diversification et l’évolution de processus développementaux chez les plantes terrestres (évolution du système racinaire, de l'architecture florale, ...).
Techniques de communication et Anglais Scientifique
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cet UE décrit la méthodologie suivie par les chercheurs en sciences de la vie afin de communiquer les résultats de leurs expériences, autant à l’écrit qu’à l’oral. L’anglais étant la langue commune des chercheurs internationaux, une grande partie de ce cours est enseigné dans cette langue.
La communication écrite est traitée à travers l’étude de la structuration (macro) d’un article de recherche ainsi que par une étude du processus de publication dans les journaux scientifiques. Plusieurs éléments de la structuration écrite (micro) sont examinés afin de comprendre les différences entre l’anglais scientifique et l’anglais littéraire : clarté, cohésion, cohérence.
Ces études sont complétées par un projet tuteuré durant le semestre pendant lequel les étudiants sont amenés à analyser un article de recherche récemment publié dans la littérature scientifique et de le retranscrire sous forme de présentation orale (conférence) en anglais.
BioInformatique appliquée à la biologie des plantes
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La bioinformatique est une discipline au carrefour de l'informatique, des mathématiques et des sciences de la vie. Elle repose notamment sur l'utilisation et le développement d'outils informatiques permettant d'analyser des données biologiques massives. A terme ces mégadonnées peuvent être organisées au sein de base de données interrogeables en ligne pour qu'un utilisateur puisse extraire des données pertinentes à une problématique biologique.
L'Unité d’Enseignement « Bioinformatique appliquée à la biologie de la plantes » a pour but de sensibiliser les étudiants à l'utilisation de bases de données et de proposer une première approche de l’exploration de données au travers du logiciel R.
La quasi-totalité des enseignements se feront sous la forme de cas pratiques en salle informatique en sous-groupe d'étudiants.
Dans une première partie, les étudiants apprendront les rudiments du langage informatique R permettant d'organiser et nettoyer leurs données brutes afin de les rendre pleinement exploitables pour des analyses ultérieures. Puis, ils devront apprendre à proposer des représentations graphiques explicites à partir de données biologiques. Une attention particulière sera donnée à la rédaction de scripts réutilisables et au choix des graphiques associés aux calculs en fonction de la question biologique.
Dans une seconde partie, les étudiants exploiteront des bases de données généralistes comme NCBI ou exclusivement consacrées à la plante modèle Arabidopsis (TAIR) pour réaliser des fouilles de données.
Biologie Moléculaire
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La biologie moléculaire est à la fois un fascinant sujet d'étude en soi, mais elle fournit également aux autres disciplines de la biologie (biologie cellulaire, génétique, physiologie...) des outils fantastiques de modification et de quantification des gènes et de leurs produits.
L'UE approfondit la connaissance des mécanismes de l'organisation, du maintien, de la réplication et de l'expression (transcription, modifications post-transcriptionnelles, traduction) des génomes eucaryotes.
En particulier, seront explorées les propriétés des macromolécules porteuses d'information (ADN, ARN, protéines), et comment les transactions entre elles expliquent le fonctionnement des cellules eucaryotes et leur adaptation à l'environnement et au développement des organismes.
En parallèle, les principales techniques permettant de suivre ou modifier l'expression des gènes, ou d'étudier les mécanismes de cette expression, seront exposées en cours et approfondies en TD par l'analyse de résultats.
Ainsi, les TD abordent ces sujets sous forme (1) d'exercices amenant les étudiants à vérifier leur compréhension des savoirs décrits plus haut, et (2) d'expériences extraites d'articles scientifiques à analyser. Ainsi, les bases du raisonnement scientifique, et de l'analyse critique de résultats seront acquises et / ou approfondies.
Génétique fonctionnelle
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La génétique fonctionnelle vise à mieux comprendre les relations entre le génotype et le phénotype. Ce cours intègre les différents aspects de l’analyse de la fonction des gènes et des génomes à l’échelle du génome entier par des approches in vivo, ainsi que la régulation transcriptionnelle et la régulation de l’expression des génomes eucaryotes. Le cours est illustré par des exemples concrets en génétique du développement dans des contextes physiologiques et pathologiques.
Profil CPES SV S5 profil Biologie cellulaire biochimie
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie Structurale
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cet enseignement offre un approfondissement en biochimie structurale des biomolécules, plus particulièrement des protéines et des acides nucléiques.
Les notions de base et la nomenclature utilisées pour l’analyse des structures 3D des protéines y sont brièvement reprises (diagramme de Ramachandran, motif et domaine structuraux, repliement, famille, superfamille, etc……). Ces notions sont complétées par l’étude de la stabilité et de la dynamique des biomolécules.
La classification structurale des protéines est détaillée en fonction des 4 principaux types de repliement. Les relations structure-fonction sont illustrées à l’aide d’exemples de protéines. Les spécificités des structures des protéines membranaires (protéines intégrales, protéines liées à la membrane) sont abordées.
Les principaux outils de modélisation et de prédiction de structures secondaires et tertiaires sont présentés.
Les différentes structures et fonctions des acides nucléiques sont étudiées. Les complexes protéine-acide nucléiques sont décrits d’un point de vie structural (principaux motifs de reconnaissance, …) et les notions de spécificité de reconnaissance sont détaillées.
Cet enseignement est illustré en travaux dirigés. Ces travaux consistent à se familiariser avec les principales bases de données utilisées en biologie structurale ainsi qu’avec le logiciel PyMol pour l’analyse des structures 3D.
Enzymologie
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cet enseignement fournit les connaissances fondamentales en enzymologie formelle et structurale.
- Le premier volet de ce cours traite de la cinétique formelle (étude des vitesses de réaction, détermination de l’ordre d’une réaction, équilibre et cinétique, réaction réversible et équilibrée). Les aspects expérimentaux sont présentés en parallèle (détermination des constantes cinétiques par spectrophotométrie, fluorescence, radioactivité, dosages immuno.,…).
- Le deuxième volet du cours concerne l’étude des cinétiques enzymatiques mono-substrat.
Définition d’une enzyme, catalyseur. Nomenclature des enzymes (E.C)
Cinétique michaelienne. Equation de Michaelis-Menten. Définition des paramètres enzymatiques, KM, vitesse maximale, constante catalytique, turn-over. Différentes représentations graphiques (Lineweaer-Burk, Eadie-Hofstee).
Les différents types d’inhibition sont également étudiés (compétitive, incompétitive, non compétitive, mixte) ainsi que leur représentation graphique.
Détermination de la constance d’inhibition. Les inhibiteurs irréversibles.
Vitesse de la réaction. Loi d’Arrhénius.
- Le troisième volet s’attache à décrire les cinétiques enzymatiques pluri-substrats d’un point de vue formel. Avec complexe ternaire. Mécanisme aléatoire ou ordonné.
Sans complexe ternaire. Mécanisme Ping-Pong, Theorell-Chance. Représentation de Cleland.
Détermination graphique.
- La quatrième partie concerne les liaisons à l’équilibre et l’allostérie.
Liaison Récepteur-Ligand / Enzyme-Substrat. Détermination de la constante de dissociation (ou d’association). Liaison spécifique et non-spécifique.
Démonstration et représentation graphique de Scatchard. Récepteurs (ou enzymes) allostériques. Enzyme non michaelienne. Notion de coopérativité. Coopérativité positive, négative. Nombre de Hill, graphe de Hill.
Les modèles de régulation allostérique sont présentés. Allostérie. Modèles de coopérativité, concerté (Monod-Wyman-Changeux), séquentiel (Koshland-Nemethy-Filmer). Rôle des effecteurs, activateur ou inhibiteur. Exemple de l’hémoglobine et de la fixation d’oxygène.
- La cinquième partie du cours met en relation les structures d’enzyme et leur fonction à l’aide de plusieurs exemples. Description des structures 3D et des mécanismes catalytiques de l’acétylcholine estérase, de protéases et de la nucléoside diphosphate kinase. Notion de triade catalytique, poche de liaison, etc…
Techniques de communication et Anglais Scientifique
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cet UE décrit la méthodologie suivie par les chercheurs en sciences de la vie afin de communiquer les résultats de leurs expériences, autant à l’écrit qu’à l’oral. L’anglais étant la langue commune des chercheurs internationaux, une grande partie de ce cours est enseigné dans cette langue.
La communication écrite est traitée à travers l’étude de la structuration (macro) d’un article de recherche ainsi que par une étude du processus de publication dans les journaux scientifiques. Plusieurs éléments de la structuration écrite (micro) sont examinés afin de comprendre les différences entre l’anglais scientifique et l’anglais littéraire : clarté, cohésion, cohérence.
Ces études sont complétées par un projet tuteuré durant le semestre pendant lequel les étudiants sont amenés à analyser un article de recherche récemment publié dans la littérature scientifique et de le retranscrire sous forme de présentation orale (conférence) en anglais.
Biologie Moléculaire
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La biologie moléculaire est à la fois un fascinant sujet d'étude en soi, mais elle fournit également aux autres disciplines de la biologie (biologie cellulaire, génétique, physiologie...) des outils fantastiques de modification et de quantification des gènes et de leurs produits.
L'UE approfondit la connaissance des mécanismes de l'organisation, du maintien, de la réplication et de l'expression (transcription, modifications post-transcriptionnelles, traduction) des génomes eucaryotes.
En particulier, seront explorées les propriétés des macromolécules porteuses d'information (ADN, ARN, protéines), et comment les transactions entre elles expliquent le fonctionnement des cellules eucaryotes et leur adaptation à l'environnement et au développement des organismes.
En parallèle, les principales techniques permettant de suivre ou modifier l'expression des gènes, ou d'étudier les mécanismes de cette expression, seront exposées en cours et approfondies en TD par l'analyse de résultats.
Ainsi, les TD abordent ces sujets sous forme (1) d'exercices amenant les étudiants à vérifier leur compréhension des savoirs décrits plus haut, et (2) d'expériences extraites d'articles scientifiques à analyser. Ainsi, les bases du raisonnement scientifique, et de l'analyse critique de résultats seront acquises et / ou approfondies.
Génétique fonctionnelle
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La génétique fonctionnelle vise à mieux comprendre les relations entre le génotype et le phénotype. Ce cours intègre les différents aspects de l’analyse de la fonction des gènes et des génomes à l’échelle du génome entier par des approches in vivo, ainsi que la régulation transcriptionnelle et la régulation de l’expression des génomes eucaryotes. Le cours est illustré par des exemples concrets en génétique du développement dans des contextes physiologiques et pathologiques.
Métabolisme Cellulaire Intégré
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE permet aux étudiant(e)s d’approfondir leurs connaissances du métabolisme. Cette UE permet d’appréhender une vision globale du métabolisme humain. Elle insistera sur les liens entre les différentes voies métaboliques. D’autre part elle montrera comme les différents tissus communiquent pour maintenir une homéostasie énergétique globale. Des dérégulations de ce métabolisme à l’origine de certaines pathologies seront présentées.
Profil CPES SV S5 profil Biologie écologie
Composante
Faculté des Sciences
Projets tuteurés S5
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les étudiants vont devoir mener une analyse bibliographique sur une thématique de leur choix, validée par les responsables de l’UE. Sous le tutorat d’un enseignant-chercheur, les étudiants devront répondre à la problématique qu’ils se posent au travers d’une analyse de la bibliographie disponible. Ils devront faire l’état de l’art du domaine sur lequel ils travaillent, en identifier les zones d’incertitudes, de controverses, et les questions ouvertes restant à résoudre. Ils devront réaliser une véritable analyse scientifique critique de la bibliographie disponible, et ne pas se contenter d’un compte rendu de la bibliographie. Ils devront suivre les conventions de rédaction d’un article scientifique, impliquant la citation des sources, la synthèse d’informations par l’illustration, la problématisation et la synthèse des résultats scientifiques.
Ecologie évolutive
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE prolonge l'UE Base de l'évolution pour introduire les principaux concepts en écologie évolutive afin de comprendre et formaliser de façon simple les mécanismes évolutifs et écologiques qui façonnent la biodiversité à différentes échelles d'intégration.
Cette UE est conçue comme un ensemble cohérent où cours, TD et TP sont complémentaires. Les notions sont abordées par l’exemple puis formalisées à l’aide de modèles mathématiques, lesquels sont confrontés à l’expérience et à des données réelles.
Elle traitera de dynamique des populations (compétition intra- et interspécifique), de niche écologique et détaillera les mécanismes de l'évolution et leurs conséquences génétiques à l'échelle des populations: sélection naturelle (dont sélection sexuelle), influence des régimes de reproduction, dérive génétique. Les TD permettront aux étudiants de s'approprier la formalisation mathématique de notions vues en cours et leur modélisation informatique simple ainsi que des analyses de jeux de données. Les TP permettront la réalisation et l'analyse en groupes restreints de 2 expériences d'1 mois chacune (avec rédaction d'un rapport et présentation à l'oral) afin de développer la méthodologie et le raisonnement scientifique.
Bases génétiques de l'évolution
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE est organisé en cinq grands thèmes :
Thème 1 : Cartographie génétique et recombinaison. Notions de biologie moléculaire lié à l’expression des gènes, la réparation de l’ADN et les processus épigénétique.
Thème 2 : Introduction à l’évolution moléculaire : Mesure de l’intensité de la sélection dans la divergence génétique. Horloge moléculaire et variation des taux d’évolution crée par l’action de la selection naturelle. Théorie neutraliste de l’évolution.
Thème 3: Introduction à la génomique : composition et taille des génomes. Importance des éléments répétées. Notion de liaison génétique et d’effet local de la sélection. Influence de la démographie.
Thème 4 : Outils moléculaires pour la biodiversité : Barcoding, eDNA, metabarcoding. Taxonomie moléculaire. Les limites liés à l’hybridation. Les applications en conservation.
Thème 5 : Hérédité extranucléaire. Symbiose, parasitisme et co-evolution (intra-cellulaire : p.ex. Wolbachia). Notion de phénotype étendue.
Microorganismes
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette unité d'enseignement visera à aborder les éléments nécessaires à la compréhension du mode de vie des grands groupes d'organismes unicellulaires à la base du fonctionnement des écosystèmes (virus, bactéries, archées, et eucaryotes unicellulaires....). Les cours permettent d'aborder l'organisation biologique de chaque type d'organisme, les modalités de reproduction, la diversité, pour aboutir à des notions d'écologie. Nous aborderons le rôle de ces microorganismes dans le fonctionnement et la dynamique des écosystèmes, en considérant les interactions que ces organismes entretiennent avec les autres êtres vivants ( notion de « symbiose » dans toutes ses déclinaisons).
Les travaux pratiques permettront :
- la mise en œuvre de techniques permettant le dénombrement bactérien (CFU), l’identification d’une souche particulière à partir d’un échantillon de l’environnement
- la mise en évidence de la diversité du phytoplancton (algues unicellulaires) en milieu aquatique (eau douce)
- la mise en évidence de la spécificité d’interactions entre bactéries et bactériophages
Diversité et évolution des métazoaires actuels et passés N3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif majeur consiste à apprendre les bases de l’anatomie comparée des chordés, de manière à pouvoir les comparer et les classer, avant d’en retracer les étapes-clés de l’histoire évolutive. Les enseignements sont intégratifs en ce sens qu’ils font appel à la fois aux organismes actuels et au registre fossile, de manière à documenter l’histoire évolutive du clade dans son intégralité et sous tous ses aspects. Les approches anatomiques, biomécaniques, phylogénétiques, et écomorphologiques seront abordés en CM afin d’illustrer la diversité et les grandes caractéristiques des chordés. Les TPs (et TDs) permettront d’illustrer l’évolution de la diversité des téguments, du squelette, de la musculature, du système digestif et respiratoire sur de longues échelles de temps.
Modélisation des données biologiques
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est la continuité naturelle de l’UE “ Quantification de l’aléa ” (HAV424B) présentée en S4. Elle doit fournir les concepts de la construction de protocoles expérimentaux qui répondent à des questions biologiques et d’y associer des modèles appropriés de l’analyse de la variabilité. Une première partie sera consacrée à la construction de protocoles expérimentaux qui permettent de répondre à une multitude de questions dans les sciences du vivant, c’est-à-dire en prenant en compte l’inévitable dépendance des individus statistiques, telle l’apparentement, la structure spatiale ou temporelle des populations. Cette partie sera ainsi l’occasion d’aborder la notion de fluctuation, de réplication et pseudo-réplication, qui seront pris en compte dans les modèles construits dans la deuxième partie du cours. Cette deuxième partie s’appliquera à montrer le lien entre le protocole expérimental réalisé et la modélisation de la variabilité d’une variable réponse quantitative, via la construction de modèles incluant plusieurs variables qualitatives ou quantitatives. Une attention particulière sera portée aux conditions d’applications de ces méthodes, aux erreurs de type I et II, aux méthodes d’estimation des paramètres des modèles construits (incluant la vraisemblance) et à l’interprétation des paramètres estimés. Chaque notion sera illustrée par l'analyse de données biologiques réelles provenant de plusieurs thématiques, aidant ainsi les étudiants à découvrir non seulement les questions biologiques modernes et courantes mais également les outils développés pour y répondre. Des travaux pratiques sous R permettront de pouvoir réaliser en autonomie des analyses sur des cas biologiques publiés.
Anglais S5
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Profil CPES SV S5 profil Physiologie neurosciences
Composante
Faculté des Sciences
Techniques de communication et Anglais Scientifique
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cet UE décrit la méthodologie suivie par les chercheurs en sciences de la vie afin de communiquer les résultats de leurs expériences, autant à l’écrit qu’à l’oral. L’anglais étant la langue commune des chercheurs internationaux, une grande partie de ce cours est enseigné dans cette langue.
La communication écrite est traitée à travers l’étude de la structuration (macro) d’un article de recherche ainsi que par une étude du processus de publication dans les journaux scientifiques. Plusieurs éléments de la structuration écrite (micro) sont examinés afin de comprendre les différences entre l’anglais scientifique et l’anglais littéraire : clarté, cohésion, cohérence.
Ces études sont complétées par un projet tuteuré durant le semestre pendant lequel les étudiants sont amenés à analyser un article de recherche récemment publié dans la littérature scientifique et de le retranscrire sous forme de présentation orale (conférence) en anglais.
Travaux Pratiques de Physiologie Animale
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Au travers de séances de travaux pratiques, étude de différentes régulations physiologiques sur l'animal.
Acquisition de techniques opératoires chez le rat afin de déterminer le volume sanguin, la diurèse osmotique et perméabilité rénale, l'action de l'adrénaline et de l'insuline sur la glycémie, la clairance de l'inuline et les mécanismes de transport de glucose au travers de la paroi intestinale.
Etude du fonctionnement mécanique et électrique du coeur de grenouille.
Apprentissage de tous les éléments permettant de mener à bien le protocole de TP demandé afin d'obtenir des résultats et de construire un compte rendu.
Immunologie (de la réponse aux infect° aux maladies auto-im)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette EU se place comme la suite logique de l’UE de S4 (Base de la physiologie et de l’immunologie) et se propose d’approfondir les connaissances en immunologie fondamentale, appliquée et clinique. Nous aborderons aussi les notions d’immunologie « non conventionnelles » et nous développerons les stratégies d’immunothérapies innovantes. Cette UE abordera l’ensemble des thématiques liée à l’immunologie moderne et sera fortement orienté vers les aspects cliniques de cette discipline.
Mots clés
Immunologie fondamentale, Immunité anti infectieuse, Immunothérapie, vaccination, Auto-immunité, Déficits immunitaires, Immunité anti cancéreuse, Immunité non conventionnelle
Neurobiologie Intégrée et Cognition
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est une approche intégrée du fonctionnement du système nerveux faisant appel à plusieurs champs disciplinaires des Neurosciences (Neurodéveloppement, Neuroanatomie fonctionnelle Neuro-imagerie, Neurosciences cognitives) et ciblé sur les fonctions cérébrales complexes
Neurobiologie et Neurophysiologie Cellulaire
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE a pour objectif l’étude morpho-fonctionnelle des cellules du système nerveux (neurones, cellules gliales) à savoir, principalement : la description des mécanismes impliqués dans l’excitabilité neuronale (génération et propagation du potentiel d’action) et de la neurotransmission (mécanismes de libération et de synthèse des neurotransmetteurs et la structure et fonction des récepteurs de neurotransmetteur). Les concepts de plasticité synaptique sont également développés.
Physiologie Cardiaque
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de physiologie cardiovasculaire vise à décrire et acquérir les connaissances sur le fonctionnement du système cardiovasculaire de l’animal entier au moléculaire en passant par le cellulaire. Seront entre-autre étudiés la contraction cardiaque, la régulation de l’activité électrique cardiaque (électrocardiogramme et canaux ioniques), la régulation de la pression artérielle et baroréflexe, la régulation des fonctions cardiovasculaires par le système nerveux autonome.