M2 - Biodiversité végétale et Gestion des Ecosystèmes Tropicaux (BioGET)

L’objectif de cette UE est de permettre la mise en œuvre des projets définis dans le cadre de l’UE projet du M1S2.

Contenu synthétique de l’UE:

- Travail en autonomie tuteuré par groupe d’étudiant : réajustement des objectifs et de la méthodologie du projet si nécessaire, acquisition des données, analyses et interprétations écologiques et/ou évolutives selon le calendrier prévisionnel défini en M1S2, restitution des résultats dans le cadre d’un colloque commun aux différents parcours.

Modalités de contrôle des connaissances:

Comme pour l’UE projet M1, l’UE s’appuie sur une approche de type apprentissage par problème. Les étudiants sont donc évalués au fil de l’eau sur la façon dont ils progressent dans la réalisation de leur projet (40% de CC), puis en fin de semestre sur leur capacité à présenter les résultats de leur projet et à les discuter à l’occasion d’une présentation orale dans un colloque général de restitution (60% de la note globale).

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Cette UE aborde les questionnements autour de la gestion des écosystèmes sous l’angle des sciences sociales, et plus particulièrement des « sciences studies ». Elle vise à contribuer à développer une culture générale en lien avec les rapports sciences écologiques –sociétés, et à outiller les participants pour l’analyse des enjeux sociaux et des controverses socioscientifiques sous-jacentes. Une première partie de l’UE apporte un cadrage conceptuel et méthodologique nécessaire à l’exposé d’un outil réflexif d’analyse des jeux d’acteurs et d’arguments (épistémologiques, axiologiques) intervenant dans les controverses socioscientifiques, et illustre cet outil sur des exemples actuels. Par la suite, des interventions thématiques de chercheur.e.s en écologie illustrent une diversité d’enjeux autour des sciences écologiques, et servent de base à l’application et l’acquisition par les étudiants de l’outil réflexif d’analyse. Les étudiants sont ainsi évalués sur leur capacité à mobiliser ce cadre d’analyse pour se positionner de manière individuelle et argumentée dans les controverses en lien avec les sciences écologiques.

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L’objectif pédagogique de cette UE est de repositionner les grands types de sol à l’échelle de la planète, d’expliquer leur formation et d’identifier les phases minérales ou les facteurs abiotiques principaux susceptibles de réguler l’activité biologique des sols. A partir de cette analyse, les différents organismes du sol (micro-organismes, micro, méso et macrofaune) seront présentés ainsi que leurs relations afin de repositionner le cycle de la matière organique et des éléments minéraux dans le sol à différentes échelles temporelles et spatiales. Les notions de recyclage, de bouclage des cycles biogéochimiques et de règles d’assemblages des communautés seront également abordées. L’organisation de cette UE repose sur des cours et conférence ainsi que sur des TD et TP de terrain.

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Objectifs du module :

Acquérir les connaissances nécessaires à la compréhension des avancées récentes et des débats actuels dans le domaine de l’écologie des communautés végétales tropicales, comme base pour l’évaluation des politiques et projets environnementaux.

Contenu du module :

Le module offre une introduction à la structure et au fonctionnement des écosystèmes forestiers et savanes tropicaux. Il en aborde les déterminants, les caractéristiques et certaines conséquences en termes de gestion et de conservation. Il aborde aussi certaines des controverses en écologie dont font l'objet les écosystèmes forestiers tropicaux.

Méthodes d'enseignement et d'apprentissage : 

- Cours (6 heures)

- Analyses bibliographiques thématiques par groupes (12 heures) et mise en discussion lors des restitutions avec des experts extérieurs (8 heures).

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L’objectif de cette UE est d’accompagner l’étudiant dans la construction de son projet professionnel et sa recherche de stage, tout en commençant à préparer son intégration dans la vie professionnelle par une vision à la fois exhaustive et personnelle des parcours professionnels possibles.

Concrètement, des séances de rencontres avec différents intervenants permettent de présenter la thèse de doctorat (présentation de l’école doctorale GAIA, interventions d’étudiants en thèse) et le tissu professionnel ciblé par les différents parcours (métiers de la recherche et secteur non-académique). Des activités propres à chaque parcours permettent ensuite de mieux cibler les domaines scientifiques les plus en lien avec les projets professionnels des étudiants. Enfin des séances de TD sont destinées à préparer les étudiants à l’exercice de rédaction d’articles scientifiques en langue anglaise.

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Cette UE a comme objectif d'explorer la diversité des formes de vie et des adaptations morphologiques et fonctionnelles des plantes vivant dans les régions tropicales. Chacun des grands types biologiques sera analysé (arbre, herbes, lianes, épiphytes, hémi-épiphytes, etc.) afin d'en comprendre l'architecture et les modes de développement, et d'étudier les particularités de leur fonctionnement.

Une réflexion comparative tentera de définir la nature des adaptations qui ont permis à ces plantes d'occuper l'ensemble des niches disponibles.

Un accent particulier sera mis, dans une perspective évolutive, sur l'étude des propriétés bio-mécaniques et de conduction in situ qui caractérisent certaines d'entre elles.

Un autre focus sera mis sur l’ontogenèse des arbres en abordant des notions d'architecture en lien avec les processus qui participent à la mise en place des grandes cimes d’arbres tropicaux en incluant les stratégies racinaires. L’interaction entre les structures végétatives, la reproduction et la croissance secondaire seront abordés en travaux pratiques sur matériel tropical.

Les notions de croissance et de compétition en peuplement seront abordées sur des cas simples avec des notions de modélisation de la croissance.

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Cette UE initie les élèves à l'enquête en sciences sociales (de la construction du sujet jusqu'à la rédaction d'un rapport), en privilégiant les méthodes qualitatives. Elle est composée pour l'essentiel d'une enquête de terrain sur le thème général de la gestion de la nature en ville. Elle vise à introduire aux dimensions sociales des problématiques de gestion de l'environnement, mais aussi aux modalités de production et de traitement des données qualitatives en sciences sociales. A cet égard, elle forme les étudiant.es à l'élaboration de diagnostics de situations de gestion environnementale en travaillant trois grands types de compétences : (i) Produire et analyser des données hétéroclites (écrites, orales, observationnelles), (ii) Analyser des situations multidimensionnelles, complexes et singulières, (iii) Restituer la complexité de ces situations auprès d'un public.

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1. Bayesian inference: Motivation and simple example. 

2. The likelihood. 

3. A detour to explore priors. 

4. Markov chains Monte Carlo methods (MCMC)

5. Bayesian analyses in R with the Jags software.  

6. Contrast scientific hypotheses with model selection (WAIC).

7. Heterogeneity and multilevel models (aka mixed models. 

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L’Analyse stratégique de la gestion de l’environnement (ASGE) est un cadre théorique qui permet de fonder une analyse d'une situation de gestion à partir d’une préoccupation environnementale clairement exprimée. Il permet un éclairage précis sur l’exercice de la responsabilité environnementale par rapport à l’exercice d’autres responsabilités collectives, dans le cadre d'un débat pluraliste.  En dégageant les structures de base des situations de gestion de l’environnement, en particulier dans des contextes internationaux, il fournit les critères qui d'une part expliquent les difficultés qu’ont les politiques publiques en matière d’environnement à émerger par rapport à d’autres domaines de l’action publique – en particulier les politiques de développement –   et qui d'autre part permettent d'identifier les marges de manœuvre pour favoriser les changements pour une plus grande prise en charge des problèmes d'environnement. Le module s'appuie sur deux temps forts : (1) La présentation de différents travaux de recherche-intervention mobilisant ce cadre d’analyse afin d'expliciter la mise en œuvre des registres de travail de l’ASGE, (2) Un travail dirigé qui combine l’analyse critique de documents de projets environnementaux la mise au point d'une proposition d'étude alternative de recherche-intervention mobilisant le cadre de l’ASGE qui est restituée et discuté collectivement en fin de module.

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Les changements d’usage des terres sont responsables d'environ 10% des émissions anthropogéniques de dioxyde de carbone. Les écosystèmes forestiers tropicaux peuvent participer aux deux piliers du traitement de la question du réchauffement climatiques, à savoir l'atténuation et l'adaptation :

-Les forêts et les plantations tropicales sont des puits potentiels de carbone importants, leur biomasse peut fournir de l’énergie en substitution aux carburants fossiles, tandis que la réduction de la déforestation et de la dégradation des forêts et l'amélioration de la gestion forestière (REDD+) peuvent réduire significativement les émissions anthropogéniques de GES

-La capacité d'adaptation aux changements climatiques de sociétés humaines encore essentiellement rurales dépend en partie de l'état des ressources naturelles disponibles, tandis que la nécessaire adaptation des écosystèmes tropicaux aux changements climatiques peut être favorisée par les interventions humaines.

Dans le cadre de la mise en œuvre de la Convention-Cadre des Nations Unies sur les Changements Climatiques, les mécanismes comme le Mécanisme pour un Développement Durable (MDD) et la REDD+, et les marchés volontaires, ainsi que l'adaptation aux changements climatiques basée sur les écosystèmes (ecosystem-based adaptation) fournissent un nouveau débouché pour la foresterie tropicale, ainsi qu’un levier potentiel de protection des forêts tropicales ou de leur restauration. Le module apporte une compréhension des notions de base du changement climatique, du rôle des écosystèmes tropicaux dans le cycle global du carbone et des réponses techniques, politiques et économiques aux enjeux du changement climatique.

Contenu du module :

Ce module procure les connaissances de base sur certains thèmes comme le cycle du carbone, les mécanismes et conséquences du changement climatique et les dispositifs techniques et politiques d’atténuation et d'adaptation à ce changement. Le potentiel des agroécosystèmes tropicaux est évalué à partir d’études scientifiques et de projets opérationnels existants.

Méthodes d'enseignement et d'apprentissage :

-Cours (18 heures)

-TD (3 heures).

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Cet enseignement propose des notions d’architecture végétale et de développement de la plante entière (tige et racine) dans le cadre d’un diagnostic de l’état des arbres et de leur fonctionnement en vue d'une gestion adaptée aux objectifs. La considération et la gestion des arbres répondent à différents critères selon les contextes considérés (forestiers, fruitiers ou urbains). Les thèmes suivant seront abordés de manière théorique et pratique avec des mises en situation. (1) Généralités sur la morphologie et les notions d’architecture de la plante entière, (2) Trajectoires de vie de l’arbre, formes d’attente (3) Traumatismes (compétition, taille, bio agresseurs) et réactivités des architectures (4) Travaux pratiques sur le diagnostic d’arbres forestiers, fruitiers et urbains.

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Cette UE a pour buts d’approfondir les concepts-clés ayant trait aux changements climatiques, d’illustrer des notions importantes en écologie et évolution à la lumière des changements climatiques, dans de nombreux écosystèmes différents, et de réaliser une synthèse des différentes questions et enjeux scientifiques et sociétaux que posent les CC.

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"Les entreprises jouent un rôle central aujourd'hui dans les dynamiques de dégradation des écosystèmes, et sont à ce titre de plus en plus appelées à être mises à contribution pour leur protection. Comment alors améliorer la prise en compte des enjeux de biodiversité par les entreprises, et l’implication des entreprises dans la gestion territorialisée des écosystèmes ? En outre, si les sciences de la conservation et l'écologie proposent un nombre croissant d'indicateurs et de données pour évaluer la biodiversité dans ses multiples formes, comment s'agit-il de structurer ces informations pour qu'elles donnent des prises à l'action stratégique et collective et au dialogue en acteurs?

Une approche par la comptabilité écologique comme discipline des sciences de gestion permet d’aborder ces questions de structuration des indicateurs écologiques et des systèmes d’information, des prises de responsabilité des différents acteurs qui interagissent avec les écosystèmes, et des formes de reddition de compte associés.

Le champ des comptabilités écologiques et ses développements récents sur la biodiversité vise à transformer les systèmes comptables traditionnellement utilisés par les firmes pour mieux y prendre en compte la valeur du capital naturel (biodiversité, écosystèmes), et l’ancrer ainsi au cœur des processus de management à différents niveaux de la gestion de l’entreprise. L’innovation en comptabilité écologique existe aussi sur d’autres périmètres (national, à l’échelle des écosystèmes) et peut ainsi permettre de créer des articulations à différentes échelles de la gouvernance des écosystèmes.

Les cours magistraux interactifs sont ponctués d’exercices plus ou moins longs mettant les étudiants en position active :

- lecture et discussion animée d’articles scientifiques du champ ;

- jeu pour l’analyse comparée des outils et modèles de comptabilités du capital naturel, etc.

-Un TD de mise en situation de mobilisation des approches en comptabilité des écosystèmes sur la base d’une étude de cas "

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1. « La manière dont l’Occident moderne se représente la nature est la chose du monde la moins bien partagée » (Descola, 2005, p. 56). Selon l’anthropologue Philippe Descola, la catégorie de « Nature », en tant que réalité séparée du monde humain, est une invention des Européens qui n’est qu’une des possibilités qui s’offrent aux sociétés pour rendre compte des êtres vivants et non-vivants qui les environnent.

Si Philippe Descola contribue à renouveler ainsi les questions portant sur les rapports sociétés-environnement, il s’appuie néanmoins sur une longue tradition en sciences humaines et sociales. De nombreux travaux explorent déjà les diverses formes de savoir et d’organisation sociale auxquels ces rapports donnent lieu : ethnoscience, anthropologie des techniques, anthropologie économique, ethnoécologie, sociologie des sciences et des techniques, etc.

Cette question est loin d’être confinée à la sphère académique. Elle suscite également l’intérêt des acteurs de la conservation (biodiversité, ressources naturelles, etc.) ou encore de l’industrie (pharmacologie). Elle mobilise également des populations dites « autochtones » qui revendiquent, tant au niveau local qu’international, un accès aux ressources et la préservation d’un patrimoine immatériel.

2. Située à la rencontre des sciences de la société et des sciences de la vie, ces disciplines analysent comment les sociétés humaines utilisent les plantes, les animaux, et les autres composantes du milieu, mais aussi comment leurs conceptions et les représentations de leur(s) environnement(s) orientent ces utilisations. Ces recherches explorent également la façon dont les sociétés humaines s’organisent, se perpétuent, changent pour s’adapter à de nouveaux contextes (mondialisation, changements globaux) et transmettent des savoirs sur les relations qu’elles entretiennent avec la nature.

Pendant longtemps, ces disciplines se sont plus spécifiquement focalisées sur les interrelations entre sociétés dites « traditionnelles » et leur environnement immédiat. Par la suite, dès les années 1970, les chercheurs ont reconsidéré la distinction entre sociétés dites « traditionnelles » et « modernes » pour mieux aborder les nouvelles transformations environnementales et sociales contemporaines.

En effet, d’une part, les sociétés locales, même les plus isolées, sont affectées par des événements qui se décident et se déroulent à différentes échelles (conventions internationales, crises économiques). Leur environnement immédiat est, lui aussi, affecté par des phénomènes globaux (changement climatique, érosion de la biodiversité…). En retour, leurs actions peuvent également avoir des répercussions écologiques, sociales, économiques internationales, lorsque par exemple ces sociétés s’organisent pour porter leur revendication au sein d’arènes internationales.

D’autre part, le rapport que les sociétés modernes entretiennent avec leur environnement se reconfigure face au constat d’une planète de plus en plus « artificialisée » et menacée de ruptures et de crises graves. La place de la faune et de la flore est reconsidérée et fait l’objet de controverses quant à leurs droits. Par ailleurs, l’entrée dans une nouvelle ère géologique, l’Anthropocène, est invoquée pour interpeller aussi bien les sciences de la nature que les sciences humaines et sociales sur la nécessité de considérer autrement une histoire commune de l’environnement et des sociétés.

3. Le travail même des scientifiques et des ingénieurs est appréhendé sous un nouveau jour. A ce titre, un nouveau projet scientifique en sciences humaines et sociales vise à reconsidérer le rôle des « non-humains » et appelle à trouver d’autres catégories analytiques que celles de Nature et de Culture. De nouvelles échelles et méthodes d’investigation sont aussi envisagées pour analyser des processus globaux.

Ces changements d’échelles récents invitent le chercheur en sciences humaines et sociales à (re)considérer sa démarche à travers une approche réflexive : il n'est plus un simple observateur, mais peut également être un véritable acteur des processus, quand il n'est pas directement impliqué dans un mouvement social.

4. L’objectif de ce module est d’introduire ces différents champs scientifiques et opérationnels. Il est d’apporter aux étudiants des repères et des éléments de réflexion, afin de pouvoir construire des questionnements scientifiques sur les relations sociétés – environnement, au service d’une réflexion sur les modalités de prise en charge des enjeux environnementaux et sociaux actuels. Les expériences géographiques et disciplinaires variées des intervenants permettront d’illustrer l’approche à travers un large panel de types d’écosystèmes, de contextes socioculturels et de thématiques. Dans le temps imparti, nous ne prétendrons pas aborder de manière exhaustive l'ensemble des thèmes, des approches et des méthodes. Tout étudiant qui souhaite approfondir ce domaine devra s’engager dans une démarche de formation plus approfondie.

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"L’objectif général est de donner aux étudiants les connaissances de base nécessaires à la compréhension de l’écopolitique internationale et des principaux paradigmes qui les sous-tendent: accords et engagements internationaux d’environnement et mise en œuvre en contexte Sud ; acteurs de la scène internationale place et rôle des bailleurs de fonds et stratégies des ONG d’environnement ; normes et instruments qu’ils tendent à diffuser."

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L’objectif de cette UE est d’accompagner les étudiants dans la finalisation de leurs projets professionnels et la préparation de l’après-master.

L’UE s’organise à l’échelle du parcours, avec des séances de discussion régulière entre l’équipe pédagogique et les étudiants.

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Le stage individuel de M2 est d’une durée d’environ 5 à 6 mois, et doit se réaliser, suivant le parcours concerné,  dans un laboratoire de recherche ou une structure du secteur non-académique. Il permet à l’étudiant d’acquérir une expérience professionnelle approfondie dans le domaine de la biodiversité, de l’évolution ou de l’écologie. Il peut s’effectuer dans une structure locale, nationale, ou internationale, sur un sujet validé par l’équipe pédagogique de façon à cadrer avec les objectifs propre au parcours suivi par l’étudiant.

Évaluation : Le stage est évalué à l’occasion d’une soutenance publique devant un jury au cours de laquelle sont évalués le contenu du mémoire et la qualité des réponses aux questions du jury. Le comportement et le dynamisme de l'étudiant lors du stage sont évalués par le maitre de stage.

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