M1 - Eco-Epidémiologie

"Modèles linéaires généraux à 1 ou plusieurs variables aléatoires explicatives : de la traduction de la figure qui répond à la question biologique au modèle statistique, i.e. prendre en compte de nombreux effets et savoir les interpréter

propriétés générales vues à travers la régression et l'ANOVA à 1 facteur (R2, F, ddl, moindre carrés, vraisemblance, diagnostic, validation, goodness of fit, interprétation de la taille des effets); ANOVA à facteurs emboités et croisés, régression multiple (notion de paramètre et d’effets, et d’interaction)

incorporation de la dépendance des variables aléatoires explicatives, confusion d'effets (quantitatives pour la régression multiples, et plans déséquilibrés pour les ANOVA)"

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L'objectif de cette UE est d'offrir les bases nécessaires en statistiques pour suivre l'ensembles des modules plus élaborés du cursus, il s'agit donc d'une mise à niveau général. Les statistiques descriptives sont revues (quantile, polygone des fréquences cumulées, estimateurs à partir d'échantillon), les tests simples sont présentés, les graphiques essentiels pour des données univariée et multivariées sont présentés, le principe général d'un test statistique, de plan d'hypothèse,  de notion de p-value, de risque de première et seconde espèces sont présentés. En TP, les étudiants sont également mis à niveau dans l'environnement R.

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Cette UE est réalisée entièrement en anglais. Son objectif est double : 

1. Permettre aux étudiant.e.s d’améliorer leur expression orale et compréhension en anglais 

2. Permettre aux étudiant.e.s d’enrichir leur vocabulaire dans le domaine de l’écologie qui les intéresse plus particulièrement (ex :écologie marine, écologie terrestre).  

Les TP : présentations orales faîtes par les étudiant.e.s , écoutes de vidéos en anglais avec sous-titre anglais, quizz, jeux.   

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"L'arbre phylogénétique est un concept central en biologie pour les étudiants des mentions ""Biodiversité, Écologie & Évolution"", ""Biologie Agrosciences"", et ""Éco-épidémiologie"". Pour aborder la phylogénie, cette UE  se décline en deux parties successives de 22,5h chacune : ""Phylogénie et Évolution (Bases)"" (HAB708B) et "" Phylogénie et Évolution (Avancées)"" (HAB714B).

Les savoirs suivants y seront enseignés :

(i) Historique de la notion d’évolution [Bases].

(ii) Systématique phylogénétique (caractères, règles de la taxonomie, code-barres moléculaires, génomique, alignement, homologie et homoplasie, orthologie et paralogie) [moitié en Bases ; moitié en Avancées].

(iii) Représentation phylogénétique (réseaux, arbres, racine, dendrogrammes, topologie, longueurs de branches) [Bases].

(iv) Les méthodes d'inférence phylogénétique par distances [Avancées].

(v) L'approche cladistique et le principe du maximum de parcimonie [Bases].

(vi) L'approche probabiliste, le principe du maximum de vraisemblance, et les modèles d'évolution des séquences [Avancées].

(vii) Les mesures de la solidité des phylogénies (bootstrap, comparaison de topologies, corroboration multigénique, arbres de gènes et d'espèces) [Avancées].

(viii) Applications à la phylogénie de quelques grands groupes taxonomiques (Mammifères, Eucaryotes) [Avancées]."

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Cette UE a trois objectifs :

1) approfondir les connaissances sur des concepts de génétique et de génomique évolutive comme le déséquilibre de liaison, la sélection, la théorie de la coalescence, la détection de la sélection naturelle et des forces évolutives agissant sur l’évolution des génomes et le processus de spéciation génomique.

2) Proposer un panorama des thématiques recherches en génomiques évolutives sous formes de séminaires pédagogiques : évolution moléculaire, génomiques évolutives des endosymbioses, évolution chromosomiques et évolution moléculaires.

3) Enfin, l’UE propose un projet de bioanalyse d’un jeu de données empirique pour appréhender l’analyses en génomique évolutive et se frotter aux aspects bioinformatiques de plus en plus développés dans la discipline.

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"L’objectif de cette UE est de compléter les enseignements du premier semestre en développant les problématiques liées à l’évolution des phénotypes et les principales approches méthodologiques associées. Les enseignements aborderont l’évolution de différents types de traits (traits d’histoire de vie, traits impliqués dans les stratégies reproductives, traits impliqués dans des interactions biotiques, caractères quantitatifs). Les principales approches abordées incluent la formalisation de théorie des jeux, la dynamique adaptative, les approches de génétique quantitative et le travail de confrontation entre prédictions théoriques et données empiriques. Les enseignements comprennent :

1) des cours magistraux portant sur les principaux concepts de l’écologie évolutive ;

2) des travaux dirigés focalisés sur des études de documents et sur des exercices"

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"Ce module présente la gestion de tableaux et lien entre le multivarié et l'univarié : manipulation de matrices et opérations courantes; notion de projection et de distance ; traduction des statistiques descriptives et univariées avec comme exemple la régression multiple/ACP/AFD; indices de (dis)similarité, distance; corrélation"

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