Niveau d'étude visé
BAC +5
ECTS
120 crédits
Durée
2 ans
Structure de formation
Faculté de pharmacie, Faculté des Sciences, Faculté de Médecine
Langue(s) d'enseignement
Français, Anglais
Présentation
Le master Biologie-Santé est organisé en 12 parcours couvrant un large choix de formation et de débouchés (i) vers la recherche en biologie et en santé dans des structures publiques et privées ou (ii) vers des métiers techniques et de réglementation, en biotechnologie pour la santé, pour le médicament, en neuroprothèses et en essais cliniques. Ce master porté par les facultés de Médecine, de Pharmacie et des Sciences de l’Université de Montpellier permet à l’offre de formation une réelle cohérence et transdisciplinarité.
4 parcours du master Biologie-Santé s’orientent plus spécifiquement vers une professionnalisation, tout en gardant la possibilité de poursuivre en doctorat à l’issue du master :
- Ingénierie thérapeutique et bioproduction en biotechnologie santé (IBIS)
- Gestion et évaluation des essais thérapeutiques (GET)
- Management de projets et innovation en Biotechnologie (BIOTIN)
- Neuroprothèses
7 autres parcours sont plus axés vers la recherche fondamentale avec la poursuite des études en doctorat, tout en gardant la possibilité d’une insertion professionnelle dès la fin du master :
- Cancer biology
- Chimie médicinale et translationnelle
- Epigénétique, Génétique et Biologie Cellulaire (EpiGenBio)
- Infection Biology
- Médecine expérimentale et régénératrice (MER)
- Neurosciences
- Quantitative Biology (qBio)
Le parcours DYMAMEID - Dynamic of Emergence of Infectious Diseases - est réservé à des étudiants inscrits dans des Universités partenaires principalement en Asie.
L’environnement scientifique du master Biologie-Santé de l’Université de Montpellier est exceptionnel. En effet, ce master est très fortement adossé à la recherche, avec l’implication d’enseignants-chercheurs et de chercheurs qui travaillent dans les nombreux instituts et laboratoires de Montpellier et plus largement de la région. L’offre de formation du master Biologie Santé est en parfaite adéquation avec les axes scientifiques du Pôle de recherche Biologie Santé de l’I-SITE MUSE (Montpellier Université d’Excellence). Cette concordance entre enseignement et recherche offre aux étudiants du master un large choix de laboratoires publics ou privés pour effectuer leurs stages (M1 et M2) mais également leur permet d’assister à des conférences, des ateliers, des journées thématiques qui apportent une ouverture scientifique indéniable et des interactions avec le monde professionnel.
Les différents parcours du Master partagent des unités d’enseignement (UEs de tronc commun). La transversalité de ces UEs de tronc commun en M1 comme en M2 s’inscrit dans une volonté d’interaction entre les parcours de la mention Biologie Santé.
Les enseignements en anglais se généralisent progressivement.
Le public accueilli est constitué d’étudiants en sciences ou en santé. L’entrée en première année de Master (M1) est sélective. Les demandes se font via la plateforme e-Candidat en général aux mois d’avril – mai. Les dates exactes d’ouverture et de fermeture de la plateforme varient en fonction des parcours.
Programme
Sélectionnez un programme
DYNAMEID Dynamic and Emergence of Infectious Diseases
La crise du COVID-19 a montré combien une pandémie peut être dangereuse, éprouvante et perturber nos sociétés. Il s'est avéré que la simple réaction à la maladie ne permet pas d'arrêter la progression d'une pandémie. Nous ne savons pas quand et où la prochaine épidémie se déclenchera. Nous ne savons pas de quel type elle sera. Cependant, il y a une chose dont nous pouvons être sûrs, c'est qu'il y aura une prochaine épidémie. Entre-temps, nous observons en continu l'émergence de nouveaux agents pathogènes et la résistance aux traitements. Comment devons-nous nous préparer, en tant que communauté, à y faire face lorsqu'elle se présentera ? La réponse n'est pas unique et ne doit surtout pas venir après l'apparition de la maladie. La solution réside dans la compréhension de la nature complexe d'une maladie infectieuse émergente et dans la gestion globale du risque. Nous devons prévenir l'émergence de nouvelles maladies en organisant la réglementation et les échanges dans la société de manière adéquate. Une nouvelle génération capable de gérer le risque avec une vision nouvelle et plus globale est nécessaire. DYNAMEID est destiné à former cette génération.
"La plus grande victoire est celle qui ne nécessite aucune bataille" Sun Tzu
Neuroprothèses Sensorielles et Motrices
Initialement crée autour des prothèses auditives (implant d’oreille moyenne, implants cochléaires, implant du tronc cérébral), ce parcours a pour vocation d’élargir son champ de formation aux neuroprothèses sensorielles (implants visuels) et motrices (stimulateurs). Ce parcours offre une formation approfondie dans les domaines de la neurostimulation, des prothèses implantables, de l’adaptation prothétique ainsi que dans l’exploration fonctionnelle sensorielle et motrice. Cette formation répond à un besoin reconnu par tous les acteurs, médecins, neuroprothésistes, personnels soignants, en quête d’une formation solide dans le domaine de la neuroprothèse. Une telle formation demande des connaissances qui ne peuvent être acquises en seulement 3 ans. Le développement des prothèses implantables et la spécificité des populations auxquelles elles s’adressent nécessitent une formation universitaire complémentaire professionnalisante d’un niveau Master (Bac+5), pouvant déboucher sur des études doctorales.
Chimie Médicinale Translationnelle
Ce parcours se situe à l’interface chimie-biologie et s’adresse à des étudiants des sciences biologiques, du domaine de la santé ou de l’ENSCM. Sur des bases de biologie structurale, moléculaire et cellulaire, ce parcours dispense, dans le domaine des médicaments, une formation théorique et méthodologique traitant d’une part de la conception et de l’innovation rationnelle et d’autre part des nanotechnologies pour la vectorisation et le ciblage. Des enseignements en pharmacocinétique, investigation toxicologique et pharmacologie thérapeutique permettent de comprendre ensuite le devenir d’une molécule au sein de l’organisme.
IBIS Ingénierie thérapeutique et Bioproduction en Biotechnologie-Santé
Le parcours IBIS pour Ingéniérie thérapeutique et Bioproduction en Biotechnologie santé (Biotechnologies rouges) de la Mention Biologie Santé est destiné à apporter une formation aux étudiants en vue de créer et de produire les thérapies de demain, en utilisant les outils issus des biotechnologies. Les progrès scientifiques réalisés dans la compréhension des maladies humaines conduisent à des innovations en santé, pour la plupart portées par les entreprises de biotechnologies. Le dynamisme français et mondial dans la création de sociétés hautement spécialisées, avec un savoir-faire particulier, doit coïncider avec une évolution des formations menant à ces nouveaux métiers et compétences.
Ces thérapies sont complexes dans leur nature et leur utilis
ation thérapeutique, et leur obtention va donc faire appel à des compétences pluridisciplinaires et transversales en biotechnologies auquel le parcours IBIS se propose de répondre. Le parcours IBIS s'appuie sur les besoins des industriels du secteur, qui sont notamment recensés dans le rapport du Leem (l'organisation professionnelle des entreprises du médicament) "Plan compétences, Biotech/innovations, santé2020".
Les aspects développés concernent :
- Les outils biotechnologiques destinés à la découverte de molécules thérapeutiques innovantes, de nature biologique (protéines et anticorps recombinants, cellules) ou chimique.
- L'ingénierie des bioprocédés destinés à la production industrielle de ces composés sera également développée tout comme leur formulation et leur vectorisation (nanobiotechnologies).
Par ailleurs une ouverture vers les biotechnologies agro-environnementales (vertes et jaunes), marines (bleues) et industrielles (blanches) sera offerte à travers des unités d'enseignement transversales avec d'autres masters. De plus, une entente est prévue avec Polytech Montpellier afin d'offrir une double formation validée par une double diplôme Ingénieur/Master :
- à 2 étudiants issus de Polytech Montpellier par an, Génie biologique et Alimentaire GBA, pour accéder au secteur des biotechnologies santé (pharmacie, cosmétique...)
- à 2 étudiants issus du Master Biologie-Santé/IBIS par an, pour accéder au domaine de l'agroalimentaire et de la nutrition.
En résumé, le parcours IBIS est une formation innovante dans le domaine des biotechnologies santé, destinée à répondre aux besoins des industriels du secteur, en proposant un enseignement appliqué, pluridisciplinaire, pratique et intégré, destiné à des étudiants scientifique, pharmacien, ingénieurs ou en formation continue.
Epigénétique, Génétique et Biologie cellulaire (EpiGenBio)
Au niveau du M1, un socle commun obligatoire de connaissances permet l’acquisition et la consolidation de connaissances fondamentales en génétique, génomique, biologie cellulaire et du développement. Dès cette première année, une orientation vers un renforcement des connaissances en génétique est proposée par la possibilité de choisir 3 UEs de génétique. Il faut noter que l’enseignement en M1 est transversal puisque de nombreuses UEs sont communes à différents parcours du Master Biologie-Santé. Cette organisation permet ainsi d’élaborer un parcours personnalisé au choix : bases moléculaires des maladies héréditaires, signalisation, biochimie structurale, biostatistiques, physiopathologie ou programmation R. .
Au niveau du M2, les enseignements sont très directement associés aux laboratoires de recherche. Un enseignement obligatoire à choix est complété par un enseignement de parcours thématique.
Cette organisation permet une transversalité de la formation et une ouverture à l’international.
Dans le cadre thématique, un workshop/atelier en Epigénétique est organisé. Cet atelier offre l’occasion de rassembler des scientifiques et cliniciens de renommée internationale travaillant sur des thématiques d’actualité dans le domaine de la génétique et de l’épigénétique (programme évolutif). L’objectif de ce workshop est double : offrir une formation poussée dans les différents domaines de la recherche en génétique tout en donnant l’occasion d’un échange entre les étudiants et les professionnels sur le déroulement de leurs carrières.
Durant cet enseignement, des sessions de cours magistraux sont couplées à des séminaires invités assurés par des chercheurs ayant participé à des avancées majeures dans le domaine traité.
Ces sessions d’enseignement sont ensuite approfondies sous forme d’analyse d’articles, de discussions méthodologiques et de tables rondes avec des chercheurs spécialisés. Chaque étudiant bénéficie ainsi d’un encadrement personnalisé qui lui donne la possibilité d’un échange direct avec des professionnels. Une journée est également consacrée au devenir professionnel.
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Each year, students will take theoretical and practical courses (internships). The program includes:
- 3 required core courses (15 credits), shared with the other specializations of the BioHealth Master’s program:
- 3 courses (15 credits) to be chosen among optional courses
- A 5-credit English course
- Internships and personal research projects.
The aim of the first year (M1) of this specialization is to consolidate and acquire new fundamental knowledge in Genetics, Genomics, Cell and Developmental Biology. Building on three required common core courses, students will choose additional courses for 15 credits to create their own personalized curriculum. Optional courses cover various topics such as the Molecular Basis of Diseases, Cell Signaling, Structural Biology, Statistics, Physiopathology, or R programming.
During the second year (M2), a series of advanced courses exploring major topics in Genetics, Epigenetics, Cell and Developmental Biology will be taught by scientific and medical researchers from various research institutes and hospitals in Montpellier, as well as by selected international guest speakers.
In this context, a workshop in Epigenetics is organized every year with leaders in the field. The goal is to introduce various aspects of epigenetic research with a highly interactive approach. We also dedicate time to discuss critical issues linked to ethics in science and to the choice of both academic and private sector career paths.
During both years, students will be trained to analyze research articles and to discuss methodology, working with an academic advisor.
The second semester of each year will be largely devoted to internships in research laboratories. Thus, students will have the opportunity to select among research internship projects at one of the many local Institutes in Montpellier or elsewhere in France, or abroad.
Quantitative Biology (qBio)
At the crossroads of Biology, Physics, Chemistry and Bioinformatics, qbio is the graduate program destined for students interested in studying Biology with a quantitative perspective founded on transdisciplinary approaches.
The qbio curriculum has been designed to be highly innovative in pedagogical terms. Discussions animated by the teachers, together with the observation and manipulation of real material and concrete difficulties will help the students to make the different subjects their own.
Qbio bases its foundations on practical project-based teaching units in the first year. The second year is focused on internships, communication and scientific writing. The background of different disciplines will be refreshed during the Bootcamp, an intensive teaching unit held at the beginning of the master.
For more information and a detailed description of the different courses, check out our website https://qbio.umontpellier.fr
Cancer Biology
Le programme proposé dans le cadre du parcours «Cancer Biology» permet aux étudiants de comprendre les bases moléculaires du cancer et d’explorer le rationnel scientifique des thérapies anti-tumorales dans un environnement scientifique et médical de pointe. La formation est soutenue par le Centre de Recherche Intégré en Cancérologie (le SIRIC Montpellier Cancer), qui regroupe un centre de la lutte contre le cancer (l’ICM, l’Institut du Cancer de Montpellier), le CHU de Montpellier et une centaine d’équipes localisées dans différents institut de recherche montpelliérains et susceptibles d’accueillir les étudiants de Master Cancer Biology pour les stages de Master et éventuellement pour les thèses de doctorat.
The curriculum offered in the "Cancer Biology" course will allow students to acquire understanding of the molecular and cellular basis of cancer and the rationale underlying cancer therapies, in a leading scientific and medical environment. This course is supported by the Montpellier comprehensive cancer centre (SIRIC Montpellier Cancer) which is composed of the Regional Cancer Centre (ICM), Montpellier University hospital, and over a hundred research teams located in different Montpellier research institutes. These teams propose internships for Masters students and, for those who continue after the Masters, PhD.
Infection Biology
Ce parcours est consacré à la microbiologie au sens large, incluant ici la réponse immunitaire à l’infection. Il vise à assurer une formation de niveau Master sur les processus infectieux et les agents pathogènes de l’Homme (bactéries, virus, parasites unicellulaires...).
Ce qui caractérise notamment ce Master est l’orientation des enseignements sur les aspects moléculaires et cellulaires de l’infection. Il est ancré dans la communauté des laboratoires de recherche de Montpellier s’intéressant à ces aspects de l’infectiologie, laboratoires universitaires (facultés des Sciences, de Médecine, de Pharmacie), instituts de recherche (CNRS, INSERM, IRD, CIRAD...) et centres hospitaliers universitaires de Montpellier et de Nîmes.
Les laboratoires susceptibles d’accueillir des étudiants dans le cadre de ce Parcours de Master (ainsi qu’éventuellement pour un doctorat ultérieur) sont pour la très grande majorité associés aux grands instituts de recherche français et sont particulièrement nombreux (plus de 70 encadrants HDR). Ils représentent une grande expertise dans le domaine, comme le montrent leur engagement dans des projets nationaux ou européens, et leur visibilité internationale bien établie. Les liens avec le groupe COIMBRA d’universités européennes donnent également une ouverture internationale à ce parcours de Master. Le Pôle de compétitivité interrégional PACA-LR EuroBiomed (dont un des axes majeurs est «Diagnostic et thérapeutique des maladies infectieuses et tropicales») et l’IHU «Méditerranée-Infection/Infectiopole Sud» auxquels sont associés de nombreux chercheurs impliqués dans ce parcours, constituent des leviers d’innovation et potentiellement d’insertion économique.
L’enseignement intégré pour les deux années de Master, bien que non-exhaustif dans le domaine, vise à donner aux étudiants un niveau de compétences leur permettant d’appréhender n’importe quelle thématique spécifique en recherche ou en développement dans les domaines de la Microbiologie, sous leurs aspects moléculaires et cellulaires. L’enseignement est dispensé en anglais. Les cours sont dispensés sous la forme de conférences abordant jusqu’aux travaux de recherche les plus récents et sous la forme d’enseignements dirigés avec analyse critique d’articles. La formation pratique est réalisée pour l’essentiel au sein de laboratoires de recherche (2 stages en M1, 1 stage en M2) mais aussi par des travaux pratiques en immunologie.
Médecine Expérimentale et Régénératrice
Cette formation organisée sur 2 ans aborde les grandes fonctions physiologiques et les méthodes les plus avancées permettant de normaliser les homéostasies perturbées par les pathologies. Cette approche translationnelle est permise par les nombreuses interactions entre fondamentalistes et cliniciens.
Les approches ciblées et plus particulièrement les méthodes thérapeutiques modernes chez l’homme sont abordées.
Il s’appuie sur les compétences de spécialistes des unités de recherche montpelliéraines et du territoire national.
BIOTIN
Le master parcours BIOTIN de la mention biologie-santé est un parcours habilité par les universités de Montpellier et de Nîmes et par l’Institut Mines-Télécom. Il est aussi en convention avec Polytech, la Kedge Business School de Marseille, l’Etablissement Français du Sang et collabore avec Inserm-transfert. Il est labellisé par le pôle de compétitivité Eurobiomed qui coordonne les activités santé académiques et industrielles de PACA et d’Occitanie soit outre les organismes de recherche et les universités, environ 300 entreprises de biotechnologie ou pharmaceutiques.
Neurosciences
Cette formation aborde les grandes fonctions physio-pathologiques du système nerveux. Elle est axée sur des aspects fondamentaux en neurobiologie et en neurophysiologie, et aborde des aspects moléculaires, cellulaires et intégrés de la communication neuronale et de l'intégration des signaux synaptiques à la bases des comportement d’un individu. Ces différents aspects sont traités dans le cadre d'un fonctionnement normal et pathologique du système nerveux. Les enseignements couvriront les dernières avancées conceptuelles et technologiques en neuroscience, ainsi que les progrès récents obtenus dans la compréhension et le traitement des principales maladies neurologiques et psychiatriques. Une attention particulière sera donnée pour expliquer et présenter les interconnexions cruciales entre les recherches fondamentale, translationnelle et clinique dans le développement de thérapies innovantes.
IDIL- Sciences for human health
La recherche interdisciplinaire multi-échelles utilisée en Bio-Santé moderne, nécessite que les personnes travaillant sur le terrain soient formées à un large éventail de disciplines. En ce sens, le parcours « Sciences pour la Santé Humaine (SH2)” apporte un nouveau cursus de formation au sein d’un établissement d’enseignement supérieur pour les jeunes scientifiques, allant du Master au Doctorat, tout en rassemblant des personnes aux parcours différents.
Sur la base de ce constat, le programme (SH2) implémente un double cursus en médecine et biologie, afin de former les futurs leaders, scientifiques et professionnels de santé dans le domaine de la Bio-Santé. La formation permet d’acquérir des bases solides dans les disciplines clés, et en créant des liens étroits entre formation et recherche.
Cette formation s’adresse aux étudiants issus des sciences et des technologies en interaction étroite avec le domaine de la santé (médecins, pharmaciens, odontologues).
Exemples d’unités d’enseignement :
- Biologie cellulaire
- Génomique fonctionnelle
- Recherches actuelles en immunologie
Methods in Research
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Bases moléculaires des maladies infectieuses
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est composée principalement de cours théoriques traitant des aspects moléculaires des maladies infectieuses (bactériologie, virologie, parasitologie)
Bactériologie : La nature des agents infectieux. Les méthodes d’études de la pathogénie (technologies d’études in vivo in vitro, in silico et post génomique) Les stratégies des bactéries pathogènes pour survivre dans les organismes : Adhésion des bactéries aux cellules eucaryotes, variation antigénique et variation de phases, invasion des cellules eucaryotes non phagocytaires, mécanismes de résistance à la phagocytose, mécanismes de survie des bactéries dans les cellules phagocytaires, gestion de la perméabilité membranaire, systèmes de sécrétions bactériens (type I, II, III, IV, V, et VI), mécanismes d’acquisition du fer, exotoxines bactériennes, bio-films bactérien, exemples de régulations environnementales (Thermo-regulation, Quorum sensing…).
Parasitologie : Organisation et Physiologie cellulaire des pathogènes majeurs au sein des Eucaryotes unicellulaires parasites (invasion et modification de la cellule hôte ; particularités métaboliques et cibles thérapeutiques) ; Génétique et Biologie moléculaire (organisation du génome, variation antigénique) ; Physiopathologie et échappement à la réponse immunitaire
Virologie : Mécanismes moléculaire du cycle virale; Expression des génomes viraux ; Transformation par les virus ; Stratégie de réplication des virus ; Plasticité des génomes viraux ; Importance structurale des virus dans l’interaction avec l’hôte;
Bibliographic survey
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Genomes and Evolution
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Infectious control policies
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Statistiques appliquées à la biologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de Médecine
Cellular and Molecular Biology
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Genetics
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
CHOIX 1
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Environment, Geo, and Health
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Entomology and vector-borne diseases
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Internship
ECTS
10 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Emerging diseases
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Bibliographic survey
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Biobanking
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Integrated approach in Infectiology I
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Bioinformatic and OMICS
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
CHOIX 1 Semestre 1 M2 Dynameid
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Advanced Spatial Analysis
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Host pathogen interactions
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Computer modeling and databases
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
International regulation and society
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
CHOIX 2 Semestre 1 M2 Dynameid
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Microbial genomics and metabolic diversity
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
New generations of diagnostic technologies
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Integrated approach in Infectiology II
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Emerging diseases II
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Immunology
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Internship
ECTS
30 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Prise en charge des acouphènes
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Physiopathologie et exploration de l'audition
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Physiopathologie et exploration de l'audition CC
Composante
Faculté de pharmacie
physiopathologie et exploration de l' audition CT
Composante
Faculté de pharmacie
Prolégomènes d'Electronique
ECTS
1 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Travail encadré de recherche
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Prolégomènes de Mathématiques
ECTS
1 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Chaîne d'Acquisition/Traitement du Signal niv 1
Composante
Faculté des Sciences
Statistiques appliquées à la biologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de Médecine
Initiation au traitement des signaux biologiques
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Initiation au traitement des signaux biologiques CC
Composante
Faculté de pharmacie
Initiation au traitemen des signaux biologiques CT
Composante
Faculté de pharmacie
Anglais
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Sensorialité
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Travail encadré de recherche
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Robotique médicale 1
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Statistiques appliquées à la biologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de Médecine
Mémoire
ECTS
15 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Analyse et visualisation des données
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Exploration et troubles de la parole
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Exploration et troubles de la parole CC
Composante
Faculté de pharmacie
Exploration et troubles de la parole CT
Composante
Faculté de pharmacie
Surdité et neuropsychologie de l'enfant
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Trouble de l'équilibre et de la motricité
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Anglais
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Acquisition de données et traitement du signal pr biomédical
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Audiologie clinique
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Stage Master 2
ECTS
25 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Implants cochléaires et rétiniens
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Implants cochléaires et rétiniens CT
Composante
Faculté de pharmacie
Implants cochléaires et rétiniens CC
Composante
Faculté de pharmacie
Investigation toxicologique
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Investigation toxicologique CT
Composante
Faculté de pharmacie
Investigation toxicologique CC
Composante
Faculté de pharmacie
Biologie cellulaire
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le programme propose une remise à niveau des connaissance et une étude approfondie des grands concepts et méthodologies de la biologie cellulaire, organisée autour de différents thèmes:
1.Cytosquelette:Introduction aux différents types de cytosquelette. Propriétés de polymérisation de l’actine et de la tubuline. Protéines associées au cytosquelette et régulant la polymérisation. Moteurs moléculaires. Principes de migration cellulaire.
2.Adhérence Cellulaire & Signalisation:Structuresadhésivescellule-cellule et cellule-matrice extracellulaire, leur organisationmoléculaire et dynamique. Fonctions et régulations durant le développement et la pathogénèse. Régulation par voies de signalisation. Mécanotransduction.
3.Adressage et trafic cellulaire: Ubiquitination et protéasome. Adressage vers les compartiments subcellulaires, voies d’endocytose et de sécrétion. Les bases moléculaires du transport vésiculaire, bourgeonnement, fusion, moteurs moléculaires. Signalisation dans le trafic membranaire, maladies génétiques liées au trafic et détournement par les pathogènes.
4.Cycle cellulaire:Introduction historique. Régulation moléculaire du cycle cellulaire. Le fuseau mitotique, dynamique des microtubules et moteurs moléculaires, mécanismes d’attachement des chromosomes, points de contrôle (checkpoints), régulation de la sortie de mitose et la cytokinèse. Dérèglements mitotiques associés aux cellules cancéreuses.
5.Cellules souches: différentiation cellulaire, toti-, pluri-etmultipotence, cellules souches embryonnaires, adultes et cancéreuses.
6.Mort cellulaire programmée: Apoptose, autophagie, nécrose. Étapes et modalités de l'apoptose, voies de signalisation impliquées. Rôle dans le maintien de l'homéostasie. Conséquences physiopathologiques d'une dérégulation de la mort cellulaire programmée.
Différents modèles d’étude sont présentés, afin d’introduire l’importance de l’apport de la diversité biologique dans la découverte des mécanismes cellulaires et moléculaires, ainsi que dans la compréhension des pathologies humaines.
The program offers a refresher of knowledge and an in-depth study of the major concepts and methodologies of cell biology, organized around different themes:
1. Cytoskeleton: Introduction to the different types of cytoskeleton. Polymerization properties of actin and tubulin. Proteins associated with the cytoskeleton and regulating polymerization. Molecular motors. Principles of cell migration.
2. Cellular Adhesion & Signaling: Cell-cell and extracellular cell-matrix adhesive structures, their molecular and dynamic organization. Functions and regulations during development and pathogenesis. Regulation by signaling channels. Mechanotransduction.
3. Addressing and cell traffic: Ubiquitination and proteasome. Addressing to subcellular compartments, endocytosis and secretion pathways. The molecular bases of vesicular transport, budding, fusion, molecular motors. Signaling in membrane trafficking, genetic diseases linked to trafficking and diversion by pathogens.
4. Cell cycle: Historical introduction. Molecular regulation of the cell cycle. The mitotic spindle, microtubule and molecular motor dynamics, chromosome attachment mechanisms, checkpoints, regulation of mitosis output and cytokinesis. Mitotic disorders associated with cancer cells.
5. Stem cells: cell differentiation, toti-, pluri-and multipotency, embryonic, adult and cancer stem cells.
6. Programmed cell death: Apoptosis, autophagy, necrosis. Stages and modalities of apoptosis, signaling pathways involved. Role in maintaining homeostasis. Physiopathological consequences of deregulation of programmed cell death.
Different study models are presented, in order to introduce the importance of the contribution of biological diversity in the discovery of cellular and molecular mechanisms, as well as in the understanding of human pathologies
Biologie Structurale
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cellular pathophysiology and cancer
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE «Physiopathologie cellulaire et Cancer» a pour objectifde donner aux étudiantsun bagage de connaissances nécessaires au suivi du parcours «Cancer Biology» en M2. L’UE est organisée sous la forme de conférence avec une partie introductive suivie d’une partie sur les recherches actuelles dans les laboratoires. Les étudiants sont amenés à présenter un article scientifique à l’oral (en général par binôme).
The aim of the cellular pathophysiology and cancer teaching unit is to provide the scientific background necessary to follow the cancer biology M2 program.Each lecture is organized as a conference starting with a general introduction of the field and followed by a more specialized emphasis on research done in laboratories. Students have to prepare an oral presentation based on the analysis of a scientific article (generally in pair).
Génétique du développement
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
-Une introduction générale de Biologie du développement
Comment les cellules construisent-elles un organisme animal pluricellulaire à partir d’un seul génome? Relation génotype/phénotype.
-Rappels d’analyse génétique
Nature des mutations(perte-de-fonction;gain-de-fonction), notion de «master gene», analyse clonale (génération de clones somatiques ou germinaux), notion d’autonomie cellulaire....
-Modèles et méthodes génétiques.
Etude des régions régulatrices, établissements de lignées transgéniques, enhancer trap, gènes rapporteurs (GFP, mCherry...) , organismes modèles (drosophile, c.elegans, souris ...).Utilisation des systèmes FLP/FRT, CRE-LOX, UAS-GAL4-GAL80, AttpP/B-PhiC31, CRISPR etc
-Information positionnelle, gènes à effets maternels et mise en place de l’assymétrie.
Modèles et mécanismes de l’information positionnelle =induction, expérience de Spemann et Mangold, centres organisateurs, notion de morphogène chez les invertébrés et chez les vertébrés
-Etablissement des axes: antéro-postérieur, dorso-ventral.
Cribles génétiques: gènes à effets maternels et gènes à effets zygotiques.La communication cellulaire et les voies de signalisation: dans l’établissement de l’axe dorso-ventral, dans la formation des membres, dans l’établissement du devenir cellulaire (quelques exemples: Système nerveux: processus d’inhibition latérale ...).
-La segmentation: les gènes gap, «pair rule» et de polarité segmentaire.
Segmentation chez les invertébrés et somitogenèse chez les vertébrés, aspects dynamiques (établissement et maintien).
-Signalisation et réseaux transcriptionnels
Régulations transcriptionnelles au cours du développement, les séquences régulatrices au cours de l’évolution, notion de réseaux géniques. Couplage transcription et voies de signalisation dans le destin cellulaire
-La mémoire des programmes transcriptionnel par mécanismes épigénétiques:
Les gènes homéotiques Hox et l’identité segmentaire.Notionsd’Evo-Devo.Les complexes Polycomb et Trithorax.
Implication de mécanismes épigénétiques au cours de la différenciation cellulaire
Neurobiologie des comportements
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les comportements qu’ils soient déterminés par des processus conscients ou inconscients reposent sur des substratums neurobiologiques complexes.Ils sont en effet sous-tendus par des modifications moléculaires et cellulaires au sein du système nerveux modulant des réseaux neuronaux à l’origine de processus moteurs et émotionnels qui sont liés à la mémoire de l’individu. Ces processus sont fondamentaux pour permettre à l’organisme d’élaborer une réponse comportementale intégrée en étroite interaction avec son environnement assurant alors adaptation et survie de l’individu et de son espèce.
Les thèmes abordés dans l’UE Neurobiologie des comportements seront les suivants:
-Gène–comportement
La relation entre génotype et phénotype -Impact de l’environnement –Processus attentionnels/Planification du mouvement -Troubles du comportement (aspects génétique et environnemental)
-Mémoire et plasticité synaptique
Approches méthodologiques d’étude de la plasticité synaptique: électrophysiologie, optogénétique, modèles animaux, tests comportementaux-Facteurs régulateurs de la plasticité synaptique dont génétiques et épigénétiques-Relation plasticité/mémoire-Neurobiologie de la mémoire, de l’oubli et de la reconsolidation
-Neurobiologie des émotions
Substrats neurobiologiques des émotions -Fonctions des émotions -Désadaptation : Aspects pathologiques : Troubles émotionnels
Neuropsychopharmacologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de neuropsychopharmacologie traite des mécanismes moléculaires, cellulaires et intégrés à la base du mode d’action des psychotropes en prenant pour exemple quelques pathologies (dépression, schizophrénie, anxiété,....). Elle vise à comprendre comment les principes de la pharmacologie se déclinent spécifiquement dans le cadre des troubles psychiques(par exemple pharmacodynamique, tolérance, dépendance physique, psychique,...). En se basant sur les avancées de la recherche en neurobiologie et leurs applications thérapeutiques médicamenteuses, l’UE vise à comprendre les concepts qui sous-tendent le traitement des troubles psychiatriques.
Bases moléculaires des maladies infectieuses
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est composée principalement de cours théoriques traitant des aspects moléculaires des maladies infectieuses (bactériologie, virologie, parasitologie)
Bactériologie : La nature des agents infectieux. Les méthodes d’études de la pathogénie (technologies d’études in vivo in vitro, in silico et post génomique) Les stratégies des bactéries pathogènes pour survivre dans les organismes : Adhésion des bactéries aux cellules eucaryotes, variation antigénique et variation de phases, invasion des cellules eucaryotes non phagocytaires, mécanismes de résistance à la phagocytose, mécanismes de survie des bactéries dans les cellules phagocytaires, gestion de la perméabilité membranaire, systèmes de sécrétions bactériens (type I, II, III, IV, V, et VI), mécanismes d’acquisition du fer, exotoxines bactériennes, bio-films bactérien, exemples de régulations environnementales (Thermo-regulation, Quorum sensing…).
Parasitologie : Organisation et Physiologie cellulaire des pathogènes majeurs au sein des Eucaryotes unicellulaires parasites (invasion et modification de la cellule hôte ; particularités métaboliques et cibles thérapeutiques) ; Génétique et Biologie moléculaire (organisation du génome, variation antigénique) ; Physiopathologie et échappement à la réponse immunitaire
Virologie : Mécanismes moléculaire du cycle virale; Expression des génomes viraux ; Transformation par les virus ; Stratégie de réplication des virus ; Plasticité des génomes viraux ; Importance structurale des virus dans l’interaction avec l’hôte;
Neurobiologie du développement
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
1) Quel est le programme génétique qui sous-tend le développement du système nerveux? Ce cours met en évidence le type de décisions qui précisent progressivement le destin neural des cellules et assurent leur fonction nerveuse. Les différentes étapes considérées sont:
(i)la genèse du système nerveux
(ii)la spécification des neurones
(iii)la fonction nerveuse: guidance axonale et connectivité
(iv)le remodelage neuronal
2) Quels sont les interactions moléculaires, cellulaires et environnementales qui contrôlent le développement du système nerveux?
-La synaptogenèse et les grandes étapes du développement.
-Rôles des facteurs neurotrophiques
-Rôles de l’activité électrique
-Les périodes critiques
-Rôles des interactions neurones-cellules gliales.
-Cellules souches neuronales
3) Les pathologies du développement
Recherches actuelles en immunologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Teaching is done by teachers and/or researchers at the Faculties of Medicine, Sciences or Pharmacy, or at local research institutes.Course contents will be adapted to current scientific advances.
Teaching is organized in topics (lectures/tutorials, 4 to 5:30 hrs each);each includes an introduction and a seminar. In addition, for each topic, a group of students is in charge of presenting one or two recent scientific research articles.
Examples of subjects treated:
Immune adaptative responses, vaccination
Immune tolerance
Aging of the immune system
Metabolic regulation of the immune response
Immune response regulation by microbiota
Immune system-central nervous system interactions
Immunotherapy, therapeutic antibodies
The Unit is complemented by practical work by groups on a mini-research project that includes design of experiments, realization and analysis. Training is available in the use of flow cytometry data analysis software.Results are presented orally to the entire class.
Exploration fonctionnelle et recherche translationnelle
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Physiologie neuromusculaire:
Muscle strié squelettique: La jonction neuromusculaire; Contraction/Relâchement musculaire; Myotypologie; Plasticité; Métabolisme musculaire.
Les maladies neuromusculaires:Causes; symptômes; diagnostic clinique (examens cliniques; examens de laboratoires): EMG, dosages sanguins, tests fonctionnels, etc.; dystrophies musculaires: myopathie de Duchenne; myopathie de Becker; dystrophie musculaire facioscapiohumérale (FSHD).Dystrophie musculaire facioscapiohumérale FSHD: modèle du poisson zèbre; modèle souris; modèles cellulaires; essais cliniques.
Physiologie respiratoire:
Physiologie respiratoire: Anatomie du système respiratoire; mécanisme de la respiration; les échanges gazeux; transport des gaz respiratoires par le sang; régulation de la respiration
Exploration respiratoire du petit animal: Pourquoi explorer la fonction respiratoire du petit animal ?Pléthysmographie; force contractile in vitro.
Explorations Fonctionnelles Respiratoires : réalisation et interprétation des explorations respiratoires enpathologie humaine; spirométrie : Niveau 1 et Niveau 2; capacité de diffusion pulmonaire; gaz du sang artériel; exploration spécifiques des muscles respiratoires; test de marche de 6 minutes; épreuve d’effort; explorations avec séjour en altitude.
Physiologie cardiovasculaire:
Rappels d’anatomie du cœur: dimension, situation et orientation; enveloppe du cœur; tuniques de la paroi du cœur; cavités et gros vaisseaux du cœur; trajet du sang dans le cœur; valves cardiaques; apport sanguin au cœur:circulation coronarienne; propriétés du tissu musculaire cardiaque.
Rappels de physiologie du cœur: régulation du rythme de base; système de conduction du cœur; modification du rythme de base: innervation extrinsèque du cœur; électrocardiographie; phénomènes mécaniques: révolution cardiaque; débit cardiaque; régulation du volume systolique; régulation de la fréquence cardiaque.
Rappels de physiologie vasculaire: anatomie du système circulatoire; système lymphatique; structure paroi vasculaire; pression sanguine; muscle lisse vasculaire et vasomotricité; la fonction endothéliale.
Fonction et dysfonctions vasculaires; exploration fonctionnelle: Mesure de Distensibilité Artérielle; mesure de la vitesse de l’onde artérielle; exploration pharmacologique de la vasomotricité endothélium-dépendante; exploration ultrasonographique; écho-tracking; échographie et échodoppler.
Comment évaluer la fonction vasculaire expérimentalement?Modèle d’anneaux isolés d’artères L’écho-Doppler cardiaque:un outil fabuleux en recherche clinique et expérimentale; Echographie: analyse anatomique et fonctionnelle»; Doppler: analyse des flux; Application aux modèles animaux.
Recherche translationnelle:exemple l’ischémie-reperfusion myocardique (infarctus du myocarde); Modèles animaux; cœur isolé perfusé (Langendorf); Cardiomyocytes isolés; Techniques de cardioprotections.
Endocrinologie: équilibre pondéral
Description du comportement alimentaire; Balance énergétique; Structures centrales de régulation de la prise alimentaire; Mécanismes régulateurs de la prise alimentaire; Les facteurs modulant l’appétit et la prise alimentaire; Bilan nutritionnel; Troubles du comportement alimentaire; Exploration fonctionnelle:impédancemétrie; DEXA (absorptionbi-photonique à rayons X); IRM; évaluation des dépenses: la calorimétrie.
Pharmacologie moléculaire et thérapeutique
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Bases moléculaires et métaboliques des maladies héréditaires
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Statistiques appliquées à la biologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de Médecine
Communications cellulaires et signalisation
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE abordera d’abord les principales voies de communications entre les cellules normales et les voies de transduction intracellulaires, rencontrées dans les mécanismes physiologiques et neurophysiologiques.Ainsi, les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) seront étudiés à savoir leur structure, fonction et modulations par des protéines d’interaction impliquée notamment dans le phénomène de désensibilisation. Les principales voies intracellulaires activées par les RCPGsmembranaires seront abordées (voies des MAPkinases, PI3kinase, etc...).
Ensuite, une part importante du cours portera sur le signal calcique et l’homeostasie du Ca2+; le Ca2+étant un signal ubiquitaire dans la signalisation cellulaire. L’homéostasie calcique sera étudiée notamment au cours de la réponse des lymphocytes après stimulation antigénique. Par ailleurs, la production des radicaux libres oxygénés, à l’origine du stress oxydant, est dépendante du Ca2+intracellulaire. Le rôle physiologique des radicaux libres sera abordé, ainsi que leur implication dans le stress oxydant. Dans ce contexte, les voies de protection contre le stress oxydant seront aussi étudiées.Le chapitre suivant abordera le système endocannabinoïde qui permet de récapituler tous les thèmes qui seront évoqués précédemment dans le cours. Le système endocannabinoïde est à l’origine de multiples régulations centrales et périphériques.
Enfin, deux autres thèmes seront abordés: la barrière hématoencéphalique qui permet d’évoquer la communication cellulaire de manière très intégrée entre deux milieux et la cellule -pancréatique dont l’activité est cruciale pour la régulation de la glycémie par la sécrétion d’insuline.
TER FDP
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
UE Semestre 2 à choix
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Stage long ou à l'étranger
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage de plus de 4 mois dans une structure (laboratoire de recherche, entreprise,...) en France ou à l’étranger
Travaux pratiques de Physiologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de TP de physiologie permet de réaliser des enregistrements de potentiel d’action cardiaque sur le cœur de grenouille par la technique de microélectrode intracellulaire. Il s’agit d’une méthode qualitative et quantitative de mesure de l’activité électrique du muscle cardiaque.
Analyse pratique des données de génomique en R
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Culture cellulaire
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La culture cellulaire est une technique de base dans les laboratoire et est en constante évolution. Il est important d’en connaître les fondements qui sont souvent mal connus alors qu’il s’agit d’une méthodologie incontournable en recherche et mais aussi dans l’industrie.
Connaissance de l'entreprise et valorisation des brevets
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Vous êtes étudiant de niveau L3/M1 en Languedoc-Roussillon ? Vous souhaitez travailler en petits groupes avec des étudiants d’autres formations et en mode projet, à partir d’un brevet scientifique dormant ? Etre accompagné et challengé par des coachs professionnels de la création d’entreprise ? Inscrivez-vous à PEPITE Patent Project pour présenter un projet de création d’entreprise innovante basée sur l’exploitation d’un brevet réel fourni par une équipe de recherche locale qui vous ouvrira ses portes !
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Immunopathologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’enseignement est réalisé par des enseignants-chercheurs des UFR de médecine, sciences et pharmacie. Il est organisé en 42 h de cours et de travaux encadrés répartis en 7 thèmes (voir Syllabus) comprenant 2 séries de présentations d’articles ; 1 première série sur des articles proposés par les intervenants de chaque thème traité. Une deuxième série sur des articles au choix des étudiants. Les étudiants organisent un mini-colloque en fin d’UE où les articles sont présentés. Ils rédigent des brèves de ces articles pour la revue Medecine-Sciences.
Génétique Médicale et conseil génétique
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage FDP
ECTS
15 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
De la cible au médicament
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
TER FDP
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Pharmacocinétique et Toxicologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Semestre 1 UE à choix
Composante
Faculté de pharmacie
Bioinformatics and System Biology
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Integrative Pathophysiology
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Information Génétique - Epigénétique - Bases Mécanistiques
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Signalisation : Méthodes et Concepts
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Physical Biology
Composante
Faculté des Sciences
Nanotechnologies et systèmes multifonctionnels à visée théra
Composante
Faculté de pharmacie
Stage FPD
ECTS
20 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Projet de recherche fictif_FDP
ECTS
10 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Modèles expérimentaux en recherche biomédicale
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Ingénierie des protéines
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Les protéines sont maintenant largement utilisées comme outils thérapeutiques en santé humaine et animale. La connaissance des voies de synthèse des peptides et protéines, de leur repliement, de leurs éventuelles modifications post-traductionnelles est indispensable avant d’envisager toute biosynthèse de protéine thérapeutique. Les méthodes permettant de mieux caractériser ces protéines sont également essentielles pour garantir la qualité des protéines produites dans l’optique d’une utilisation thérapeutique ou industrielle. Les méthodes d’ingénierie des protéines destinées à améliorer leurs propriétés originales seront également abordées.
L’UE comprend des cours magistraux et des travaux dirigés, réalisés par des enseignants-chercheurs et des chercheurs.
ingénieurie protéines CT
Composante
Faculté de pharmacie
ingénieuriedes protéines CC
Composante
Faculté de pharmacie
Statistiques appliquées à la biologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de Médecine
Bioinformatique et Bioinformatique des Anticorps
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La bioinformatique s’intéresse à la création et à l’utilisation d’approches numériques et mathématiques appliquées aux sciences du vivant. Les principales applications concernent le traitement automatique de données biologiques et les questions de modélisation, d’analyse et d’intégration des données dans le domaine de la biologie du vivant.Cette UE se propose de donner des bases solides sur l’analyse des séquences avec l’aide des outils de la bioinformatique ainsi que sur l’immunoinformatique. Les aspects théoriques seront couverts et ceux-ci seront renforcés par des aspects pratiques (exercices et travaux sur projets). Cette UE pourra être réalisée ou non en anglais en fonction du niveau des étudiants. L’UE comprenddes cours magistraux et des TPs, réalisés par des enseignants-chercheurs.
Immunotechnologie (UE PHARMACIE)
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Immunotechnologie CT
Composante
Faculté de pharmacie
Immunotechnologie CC
Composante
Faculté de pharmacie
Anglais_FDS
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ingénierie des bioprocédés - Métabolisme et bioproduction
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Dans le cadre de l’ingénierie des bioprocédés, la connaissance du métabolisme des catalyseurs (cellules, micro-organismes), est essentielle. L’UE sera dédiée à la description de la diversité des métabolites microbiens valorisables (métabolites primaires et secondaires) et des bioprocédés exploitant ces microorganismes afin de produire ces molécules.
Cette UE comprend des cours magistraux interactifs, des travaux dirigés et des mises en pratique (TP en salle informatique + travail personnel en mode projet par petit groupes)
Ingénierie des bioprocédés - Batch
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Au sein des biotechnologies, les bioprocédés correspondent à la mise en œuvre industrielle des outils du vivant (que ce soit des enzymes, des microorganismes ou des cellules issues d’organismes supérieurs) pour la synthèse de produits d’intérêts. Dans cette unité d’enseignement (UE), un focus sera fait sur l’exploitation de catalyseurs microbiens et cellulaires. Les produits d’intérêt peuvent être par exemple des aliments fermentés (vin, bière, ...), des molécules énergétiques (bioéthanol, méthane, ...), des intermédiaires chimiques, ou encore des biomédicaments (vaccins, anticorps monoclonaux, facteurs de croissance...). Les connaissances, savoirs-faire et compétences acquis au cours de cette UE seront transposables à n’importe quel secteur d’activité en biotechnologies. Les exemples qui seront donnés correspondront aux débouchés visés par les deux formations (les mentions Agrosciences et Santé).
L’UE sera dédiée aux bioprocédés et à l’environnement dans laquelle la réaction biologique va être contrôlée (le bioréacteur). Le cours abordera aussi la question de la description et de la modélisation d’une réaction biologique avec notamment la présentation de la démarche appliquée en ingénierie des bioprocédés. Le reste de l’UE sera consacré à l’application de cette démarche à des réacteurs opérés en mode Batch (ou culture discontinue). Les autres modes opératoires seront couverts par l’UE de M2 HAV930V “Ingénierie des bioprocédés -continu et fed-batch”.
Cette UE comprend des cours magistraux interactifs, des travaux dirigés et des mises en pratique (TP en salle informatique + travail personnel en mode projet par petit groupes).
Stage long
ECTS
20 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Bioproduction et valorisation de la biodiversité microbienne
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Module d’enseignement tourné vers le monde professionnel, avec des introductions générales sur des thématiques pré-définies ciblant la valorisation biotechnologique des microorganismes (antimicrobiens, microbiote, probiotiques, virologie appliquée...) suivies d’interventions d’industriels venant présenter leur parcours, leur société et/ou le développement d’un projet. Cette UE couvre aussi bien les biotechnologies rouges (applications santé), que les autres couleurs des biotechnologies (vertes/agronomie, bleues/marines, blanches/industrielles, jaunes/environnementales).
Ingéniérie de la production de protéines recombinantes
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Au sein des biotechnologies, la production des protéines recombinantes dans différents systèmes d’expression procaryotes et eucaryotes représente un domaine technologique mature et attractif avec une employabilité forte. C’est également un domaine très important de recherches dans lequel il reste de nombreux challenges à relever. La bioproduction de biomédicaments (protéines recombinantes mais également anticorps monoclonaux) représente un enjeu majeur au niveau thérapeutique chez l’homme, mais également dans les nombreux domaines des biotechnologies (environnementales, industrielles, agronomiques, marines...). Avant toute conception de médicament biologique impliquant une étape de bioproduction, il est essentiel de connaître les différents systèmes d’expression eucaryotes et procaryotes utilisés en biotechnologies ainsi que d’avoir un aperçu complet du panorama et des enjeux de la bioproduction en France, en Europe et dans le monde.
Cette UE comprend des cours magistraux interactifs. Elle est assurée par différents intervenants académiques et industriels impliqués dans le domaine.
Multidisciplinary Lab project 1 (UE PHARMACIE)
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bioéthique et réglementation (UE PHARMACIE)
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Ingénierie des bioprocédés II, spécificités des applications
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Dans cette UE sont présentées les spécificités des applications santé dans le domaine des bioprocédés. Ainsi, des études de cas de production de biomédicaments et des médicaments de thérapie innovante sont proposées (ex: production de grade clinique de produits de thérapie cellulaire). L’ensemble de la chaîne de production est abordé avec un focus plus particulier sur les procédés en aval (ou DownStream Processing, DSP) qui sont particulièrement importants pour les produits de santé (opérations de séparation, extraction, purification, voire formulation). En effet, le DSP représente une part non négligeable en termes de coût de production et les attentes et challenges associés à ces technologies sont nombreux notamment avec le développement de technologies à usage unique. La partie UpStream Processing (USP) est traitée en profondeur dans les UEs complémentaires de la spécialisation en Bioproduction (HAV930V et HAV911V).
Cette UE comprend des cours magistraux et des conférences avec de nombreuses interventions d’industriels du secteur qui apporteront leur expertise et leur vision du domaine aux étudiants. Au-delà des aspects technologiques, ces interventions seront aussi l’occasion de traiter les Bonnes Pratiques de Fabrication (BPF), le contrôle qualité ou encore la gestion des contraintes économiques et environnementales.
Valorisation de la recherche et innovation
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La valorisation des travaux de recherche vers des applications industrielles va faire appel à des stratégies et des acteurs à l’interface entre le monde scientifique et socio-économique. L’identification et la protection du caractère innovant d’une découverte sera suivie de la recherche de financement et de partenaires permettant de transformer cette idée en réalité économique.
Cette UE s’attachera à donner aux étudiants tous les outils de valorisation de leurs travaux en vue de la découverte de nouveaux outils thérapeutiques Cette UE comprend des cours magistraux réalisés par des enseignants-chercheurs juristes et des professionnels du domaine, ainsi qu’un projet tutoré suivi tout au long de l’UE. Des travaux seront également réalisés en Learning lab : identification de recherches innovantes, rédaction d’un brevet, plan de valorisation, création d’entreprise, business plan.
Cette UE fera intervenir des enseignants-chercheurs, des industriels et des professionnels des brevets et de la valorisation.
Ingénierie des bioprocédés continus et fed-batch
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Au sein des biotechnologies, les bioprocédés correspondent à la mise en œuvre industrielle des outils du vivant (que ce soit des enzymes, des microorganismes ou des cellules eucaryotes) pour la synthèse de produits d'intérêt. Cette UE se focalisera sur l’étape centrale du bioprocédé : la réaction biologique en réacteur. Elle sera plus particulièrement consacrée à l’exploitation de catalyseurs microbiens et cellulaires. Les produits d’intérêt peuvent être par exemple des aliments fermentés (vin, bière, ...), des molécules énergétiques (bioéthanol, méthane, ...), des intermédiaires chimiques, ou encore des biomédicaments (vaccins, anticorps monoclonaux, facteurs de croissance...). Les connaissances et compétences acquises au cours de cette UE seront transposables à n’importe quel secteur d’activité. Les exemples seront donnés dans les domaines correspondant aux débouchés principaux des deux formations concernées (Agrosciences et Santé). Cette UE est la suite directe de l’UE de M1 HAV811V “Ingénierie des bioprocédés -Batch”. Elle se concentre sur les aspects UpStream Processing (USP) des bioprocédés.
Les premiers cours permettront de resituer les bioprocédés et la démarche appliquée en ingénierie des bioprocédés et de faire des rappels succincts sur le mode Batch (pré-requis de M1). Puis l'essentiel de l’UE sera consacrée à l’application de la démarche d’ingénierie des bioprocédés à des réacteurs opérés en mode continus et Fed-Batch (ou culture semi-(dis)continue).
Des modules transversaux seront aussi proposés :
-Gestion des transferts (gestion du mélange, des transferts de chaleur, des transferts de gaz) avec un focus important sur les transferts de gaz et comment assurer les besoins en dioxygène d’une culture (kLa, OUR, OTR).-Design de milieux de culture
-Bilans élémentaires (bilan carbone et bilan rédox)
-Développement d’un indicateur de suivi de la réaction biologique : le Quotient Respiratoire (QR)
Cette UE comprend des cours magistraux interactifs et des travaux dirigés.
Une mise en pratique intensive (1 mois) réalisée sous forme de projet est prévue pour les étudiants du M2 Biologie-Santé / IBIS / spécialisation en bioproduction dans le cadre des UEs “Multidisciplinary lab project: from gene to protein”. Pour ces étudiants, un lien fort est aussi prévu avec les UEs de spécialisation (HAV910V, HAV911V et HAA910V). Se reporter aux descriptifs de ces UEs pour plus d’informations.
Management de projets et management du risque
Composante
Faculté de pharmacie
Multidisciplinary Lab project 2
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
The multidisciplinary lab project, also called “Gene to Protein project”, will be a "learning by doing" project. The students will be in charge of the bioproduction of a protein using E. coli as a host. If they follow both parts of the project (1 & 2, like students from Biohealth master), they will start with strain construction and continue with pilot scale production and purification of the protein.Bioprocess engineering is a highly interdisciplinary fieldof study. The students (and future workers in the field), will benefit from project-based learning with an important practical part, where they can actively experience the interconnection between biology, engineering and physical sciences.
The part 2 of the project will be dedicated to the “production process design and pilot scale production” of the recombinant protein using a high-cell density fed-batch culture. It will be a multidisciplinary, hands-on training of Bioprocess Engineering and will be organized over three different periods:
-Week 1 : In Learning lab, students will participate in workshops to design and plan a production process in accordance with equipment and data available (scientific papers, reports, websites, previous results from UE “Multidisciplinary Lab Project 1”). Based on the bottlenecks identified for production of recombinant proteins in E. coli, the students will choose the culture process to be used, define the production objectives, simulate the culture (planning objective), design a sampling plan, design the culture medium...
-Week 2 :In practical training rooms on pilot-scale equipment (20L working volume bioreactor), students will prepare the bioreactor and all they need to perform the pilot-scale culture. They will be in charge of the monitoring of the culture and of real time data treatment in order to detect and correct deviations from the anticipated progress of the culture.
-Week 3 : In learning labs, students will treat and analyze the data. They will be in charge of the interpretation and discussion of the results and of the writing of a professional report.
Stage long_FDS
ECTS
30 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bioproduction et valorisation de la biodiversité microbienne
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Module d’enseignement tourné vers le monde professionnel, avec des introductions générales sur des thématiques pré-définies ciblant la valorisation biotechnologique des microorganismes (antimicrobiens, microbiote, probiotiques, virologie appliquée...) suivies d’interventions d’industriels venant présenter leur parcours, leur société et/ou le développement d’un projet. Cette UE couvre aussi bien les biotechnologies rouges (applications santé), que les autres couleurs des biotechnologies (vertes/agronomie, bleues/marines, blanches/industrielles, jaunes/environnementales).
Ingéniérie de la production de protéines recombinantes
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Au sein des biotechnologies, la production des protéines recombinantes dans différents systèmes d’expression procaryotes et eucaryotes représente un domaine technologique mature et attractif avec une employabilité forte. C’est également un domaine très important de recherches dans lequel il reste de nombreux challenges à relever. La bioproduction de biomédicaments (protéines recombinantes mais également anticorps monoclonaux) représente un enjeu majeur au niveau thérapeutique chez l’homme, mais également dans les nombreux domaines des biotechnologies (environnementales, industrielles, agronomiques, marines...). Avant toute conception de médicament biologique impliquant une étape de bioproduction, il est essentiel de connaître les différents systèmes d’expression eucaryotes et procaryotes utilisés en biotechnologies ainsi que d’avoir un aperçu complet du panorama et des enjeux de la bioproduction en France, en Europe et dans le monde.
Cette UE comprend des cours magistraux interactifs. Elle est assurée par différents intervenants académiques et industriels impliqués dans le domaine.
Multidisciplinary Lab project 1 (UE PHARMACIE)
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bioéthique et réglementation (UE PHARMACIE)
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Ingénierie des bioprocédés II, spécificités des applications
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Dans cette UE sont présentées les spécificités des applications santé dans le domaine des bioprocédés. Ainsi, des études de cas de production de biomédicaments et des médicaments de thérapie innovante sont proposées (ex: production de grade clinique de produits de thérapie cellulaire). L’ensemble de la chaîne de production est abordé avec un focus plus particulier sur les procédés en aval (ou DownStream Processing, DSP) qui sont particulièrement importants pour les produits de santé (opérations de séparation, extraction, purification, voire formulation). En effet, le DSP représente une part non négligeable en termes de coût de production et les attentes et challenges associés à ces technologies sont nombreux notamment avec le développement de technologies à usage unique. La partie UpStream Processing (USP) est traitée en profondeur dans les UEs complémentaires de la spécialisation en Bioproduction (HAV930V et HAV911V).
Cette UE comprend des cours magistraux et des conférences avec de nombreuses interventions d’industriels du secteur qui apporteront leur expertise et leur vision du domaine aux étudiants. Au-delà des aspects technologiques, ces interventions seront aussi l’occasion de traiter les Bonnes Pratiques de Fabrication (BPF), le contrôle qualité ou encore la gestion des contraintes économiques et environnementales.
Valorisation de la recherche et innovation
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La valorisation des travaux de recherche vers des applications industrielles va faire appel à des stratégies et des acteurs à l’interface entre le monde scientifique et socio-économique. L’identification et la protection du caractère innovant d’une découverte sera suivie de la recherche de financement et de partenaires permettant de transformer cette idée en réalité économique.
Cette UE s’attachera à donner aux étudiants tous les outils de valorisation de leurs travaux en vue de la découverte de nouveaux outils thérapeutiques Cette UE comprend des cours magistraux réalisés par des enseignants-chercheurs juristes et des professionnels du domaine, ainsi qu’un projet tutoré suivi tout au long de l’UE. Des travaux seront également réalisés en Learning lab : identification de recherches innovantes, rédaction d’un brevet, plan de valorisation, création d’entreprise, business plan.
Cette UE fera intervenir des enseignants-chercheurs, des industriels et des professionnels des brevets et de la valorisation.
Ingénierie des bioprocédés continus et fed-batch
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Au sein des biotechnologies, les bioprocédés correspondent à la mise en œuvre industrielle des outils du vivant (que ce soit des enzymes, des microorganismes ou des cellules eucaryotes) pour la synthèse de produits d'intérêt. Cette UE se focalisera sur l’étape centrale du bioprocédé : la réaction biologique en réacteur. Elle sera plus particulièrement consacrée à l’exploitation de catalyseurs microbiens et cellulaires. Les produits d’intérêt peuvent être par exemple des aliments fermentés (vin, bière, ...), des molécules énergétiques (bioéthanol, méthane, ...), des intermédiaires chimiques, ou encore des biomédicaments (vaccins, anticorps monoclonaux, facteurs de croissance...). Les connaissances et compétences acquises au cours de cette UE seront transposables à n’importe quel secteur d’activité. Les exemples seront donnés dans les domaines correspondant aux débouchés principaux des deux formations concernées (Agrosciences et Santé). Cette UE est la suite directe de l’UE de M1 HAV811V “Ingénierie des bioprocédés -Batch”. Elle se concentre sur les aspects UpStream Processing (USP) des bioprocédés.
Les premiers cours permettront de resituer les bioprocédés et la démarche appliquée en ingénierie des bioprocédés et de faire des rappels succincts sur le mode Batch (pré-requis de M1). Puis l'essentiel de l’UE sera consacrée à l’application de la démarche d’ingénierie des bioprocédés à des réacteurs opérés en mode continus et Fed-Batch (ou culture semi-(dis)continue).
Des modules transversaux seront aussi proposés :
-Gestion des transferts (gestion du mélange, des transferts de chaleur, des transferts de gaz) avec un focus important sur les transferts de gaz et comment assurer les besoins en dioxygène d’une culture (kLa, OUR, OTR).-Design de milieux de culture
-Bilans élémentaires (bilan carbone et bilan rédox)
-Développement d’un indicateur de suivi de la réaction biologique : le Quotient Respiratoire (QR)
Cette UE comprend des cours magistraux interactifs et des travaux dirigés.
Une mise en pratique intensive (1 mois) réalisée sous forme de projet est prévue pour les étudiants du M2 Biologie-Santé / IBIS / spécialisation en bioproduction dans le cadre des UEs “Multidisciplinary lab project: from gene to protein”. Pour ces étudiants, un lien fort est aussi prévu avec les UEs de spécialisation (HAV910V, HAV911V et HAA910V). Se reporter aux descriptifs de ces UEs pour plus d’informations.
Management de projets et management du risque
Composante
Faculté de pharmacie
Multidisciplinary Lab project 2
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
The multidisciplinary lab project, also called “Gene to Protein project”, will be a "learning by doing" project. The students will be in charge of the bioproduction of a protein using E. coli as a host. If they follow both parts of the project (1 & 2, like students from Biohealth master), they will start with strain construction and continue with pilot scale production and purification of the protein.Bioprocess engineering is a highly interdisciplinary fieldof study. The students (and future workers in the field), will benefit from project-based learning with an important practical part, where they can actively experience the interconnection between biology, engineering and physical sciences.
The part 2 of the project will be dedicated to the “production process design and pilot scale production” of the recombinant protein using a high-cell density fed-batch culture. It will be a multidisciplinary, hands-on training of Bioprocess Engineering and will be organized over three different periods:
-Week 1 : In Learning lab, students will participate in workshops to design and plan a production process in accordance with equipment and data available (scientific papers, reports, websites, previous results from UE “Multidisciplinary Lab Project 1”). Based on the bottlenecks identified for production of recombinant proteins in E. coli, the students will choose the culture process to be used, define the production objectives, simulate the culture (planning objective), design a sampling plan, design the culture medium...
-Week 2 :In practical training rooms on pilot-scale equipment (20L working volume bioreactor), students will prepare the bioreactor and all they need to perform the pilot-scale culture. They will be in charge of the monitoring of the culture and of real time data treatment in order to detect and correct deviations from the anticipated progress of the culture.
-Week 3 : In learning labs, students will treat and analyze the data. They will be in charge of the interpretation and discussion of the results and of the writing of a professional report.
Stage long_FDS
ECTS
30 crédits
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX 1
ECTS
15 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Statistiques appliquées à la biologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de Médecine
Biologie Structurale
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Communications cellulaires et signalisation
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE abordera d’abord les principales voies de communications entre les cellules normales et les voies de transduction intracellulaires, rencontrées dans les mécanismes physiologiques et neurophysiologiques.Ainsi, les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) seront étudiés à savoir leur structure, fonction et modulations par des protéines d’interaction impliquée notamment dans le phénomène de désensibilisation. Les principales voies intracellulaires activées par les RCPGsmembranaires seront abordées (voies des MAPkinases, PI3kinase, etc...).
Ensuite, une part importante du cours portera sur le signal calcique et l’homeostasie du Ca2+; le Ca2+étant un signal ubiquitaire dans la signalisation cellulaire. L’homéostasie calcique sera étudiée notamment au cours de la réponse des lymphocytes après stimulation antigénique. Par ailleurs, la production des radicaux libres oxygénés, à l’origine du stress oxydant, est dépendante du Ca2+intracellulaire. Le rôle physiologique des radicaux libres sera abordé, ainsi que leur implication dans le stress oxydant. Dans ce contexte, les voies de protection contre le stress oxydant seront aussi étudiées.Le chapitre suivant abordera le système endocannabinoïde qui permet de récapituler tous les thèmes qui seront évoqués précédemment dans le cours. Le système endocannabinoïde est à l’origine de multiples régulations centrales et périphériques.
Enfin, deux autres thèmes seront abordés: la barrière hématoencéphalique qui permet d’évoquer la communication cellulaire de manière très intégrée entre deux milieux et la cellule -pancréatique dont l’activité est cruciale pour la régulation de la glycémie par la sécrétion d’insuline.
Biologie cellulaire
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le programme propose une remise à niveau des connaissance et une étude approfondie des grands concepts et méthodologies de la biologie cellulaire, organisée autour de différents thèmes:
1.Cytosquelette:Introduction aux différents types de cytosquelette. Propriétés de polymérisation de l’actine et de la tubuline. Protéines associées au cytosquelette et régulant la polymérisation. Moteurs moléculaires. Principes de migration cellulaire.
2.Adhérence Cellulaire & Signalisation:Structuresadhésivescellule-cellule et cellule-matrice extracellulaire, leur organisationmoléculaire et dynamique. Fonctions et régulations durant le développement et la pathogénèse. Régulation par voies de signalisation. Mécanotransduction.
3.Adressage et trafic cellulaire: Ubiquitination et protéasome. Adressage vers les compartiments subcellulaires, voies d’endocytose et de sécrétion. Les bases moléculaires du transport vésiculaire, bourgeonnement, fusion, moteurs moléculaires. Signalisation dans le trafic membranaire, maladies génétiques liées au trafic et détournement par les pathogènes.
4.Cycle cellulaire:Introduction historique. Régulation moléculaire du cycle cellulaire. Le fuseau mitotique, dynamique des microtubules et moteurs moléculaires, mécanismes d’attachement des chromosomes, points de contrôle (checkpoints), régulation de la sortie de mitose et la cytokinèse. Dérèglements mitotiques associés aux cellules cancéreuses.
5.Cellules souches: différentiation cellulaire, toti-, pluri-etmultipotence, cellules souches embryonnaires, adultes et cancéreuses.
6.Mort cellulaire programmée: Apoptose, autophagie, nécrose. Étapes et modalités de l'apoptose, voies de signalisation impliquées. Rôle dans le maintien de l'homéostasie. Conséquences physiopathologiques d'une dérégulation de la mort cellulaire programmée.
Différents modèles d’étude sont présentés, afin d’introduire l’importance de l’apport de la diversité biologique dans la découverte des mécanismes cellulaires et moléculaires, ainsi que dans la compréhension des pathologies humaines.
The program offers a refresher of knowledge and an in-depth study of the major concepts and methodologies of cell biology, organized around different themes:
1. Cytoskeleton: Introduction to the different types of cytoskeleton. Polymerization properties of actin and tubulin. Proteins associated with the cytoskeleton and regulating polymerization. Molecular motors. Principles of cell migration.
2. Cellular Adhesion & Signaling: Cell-cell and extracellular cell-matrix adhesive structures, their molecular and dynamic organization. Functions and regulations during development and pathogenesis. Regulation by signaling channels. Mechanotransduction.
3. Addressing and cell traffic: Ubiquitination and proteasome. Addressing to subcellular compartments, endocytosis and secretion pathways. The molecular bases of vesicular transport, budding, fusion, molecular motors. Signaling in membrane trafficking, genetic diseases linked to trafficking and diversion by pathogens.
4. Cell cycle: Historical introduction. Molecular regulation of the cell cycle. The mitotic spindle, microtubule and molecular motor dynamics, chromosome attachment mechanisms, checkpoints, regulation of mitosis output and cytokinesis. Mitotic disorders associated with cancer cells.
5. Stem cells: cell differentiation, toti-, pluri-and multipotency, embryonic, adult and cancer stem cells.
6. Programmed cell death: Apoptosis, autophagy, necrosis. Stages and modalities of apoptosis, signaling pathways involved. Role in maintaining homeostasis. Physiopathological consequences of deregulation of programmed cell death.
Different study models are presented, in order to introduce the importance of the contribution of biological diversity in the discovery of cellular and molecular mechanisms, as well as in the understanding of human pathologies
Génétique du développement
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
-Une introduction générale de Biologie du développement
Comment les cellules construisent-elles un organisme animal pluricellulaire à partir d’un seul génome? Relation génotype/phénotype.
-Rappels d’analyse génétique
Nature des mutations(perte-de-fonction;gain-de-fonction), notion de «master gene», analyse clonale (génération de clones somatiques ou germinaux), notion d’autonomie cellulaire....
-Modèles et méthodes génétiques.
Etude des régions régulatrices, établissements de lignées transgéniques, enhancer trap, gènes rapporteurs (GFP, mCherry...) , organismes modèles (drosophile, c.elegans, souris ...).Utilisation des systèmes FLP/FRT, CRE-LOX, UAS-GAL4-GAL80, AttpP/B-PhiC31, CRISPR etc
-Information positionnelle, gènes à effets maternels et mise en place de l’assymétrie.
Modèles et mécanismes de l’information positionnelle =induction, expérience de Spemann et Mangold, centres organisateurs, notion de morphogène chez les invertébrés et chez les vertébrés
-Etablissement des axes: antéro-postérieur, dorso-ventral.
Cribles génétiques: gènes à effets maternels et gènes à effets zygotiques.La communication cellulaire et les voies de signalisation: dans l’établissement de l’axe dorso-ventral, dans la formation des membres, dans l’établissement du devenir cellulaire (quelques exemples: Système nerveux: processus d’inhibition latérale ...).
-La segmentation: les gènes gap, «pair rule» et de polarité segmentaire.
Segmentation chez les invertébrés et somitogenèse chez les vertébrés, aspects dynamiques (établissement et maintien).
-Signalisation et réseaux transcriptionnels
Régulations transcriptionnelles au cours du développement, les séquences régulatrices au cours de l’évolution, notion de réseaux géniques. Couplage transcription et voies de signalisation dans le destin cellulaire
-La mémoire des programmes transcriptionnel par mécanismes épigénétiques:
Les gènes homéotiques Hox et l’identité segmentaire.Notionsd’Evo-Devo.Les complexes Polycomb et Trithorax.
Implication de mécanismes épigénétiques au cours de la différenciation cellulaire
Anglais_FDS
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage_FDS
ECTS
15 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage de deux à 4 mois dans une structure (laboratoire de recherche, entreprise,...) en France ou à l’étranger
CHOIX 3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage long ou à l'étranger
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage de plus de 4 mois dans une structure (laboratoire de recherche, entreprise,...) en France ou à l’étranger
Culture cellulaire
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La culture cellulaire est une technique de base dans les laboratoire et est en constante évolution. Il est important d’en connaître les fondements qui sont souvent mal connus alors qu’il s’agit d’une méthodologie incontournable en recherche et mais aussi dans l’industrie.
Analyse pratique des données de génomique en R
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Génétique Médicale et conseil génétique
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
TER_FDS
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE TER vise à préparer l’étudiant à organiser et réaliser une analyse bibliographique approfondie permettant d’aborder son stage par la connaissance de l’état de l’art dans le domaine afin notamment de produire une introduction pertinente et réfléchie à son travail expérimental.
Cell Fate & Plasticity
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
TER_FDS_S3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX 1
ECTS
10 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Information Génétique - Epigénétique - Bases Mécanistiques
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Physical Biology
Composante
Faculté des Sciences
Signalisation : Méthodes et Concepts
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bioinformatics and System Biology
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Integrative Pathophysiology
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Developmental Biology, Stem Cells and Biotherapy
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Workshop in Epigenetics
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Projet de recherche fictif_FDS
ECTS
10 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage_FDS
ECTS
20 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage de 4 mois au minimum dans une structure (laboratoire de recherche, entreprise,...) en France ou à l’étranger.
Biologie Structurale
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bootcamp
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le Bootcamp est un cours intensif au début du premier semestre, avant le début des cours caractérisant les parcours. Son but est de rafraîchir et / ou mettre à niveau les étudiants sur les bases des mathématiques, de la physique, de l'informatique et de la biologie.
Le cours sera adapté en fonction des étudiants recrutés, dans le but de réussir le démarrage du parcours de manière plus homogène. Les élèves seront plongés dans différents jeux de rôle répartis en petits groupes. Ils devront résoudre des énigmes en utilisant leurs connaissances en biologie, physique / mathématiques, chimie et programmation, comme dans un escape game sur plusieurs jours.
CHOIX 1
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Statistiques appliquées à la biologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de Médecine
Introduction to quantitative Biology
Composante
Faculté des Sciences
Cet UE vise à fournir un large aperçu des domaines interdisciplinaires quantitatifs émergents en biosciences, allant des techniques expérimentales de pointe en microscopie et biologie synthétique, aux approches systémiques.
De manière innovante, ces aspects méthodologiques seront présentés dans le contexte de concepts biologiques et biophysiques tels que la robustesse et l'optimalité des systèmes biologiques, la régulation des gènes et les principes fondamentaux sous-jacents à l'organisation des membranes et du génome.
Les principaux sujets seront d'abord introduits avec des cours traditionnels et seront développés par des projets individuels ou en équipe où les étudiants apprendront à appliquer des techniques spécifiques par des exemples, et verront comment celles-ci peuvent être utilisées pour explorer des questions biologiques spécifiques. Ces projets impliqueront des études bibliographiques, l'utilisation d'un code existant ou le développement d'un nouveau code (selon l'expérience de l'étudiant) et constitueront la moitié de l'évaluation finale.
Synthetic Biology - Praticals
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Dans cette unité d'enseignement (pratique), nous présenterons d'abord les concepts généraux de la biologie synthétique, qui seront ensuite appliqués à des projets en équipe d'étudiants (évalués). Nous fournirons des connaissances de base pour comprendre l'ensemble des concepts fondamentaux, approches et outils actuels de biologie synthétique qui seront exploités tout au long du cours et des sessions pratiques, allant de la conception et de la synthèse de gènes à la construction de bibliothèques génétiques, de mesures de fluorescence (par exemple, lecteurs de plaques. ) aux cytomètres en flux.
Imaging Biologicals Systems - Praticals
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les étudiants s'approprieront le socle fondamental et les techniques avancées de microscopie permettant de repousser les limites de la connaissance en biologie. L’enseignement est progressif et modulaire, entièrement construit autour de projets pratiques: construction d’un microscope simple, utilisation de microscopes de pointe pour étudier des processus biologiques complexes chez les bactéries et les eucaryotes. Les étudiants seront en immersion dans un environnement scientifique stimulant. La formation reposera sur un important investissement personnel à travers les projets expérimentaux, des analyses d'articles et des études de cas. Les compétences de communication seront également développées par le biais de présentations orales et de rapports écrits.
Stage_FDS
ECTS
15 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage de deux à 4 mois dans une structure (laboratoire de recherche, entreprise,...) en France ou à l’étranger
TER_FDS
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE TER vise à préparer l’étudiant à organiser et réaliser une analyse bibliographique approfondie permettant d’aborder son stage par la connaissance de l’état de l’art dans le domaine afin notamment de produire une introduction pertinente et réfléchie à son travail expérimental.
Pratical Modelling and Simulation of Biological Systems
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Applied Structural Biology
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE pratique est basée sur des mini-projets d’application des techniques d’étude structurales des biomolécules (cristallographie aux rayons X, RMN, cryo-EM, spectrométrie de masse). De plus, les étudiants vont apprendre les techniques biophysiques et biochimiques utilisées pour caractériser les molécules analysées ainsi que leurs interactions.
Pour chaque approche, les étudiants vont apprendre les principes de base, les nécessités en terme de préparation d’échantillon, les acquisitions des données ainsi que leur analyse.
Workshop
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le Workshop est une série de conférences données par des conférenciers externes.
Le sujet changera tous les ans, avec au moins un conférencier de pointe travaillant dans un domaine donné. Le sujet se décidera un an en avance. Nous encouragerons l'orateur et les participants à rédiger des notes à partir des cours, ce qui contribuera à l'évaluation du cours.
Les étudiants du parcours qbio ont des fonds pour organiser une conférence à coté de la conférence principale (brainstorming sur le sujet avec des mentors, trouver et inviter des conférenciers, gérer le financement et advertising).
CHOIX 1
ECTS
10 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Information Génétique - Epigénétique - Bases Mécanistiques
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Physical Biology
Composante
Faculté des Sciences
Signalisation : Méthodes et Concepts
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bioinformatics and System Biology
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Integrative Pathophysiology
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Lab_2
ECTS
15 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Lab2 est un stage court dans un laboratoire de recherche (2 mois).
Les étudiants sont encouragés à travailler avec des équipes différentes sur des sujets interdisciplinaires. Normalement Lab2 a lieu dans un laboratoire à Montpellier pour pouvoir suivre les autres UE courant le semestre 3 mais des exceptions sont possibles en fonction de l'emploi du temps.
Lab_3
ECTS
25 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Lab3 est le stage de fin de Master (>= 5 mois). Les étudiants doivent travailler sur un projet de recherche dans un laboratoire français ou international, différent de l’équipe avec laquelle ils ont effectué leur Lab2.
Scientific Writing
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ce cours est un atelier qui accompagnera les étudiants pendant le semestre 3 afin d’apprendre comment rédiger un rapport scientifique. Cet atelier aura lieu tout au long du semestre en parallèle avec leur stage.
Les étudiants vont apprendre comment aborder, comprendre et critiquer un article scientifique.
Biologie cellulaire
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le programme propose une remise à niveau des connaissance et une étude approfondie des grands concepts et méthodologies de la biologie cellulaire, organisée autour de différents thèmes:
1.Cytosquelette:Introduction aux différents types de cytosquelette. Propriétés de polymérisation de l’actine et de la tubuline. Protéines associées au cytosquelette et régulant la polymérisation. Moteurs moléculaires. Principes de migration cellulaire.
2.Adhérence Cellulaire & Signalisation:Structuresadhésivescellule-cellule et cellule-matrice extracellulaire, leur organisationmoléculaire et dynamique. Fonctions et régulations durant le développement et la pathogénèse. Régulation par voies de signalisation. Mécanotransduction.
3.Adressage et trafic cellulaire: Ubiquitination et protéasome. Adressage vers les compartiments subcellulaires, voies d’endocytose et de sécrétion. Les bases moléculaires du transport vésiculaire, bourgeonnement, fusion, moteurs moléculaires. Signalisation dans le trafic membranaire, maladies génétiques liées au trafic et détournement par les pathogènes.
4.Cycle cellulaire:Introduction historique. Régulation moléculaire du cycle cellulaire. Le fuseau mitotique, dynamique des microtubules et moteurs moléculaires, mécanismes d’attachement des chromosomes, points de contrôle (checkpoints), régulation de la sortie de mitose et la cytokinèse. Dérèglements mitotiques associés aux cellules cancéreuses.
5.Cellules souches: différentiation cellulaire, toti-, pluri-etmultipotence, cellules souches embryonnaires, adultes et cancéreuses.
6.Mort cellulaire programmée: Apoptose, autophagie, nécrose. Étapes et modalités de l'apoptose, voies de signalisation impliquées. Rôle dans le maintien de l'homéostasie. Conséquences physiopathologiques d'une dérégulation de la mort cellulaire programmée.
Différents modèles d’étude sont présentés, afin d’introduire l’importance de l’apport de la diversité biologique dans la découverte des mécanismes cellulaires et moléculaires, ainsi que dans la compréhension des pathologies humaines.
The program offers a refresher of knowledge and an in-depth study of the major concepts and methodologies of cell biology, organized around different themes:
1. Cytoskeleton: Introduction to the different types of cytoskeleton. Polymerization properties of actin and tubulin. Proteins associated with the cytoskeleton and regulating polymerization. Molecular motors. Principles of cell migration.
2. Cellular Adhesion & Signaling: Cell-cell and extracellular cell-matrix adhesive structures, their molecular and dynamic organization. Functions and regulations during development and pathogenesis. Regulation by signaling channels. Mechanotransduction.
3. Addressing and cell traffic: Ubiquitination and proteasome. Addressing to subcellular compartments, endocytosis and secretion pathways. The molecular bases of vesicular transport, budding, fusion, molecular motors. Signaling in membrane trafficking, genetic diseases linked to trafficking and diversion by pathogens.
4. Cell cycle: Historical introduction. Molecular regulation of the cell cycle. The mitotic spindle, microtubule and molecular motor dynamics, chromosome attachment mechanisms, checkpoints, regulation of mitosis output and cytokinesis. Mitotic disorders associated with cancer cells.
5. Stem cells: cell differentiation, toti-, pluri-and multipotency, embryonic, adult and cancer stem cells.
6. Programmed cell death: Apoptosis, autophagy, necrosis. Stages and modalities of apoptosis, signaling pathways involved. Role in maintaining homeostasis. Physiopathological consequences of deregulation of programmed cell death.
Different study models are presented, in order to introduce the importance of the contribution of biological diversity in the discovery of cellular and molecular mechanisms, as well as in the understanding of human pathologies
Cellular pathophysiology and cancer
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE «Physiopathologie cellulaire et Cancer» a pour objectifde donner aux étudiantsun bagage de connaissances nécessaires au suivi du parcours «Cancer Biology» en M2. L’UE est organisée sous la forme de conférence avec une partie introductive suivie d’une partie sur les recherches actuelles dans les laboratoires. Les étudiants sont amenés à présenter un article scientifique à l’oral (en général par binôme).
The aim of the cellular pathophysiology and cancer teaching unit is to provide the scientific background necessary to follow the cancer biology M2 program.Each lecture is organized as a conference starting with a general introduction of the field and followed by a more specialized emphasis on research done in laboratories. Students have to prepare an oral presentation based on the analysis of a scientific article (generally in pair).
CHOIX 1
ECTS
20 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Structurale
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Investigation toxicologique
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Investigation toxicologique CT
Composante
Faculté de pharmacie
Investigation toxicologique CC
Composante
Faculté de pharmacie
Génétique du développement
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
-Une introduction générale de Biologie du développement
Comment les cellules construisent-elles un organisme animal pluricellulaire à partir d’un seul génome? Relation génotype/phénotype.
-Rappels d’analyse génétique
Nature des mutations(perte-de-fonction;gain-de-fonction), notion de «master gene», analyse clonale (génération de clones somatiques ou germinaux), notion d’autonomie cellulaire....
-Modèles et méthodes génétiques.
Etude des régions régulatrices, établissements de lignées transgéniques, enhancer trap, gènes rapporteurs (GFP, mCherry...) , organismes modèles (drosophile, c.elegans, souris ...).Utilisation des systèmes FLP/FRT, CRE-LOX, UAS-GAL4-GAL80, AttpP/B-PhiC31, CRISPR etc
-Information positionnelle, gènes à effets maternels et mise en place de l’assymétrie.
Modèles et mécanismes de l’information positionnelle =induction, expérience de Spemann et Mangold, centres organisateurs, notion de morphogène chez les invertébrés et chez les vertébrés
-Etablissement des axes: antéro-postérieur, dorso-ventral.
Cribles génétiques: gènes à effets maternels et gènes à effets zygotiques.La communication cellulaire et les voies de signalisation: dans l’établissement de l’axe dorso-ventral, dans la formation des membres, dans l’établissement du devenir cellulaire (quelques exemples: Système nerveux: processus d’inhibition latérale ...).
-La segmentation: les gènes gap, «pair rule» et de polarité segmentaire.
Segmentation chez les invertébrés et somitogenèse chez les vertébrés, aspects dynamiques (établissement et maintien).
-Signalisation et réseaux transcriptionnels
Régulations transcriptionnelles au cours du développement, les séquences régulatrices au cours de l’évolution, notion de réseaux géniques. Couplage transcription et voies de signalisation dans le destin cellulaire
-La mémoire des programmes transcriptionnel par mécanismes épigénétiques:
Les gènes homéotiques Hox et l’identité segmentaire.Notionsd’Evo-Devo.Les complexes Polycomb et Trithorax.
Implication de mécanismes épigénétiques au cours de la différenciation cellulaire
Physiologie et Homéostasie intégrée
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Trois thèmes principaux sont abordés:
-Etude de l'homéostasie pondérale et thermique en relation avec un modèle de dysfonctionnement : l’obésité.Pour cela seront abordés la balance énergétique avec la prise alimentaire et la dépense énergétique composée du métabolisme de base, de l'activité physique et de la thermogenèse adaptative (TA) et de leur régulation respective.
-Etude des rythmes biologiques, via la description de la nature et des propriétés des rythmes biologiques (ultradiens, circadiens et infradiens), la description des oscillateurs endogènes circadiens, et la présentation détaillée des mécanismes moléculaires des horloges circadiennes.
-Etude des différentes étapes et des principes physiologiques de la respiration. Les enseignements théoriques seront complétés par des séances de travaux dirigés (TD)Les séances de TD sont basées sur des études de documents et l’analyse d’articles scientifiques en anglais. Le choix des différents supports scientifiques vise à montrer l’interaction des différents thèmes abordés et donc le concept de physiologie intégrative.
Recherches actuelles en immunologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Teaching is done by teachers and/or researchers at the Faculties of Medicine, Sciences or Pharmacy, or at local research institutes.Course contents will be adapted to current scientific advances.
Teaching is organized in topics (lectures/tutorials, 4 to 5:30 hrs each);each includes an introduction and a seminar. In addition, for each topic, a group of students is in charge of presenting one or two recent scientific research articles.
Examples of subjects treated:
Immune adaptative responses, vaccination
Immune tolerance
Aging of the immune system
Metabolic regulation of the immune response
Immune response regulation by microbiota
Immune system-central nervous system interactions
Immunotherapy, therapeutic antibodies
The Unit is complemented by practical work by groups on a mini-research project that includes design of experiments, realization and analysis. Training is available in the use of flow cytometry data analysis software.Results are presented orally to the entire class.
Exploration fonctionnelle et recherche translationnelle
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Physiologie neuromusculaire:
Muscle strié squelettique: La jonction neuromusculaire; Contraction/Relâchement musculaire; Myotypologie; Plasticité; Métabolisme musculaire.
Les maladies neuromusculaires:Causes; symptômes; diagnostic clinique (examens cliniques; examens de laboratoires): EMG, dosages sanguins, tests fonctionnels, etc.; dystrophies musculaires: myopathie de Duchenne; myopathie de Becker; dystrophie musculaire facioscapiohumérale (FSHD).Dystrophie musculaire facioscapiohumérale FSHD: modèle du poisson zèbre; modèle souris; modèles cellulaires; essais cliniques.
Physiologie respiratoire:
Physiologie respiratoire: Anatomie du système respiratoire; mécanisme de la respiration; les échanges gazeux; transport des gaz respiratoires par le sang; régulation de la respiration
Exploration respiratoire du petit animal: Pourquoi explorer la fonction respiratoire du petit animal ?Pléthysmographie; force contractile in vitro.
Explorations Fonctionnelles Respiratoires : réalisation et interprétation des explorations respiratoires enpathologie humaine; spirométrie : Niveau 1 et Niveau 2; capacité de diffusion pulmonaire; gaz du sang artériel; exploration spécifiques des muscles respiratoires; test de marche de 6 minutes; épreuve d’effort; explorations avec séjour en altitude.
Physiologie cardiovasculaire:
Rappels d’anatomie du cœur: dimension, situation et orientation; enveloppe du cœur; tuniques de la paroi du cœur; cavités et gros vaisseaux du cœur; trajet du sang dans le cœur; valves cardiaques; apport sanguin au cœur:circulation coronarienne; propriétés du tissu musculaire cardiaque.
Rappels de physiologie du cœur: régulation du rythme de base; système de conduction du cœur; modification du rythme de base: innervation extrinsèque du cœur; électrocardiographie; phénomènes mécaniques: révolution cardiaque; débit cardiaque; régulation du volume systolique; régulation de la fréquence cardiaque.
Rappels de physiologie vasculaire: anatomie du système circulatoire; système lymphatique; structure paroi vasculaire; pression sanguine; muscle lisse vasculaire et vasomotricité; la fonction endothéliale.
Fonction et dysfonctions vasculaires; exploration fonctionnelle: Mesure de Distensibilité Artérielle; mesure de la vitesse de l’onde artérielle; exploration pharmacologique de la vasomotricité endothélium-dépendante; exploration ultrasonographique; écho-tracking; échographie et échodoppler.
Comment évaluer la fonction vasculaire expérimentalement?Modèle d’anneaux isolés d’artères L’écho-Doppler cardiaque:un outil fabuleux en recherche clinique et expérimentale; Echographie: analyse anatomique et fonctionnelle»; Doppler: analyse des flux; Application aux modèles animaux.
Recherche translationnelle:exemple l’ischémie-reperfusion myocardique (infarctus du myocarde); Modèles animaux; cœur isolé perfusé (Langendorf); Cardiomyocytes isolés; Techniques de cardioprotections.
Endocrinologie: équilibre pondéral
Description du comportement alimentaire; Balance énergétique; Structures centrales de régulation de la prise alimentaire; Mécanismes régulateurs de la prise alimentaire; Les facteurs modulant l’appétit et la prise alimentaire; Bilan nutritionnel; Troubles du comportement alimentaire; Exploration fonctionnelle:impédancemétrie; DEXA (absorptionbi-photonique à rayons X); IRM; évaluation des dépenses: la calorimétrie.
Pharmacologie moléculaire et thérapeutique
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Bases moléculaires et métaboliques des maladies héréditaires
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Introduction to quantitative Biology
Composante
Faculté des Sciences
Cet UE vise à fournir un large aperçu des domaines interdisciplinaires quantitatifs émergents en biosciences, allant des techniques expérimentales de pointe en microscopie et biologie synthétique, aux approches systémiques.
De manière innovante, ces aspects méthodologiques seront présentés dans le contexte de concepts biologiques et biophysiques tels que la robustesse et l'optimalité des systèmes biologiques, la régulation des gènes et les principes fondamentaux sous-jacents à l'organisation des membranes et du génome.
Les principaux sujets seront d'abord introduits avec des cours traditionnels et seront développés par des projets individuels ou en équipe où les étudiants apprendront à appliquer des techniques spécifiques par des exemples, et verront comment celles-ci peuvent être utilisées pour explorer des questions biologiques spécifiques. Ces projets impliqueront des études bibliographiques, l'utilisation d'un code existant ou le développement d'un nouveau code (selon l'expérience de l'étudiant) et constitueront la moitié de l'évaluation finale.
Statistiques appliquées à la biologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de Médecine
Communications cellulaires et signalisation
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE abordera d’abord les principales voies de communications entre les cellules normales et les voies de transduction intracellulaires, rencontrées dans les mécanismes physiologiques et neurophysiologiques.Ainsi, les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) seront étudiés à savoir leur structure, fonction et modulations par des protéines d’interaction impliquée notamment dans le phénomène de désensibilisation. Les principales voies intracellulaires activées par les RCPGsmembranaires seront abordées (voies des MAPkinases, PI3kinase, etc...).
Ensuite, une part importante du cours portera sur le signal calcique et l’homeostasie du Ca2+; le Ca2+étant un signal ubiquitaire dans la signalisation cellulaire. L’homéostasie calcique sera étudiée notamment au cours de la réponse des lymphocytes après stimulation antigénique. Par ailleurs, la production des radicaux libres oxygénés, à l’origine du stress oxydant, est dépendante du Ca2+intracellulaire. Le rôle physiologique des radicaux libres sera abordé, ainsi que leur implication dans le stress oxydant. Dans ce contexte, les voies de protection contre le stress oxydant seront aussi étudiées.Le chapitre suivant abordera le système endocannabinoïde qui permet de récapituler tous les thèmes qui seront évoqués précédemment dans le cours. Le système endocannabinoïde est à l’origine de multiples régulations centrales et périphériques.
Enfin, deux autres thèmes seront abordés: la barrière hématoencéphalique qui permet d’évoquer la communication cellulaire de manière très intégrée entre deux milieux et la cellule -pancréatique dont l’activité est cruciale pour la régulation de la glycémie par la sécrétion d’insuline.
Anglais_FDS
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage_FDS
ECTS
15 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage de deux à 4 mois dans une structure (laboratoire de recherche, entreprise,...) en France ou à l’étranger
TER_FDS
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE TER vise à préparer l’étudiant à organiser et réaliser une analyse bibliographique approfondie permettant d’aborder son stage par la connaissance de l’état de l’art dans le domaine afin notamment de produire une introduction pertinente et réfléchie à son travail expérimental.
CHOIX 3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage long ou à l'étranger
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage de plus de 4 mois dans une structure (laboratoire de recherche, entreprise,...) en France ou à l’étranger
Culture cellulaire
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La culture cellulaire est une technique de base dans les laboratoire et est en constante évolution. Il est important d’en connaître les fondements qui sont souvent mal connus alors qu’il s’agit d’une méthodologie incontournable en recherche et mais aussi dans l’industrie.
Immunopathologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’enseignement est réalisé par des enseignants-chercheurs des UFR de médecine, sciences et pharmacie. Il est organisé en 42 h de cours et de travaux encadrés répartis en 7 thèmes (voir Syllabus) comprenant 2 séries de présentations d’articles ; 1 première série sur des articles proposés par les intervenants de chaque thème traité. Une deuxième série sur des articles au choix des étudiants. Les étudiants organisent un mini-colloque en fin d’UE où les articles sont présentés. Ils rédigent des brèves de ces articles pour la revue Medecine-Sciences.
Analyse pratique des données de génomique en R
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Génétique Médicale et conseil génétique
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Connaissance de l'entreprise et valorisation des brevets
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Vous êtes étudiant de niveau L3/M1 en Languedoc-Roussillon ? Vous souhaitez travailler en petits groupes avec des étudiants d’autres formations et en mode projet, à partir d’un brevet scientifique dormant ? Etre accompagné et challengé par des coachs professionnels de la création d’entreprise ? Inscrivez-vous à PEPITE Patent Project pour présenter un projet de création d’entreprise innovante basée sur l’exploitation d’un brevet réel fourni par une équipe de recherche locale qui vous ouvrira ses portes !
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PEPITE Patent Project, qu’est-ce que c’est ?Une Unité d’Enseignement constitué de temps forts :
-un séminaire « formation outil » de 3 jours
-des rendez-vous réguliers avec les coachs
-des livrables à remettre : note de synthèse, étude de marché, Business Plan
-un pitch final de 10 mn pour présenter son entreprise innovante
CHOIX 1
ECTS
10 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Information Génétique - Epigénétique - Bases Mécanistiques
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Physical Biology
Composante
Faculté des Sciences
Signalisation : Méthodes et Concepts
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bioinformatics and System Biology
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Integrative Pathophysiology
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Principles of Cancer Biology
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX 2
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cell Fate & Plasticity
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Genome Integrity and Cancer
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Immunopathologie 2
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cancer therapy
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
TER_FDS_S3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Projet de recherche fictif_FDS
ECTS
10 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage_FDS
ECTS
20 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage de 4 mois au minimum dans une structure (laboratoire de recherche, entreprise,...) en France ou à l’étranger.
Experimental approaches in Infection Biology
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE vise à renforcer et à illustrer les connaissances acquises dans l’UE «Molecular Bases of Infectious Diseases» par analyse de publications scientifiques sur des thématiques d’infectiologie. Les publications utilisant une variété d’approches moléculaires et cellulaires en Bactériologie, Parasitologie et Virologie (des plus classiques aux plus récentes) sont analysées avec les étudiants.
CHOIX 1
ECTS
10 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie cellulaire
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le programme propose une remise à niveau des connaissance et une étude approfondie des grands concepts et méthodologies de la biologie cellulaire, organisée autour de différents thèmes:
1.Cytosquelette:Introduction aux différents types de cytosquelette. Propriétés de polymérisation de l’actine et de la tubuline. Protéines associées au cytosquelette et régulant la polymérisation. Moteurs moléculaires. Principes de migration cellulaire.
2.Adhérence Cellulaire & Signalisation:Structuresadhésivescellule-cellule et cellule-matrice extracellulaire, leur organisationmoléculaire et dynamique. Fonctions et régulations durant le développement et la pathogénèse. Régulation par voies de signalisation. Mécanotransduction.
3.Adressage et trafic cellulaire: Ubiquitination et protéasome. Adressage vers les compartiments subcellulaires, voies d’endocytose et de sécrétion. Les bases moléculaires du transport vésiculaire, bourgeonnement, fusion, moteurs moléculaires. Signalisation dans le trafic membranaire, maladies génétiques liées au trafic et détournement par les pathogènes.
4.Cycle cellulaire:Introduction historique. Régulation moléculaire du cycle cellulaire. Le fuseau mitotique, dynamique des microtubules et moteurs moléculaires, mécanismes d’attachement des chromosomes, points de contrôle (checkpoints), régulation de la sortie de mitose et la cytokinèse. Dérèglements mitotiques associés aux cellules cancéreuses.
5.Cellules souches: différentiation cellulaire, toti-, pluri-etmultipotence, cellules souches embryonnaires, adultes et cancéreuses.
6.Mort cellulaire programmée: Apoptose, autophagie, nécrose. Étapes et modalités de l'apoptose, voies de signalisation impliquées. Rôle dans le maintien de l'homéostasie. Conséquences physiopathologiques d'une dérégulation de la mort cellulaire programmée.
Différents modèles d’étude sont présentés, afin d’introduire l’importance de l’apport de la diversité biologique dans la découverte des mécanismes cellulaires et moléculaires, ainsi que dans la compréhension des pathologies humaines.
The program offers a refresher of knowledge and an in-depth study of the major concepts and methodologies of cell biology, organized around different themes:
1. Cytoskeleton: Introduction to the different types of cytoskeleton. Polymerization properties of actin and tubulin. Proteins associated with the cytoskeleton and regulating polymerization. Molecular motors. Principles of cell migration.
2. Cellular Adhesion & Signaling: Cell-cell and extracellular cell-matrix adhesive structures, their molecular and dynamic organization. Functions and regulations during development and pathogenesis. Regulation by signaling channels. Mechanotransduction.
3. Addressing and cell traffic: Ubiquitination and proteasome. Addressing to subcellular compartments, endocytosis and secretion pathways. The molecular bases of vesicular transport, budding, fusion, molecular motors. Signaling in membrane trafficking, genetic diseases linked to trafficking and diversion by pathogens.
4. Cell cycle: Historical introduction. Molecular regulation of the cell cycle. The mitotic spindle, microtubule and molecular motor dynamics, chromosome attachment mechanisms, checkpoints, regulation of mitosis output and cytokinesis. Mitotic disorders associated with cancer cells.
5. Stem cells: cell differentiation, toti-, pluri-and multipotency, embryonic, adult and cancer stem cells.
6. Programmed cell death: Apoptosis, autophagy, necrosis. Stages and modalities of apoptosis, signaling pathways involved. Role in maintaining homeostasis. Physiopathological consequences of deregulation of programmed cell death.
Different study models are presented, in order to introduce the importance of the contribution of biological diversity in the discovery of cellular and molecular mechanisms, as well as in the understanding of human pathologies
Biologie Structurale
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bases moléculaires des maladies infectieuses
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est composée principalement de cours théoriques traitant des aspects moléculaires des maladies infectieuses (bactériologie, virologie, parasitologie)
Bactériologie : La nature des agents infectieux. Les méthodes d’études de la pathogénie (technologies d’études in vivo in vitro, in silico et post génomique) Les stratégies des bactéries pathogènes pour survivre dans les organismes : Adhésion des bactéries aux cellules eucaryotes, variation antigénique et variation de phases, invasion des cellules eucaryotes non phagocytaires, mécanismes de résistance à la phagocytose, mécanismes de survie des bactéries dans les cellules phagocytaires, gestion de la perméabilité membranaire, systèmes de sécrétions bactériens (type I, II, III, IV, V, et VI), mécanismes d’acquisition du fer, exotoxines bactériennes, bio-films bactérien, exemples de régulations environnementales (Thermo-regulation, Quorum sensing…).
Parasitologie : Organisation et Physiologie cellulaire des pathogènes majeurs au sein des Eucaryotes unicellulaires parasites (invasion et modification de la cellule hôte ; particularités métaboliques et cibles thérapeutiques) ; Génétique et Biologie moléculaire (organisation du génome, variation antigénique) ; Physiopathologie et échappement à la réponse immunitaire
Virologie : Mécanismes moléculaire du cycle virale; Expression des génomes viraux ; Transformation par les virus ; Stratégie de réplication des virus ; Plasticité des génomes viraux ; Importance structurale des virus dans l’interaction avec l’hôte;
Recherches actuelles en immunologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Teaching is done by teachers and/or researchers at the Faculties of Medicine, Sciences or Pharmacy, or at local research institutes.Course contents will be adapted to current scientific advances.
Teaching is organized in topics (lectures/tutorials, 4 to 5:30 hrs each);each includes an introduction and a seminar. In addition, for each topic, a group of students is in charge of presenting one or two recent scientific research articles.
Examples of subjects treated:
Immune adaptative responses, vaccination
Immune tolerance
Aging of the immune system
Metabolic regulation of the immune response
Immune response regulation by microbiota
Immune system-central nervous system interactions
Immunotherapy, therapeutic antibodies
The Unit is complemented by practical work by groups on a mini-research project that includes design of experiments, realization and analysis. Training is available in the use of flow cytometry data analysis software.Results are presented orally to the entire class.
Statistiques appliquées à la biologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de Médecine
Stage 1 Infectio.
ECTS
10 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Immunopathologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’enseignement est réalisé par des enseignants-chercheurs des UFR de médecine, sciences et pharmacie. Il est organisé en 42 h de cours et de travaux encadrés répartis en 7 thèmes (voir Syllabus) comprenant 2 séries de présentations d’articles ; 1 première série sur des articles proposés par les intervenants de chaque thème traité. Une deuxième série sur des articles au choix des étudiants. Les étudiants organisent un mini-colloque en fin d’UE où les articles sont présentés. Ils rédigent des brèves de ces articles pour la revue Medecine-Sciences.
TER_FDS
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE TER vise à préparer l’étudiant à organiser et réaliser une analyse bibliographique approfondie permettant d’aborder son stage par la connaissance de l’état de l’art dans le domaine afin notamment de produire une introduction pertinente et réfléchie à son travail expérimental.
Stage 2 Infectio.
ECTS
10 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Immune responses to pathogens
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Molecular and Cellular Bacteriology
Composante
Faculté des Sciences
Molecular and Cellular Virology
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX 1
ECTS
10 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Information Génétique - Epigénétique - Bases Mécanistiques
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Physical Biology
Composante
Faculté des Sciences
Signalisation : Méthodes et Concepts
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bioinformatics and System Biology
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Integrative Pathophysiology
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Molecular and Cellular Parasitology
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Projet de recherche fictif + TER (Infectio)
ECTS
10 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage_FDS
ECTS
20 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage de 4 mois au minimum dans une structure (laboratoire de recherche, entreprise,...) en France ou à l’étranger.
CHOIX 2
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Investigation toxicologique
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Investigation toxicologique CT
Composante
Faculté de pharmacie
Investigation toxicologique CC
Composante
Faculté de pharmacie
Bootcamp
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le Bootcamp est un cours intensif au début du premier semestre, avant le début des cours caractérisant les parcours. Son but est de rafraîchir et / ou mettre à niveau les étudiants sur les bases des mathématiques, de la physique, de l'informatique et de la biologie.
Le cours sera adapté en fonction des étudiants recrutés, dans le but de réussir le démarrage du parcours de manière plus homogène. Les élèves seront plongés dans différents jeux de rôle répartis en petits groupes. Ils devront résoudre des énigmes en utilisant leurs connaissances en biologie, physique / mathématiques, chimie et programmation, comme dans un escape game sur plusieurs jours.
Introduction to quantitative Biology
Composante
Faculté des Sciences
Cet UE vise à fournir un large aperçu des domaines interdisciplinaires quantitatifs émergents en biosciences, allant des techniques expérimentales de pointe en microscopie et biologie synthétique, aux approches systémiques.
De manière innovante, ces aspects méthodologiques seront présentés dans le contexte de concepts biologiques et biophysiques tels que la robustesse et l'optimalité des systèmes biologiques, la régulation des gènes et les principes fondamentaux sous-jacents à l'organisation des membranes et du génome.
Les principaux sujets seront d'abord introduits avec des cours traditionnels et seront développés par des projets individuels ou en équipe où les étudiants apprendront à appliquer des techniques spécifiques par des exemples, et verront comment celles-ci peuvent être utilisées pour explorer des questions biologiques spécifiques. Ces projets impliqueront des études bibliographiques, l'utilisation d'un code existant ou le développement d'un nouveau code (selon l'expérience de l'étudiant) et constitueront la moitié de l'évaluation finale.
Neurobiologie des comportements
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les comportements qu’ils soient déterminés par des processus conscients ou inconscients reposent sur des substratums neurobiologiques complexes.Ils sont en effet sous-tendus par des modifications moléculaires et cellulaires au sein du système nerveux modulant des réseaux neuronaux à l’origine de processus moteurs et émotionnels qui sont liés à la mémoire de l’individu. Ces processus sont fondamentaux pour permettre à l’organisme d’élaborer une réponse comportementale intégrée en étroite interaction avec son environnement assurant alors adaptation et survie de l’individu et de son espèce.
Les thèmes abordés dans l’UE Neurobiologie des comportements seront les suivants:
-Gène–comportement
La relation entre génotype et phénotype -Impact de l’environnement –Processus attentionnels/Planification du mouvement -Troubles du comportement (aspects génétique et environnemental)
-Mémoire et plasticité synaptique
Approches méthodologiques d’étude de la plasticité synaptique: électrophysiologie, optogénétique, modèles animaux, tests comportementaux-Facteurs régulateurs de la plasticité synaptique dont génétiques et épigénétiques-Relation plasticité/mémoire-Neurobiologie de la mémoire, de l’oubli et de la reconsolidation
-Neurobiologie des émotions
Substrats neurobiologiques des émotions -Fonctions des émotions -Désadaptation : Aspects pathologiques : Troubles émotionnels
Bases moléculaires et métaboliques des maladies héréditaires
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le programme reprend les notions de base importantes de l’organisation des gènes et différents niveaux de régulation des gènes mais aussi des notions essentielles de génétique des populations humaines jouant un rôle important comme facteurs de risque.Les mécanismes moléculaires impliqués dans les maladies monogéniques ou polyfactorielles sont présentés en prenant des exemples précis. Ceci permet aussi de découvrir les nouveaux outils technologiques à disposition (techniques pan-génomiques, génotypage à haut débit...) permettant des avancées majeures dans ce domaine.Le module enfin offre un aperçu des impacts de ces recherches sur la pratique médicale par le développement de la thérapie cellulaire, de la thérapie génique et de la pharmacogénomique.
Initiation aux métiers de la Recherche clinique
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de Médecine
Physiologie et Homéostasie intégrée
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Trois thèmes principaux sont abordés:
-Etude de l'homéostasie pondérale et thermique en relation avec un modèle de dysfonctionnement : l’obésité.Pour cela seront abordés la balance énergétique avec la prise alimentaire et la dépense énergétique composée du métabolisme de base, de l'activité physique et de la thermogenèse adaptative (TA) et de leur régulation respective.
-Etude des rythmes biologiques, via la description de la nature et des propriétés des rythmes biologiques (ultradiens, circadiens et infradiens), la description des oscillateurs endogènes circadiens, et la présentation détaillée des mécanismes moléculaires des horloges circadiennes.
-Etude des différentes étapes et des principes physiologiques de la respiration. Les enseignements théoriques seront complétés par des séances de travaux dirigés (TD)Les séances de TD sont basées sur des études de documents et l’analyse d’articles scientifiques en anglais. Le choix des différents supports scientifiques vise à montrer l’interaction des différents thèmes abordés et donc le concept de physiologie intégrative.
Exploration fonctionnelle et recherche translationnelle
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Physiologie neuromusculaire:
Muscle strié squelettique: La jonction neuromusculaire; Contraction/Relâchement musculaire; Myotypologie; Plasticité; Métabolisme musculaire.
Les maladies neuromusculaires:Causes; symptômes; diagnostic clinique (examens cliniques; examens de laboratoires): EMG, dosages sanguins, tests fonctionnels, etc.; dystrophies musculaires: myopathie de Duchenne; myopathie de Becker; dystrophie musculaire facioscapiohumérale (FSHD).Dystrophie musculaire facioscapiohumérale FSHD: modèle du poisson zèbre; modèle souris; modèles cellulaires; essais cliniques.
Physiologie respiratoire:
Physiologie respiratoire: Anatomie du système respiratoire; mécanisme de la respiration; les échanges gazeux; transport des gaz respiratoires par le sang; régulation de la respiration
Exploration respiratoire du petit animal: Pourquoi explorer la fonction respiratoire du petit animal ?Pléthysmographie; force contractile in vitro.
Explorations Fonctionnelles Respiratoires : réalisation et interprétation des explorations respiratoires enpathologie humaine; spirométrie : Niveau 1 et Niveau 2; capacité de diffusion pulmonaire; gaz du sang artériel; exploration spécifiques des muscles respiratoires; test de marche de 6 minutes; épreuve d’effort; explorations avec séjour en altitude.
Physiologie cardiovasculaire:
Rappels d’anatomie du cœur: dimension, situation et orientation; enveloppe du cœur; tuniques de la paroi du cœur; cavités et gros vaisseaux du cœur; trajet du sang dans le cœur; valves cardiaques; apport sanguin au cœur:circulation coronarienne; propriétés du tissu musculaire cardiaque.
Rappels de physiologie du cœur: régulation du rythme de base; système de conduction du cœur; modification du rythme de base: innervation extrinsèque du cœur; électrocardiographie; phénomènes mécaniques: révolution cardiaque; débit cardiaque; régulation du volume systolique; régulation de la fréquence cardiaque.
Rappels de physiologie vasculaire: anatomie du système circulatoire; système lymphatique; structure paroi vasculaire; pression sanguine; muscle lisse vasculaire et vasomotricité; la fonction endothéliale.
Fonction et dysfonctions vasculaires; exploration fonctionnelle: Mesure de Distensibilité Artérielle; mesure de la vitesse de l’onde artérielle; exploration pharmacologique de la vasomotricité endothélium-dépendante; exploration ultrasonographique; écho-tracking; échographie et échodoppler.
Comment évaluer la fonction vasculaire expérimentalement?Modèle d’anneaux isolés d’artères L’écho-Doppler cardiaque:un outil fabuleux en recherche clinique et expérimentale; Echographie: analyse anatomique et fonctionnelle»; Doppler: analyse des flux; Application aux modèles animaux.
Recherche translationnelle:exemple l’ischémie-reperfusion myocardique (infarctus du myocarde); Modèles animaux; cœur isolé perfusé (Langendorf); Cardiomyocytes isolés; Techniques de cardioprotections.
Endocrinologie: équilibre pondéral
Description du comportement alimentaire; Balance énergétique; Structures centrales de régulation de la prise alimentaire; Mécanismes régulateurs de la prise alimentaire; Les facteurs modulant l’appétit et la prise alimentaire; Bilan nutritionnel; Troubles du comportement alimentaire; Exploration fonctionnelle:impédancemétrie; DEXA (absorptionbi-photonique à rayons X); IRM; évaluation des dépenses: la calorimétrie.
CHOIX 1
ECTS
15 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Recherches actuelles en immunologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Teaching is done by teachers and/or researchers at the Faculties of Medicine, Sciences or Pharmacy, or at local research institutes.Course contents will be adapted to current scientific advances.
Teaching is organized in topics (lectures/tutorials, 4 to 5:30 hrs each);each includes an introduction and a seminar. In addition, for each topic, a group of students is in charge of presenting one or two recent scientific research articles.
Examples of subjects treated:
Immune adaptative responses, vaccination
Immune tolerance
Aging of the immune system
Metabolic regulation of the immune response
Immune response regulation by microbiota
Immune system-central nervous system interactions
Immunotherapy, therapeutic antibodies
The Unit is complemented by practical work by groups on a mini-research project that includes design of experiments, realization and analysis. Training is available in the use of flow cytometry data analysis software.Results are presented orally to the entire class.
Statistiques appliquées à la biologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de Médecine
Biologie cellulaire
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le programme propose une remise à niveau des connaissance et une étude approfondie des grands concepts et méthodologies de la biologie cellulaire, organisée autour de différents thèmes:
1.Cytosquelette:Introduction aux différents types de cytosquelette. Propriétés de polymérisation de l’actine et de la tubuline. Protéines associées au cytosquelette et régulant la polymérisation. Moteurs moléculaires. Principes de migration cellulaire.
2.Adhérence Cellulaire & Signalisation:Structuresadhésivescellule-cellule et cellule-matrice extracellulaire, leur organisationmoléculaire et dynamique. Fonctions et régulations durant le développement et la pathogénèse. Régulation par voies de signalisation. Mécanotransduction.
3.Adressage et trafic cellulaire: Ubiquitination et protéasome. Adressage vers les compartiments subcellulaires, voies d’endocytose et de sécrétion. Les bases moléculaires du transport vésiculaire, bourgeonnement, fusion, moteurs moléculaires. Signalisation dans le trafic membranaire, maladies génétiques liées au trafic et détournement par les pathogènes.
4.Cycle cellulaire:Introduction historique. Régulation moléculaire du cycle cellulaire. Le fuseau mitotique, dynamique des microtubules et moteurs moléculaires, mécanismes d’attachement des chromosomes, points de contrôle (checkpoints), régulation de la sortie de mitose et la cytokinèse. Dérèglements mitotiques associés aux cellules cancéreuses.
5.Cellules souches: différentiation cellulaire, toti-, pluri-etmultipotence, cellules souches embryonnaires, adultes et cancéreuses.
6.Mort cellulaire programmée: Apoptose, autophagie, nécrose. Étapes et modalités de l'apoptose, voies de signalisation impliquées. Rôle dans le maintien de l'homéostasie. Conséquences physiopathologiques d'une dérégulation de la mort cellulaire programmée.
Différents modèles d’étude sont présentés, afin d’introduire l’importance de l’apport de la diversité biologique dans la découverte des mécanismes cellulaires et moléculaires, ainsi que dans la compréhension des pathologies humaines.
The program offers a refresher of knowledge and an in-depth study of the major concepts and methodologies of cell biology, organized around different themes:
1. Cytoskeleton: Introduction to the different types of cytoskeleton. Polymerization properties of actin and tubulin. Proteins associated with the cytoskeleton and regulating polymerization. Molecular motors. Principles of cell migration.
2. Cellular Adhesion & Signaling: Cell-cell and extracellular cell-matrix adhesive structures, their molecular and dynamic organization. Functions and regulations during development and pathogenesis. Regulation by signaling channels. Mechanotransduction.
3. Addressing and cell traffic: Ubiquitination and proteasome. Addressing to subcellular compartments, endocytosis and secretion pathways. The molecular bases of vesicular transport, budding, fusion, molecular motors. Signaling in membrane trafficking, genetic diseases linked to trafficking and diversion by pathogens.
4. Cell cycle: Historical introduction. Molecular regulation of the cell cycle. The mitotic spindle, microtubule and molecular motor dynamics, chromosome attachment mechanisms, checkpoints, regulation of mitosis output and cytokinesis. Mitotic disorders associated with cancer cells.
5. Stem cells: cell differentiation, toti-, pluri-and multipotency, embryonic, adult and cancer stem cells.
6. Programmed cell death: Apoptosis, autophagy, necrosis. Stages and modalities of apoptosis, signaling pathways involved. Role in maintaining homeostasis. Physiopathological consequences of deregulation of programmed cell death.
Different study models are presented, in order to introduce the importance of the contribution of biological diversity in the discovery of cellular and molecular mechanisms, as well as in the understanding of human pathologies
Communications cellulaires et signalisation
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE abordera d’abord les principales voies de communications entre les cellules normales et les voies de transduction intracellulaires, rencontrées dans les mécanismes physiologiques et neurophysiologiques.Ainsi, les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) seront étudiés à savoir leur structure, fonction et modulations par des protéines d’interaction impliquée notamment dans le phénomène de désensibilisation. Les principales voies intracellulaires activées par les RCPGsmembranaires seront abordées (voies des MAPkinases, PI3kinase, etc...).
Ensuite, une part importante du cours portera sur le signal calcique et l’homeostasie du Ca2+; le Ca2+étant un signal ubiquitaire dans la signalisation cellulaire. L’homéostasie calcique sera étudiée notamment au cours de la réponse des lymphocytes après stimulation antigénique. Par ailleurs, la production des radicaux libres oxygénés, à l’origine du stress oxydant, est dépendante du Ca2+intracellulaire. Le rôle physiologique des radicaux libres sera abordé, ainsi que leur implication dans le stress oxydant. Dans ce contexte, les voies de protection contre le stress oxydant seront aussi étudiées.Le chapitre suivant abordera le système endocannabinoïde qui permet de récapituler tous les thèmes qui seront évoqués précédemment dans le cours. Le système endocannabinoïde est à l’origine de multiples régulations centrales et périphériques.
Enfin, deux autres thèmes seront abordés: la barrière hématoencéphalique qui permet d’évoquer la communication cellulaire de manière très intégrée entre deux milieux et la cellule -pancréatique dont l’activité est cruciale pour la régulation de la glycémie par la sécrétion d’insuline.
Anglais_FDS
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage_FDS
ECTS
15 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage de deux à 4 mois dans une structure (laboratoire de recherche, entreprise,...) en France ou à l’étranger
UE CHOIX MER
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage long ou à l'étranger
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage de plus de 4 mois dans une structure (laboratoire de recherche, entreprise,...) en France ou à l’étranger
Travaux pratiques de Physiologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de TP de physiologie permet de réaliser des enregistrements de potentiel d’action cardiaque sur le cœur de grenouille par la technique de microélectrode intracellulaire. Il s’agit d’une méthode qualitative et quantitative de mesure de l’activité électrique du muscle cardiaque.
Culture cellulaire
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La culture cellulaire est une technique de base dans les laboratoire et est en constante évolution. Il est important d’en connaître les fondements qui sont souvent mal connus alors qu’il s’agit d’une méthodologie incontournable en recherche et mais aussi dans l’industrie.
Connaissance de l'entreprise et valorisation des brevets
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Vous êtes étudiant de niveau L3/M1 en Languedoc-Roussillon ? Vous souhaitez travailler en petits groupes avec des étudiants d’autres formations et en mode projet, à partir d’un brevet scientifique dormant ? Etre accompagné et challengé par des coachs professionnels de la création d’entreprise ? Inscrivez-vous à PEPITE Patent Project pour présenter un projet de création d’entreprise innovante basée sur l’exploitation d’un brevet réel fourni par une équipe de recherche locale qui vous ouvrira ses portes !
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PEPITE Patent Project, qu’est-ce que c’est ?Une Unité d’Enseignement constitué de temps forts :
-un séminaire « formation outil » de 3 jours
-des rendez-vous réguliers avec les coachs
-des livrables à remettre : note de synthèse, étude de marché, Business Plan
-un pitch final de 10 mn pour présenter son entreprise innovante
TER_FDS
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE TER vise à préparer l’étudiant à organiser et réaliser une analyse bibliographique approfondie permettant d’aborder son stage par la connaissance de l’état de l’art dans le domaine afin notamment de produire une introduction pertinente et réfléchie à son travail expérimental.
Physiopathologie musculaire et cardiaque
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX 1
ECTS
10 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Information Génétique - Epigénétique - Bases Mécanistiques
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Physical Biology
Composante
Faculté des Sciences
Signalisation : Méthodes et Concepts
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bioinformatics and System Biology
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Integrative Pathophysiology
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Vieillissement et sénescence
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Thérapie génique et cellulaire
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de Médecine
Volume horaire
30h
TER_FDS_S3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Nutrition humaine (UE PHARMA)
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Projet de recherche fictif_FDS
ECTS
10 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage_FDS
ECTS
20 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage de 4 mois au minimum dans une structure (laboratoire de recherche, entreprise,...) en France ou à l’étranger.
Neurobiologie des comportements
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les comportements qu’ils soient déterminés par des processus conscients ou inconscients reposent sur des substratums neurobiologiques complexes.Ils sont en effet sous-tendus par des modifications moléculaires et cellulaires au sein du système nerveux modulant des réseaux neuronaux à l’origine de processus moteurs et émotionnels qui sont liés à la mémoire de l’individu. Ces processus sont fondamentaux pour permettre à l’organisme d’élaborer une réponse comportementale intégrée en étroite interaction avec son environnement assurant alors adaptation et survie de l’individu et de son espèce.
Les thèmes abordés dans l’UE Neurobiologie des comportements seront les suivants:
-Gène–comportement
La relation entre génotype et phénotype -Impact de l’environnement –Processus attentionnels/Planification du mouvement -Troubles du comportement (aspects génétique et environnemental)
-Mémoire et plasticité synaptique
Approches méthodologiques d’étude de la plasticité synaptique: électrophysiologie, optogénétique, modèles animaux, tests comportementaux-Facteurs régulateurs de la plasticité synaptique dont génétiques et épigénétiques-Relation plasticité/mémoire-Neurobiologie de la mémoire, de l’oubli et de la reconsolidation
-Neurobiologie des émotions
Substrats neurobiologiques des émotions -Fonctions des émotions -Désadaptation : Aspects pathologiques : Troubles émotionnels
Neuropsychopharmacologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de neuropsychopharmacologie traite des mécanismes moléculaires, cellulaires et intégrés à la base du mode d’action des psychotropes en prenant pour exemple quelques pathologies (dépression, schizophrénie, anxiété,....). Elle vise à comprendre comment les principes de la pharmacologie se déclinent spécifiquement dans le cadre des troubles psychiques(par exemple pharmacodynamique, tolérance, dépendance physique, psychique,...). En se basant sur les avancées de la recherche en neurobiologie et leurs applications thérapeutiques médicamenteuses, l’UE vise à comprendre les concepts qui sous-tendent le traitement des troubles psychiatriques.
Neurobiologie du développement
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
1) Quel est le programme génétique qui sous-tend le développement du système nerveux? Ce cours met en évidence le type de décisions qui précisent progressivement le destin neural des cellules et assurent leur fonction nerveuse. Les différentes étapes considérées sont:
(i)la genèse du système nerveux
(ii)la spécification des neurones
(iii)la fonction nerveuse: guidance axonale et connectivité
(iv)le remodelage neuronal
2) Quels sont les interactions moléculaires, cellulaires et environnementales qui contrôlent le développement du système nerveux?
-La synaptogenèse et les grandes étapes du développement.
-Rôles des facteurs neurotrophiques
-Rôles de l’activité électrique
-Les périodes critiques
-Rôles des interactions neurones-cellules gliales.
-Cellules souches neuronales
3) Les pathologies du développement
CHOIX 1
ECTS
15 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Recherches actuelles en immunologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Teaching is done by teachers and/or researchers at the Faculties of Medicine, Sciences or Pharmacy, or at local research institutes.Course contents will be adapted to current scientific advances.
Teaching is organized in topics (lectures/tutorials, 4 to 5:30 hrs each);each includes an introduction and a seminar. In addition, for each topic, a group of students is in charge of presenting one or two recent scientific research articles.
Examples of subjects treated:
Immune adaptative responses, vaccination
Immune tolerance
Aging of the immune system
Metabolic regulation of the immune response
Immune response regulation by microbiota
Immune system-central nervous system interactions
Immunotherapy, therapeutic antibodies
The Unit is complemented by practical work by groups on a mini-research project that includes design of experiments, realization and analysis. Training is available in the use of flow cytometry data analysis software.Results are presented orally to the entire class.
Statistiques appliquées à la biologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de Médecine
Biologie cellulaire
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le programme propose une remise à niveau des connaissance et une étude approfondie des grands concepts et méthodologies de la biologie cellulaire, organisée autour de différents thèmes:
1.Cytosquelette:Introduction aux différents types de cytosquelette. Propriétés de polymérisation de l’actine et de la tubuline. Protéines associées au cytosquelette et régulant la polymérisation. Moteurs moléculaires. Principes de migration cellulaire.
2.Adhérence Cellulaire & Signalisation:Structuresadhésivescellule-cellule et cellule-matrice extracellulaire, leur organisationmoléculaire et dynamique. Fonctions et régulations durant le développement et la pathogénèse. Régulation par voies de signalisation. Mécanotransduction.
3.Adressage et trafic cellulaire: Ubiquitination et protéasome. Adressage vers les compartiments subcellulaires, voies d’endocytose et de sécrétion. Les bases moléculaires du transport vésiculaire, bourgeonnement, fusion, moteurs moléculaires. Signalisation dans le trafic membranaire, maladies génétiques liées au trafic et détournement par les pathogènes.
4.Cycle cellulaire:Introduction historique. Régulation moléculaire du cycle cellulaire. Le fuseau mitotique, dynamique des microtubules et moteurs moléculaires, mécanismes d’attachement des chromosomes, points de contrôle (checkpoints), régulation de la sortie de mitose et la cytokinèse. Dérèglements mitotiques associés aux cellules cancéreuses.
5.Cellules souches: différentiation cellulaire, toti-, pluri-etmultipotence, cellules souches embryonnaires, adultes et cancéreuses.
6.Mort cellulaire programmée: Apoptose, autophagie, nécrose. Étapes et modalités de l'apoptose, voies de signalisation impliquées. Rôle dans le maintien de l'homéostasie. Conséquences physiopathologiques d'une dérégulation de la mort cellulaire programmée.
Différents modèles d’étude sont présentés, afin d’introduire l’importance de l’apport de la diversité biologique dans la découverte des mécanismes cellulaires et moléculaires, ainsi que dans la compréhension des pathologies humaines.
The program offers a refresher of knowledge and an in-depth study of the major concepts and methodologies of cell biology, organized around different themes:
1. Cytoskeleton: Introduction to the different types of cytoskeleton. Polymerization properties of actin and tubulin. Proteins associated with the cytoskeleton and regulating polymerization. Molecular motors. Principles of cell migration.
2. Cellular Adhesion & Signaling: Cell-cell and extracellular cell-matrix adhesive structures, their molecular and dynamic organization. Functions and regulations during development and pathogenesis. Regulation by signaling channels. Mechanotransduction.
3. Addressing and cell traffic: Ubiquitination and proteasome. Addressing to subcellular compartments, endocytosis and secretion pathways. The molecular bases of vesicular transport, budding, fusion, molecular motors. Signaling in membrane trafficking, genetic diseases linked to trafficking and diversion by pathogens.
4. Cell cycle: Historical introduction. Molecular regulation of the cell cycle. The mitotic spindle, microtubule and molecular motor dynamics, chromosome attachment mechanisms, checkpoints, regulation of mitosis output and cytokinesis. Mitotic disorders associated with cancer cells.
5. Stem cells: cell differentiation, toti-, pluri-and multipotency, embryonic, adult and cancer stem cells.
6. Programmed cell death: Apoptosis, autophagy, necrosis. Stages and modalities of apoptosis, signaling pathways involved. Role in maintaining homeostasis. Physiopathological consequences of deregulation of programmed cell death.
Different study models are presented, in order to introduce the importance of the contribution of biological diversity in the discovery of cellular and molecular mechanisms, as well as in the understanding of human pathologies
Communications cellulaires et signalisation
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE abordera d’abord les principales voies de communications entre les cellules normales et les voies de transduction intracellulaires, rencontrées dans les mécanismes physiologiques et neurophysiologiques.Ainsi, les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) seront étudiés à savoir leur structure, fonction et modulations par des protéines d’interaction impliquée notamment dans le phénomène de désensibilisation. Les principales voies intracellulaires activées par les RCPGsmembranaires seront abordées (voies des MAPkinases, PI3kinase, etc...).
Ensuite, une part importante du cours portera sur le signal calcique et l’homeostasie du Ca2+; le Ca2+étant un signal ubiquitaire dans la signalisation cellulaire. L’homéostasie calcique sera étudiée notamment au cours de la réponse des lymphocytes après stimulation antigénique. Par ailleurs, la production des radicaux libres oxygénés, à l’origine du stress oxydant, est dépendante du Ca2+intracellulaire. Le rôle physiologique des radicaux libres sera abordé, ainsi que leur implication dans le stress oxydant. Dans ce contexte, les voies de protection contre le stress oxydant seront aussi étudiées.Le chapitre suivant abordera le système endocannabinoïde qui permet de récapituler tous les thèmes qui seront évoqués précédemment dans le cours. Le système endocannabinoïde est à l’origine de multiples régulations centrales et périphériques.
Enfin, deux autres thèmes seront abordés: la barrière hématoencéphalique qui permet d’évoquer la communication cellulaire de manière très intégrée entre deux milieux et la cellule -pancréatique dont l’activité est cruciale pour la régulation de la glycémie par la sécrétion d’insuline.