M2 - Chimie des biomolecules (BM)

Les thématiques de l’UE sont les suivantes :

Une partie théorique dédiée à la chemoinformatique

Une partie théorique dédiée plus spécifiquement aux outils de modélisation pour le drug-design

Volumes horaires* :

CM : 15 H 

TD :  5 H

Une partie dédiée à l’aspect pratique avec un travail sur ordinateurs

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Les peptides et protéines sont constitués d’enchainement de résidus d’amino-acides leur conférant des propriétés particulières. Leur fonctionnalité dépend de leur séquence et donc des fonctions chimiques qu’ils portent, et est également grandement modulée par leur structure. En plus de la synthèse conventionnelle de peptides, des options avancées de modification fonctionnelles, des structures, et des propriétés pouvant modifier ou améliorer de manière significative les propriétés du peptide qui en résulte seront développés. Les développements significatifs biotechnologiques tant dans le domaine chimique que biologique seront abordés conduisant à large éventail d’applications dans lesquelles les peptides et protéines sont utilisés avec succès.

Volumes horaires* :

CM :15

TD :5

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Les récepteurs représentent un intérêt majeur en chimie médicinale et constituent plus de 40% des cibles thérapeutiques actuelles. Cette unité d’enseignement constitue une approche interdisciplinaire permettant de dispenser les concepts de base et les notions fondamentales en réceptologie nécessaires à l’étudiant(e) poursuivant sa formation en chimie des biomolécules à l’interface chimie-biologie.

Volumes horaires* :

CM : 15 H 

TD :  5 H

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Discusses nucleic acid structure and function. Reviews methods used to synthesize DNA and RNA-based oligonucleotides, and chemical reactions that lead to modifications of nucleic acids for therapeutic and diagnostic applications. Additional topics include: nucleic acid molecular beacons, antisense and SiRNA oligonucleotides and DNA arrays.

Volumes horaires* :

            CM : 15 H  

            TD :  5 H

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 Approfondissement des connaissances en RMN ¹H, ¹³C, ¹⁹F, ²⁹Si, ³¹P, ainsi que des méthodes bidimentionnelles. Des notions de RPE seront également abordées (principe et applications).

Volumes horaires* :

CM :  15 H

TD :   5 H

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Dans cet enseignement sont abordés les différents outils moléculaires ou supramoléculaires permettant la vectorisation et la délivrance de principes actifs selon le type de cellules ou d’organites intracellulaires ciblés. Les interactions ligands récepteurs seront traitées de même que les méthodes de préparation et d’activation des conjugués. Des exemples de médicaments seront présentés.

Volumes horaires* :

CM :  15 H

TD :   5 H

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Connaissance des techniques les plus récentes de spectrométrie de masse pour la détection, l’identification et la caractérisation structurale de molécules organiques et biomolécules.

Applications en chimie (industrie pharmaceutique) et biologie (approches Omiques).

1) Elucidation structurale (Technologies de caractérisation des ions) :

• LC/MS/MS et mesures de masses exactes 
• Marquage isotopique, Echange H/D
• Mobilité ionique

2) Analyse de surfaces et imagerie (cartographie moléculaire)

3) Application en chimie et biologie : caractérisation de petites molécules organiques et de biomolécules.

Volumes horaires* :

CM : 15 H

TD : 5 H

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The course will focus on organic chemistry and post-functionalization of biomolecules applied to peptides, proteins and nucleic acids (DNA and RNA) with applications in gene therapy, biosensing and design of probes for biological studies.

Volumes horaires* :

CM : 15 H 

TD :  5 H

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Les sujets suivants seront traités :

- Triglycérides

- Phospholipides et sphingolipides

- Glycolipides

- Vitamines liposolubles

- Hormones stéroïdes

- Sels biliaires

- Structure et synthèse des prostaglandines et des leucotriènes

Volumes horaires* :

CM : 15

TD : 5

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Les sujets suivants seront traités :

- Mécanisme général de la glycosylation

- Synthèse des donneurs de glycosyle

- Méthodes d’activation des donneurs de glycosyle

- Synthèse stéréosélective de quelques oligosaccharides naturels

Volumes horaires* :

CM : 15

TD : 5

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Connaissance des limitations associées à l’administration d’un principe actif (solubilité, biodisponibilité, …).

Descriptif général des systèmes enzymatiques impliqués dans la biotransformation des nutriments et composés exogènes.

Descriptif des principaux modes de passage membranaire et systèmes de transports des biomolécules fondamentales (sucres, amino-acides, nucléosides…).

Exemples de conception de prodrogue(s) et de bioprécurseur(s).

Volumes horaires* :

CM :  15 H

TD :   5 H

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Cette unité d’enseignement est dédiée à la présentation des matériaux et nanomatériaux inorganiques destinés à une utilisation dans le domaine biomédical (imagerie, thérapie, implants). Cette UE est l’approfondissement des connaissances acquises dans l’UE HAC930C (Développement des matériaux pour la santé). Il s’agit de développer les problématiques de santé et les matériaux et nanomatériaux inorganiques dans le diagnostic, la thérapie et le bien-être. Les stratégies de développement des matériaux et nanomatériaux inorganiques du futur basées sur la théragnostique et la multifonctionalité, et les matériaux intelligents seront également abordés.

L’UE comporte des enseignements dispensés en cours magistraux, et en travaux dirigés. Un projet en groupe sur l’étude (théorique) d’un matériau ou de nanomatériaux inorganiques pour la santé sera proposé aux étudiants

Volumes horaires* :

            CM : 11

            TD : 9

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Un stage d’une durée de 5 à 6 mois doit être effectué dans un laboratoire de recherche ou de recherche et développement spécialisé en chimie organique, chimie des biomolécules, chimie du vivant, en instrumentation analytique ou en analyses/développements analytiques. Ainsi, les étudiants auront la possibilité d’effectuer ce stage de fin d’étude au sein de laboratoires de recherche académiques ou privés. Sous réserve de l’acceptation préalable de l’équipe pédagogique (sujet de stage en lien avec les enseignements du master et environnement/moyens adéquats), l’étudiant pourra rechercher une équipe d’accueil en milieu académique dans les instituts du Pôle Chimie de l’Université de Montpellier (IBMM, ICGM, IEM…), dans des laboratoires académiques hors de l’Université de Montpellier (en France ou à l’étranger) ou en secteur privé (industries chimiques, pharmaceutiques, agroalimentaires, cosmétiques, laboratoires de biotechnologies, …) ainsi que dans des structures de recherche de type plateformes protéomiques / métabolomiques / fluxomiques.

Le projet de recherche qui sera confié aux étudiants devra être en lien avec les compétences et expertises acquises lors des semestres antérieurs et des unités d’enseignements suivis, en particulier au semestre 9 selon l’orientation choisie.

Ce stage d’une durée de 5 à 6 mois pourra débuter à partir de mi-janvier après la session d’examen et ne pourra excéder 6 mois pour une période au semestre 10 comprise durant la validité de l’inscription universitaire. L’équipe pédagogique du master Chimie des Biomolécules conseillera les étudiants pour trouver un stage correspondant à leurs aspirations et capacités.

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Information scientifique : Cet enseignement a pour but de familiariser les étudiants avec la recherche et gestion d’informations scientifiques. Dans ce cadre, les outils récents de recherche bibliographiques seront explicités et utilisés lors de cours/TD (Documentation électronique : Scifinder / Isis / Belstein). Des formations aux fonctionnalités de l’outil Zotero et à l’utilisation du cahier de laboratoire électronique seront également dispensées. La rédaction et l’exploitation de publications scientifiques seront abordées.

Projet bibliographique : Les outils de recherche d’informations scientifiques seront appliqués à un cas concret. L’étudiant se verra ainsi proposer par l'équipe pédagogique un sujet bibliographique en lien avec l'orientation qu'il aura choisie. Ce sujet bibliographique pourra, le cas échéant, être défini en accord avec la structure d’accueil dans laquelle le stage sera effectué.

Pour ce projet personnel, l’étudiant aura accès à toutes les sources bibliographiques de l’université ou de l’entreprise qui l’accueille. Le travail bibliographique pourra éventuellement être couplé avec l’unité d’enseignement d’anglais afin de préparer une soutenance orale de type communication orale en congrès international.

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Cet enseignement a pour vocation de mettre en évidence les processus biologiques au niveau cellulaire ou même chez des sujets vivants. Différentes approches d’imagerie moléculaire seront abordées (sondes fluorescentes, radiomarquage).

Volumes horaires* :

            CM :  9 H

           Terrain : 11 H

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Les principes de la chimie verte fournissent des bases pour l’évaluation et la conception de nouveaux produits et procédés chimiques qui minimisent les impacts négatifs sur la santé humaine et l’environnement. Dans cette unité d’enseignement, proposée aux étudiants M2 du Master de Chimie des Biomolécules (BM), Orientation 2 (O2), seront abordés les principes et concepts de base de la Chimie Verte, et leurs applications dans le domaine des méthodes d’activation non-conventionnelles et l’utilisation de milieux alternatifs en synthèse organique.

Volumes horaires* :

CM :  9 H

Terrain : 11 h

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Seront enseignées dans le cadre de cette UE, les techniques permettant l’extraction de biomolécules (Précipitation des protéines, SPE), ainsi que les techniques permettant la séparation des biomolécules (chromatographie, électrophorèse).

Volumes horaires* :

            CM : 9 h

            Terrain : 11 h

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Les peptides et protéines sont constitués d’enchainement de résidus d’amino-acides leur conférant des propriétés particulières. Leur fonctionnalité dépend de leur séquence et donc des fonctions chimiques qu’ils portent, et est également grandement modulée par leur structure. En plus de la synthèse conventionnelle de peptides, des options avancées de modification fonctionnelles, des structures, et des propriétés pouvant modifier ou améliorer de manière significative les propriétés du peptide qui en résulte seront développés. Les développements significatifs biotechnologiques tant dans le domaine chimique que biologique seront abordés conduisant à large éventail d’applications dans lesquelles les peptides et protéines sont utilisés avec succès.

Volumes horaires* :

CM :15

TD :5

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En chimie, la synthèse en phase solide est une méthode dans laquelle les molécules sont liées de manière covalente sur un support solide et synthétisées étape par étape en utilisant des groupes protecteurs sélectifs. Cet enseignement appliqué a pour objet de fournir une compréhension globale de ce domaine et d’examiner les stratégies supportées permettant la préparation pratique de polypeptides et d’oligonucléotides.

Volumes horaires* :

CM : 9 H 

Terrain : 11 H

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Discusses nucleic acid structure and function. Reviews methods used to synthesize DNA and RNA-based oligonucleotides, and chemical reactions that lead to modifications of nucleic acids for therapeutic and diagnostic applications. Additional topics include: nucleic acid molecular beacons, antisense and SiRNA oligonucleotides and DNA arrays.

Volumes horaires* :

            CM : 15 H  

            TD :  5 H

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Dans cet enseignement sont abordés les différents outils moléculaires ou supramoléculaires permettant la vectorisation et la délivrance de principes actifs selon le type de cellules ou d’organites intracellulaires ciblés. Les interactions ligands récepteurs seront traitées de même que les méthodes de préparation et d’activation des conjugués. Des exemples de médicaments seront présentés.

Volumes horaires* :

CM :  15 H

TD :   5 H

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The course will focus on organic chemistry and post-functionalization of biomolecules applied to peptides, proteins and nucleic acids (DNA and RNA) with applications in gene therapy, biosensing and design of probes for biological studies.

Volumes horaires* :

CM : 15 H 

TD :  5 H

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 Approfondissement des connaissances en RMN ¹H, ¹³C, ¹⁹F, ²⁹Si, ³¹P, ainsi que des méthodes bidimentionnelles. Des notions de RPE seront également abordées (principe et applications).

Volumes horaires* :

CM :  15 H

TD :   5 H

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Cet enseignement vise à décrire les outils de synthèse appliqués à des molécules complexes et polyfonctionnelles. Les approches rétrosynthètiques et stéréocontrôlées seront abordées de même que l’usage raisonné des groupements protecteurs.

Volumes horaires* :

CM :  9 H

Terrain : 11 H

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Les réactions de bioconjugaison présentent un intérêt majeur dans les sciences biomédicales et permettent aux chimistes de modifier les biomolécules afin de leur conférer de nouvelles fonctions ou propriétés. Dans ce cours seront abordées les stratégies de bioconjugaison et de marquage de biomolécules permettant d’explorer des systèmes biologiques complexes. Les séances de travaux pratiques permettront d’illustrer ces concepts au travers d’exemples de bioconjugaison de plateformes osidiques et nucléotidiques.

Volumes horaires* :

CM : 9 H 

Terrain : 11 H

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Connaissance des techniques les plus récentes de spectrométrie de masse pour la détection, l’identification et la caractérisation structurale de molécules organiques et biomolécules.

Applications en chimie (industrie pharmaceutique) et biologie (approches Omiques).

1) Elucidation structurale (Technologies de caractérisation des ions) :

• LC/MS/MS et mesures de masses exactes 
• Marquage isotopique, Echange H/D
• Mobilité ionique

2) Analyse de surfaces et imagerie (cartographie moléculaire)

3) Application en chimie et biologie : caractérisation de petites molécules organiques et de biomolécules.

Volumes horaires* :

CM : 15 H

TD : 5 H

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Les sujets suivants seront traités :

- Triglycérides

- Phospholipides et sphingolipides

- Glycolipides

- Vitamines liposolubles

- Hormones stéroïdes

- Sels biliaires

- Structure et synthèse des prostaglandines et des leucotriènes

Volumes horaires* :

CM : 15

TD : 5

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Les sujets suivants seront traités :

- Mécanisme général de la glycosylation

- Synthèse des donneurs de glycosyle

- Méthodes d’activation des donneurs de glycosyle

- Synthèse stéréosélective de quelques oligosaccharides naturels

Volumes horaires* :

CM : 15

TD : 5

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Un stage d’une durée de 5 à 6 mois doit être effectué dans un laboratoire de recherche ou de recherche et développement spécialisé en chimie organique, chimie des biomolécules, chimie du vivant, en instrumentation analytique ou en analyses/développements analytiques. Ainsi, les étudiants auront la possibilité d’effectuer ce stage de fin d’étude au sein de laboratoires de recherche académiques ou privés. Sous réserve de l’acceptation préalable de l’équipe pédagogique (sujet de stage en lien avec les enseignements du master et environnement/moyens adéquats), l’étudiant pourra rechercher une équipe d’accueil en milieu académique dans les instituts du Pôle Chimie de l’Université de Montpellier (IBMM, ICGM, IEM…), dans des laboratoires académiques hors de l’Université de Montpellier (en France ou à l’étranger) ou en secteur privé (industries chimiques, pharmaceutiques, agroalimentaires, cosmétiques, laboratoires de biotechnologies, …) ainsi que dans des structures de recherche de type plateformes protéomiques / métabolomiques / fluxomiques.

Le projet de recherche qui sera confié aux étudiants devra être en lien avec les compétences et expertises acquises lors des semestres antérieurs et des unités d’enseignements suivis, en particulier au semestre 9 selon l’orientation choisie.

Ce stage d’une durée de 5 à 6 mois pourra débuter à partir de mi-janvier après la session d’examen et ne pourra excéder 6 mois pour une période au semestre 10 comprise durant la validité de l’inscription universitaire. L’équipe pédagogique du master Chimie des Biomolécules conseillera les étudiants pour trouver un stage correspondant à leurs aspirations et capacités.

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Information scientifique : Cet enseignement a pour but de familiariser les étudiants avec la recherche et gestion d’informations scientifiques. Dans ce cadre, les outils récents de recherche bibliographiques seront explicités et utilisés lors de cours/TD (Documentation électronique : Scifinder / Isis / Belstein). Des formations aux fonctionnalités de l’outil Zotero et à l’utilisation du cahier de laboratoire électronique seront également dispensées. La rédaction et l’exploitation de publications scientifiques seront abordées.

Projet bibliographique : Les outils de recherche d’informations scientifiques seront appliqués à un cas concret. L’étudiant se verra ainsi proposer par l'équipe pédagogique un sujet bibliographique en lien avec l'orientation qu'il aura choisie. Ce sujet bibliographique pourra, le cas échéant, être défini en accord avec la structure d’accueil dans laquelle le stage sera effectué.

Pour ce projet personnel, l’étudiant aura accès à toutes les sources bibliographiques de l’université ou de l’entreprise qui l’accueille. Le travail bibliographique pourra éventuellement être couplé avec l’unité d’enseignement d’anglais afin de préparer une soutenance orale de type communication orale en congrès international.

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Description des techniques les plus récentes de spectrométrie de masse pour les analyses en industrie pharmaceutique (développement de médicaments : Drug discovery et analyses en phase pré-clinique).

Instrumentations et modes d’acquisition en spectrométrie de masse en industrie pharmaceutique pour les applications suivantes :

• Analyses dans les diverses étapes du développement d’un médicament,
• Analyses qualitative en métabolisme,
• Analyses quantitatives en pharmacocinétique.

Volumes horaires* :

            CM : 15 H

           Terrain : 5 H

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Seront enseignées dans le cadre de cette UE, les techniques permettant l’extraction de biomolécules (Précipitation des protéines, SPE), ainsi que les techniques permettant la séparation des biomolécules (chromatographie, électrophorèse).

Volumes horaires* :

            CM : 9 h

            Terrain : 11 h

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Les peptides et protéines sont constitués d’enchainement de résidus d’amino-acides leur conférant des propriétés particulières. Leur fonctionnalité dépend de leur séquence et donc des fonctions chimiques qu’ils portent, et est également grandement modulée par leur structure. En plus de la synthèse conventionnelle de peptides, des options avancées de modification fonctionnelles, des structures, et des propriétés pouvant modifier ou améliorer de manière significative les propriétés du peptide qui en résulte seront développés. Les développements significatifs biotechnologiques tant dans le domaine chimique que biologique seront abordés conduisant à large éventail d’applications dans lesquelles les peptides et protéines sont utilisés avec succès.

Volumes horaires* :

CM :15

TD :5

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Les thématiques de l’UE sont les suivantes :

Une partie théorique dédiée à la chemoinformatique

Une partie théorique dédiée plus spécifiquement aux outils de modélisation pour le drug-design

Volumes horaires* :

CM : 15 H 

TD :  5 H

Une partie dédiée à l’aspect pratique avec un travail sur ordinateurs

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Discusses nucleic acid structure and function. Reviews methods used to synthesize DNA and RNA-based oligonucleotides, and chemical reactions that lead to modifications of nucleic acids for therapeutic and diagnostic applications. Additional topics include: nucleic acid molecular beacons, antisense and SiRNA oligonucleotides and DNA arrays.

Volumes horaires* :

            CM : 15 H  

            TD :  5 H

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Connaissance des techniques de LC/MS et LC/MS/MS pour la caractérisation molécules organiques et biomolécules en milieux complexes. 

Description des instruments et des modes d’acquisition qui seront utilisés en TP.

1) Techniques de Chromatographie en mode analytique couplées à la spectrométrie de masse avec ionisation ambiante :

• Instrumentations de type LC/MS,
• Instrumentations de type LC/MS/MS.

2) Dispositifs d’acquisition des données spectrales en couplage.

Volumes horaires* :

CM : 9 H

Terrain : 11 H

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 Approfondissement des connaissances en RMN ¹H, ¹³C, ¹⁹F, ²⁹Si, ³¹P, ainsi que des méthodes bidimentionnelles. Des notions de RPE seront également abordées (principe et applications).

Volumes horaires* :

CM :  15 H

TD :   5 H

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L’objectif de cette UE est de donner aux étudiants une formation théorique et pratique des techniques fondamentales de séparation et purification des biomolécules

Volumes horaires* :
CM : 9h
Terrain : 11h

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Understanding of screening techniques for bioactive molecules, and more generally in vitro tests used to measure a biological event in the perspective of drug discovery or diagnosis.

1) Pharmacological and biophysical fundamentals describing a biological event, target of biological tests:

2) Biological tests for the development of medicines or diagnostics

3) Applications, case studies, critical analyses.

Volumes horaires* :

CM : 15 H

TD : 5 H

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Connaissance des techniques les plus récentes de spectrométrie de masse pour la détection, l’identification et la caractérisation structurale de molécules organiques et biomolécules.

Applications en chimie (industrie pharmaceutique) et biologie (approches Omiques).

1) Elucidation structurale (Technologies de caractérisation des ions) :

• LC/MS/MS et mesures de masses exactes 
• Marquage isotopique, Echange H/D
• Mobilité ionique

2) Analyse de surfaces et imagerie (cartographie moléculaire)

3) Application en chimie et biologie : caractérisation de petites molécules organiques et de biomolécules.

Volumes horaires* :

CM : 15 H

TD : 5 H

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Les sujets suivants seront traités :

- Triglycérides

- Phospholipides et sphingolipides

- Glycolipides

- Vitamines liposolubles

- Hormones stéroïdes

- Sels biliaires

- Structure et synthèse des prostaglandines et des leucotriènes

Volumes horaires* :

CM : 15

TD : 5

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Les sujets suivants seront traités :

- Mécanisme général de la glycosylation

- Synthèse des donneurs de glycosyle

- Méthodes d’activation des donneurs de glycosyle

- Synthèse stéréosélective de quelques oligosaccharides naturels

Volumes horaires* :

CM : 15

TD : 5

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Un stage d’une durée de 5 à 6 mois doit être effectué dans un laboratoire de recherche ou de recherche et développement spécialisé en chimie organique, chimie des biomolécules, chimie du vivant, en instrumentation analytique ou en analyses/développements analytiques. Ainsi, les étudiants auront la possibilité d’effectuer ce stage de fin d’étude au sein de laboratoires de recherche académiques ou privés. Sous réserve de l’acceptation préalable de l’équipe pédagogique (sujet de stage en lien avec les enseignements du master et environnement/moyens adéquats), l’étudiant pourra rechercher une équipe d’accueil en milieu académique dans les instituts du Pôle Chimie de l’Université de Montpellier (IBMM, ICGM, IEM…), dans des laboratoires académiques hors de l’Université de Montpellier (en France ou à l’étranger) ou en secteur privé (industries chimiques, pharmaceutiques, agroalimentaires, cosmétiques, laboratoires de biotechnologies, …) ainsi que dans des structures de recherche de type plateformes protéomiques / métabolomiques / fluxomiques.

Le projet de recherche qui sera confié aux étudiants devra être en lien avec les compétences et expertises acquises lors des semestres antérieurs et des unités d’enseignements suivis, en particulier au semestre 9 selon l’orientation choisie.

Ce stage d’une durée de 5 à 6 mois pourra débuter à partir de mi-janvier après la session d’examen et ne pourra excéder 6 mois pour une période au semestre 10 comprise durant la validité de l’inscription universitaire. L’équipe pédagogique du master Chimie des Biomolécules conseillera les étudiants pour trouver un stage correspondant à leurs aspirations et capacités.

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Information scientifique : Cet enseignement a pour but de familiariser les étudiants avec la recherche et gestion d’informations scientifiques. Dans ce cadre, les outils récents de recherche bibliographiques seront explicités et utilisés lors de cours/TD (Documentation électronique : Scifinder / Isis / Belstein). Des formations aux fonctionnalités de l’outil Zotero et à l’utilisation du cahier de laboratoire électronique seront également dispensées. La rédaction et l’exploitation de publications scientifiques seront abordées.

Projet bibliographique : Les outils de recherche d’informations scientifiques seront appliqués à un cas concret. L’étudiant se verra ainsi proposer par l'équipe pédagogique un sujet bibliographique en lien avec l'orientation qu'il aura choisie. Ce sujet bibliographique pourra, le cas échéant, être défini en accord avec la structure d’accueil dans laquelle le stage sera effectué.

Pour ce projet personnel, l’étudiant aura accès à toutes les sources bibliographiques de l’université ou de l’entreprise qui l’accueille. Le travail bibliographique pourra éventuellement être couplé avec l’unité d’enseignement d’anglais afin de préparer une soutenance orale de type communication orale en congrès international.

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