Niveau d'étude visé
BAC +3
ECTS
180 crédits
Durée
3 ans
Structure de formation
Faculté des Sciences, Faculté de pharmacie
Langue(s) d'enseignement
Français
Présentation
La licence Sciences de la Vie est une formation généraliste, qui s’intéresse à toutes les disciplines de l’étude du vivant : biologie animale et végétale, biologie cellulaire et moléculaire, biologie du développement, génétique, physiologie végétale et animale, infectiologie, immunologie, écologie, biologie évolutive, etc...
La théorie est complétée par des travaux en laboratoire (biochimie, bactériologie, physiologie animale et végétale, cultures in vitro, dissections, etc.) et/ou sur le terrain (échantillonnages, etc.).
Le cursus comprend également un volet méthodologie : méthode et raisonnement scientifiques, analyse de données, rédaction scientifique de comptes rendus, dessins d'observation, acquisition des techniques et outils (microscope, par exemple).
Des disciplines complémentaires et nécessaires à la formation de tout scientifique sont également enseignées: mathématiques, physique, chimie et informatique en tant qu'outils pour le biologiste, sciences de la Terre, et l'anglais général et scientifique..
La formation commence en L1 au sein d'un portail unique Sciences de la Vie – Santé, Environnement (SVSE), avec des options qui permettent de personnaliser son parcours. Des parcours de spécialisation sont ensuite proposés à partir de la L2 ou en L3.
La formation de licence, d’une durée de 3 ans, comprend des cours magistraux, des travaux dirigés (TD, des travaux pratiques (TP) et, suivant les parcours, un stage organisé sous forme d’unité d’enseignement (UE). Chaque UE est évaluée sous forme d’un contrôle continu et/ou d’un examen terminal en fin de semestre. L’obtention de la licence donne droit à 180 crédits.
Les diplômé-e-s pourront exercer leurs fonctions dans divers domaines : agroalimentaire, pharmaceutique, biotechnologies, environnement, recherche, enseignement, etc.
Objectifs
De formation généraliste et pluridisciplinaire, la licence Sciences de la Vie- a pour but de donner une formation complète dans le domaine des sciences du vivant. Le cursus associe à la fois des enseignements fondamentaux et théoriques, et un apprentissage des outils méthodologiques.
La licence SV permet d'acquérir une vision intégrée de la biologie. Elle s'intéresse à l'environnement, à la biodiversité, à la recherche biomédicale, à l'amélioration et la santé des plantes, à la compréhension des mécanismes fondamentaux du vivant.
La spécialisation en parcours permet aux étudiant-e-s de s'orienter vers les différents domaines de la biologie.
Savoir faire et compétences
- Compétences disciplinaires :
- Mobiliser les concepts fondamentaux et les technologies de biologie moléculaire, de biochimie, de biologie cellulaire, de génétique, de microbiologie, de physiologie, d’immunologie, de classification du vivant, de biologie du développement et d’évolution pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation.
- Mobiliser les concepts fondamentaux de l’écologie et des écosystèmes pour situer les problématiques biologiques et physiologiques.
- Comprendre, identifier et mener en autonomie les différentes étapes d’une démarche expérimentale.
- Identifier, choisir et appliquer une combinaison d’outils analytiques (techniques courantes, instrumentation) adaptés pour caractériser les organismes (de la biomolécule à l’individu dans sa complexité) et leur fonctionnement aux différents niveaux d’analyse (métabolisme intracellulaire, biologie et physiologie des organismes complexes, interactions entre individus et groupes, interactions avec le milieu).
- Interpréter et analyser des données expérimentales pour envisager leur modélisation.
- Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier ses limites de validité.
- Identifier les sources d’erreur pour calculer l’incertitude sur un résultat expérimental.
- Manipuler les mécanismes fondamentaux à l’échelle microscopique, modéliser les phénomènes macroscopiques, relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques.
- Exploiter des logiciels d’acquisition et d’analyse de données avec un esprit critique.
- Mobiliser les concepts et les outils des mathématiques, de la physique, de la chimie et de l’informatique dans le cadre des problématiques des sciences du vivant.
- Identifier les réglementations spécifiques et mettre en œuvre les principales mesures de prévention en matière d'hygiène et de sécurité.
- Compétences pré-professionnelles :
- Situer son rôle et sa mission au sein d'une organisation pour s'adapter et prendre des initiatives.
- Identifier le processus de production, de diffusion et de valorisation des savoirs.
- Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale.
- Travailler en équipe autant qu’en autonomie et responsabilité au service d’un projet.
- Identifier et situer les champs professionnels potentiellement en relation avec les acquis de la mention ainsi que les parcours possibles pour y accéder.
- Caractériser et valoriser son identité, ses compétences et son projet professionnel en fonction d’un contexte.
- Se mettre en recul d’une situation, s’auto évaluer et se remettre en question pour apprendre.
- Compétences transversales et linguistiques :
- Utiliser les outils numériques de référence et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe.
- Identifier et sélectionner diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet.
- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.
- Développer une argumentation avec esprit critique.
- Se servir aisément des différents registres d’expression écrite et orale de la langue française.
- Se servir aisément de la compréhension et de l’expression écrites et orales dans au moins une langue vivante étrangère (l’anglais scientifique est fortement recommandé).
Formation internationale
Formation ayant des partenariats formalisés à l’internationalDimension internationale
Il est possible de faire une partie de ses études à l’étranger dans le cadre du programme ERASMUS et par divers autres programmes (par exemple ERASMUS-MUNDUS, BCI (Québec), etc.). Il faut pour cela s'y prendre à l'avance et bien préparer son dossier.
Organisation
Contrôle des connaissances
Contrôle continu intégral ou terminal, en fonction des UE.
Taux de réussite :
40-50% en L1, 60 à 80% en L2, selon les parcours, 80 à 90% en L3, selon les parcours.
Aménagements particuliers
Des aménagements sont possible pour les étudiant-e-s sportifs-ves de haut niveau, pour les étudiant-e-s en situation de handicap ou pour les étudiant-e-s qui travaillent en dehors de leurs études; Voir le site de la FDS pour plus de détails.
Programme
La 1re année, L1 portail Science de la Vie Santé Environnement (SVSE), est une année de tronc commun durant laquelle sont enseignées les matières fondamentales pour l’apprentissage de la biologie (notion de base en biologie, chimie, mathématiques, physique), mais aussi la méthode et le raisonnement scientifique. Il est possible de choisir des options (1 au premier semestre, 2 au deuxième) pour personnaliser son parcours. Il est aussi possible d'intégrer des formations de préparation aux études de santé (médecine, pharmacie, kinésithérapie, odontologie, etc…, L1 LAS), ou de préparation aux concours des écoles supérieures d'agronomie ou des écoles vétérinaires (parcours PCAV).
Lors de la 2ème année (L2), il est possible de conserver un aspect généraliste en biologie, avec des options pour commencer une spécialisation, ou de d'intégrer un parcours spécialisé dans l'écologie scientifique et la biologie de l'évolution (parcours BE).
Lors de la 3ème année, il est possible de se spécialiser en intégrant un des 8 parcours proposés par le département Biologie-Mécanismes du Vivant (Bio-MV): physiologie animale et neurosciences (parcours PAN), biochimie (parcours Bioch), biologie moléculaire et biologie cellulaire (parcours BMC), microbiologie (parcours Mic), biologie des plantes et agroenvironnement (BiPAgro), Biotechnologies, biotraçabilité et bioressources (parcours BBB), ou métiers de l'enseignement (parcours BioME), mais aussi parcours SVT-CME au sein de la licence ST).
La liste des Unités d’Enseignement pour chaque année et portail est à consulter sur le site de la Faculté des Sciences.
NB: il y a des contraintes de places dans les parcours et pour certaines UE optionnelles, liées à nos capacités d'accueil (personnel et locaux).
Il est également possible de faire des UEs supplémentaires (avec au maximum 36 ECTS par semestre) ou dans certains cas de faire valider un engagement associatif comme UE supplémentaire.
Sélectionnez un programme
Licence 2
Licence 3
Biologie Cellulaire et Moléculaire 2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S3 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
Partie Biologie moléculaire : Les bases moléculaires et structurales des acides nucléiques seront développées et approfondies pour comprendre les propriétés physicochimiques des acides nucléiques, qui ouvrent diverses perspectives d’applications technologiques, et les mécanismes moléculaires des principales étapes de la Biologie Moléculaire, comme la réplication de l’ADN, la transcription de gènes en ARNm et la traduction de ceux-ci en protéines. Ces étapes, illustrées par les évidences expérimentales déduites de diverses études historiques, seront étudiées en profondeur chez les procaryotes. Des comparaisons avec les eucaryotes seront par la suite également discutées. Les mécanismes moléculaires des réparations de l’ADN seront également décrits et développés.
Partie Biologie cellulaire : Seront abordés les concepts majeurs de la formation de complexe protéique membranaires et cytosolique particulièrement dans le contexte des voies de signalisation cellulaire. Les notions de ligands, récepteurs, protéines échafaudage, protéines enzymatiques de signalisation, seconds messagers intracellulaires, cinétiques de réponses seront présentés. Les techniques de biochimie et de biologie cellulaire permettant de mettre en évidence la présence et la localisation de protéines dans des cellules et tissus seront exposées.
Bases de la physiologie végétale
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est une UE transversale de L2 SV visant à donner aux étudiants en Biologie des bases de connaissances fondamentales sur le fonctionnement des plantes permettant de comprendre les enjeux actuels des Agro-sciences végétales.
Les notions de base de Physiologie / Biologie Fonctionnelle des Plantes suivantes seront étudiées :
approches expérimentales essentielles: transgénèse végétale, génétique directe et inverse
bases de l’autotrophie
mécanismes à la base des grandes étapes du développement d’une angiosperme : fonctionnement des méristèmes, transition florale, fécondation.
l’auxine, une hormone majeure pour le développement des plantes et leur réponse à l’environnement abiotique
Les séances de Travaux Pratiques permettront aux étudiants de manipuler la régulation de la nutrition hydrique des plantes et d’analyser leur nutrition minérale à l’aide de différents dosages biochimiques (photométrie de flamme, spectrophotométrie).
Description de la variabilité 1
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de l’UE (max 10 lignes):
Cette UE a pour objectif de faire comprendre comment mesurer la variation en biologie et comment elle peut être représentée. Elle se base sur des exemples concrets tirés de disciplines variées de la biologie (écologie, biologie du développement, évolution, génétique, physiologie) et donne les outils statistiques pour mesurer cette variation et les méthodes graphiques pour la représenter. Les notions statistiques d'échantillonnage, d’inférence, de distribution, de tendance centrale, de dispersion, fonction de répartition, de paramètres, d’intervalle de confiance et de dépendance entre variables pour différents types de variables (binomiales, discrètes, continues) sont explicitées à l’aide de TD basés sur des problèmes biologiques.
Compétences visées par l’UE (cf référentiel de compétences):
- Outils analytiques descriptifs en biologie, introduction aux biostatistiques par le biais de l’analyse des patrons biologiques
Microbiologie 1
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE permet d’acquérir les bases fondamentales de la microbiologie. Elle détaillera les structures des microorganismes, procaryotes et eucaryotes, et des virus. Elle donnera un aperçu de la diversité de ces microorganismes et décrira leur mode de multiplication.
Pour les bactéries, les types trophiques et les facteurs influençant la croissance seront développés, ainsi que l’étude de la croissance en milieu non renouvelé. La génétique et les transferts horizontaux entre bactéries seront abordés.
Quelques microorganismes eucaryotes seront étudiés: habitat, modes de vie, rôle écologique ou parasitisme ainsi que leur mode de développement.
En virologie, les principaux cycles de multiplication des virus seront détaillés, les modes de transmission et la notion de pathogénèse virale seront abordées. Le principe de la vaccination anti-virale et des traitements antiviraux seront présentés et illustrés à l'aide d'exemples concrets.
Le principe de la vaccination anti-virale et des traitements antiviraux seront présentés et illustrés à l'aide d'exemples concrets.
Les travaux pratiques permettront l’initiation aux techniques de manipulations stériles des microorganismes, au comptage des bactéries et à la conjugaison.
Bases de la physiologie Animale et d'Immunologie
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Ce module doit permettre aux étudiants d'acquérir :
Les notions de bases en Physiologie : Concept d'homéostasie ; niveaux d’organisation du corps humain ; compartiments du Milieu Intérieur ; étude du système endocrine ; équilibres acido-basique et hydro-minéral ; études anatomique et fonctionnelle du système nerveux central et périphérique.
Les notions de bases en Immunologie :
Présentation générale du système immunitaire ; étude des lymphocytes T et B, des cellules présentatrices d'antigène ; étude de l'immunité antimicrobienne et du complément.
Biochimie S3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire permet aux étudiants de consolider les bases de la biochimie acquises en L1 en abordant cette discipline par une étude transversale d’enzymes impliquées dans le métabolisme cellulaire, notamment la glycolyse. Plusieurs domaines de la biochimie seront traités : Les bases de l’enzymologie michaelienne, la description des réactions métaboliques mises en œuvre lors de la glycolyse. Enfin, l’aspect technique sera abordé par la présentation et l’analyse des techniques permettant de mesurer une activité enzymatique, de purifier, de quantifier et de détecter des protéines.
Chimie pour les biologistes 2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette seconde unité d’enseignement de chimie générale vise à consolider et approfondir l’étude des réactions en solution aqueuse, notamment celles qui implique la formation de complexe métallique. Les principes de la thermodynamique seront présentés et appliquées à l’étude des équilibres chimiques d’intérêt biologique. Plutôt que de faire une présentation utilisant un formalisme mathématique qui nécessiterait un volume horaire bien plus conséquent, il sera demandé à l’étudiant de comprendre le sens physique de ces principes et des principales fonctions thermodynamique et de les applications à des systèmes chimiques, souvent d’intérêt biologique. Il sera notamment présenter les potentiels de membrane au repos et l’utilisation des diagrammes potentiel pH en biologie.
Les étudiants travailleront en amont de certains cours et travaux dirigés des documents de cours (écrits et audios) permettant à ce que les enseignements en présentiel en cours et en TD puissent leur permettre d’être pleinement acteurs de la formation, de comprendre les notions présentées ainsi que les compétences à acquérir.
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biophysique des fluides
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La première partie (environ 1/3) du module abordera les processus (biologiques) ayant une évolution temporelle décrite par une loi exponentielle (croissance ou décroissance).
La radioactivité sera abordée, comme illustration d’un tel processus, et pour ses applications au domaine biologie-santé-environnement (datation, traçage, …).
La seconde partie (environ 2/3) du module introduira les notions de fluide et de pression, et présentera les lois de l’hydrostatique (loi fondamentale de la statique des fluides, théorème d’Archimède).
La dynamique des fluides sera introduite, avec notamment les notions d’écoulements, de viscosité, de sédimentation et de centrifugation, en lien avec le secteur Biologie-Santé.
Liste des Chapitres du module :
- Variations exponentielles
- Radioactivité (décroissance radioactive, activité)
- Les fluides : définition, propriétés, notion de pression
- Hydrostatique : loi fondamentale de la statique des fluides, théorème d’Archimède.
- Eléments d’hydrodynamique : écoulements, théorème de Bernouilli
- Viscosité ; Sédimentation et centrifugation
Alimentation-Nutrition-Santé
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Dans un contexte où la nutrition est devenue le centre d’intérêt d’un public de plus en plus large, l’objectif de cette UE est la mise en place de repères de consommation alimentaire avec une démarche scientifique.
Cette UE propose de découvrir les bases de l’alimentation et de la nutrition en passant par la description des nutriments (protéines, glucides, lipides, fibres, vitamines et minéraux), des besoins nutritionnels et des différents groupes d’aliments. Seront aussi abordés certains procédés et technologies alimentaires.
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est proposée aux étudiants de L2 Sciences de la Vie souhaitant aborder ou approfondir comment les biotechnologies peuvent contribuer à répondre aux enjeux actuels et à venir de la production durable des ressources agricoles et agro-alimentaires.
L’homme utilise les propriétés des organismes photosynthétiques et des microorganismes pour l’obtention et la transformation de multiples ressources et services : produits alimentaires pour l’homme ou les animaux d’élevage, molécules thérapeutiques, matériaux de construction, … Cette utilisation est dépendante des conditions naturelles et son bilan est susceptible d’impacter en retour l’environnement, par exemple via le prélèvement ou la détérioration de ressources limitées et/ou non renouvelables (l’eau, le sol, …). Il est donc important, pour que cette production de ressources soit durable, que son organisation (notion d’agronomie) intègre la connaissance de ces impacts et s’appuie sur la compréhension des propriétés des végétaux et des microorganismes pour répondre à ces enjeux. Le développement et l’utilisation de nouvelles biotechnologies dans les domaines de la génétique appliquée et de la physiologie des plantes, de l’utilisation des microorganismes, et des interactions favorables ou défavorables entre ces microorganismes et les végétaux participent grandement à ces stratégies d’agronomie durable.
Chimie du vivant
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Comportement animal - Ethologie
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le but de cette unité d’enseignement est d’appréhender le comportement animal de façon intégrative, à la lumière des quatre ‘why’ de Tinbergen : depuis son ontogenèse, ses causes neurobiologiques jusqu’à son évolution et ses fonctions biologiques. Outre des apports historiques, conceptuels et méthodologiques, les étudiants seront accompagnés de manière à appréhender la diversité des traits impliqués ainsi que la diversité des approches et des questionnements scientifiques associés. Cette UE permettra ainsi de mettre en lumière, au travers de différents exemples, la diversité des disciplines étudiant le comportement animal : Neurosciences, Ethologie, Ecologie Comportementale et permettra d’éclairer les étudiants pour la poursuite de leur cursus vers les filières appropriées Physiologie Animale et Neurosciences/ Biologie Evolutive et Ecologie/ Autres….
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
BioInfo
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
1- Base du linux (1,5h CM + 3hTD) : Les commandes de bases pour naviguer sous linux et comprendre la logique de ce langage. Petits exercices d’extractions d’informations en bash/shell. Élément repris pour l’analyse des fichiers d’alignement.
2- Base de données (3h CM + 4,5hTD): connaitre les principales base de données bibliographiques et biologiques (NCBI, Ensembl, Galaxie…). Savoir faire les requêtages pertinents et efficaces, exploiter, trier, description des différents formats
3- Analyse de séquences (1,5hCM + 4,5H TD) : Alignement et comparaison de séquences avec une petite introduction à la phylogénie (dot plot, Blast …)
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S4 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
- Biologie cellulaire : Les enseignements porteront sur 4 thématiques majeures : 1) Le fonctionnement du cytosquelette cellulaire, 2) L’adhérence cellulaire, 3) le trafic des protéines, 4) l’introduction à la régulation du cycle cellulaire. Des méthodologies de biologie cellulaires seront également présentées : immunoprécipitation pour la mise en évidence d’interaction protéiques, vidéomicroscopie à fluorescence pour suivre la dynamique de distribution cellulaire, évaluation de l’importance de protéines d’intérêt dans un processus cellulaire par des stratégies permettant de moduler leur expression (ARN interférence, surexpression).
- Biologie moléculaire : Après avoir acquis au semestre 3 des connaissances concernant les mécanismes de transcription et traduction, nous aborderons la régulation de l'expression génique : régulation transcriptionnelle (répresseur, activateur) et atténuation chez les procaryotes, les bases des mécanismes de régulation de l'expression chez les eucaryotes.
Biomolécules végétales: Diversité et Applications
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Connaître les grandes familles de molécules végétales et leurs propriétés, les voies de biosynthèse de ces molécules, les mécanismes de la régulation de ces biosynthèses dans la plante et les microorganismes. Dans ce module les grandes familles de molécules issues du métabolisme secondaire des plantes (terpènes, flavonoïdes, alcaloïdes, saponines) sont étudiées à travers leur biosynthèse dans la plante et la différenciation de structures ou groupes de cellules spécialisées. Sur la base des ces connaissances des approches biotechnologiques destinées à l'ingénierie métabolique sont présentées. Le rôle de ces molécules pour la vie de la plante est discuté ainsi que leurs propriétés utilisées par l’industrie en tant que colorants, arômes, parfum, médicament, biocarburants. L'utilisation de polymères naturels pour la fabrication de matériaux industriels est abordée (pâte à papier, caoutchouc, plastiques) et les filières de production sont décrites. Connaître les grandes familles de molécules végétales et leurs propriétés, les voies de biosynthèse de ces molécules, les mécanismes de la régulation de ces biosynthèses dans la plante reste un enjeu majeur pour le développement de la bioraffinerie en Europe.
Mots clés : métabolisme secondaire, ingénierie métabolique, valorisation des biomolécules, différenciation cellulaire et métabolique, régulation du métabolisme secondaire.
Informations additionnelles :
Visites de 2 plateformes analytiques sont prévues sur le pôle de Montpellier (durée 1h30 chacune)
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Investigations biologiques
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est dédiée aux marqueurs biologiques. C'est une pré-introduction aux techniques détection et de diagnostic. Il traite de différents aspects du biomarquage :
Les marqueurs moléculaires / techniques de l'identification par analyse génomique en médecine et agronomie.
1) Notion de polymorphisme et technique de détection: La RFLP / ER-sondes nucléiques
2) Les marqueurs RFLP et les autres marqueurs génétiques : SNP, STR.
3) Recherche de nouveaux marqueurs moléculaires : criblage différentiel de banques d'ADNc / banques soustractives / Transcriptomique
4) Les autres analyses génomiques du polymorphisme : AFLP / empreinte ADN.
Techniques d'identification en agro-alimentaire par les techniques immunologiques
1) Notions de base en techniques immunologiques
2) Les réactions d'agglutination
3) Méthodes de dosage immuno-enzymatiques
Études d'exemples d'application en agroalimentaire :
- étude du kit de diagnostic de la rhizominanie de la betterave (ELISA sandwich)
- dosage de l'ochratoxine A dans les céréales (ELISA compétitif)
- évaluation de la fraicheur du poisson par dosage de l'histamine (ELISA compétitif)
Identification biochimique de marqueurs protéiques et autres (métabolites)
1) Bases de la chromatographie et la caractérisation physique d’un spectre (les interactions mise en jeu dans chaque cas et les solvants permettant de les mettre en œuvre).
2) Chromatographie d'affinité
2.1) Principe de ce type d'analyse
2.2) Recherche du meilleur Tag (étiquette) pour la préparation d'un gel spécifique.
2.3) Leur utilité pour les différents champs d’investigation en recherche.
3) Etude des interactions proteine-protéine, protéine-ADN et autres…
4) HPLC et la FPLC et chromatographie Phase Gazeuse.
Physiologie des grandes fonctions
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de Physiologie de grandes fonctions (semestre 4) vise à décrire le rôle et les interactions des différents systèmes de l'organisme qui concourent à maintenir constant le milieu intérieur Acquisition des connaissances anatomo-fonctionnelles des systèmes cardiovasculaire, respiratoire, digestif et rénal et de leurs contrôles nerveux et hormonaux. Comprendre l’action conjuguée de ces grands systèmes à travers des exemples de physiologie intégrative et de pathologies : insuffisances respiratoires et cardiaques ; hémorragie ; exposition aux environnements extrêmes.
Projet Personnel et Professionnel
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie métabolique
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire va permettre aux étudiants d’approfondir leurs compétences acquises en « biochimie S3 ». Elle va leur permettre d’appréhender le métabolisme cellulaire par:
-la compréhension de la bioénergétique afin d’étudier les processus par lesquelles les cellules vivantes véhiculent, transmettent, utilisent, accumulent et libèrent de l’énergie;
-l’étude du catabolisme et de l’anabolisme des glucides, lipides, nucléotides, acides aminés ainsi que des interactions métaboliques entre ces voies.
- la description de pathologies métaboliques.
Génétique 1
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Dans ce cours d’introduction à l’analyse génétique, les objectifs sont de connaître les termes, les principes, les concepts et les méthodes utilisés en génétique formelle, ainsi que leurs champs d’application notamment en génétique humaine et médicale. Ce cours couvre la génétique de la transmission (mendélienne ou non mendélienne), la génétique quantitative et des notions de génétique des populations. Tout au long du cours, des liens sont étroitement établis entre génétique classique et génétique moléculaire.
Biologie Cellulaire et Moléculaire 2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S3 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
Partie Biologie moléculaire : Les bases moléculaires et structurales des acides nucléiques seront développées et approfondies pour comprendre les propriétés physicochimiques des acides nucléiques, qui ouvrent diverses perspectives d’applications technologiques, et les mécanismes moléculaires des principales étapes de la Biologie Moléculaire, comme la réplication de l’ADN, la transcription de gènes en ARNm et la traduction de ceux-ci en protéines. Ces étapes, illustrées par les évidences expérimentales déduites de diverses études historiques, seront étudiées en profondeur chez les procaryotes. Des comparaisons avec les eucaryotes seront par la suite également discutées. Les mécanismes moléculaires des réparations de l’ADN seront également décrits et développés.
Partie Biologie cellulaire : Seront abordés les concepts majeurs de la formation de complexe protéique membranaires et cytosolique particulièrement dans le contexte des voies de signalisation cellulaire. Les notions de ligands, récepteurs, protéines échafaudage, protéines enzymatiques de signalisation, seconds messagers intracellulaires, cinétiques de réponses seront présentés. Les techniques de biochimie et de biologie cellulaire permettant de mettre en évidence la présence et la localisation de protéines dans des cellules et tissus seront exposées.
Bases de la physiologie végétale
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est une UE transversale de L2 SV visant à donner aux étudiants en Biologie des bases de connaissances fondamentales sur le fonctionnement des plantes permettant de comprendre les enjeux actuels des Agro-sciences végétales.
Les notions de base de Physiologie / Biologie Fonctionnelle des Plantes suivantes seront étudiées :
approches expérimentales essentielles: transgénèse végétale, génétique directe et inverse
bases de l’autotrophie
mécanismes à la base des grandes étapes du développement d’une angiosperme : fonctionnement des méristèmes, transition florale, fécondation.
l’auxine, une hormone majeure pour le développement des plantes et leur réponse à l’environnement abiotique
Les séances de Travaux Pratiques permettront aux étudiants de manipuler la régulation de la nutrition hydrique des plantes et d’analyser leur nutrition minérale à l’aide de différents dosages biochimiques (photométrie de flamme, spectrophotométrie).
Description de la variabilité 1
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de l’UE (max 10 lignes):
Cette UE a pour objectif de faire comprendre comment mesurer la variation en biologie et comment elle peut être représentée. Elle se base sur des exemples concrets tirés de disciplines variées de la biologie (écologie, biologie du développement, évolution, génétique, physiologie) et donne les outils statistiques pour mesurer cette variation et les méthodes graphiques pour la représenter. Les notions statistiques d'échantillonnage, d’inférence, de distribution, de tendance centrale, de dispersion, fonction de répartition, de paramètres, d’intervalle de confiance et de dépendance entre variables pour différents types de variables (binomiales, discrètes, continues) sont explicitées à l’aide de TD basés sur des problèmes biologiques.
Compétences visées par l’UE (cf référentiel de compétences):
- Outils analytiques descriptifs en biologie, introduction aux biostatistiques par le biais de l’analyse des patrons biologiques
Microbiologie 1
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE permet d’acquérir les bases fondamentales de la microbiologie. Elle détaillera les structures des microorganismes, procaryotes et eucaryotes, et des virus. Elle donnera un aperçu de la diversité de ces microorganismes et décrira leur mode de multiplication.
Pour les bactéries, les types trophiques et les facteurs influençant la croissance seront développés, ainsi que l’étude de la croissance en milieu non renouvelé. La génétique et les transferts horizontaux entre bactéries seront abordés.
Quelques microorganismes eucaryotes seront étudiés: habitat, modes de vie, rôle écologique ou parasitisme ainsi que leur mode de développement.
En virologie, les principaux cycles de multiplication des virus seront détaillés, les modes de transmission et la notion de pathogénèse virale seront abordées. Le principe de la vaccination anti-virale et des traitements antiviraux seront présentés et illustrés à l'aide d'exemples concrets.
Le principe de la vaccination anti-virale et des traitements antiviraux seront présentés et illustrés à l'aide d'exemples concrets.
Les travaux pratiques permettront l’initiation aux techniques de manipulations stériles des microorganismes, au comptage des bactéries et à la conjugaison.
Bases de la physiologie Animale et d'Immunologie
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ce module doit permettre aux étudiants d'acquérir :
Les notions de bases en Physiologie : Concept d'homéostasie ; niveaux d’organisation du corps humain ; compartiments du Milieu Intérieur ; étude du système endocrine ; équilibres acido-basique et hydro-minéral ; études anatomique et fonctionnelle du système nerveux central et périphérique.
Les notions de bases en Immunologie :
Présentation générale du système immunitaire ; étude des lymphocytes T et B, des cellules présentatrices d'antigène ; étude de l'immunité antimicrobienne et du complément.
Biochimie S3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire permet aux étudiants de consolider les bases de la biochimie acquises en L1 en abordant cette discipline par une étude transversale d’enzymes impliquées dans le métabolisme cellulaire, notamment la glycolyse. Plusieurs domaines de la biochimie seront traités : Les bases de l’enzymologie michaelienne, la description des réactions métaboliques mises en œuvre lors de la glycolyse. Enfin, l’aspect technique sera abordé par la présentation et l’analyse des techniques permettant de mesurer une activité enzymatique, de purifier, de quantifier et de détecter des protéines.
Chimie pour les biologistes 2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description* : Cette seconde unité d’enseignement de chimie générale vise à consolider et approfondir l’étude des réactions en solution aqueuse, notamment celles qui implique la formation de complexe métallique. Les principes de la thermodynamique seront présentés et appliquées à l’étude des équilibres chimiques d’intérêt biologique. Plutôt que de faire une présentation utilisant un formalisme mathématique qui nécessiterait un volume horaire bien plus conséquent, il sera demandé à l’étudiant de comprendre le sens physique de ces principes et des principales fonctions thermodynamique et de les applications à des systèmes chimiques, souvent d’intérêt biologique. Il sera notamment présenter les potentiels de membrane au repos et l’utilisation des diagrammes potentiel pH en biologie.
Les étudiants travailleront en amont de certains cours et travaux dirigés des documents de cours (écrits et audios) permettant à ce que les enseignements en présentiel en cours et en TD puissent leur permettre d’être pleinement acteurs de la formation, de comprendre les notions présentées ainsi que les compétences à acquérir.
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biophysique des fluides
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La première partie (environ 1/3) du module abordera les processus (biologiques) ayant une évolution temporelle décrite par une loi exponentielle (croissance ou décroissance).
La radioactivité sera abordée, comme illustration d’un tel processus, et pour ses applications au domaine biologie-santé-environnement (datation, traçage, …).
La seconde partie (environ 2/3) du module introduira les notions de fluide et de pression, et présentera les lois de l’hydrostatique (loi fondamentale de la statique des fluides, théorème d’Archimède).
La dynamique des fluides sera introduite, avec notamment les notions d’écoulements, de viscosité, de sédimentation et de centrifugation, en lien avec le secteur Biologie-Santé.
Liste des Chapitres du module :
- Variations exponentielles
- Radioactivité (décroissance radioactive, activité)
- Les fluides : définition, propriétés, notion de pression
- Hydrostatique : loi fondamentale de la statique des fluides, théorème d’Archimède.
- Eléments d’hydrodynamique : écoulements, théorème de Bernouilli
- Viscosité ; Sédimentation et centrifugation
Alimentation-Nutrition-Santé
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Dans un contexte où la nutrition est devenue le centre d’intérêt d’un public de plus en plus large, l’objectif de cette UE est la mise en place de repères de consommation alimentaire avec une démarche scientifique.
Cette UE propose de découvrir les bases de l’alimentation et de la nutrition en passant par la description des nutriments (protéines, glucides, lipides, fibres, vitamines et minéraux), des besoins nutritionnels et des différents groupes d’aliments. Seront aussi abordés certains procédés et technologies alimentaires.
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est proposée aux étudiants de L2 Sciences de la Vie souhaitant aborder ou approfondir comment les biotechnologies peuvent contribuer à répondre aux enjeux actuels et à venir de la production durable des ressources agricoles et agro-alimentaires.
L’homme utilise les propriétés des organismes photosynthétiques et des microorganismes pour l’obtention et la transformation de multiples ressources et services : produits alimentaires pour l’homme ou les animaux d’élevage, molécules thérapeutiques, matériaux de construction, … Cette utilisation est dépendante des conditions naturelles et son bilan est susceptible d’impacter en retour l’environnement, par exemple via le prélèvement ou la détérioration de ressources limitées et/ou non renouvelables (l’eau, le sol, …). Il est donc important, pour que cette production de ressources soit durable, que son organisation (notion d’agronomie) intègre la connaissance de ces impacts et s’appuie sur la compréhension des propriétés des végétaux et des microorganismes pour répondre à ces enjeux. Le développement et l’utilisation de nouvelles biotechnologies dans les domaines de la génétique appliquée et de la physiologie des plantes, de l’utilisation des microorganismes, et des interactions favorables ou défavorables entre ces microorganismes et les végétaux participent grandement à ces stratégies d’agronomie durable.
Chimie du vivant
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Comportement animal - Ethologie
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le but de cette unité d’enseignement est d’appréhender le comportement animal de façon intégrative, à la lumière des quatre ‘why’ de Tinbergen : depuis son ontogenèse, ses causes neurobiologiques jusqu’à son évolution et ses fonctions biologiques. Outre des apports historiques, conceptuels et méthodologiques, les étudiants seront accompagnés de manière à appréhender la diversité des traits impliqués ainsi que la diversité des approches et des questionnements scientifiques associés. Cette UE permettra ainsi de mettre en lumière, au travers de différents exemples, la diversité des disciplines étudiant le comportement animal : Neurosciences, Ethologie, Ecologie Comportementale et permettra d’éclairer les étudiants pour la poursuite de leur cursus vers les filières appropriées Physiologie Animale et Neurosciences/ Biologie Evolutive et Ecologie/ Autres….
CHOIX HAV401V
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
BioInfo
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
1- Base du linux (1,5h CM + 3hTD) : Les commandes de bases pour naviguer sous linux et comprendre la logique de ce langage. Petits exercices d’extractions d’informations en bash/shell. Élément repris pour l’analyse des fichiers d’alignement.
2- Base de données (3h CM + 4,5hTD): connaitre les principales base de données bibliographiques et biologiques (NCBI, Ensembl, Galaxie…). Savoir faire les requêtages pertinents et efficaces, exploiter, trier, description des différents formats
3- Analyse de séquences (1,5hCM + 4,5H TD) : Alignement et comparaison de séquences avec une petite introduction à la phylogénie (dot plot, Blast …)
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S4 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
- Biologie cellulaire : Les enseignements porteront sur 4 thématiques majeures : 1) Le fonctionnement du cytosquelette cellulaire, 2) L’adhérence cellulaire, 3) le trafic des protéines, 4) l’introduction à la régulation du cycle cellulaire. Des méthodologies de biologie cellulaires seront également présentées : immunoprécipitation pour la mise en évidence d’interaction protéiques, vidéomicroscopie à fluorescence pour suivre la dynamique de distribution cellulaire, évaluation de l’importance de protéines d’intérêt dans un processus cellulaire par des stratégies permettant de moduler leur expression (ARN interférence, surexpression).
- Biologie moléculaire : Après avoir acquis au semestre 3 des connaissances concernant les mécanismes de transcription et traduction, nous aborderons la régulation de l'expression génique : régulation transcriptionnelle (répresseur, activateur) et atténuation chez les procaryotes, les bases des mécanismes de régulation de l'expression chez les eucaryotes.
Techniques de Biochimie
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE s’inscrit dans la continuité de l’UE de Biochimie S3. Cette UE met davantage l’accent sur l’aspect pratique. Les principes des techniques usuelles de biochimie (techniques de séparation de protéines, techniques de dosage de protéines par spectrophotométrie, Western Blot/Elisa, …) seront traités en cours puis des expériences relatives à ces techniques seront réalisées en TP. Il s’agira d’interpréter et analyser les expériences proposées en TP.
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Physiologie des grandes fonctions
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de Physiologie de grandes fonctions (semestre 4) vise à décrire le rôle et les interactions des différents systèmes de l'organisme qui concourent à maintenir constant le milieu intérieur Acquisition des connaissances anatomo-fonctionnelles des systèmes cardiovasculaire, respiratoire, digestif et rénal et de leurs contrôles nerveux et hormonaux. Comprendre l’action conjuguée de ces grands systèmes à travers des exemples de physiologie intégrative et de pathologies : insuffisances respiratoires et cardiaques ; hémorragie ; exposition aux environnements extrêmes.
Projet Personnel et Professionnel
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Approfondissement de biologie cellulaire et moléculaire
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE se propose d’approfondir en petits groupes aux formats TD et TP les processus fondamentaux moléculaires et cellulaires vus dans les cours BMC2 et BMC3 en les abordant via des notions plus concrètes. Les enseignements se feront à partir de données réelles (résultats expérimentaux, articles scientifiques) pour expliquer simplement les principales approches scientifiques et apprendre à analyser et interpréter des résultats (Exemple 1 : montrer une interaction in cellulo par expression de protéines étiquetées dans des lignées cellulaires suivie d’immunoprécipitation et western-blot. Exemple 2 : principe de l’immunofluorescence, distribution intracellulaire d’un antigène. Exemple 3 : transcription et traduction in vitro et étude d’interaction par GST-pull down). Les TP illustreront quelques-unes de ces approches de base : culture cellulaire, construction de vecteurs d’expression, transfection, immunomarquages, microscopie à fluorescence.
Biochimie métabolique
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire va permettre aux étudiants d’approfondir leurs compétences acquises en « biochimie S3 ». Elle va leur permettre d’appréhender le métabolisme cellulaire par:
-la compréhension de la bioénergétique afin d’étudier les processus par lesquelles les cellules vivantes véhiculent, transmettent, utilisent, accumulent et libèrent de l’énergie;
-l’étude du catabolisme et de l’anabolisme des glucides, lipides, nucléotides, acides aminés ainsi que des interactions métaboliques entre ces voies.
- la description de pathologies métaboliques.
Génétique 1
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Dans ce cours d’introduction à l’analyse génétique, les objectifs sont de connaître les termes, les principes, les concepts et les méthodes utilisés en génétique formelle, ainsi que leurs champs d’application notamment en génétique humaine et médicale. Ce cours couvre la génétique de la transmission (mendélienne ou non mendélienne), la génétique quantitative et des notions de génétique des populations. Tout au long du cours, des liens sont étroitement établis entre génétique classique et génétique moléculaire.
CHOIX HAV418V
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
BioInfo
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
1- Base du linux (1,5h CM + 3hTD) : Les commandes de bases pour naviguer sous linux et comprendre la logique de ce langage. Petits exercices d’extractions d’informations en bash/shell. Élément repris pour l’analyse des fichiers d’alignement.
2- Base de données (3h CM + 4,5hTD): connaitre les principales base de données bibliographiques et biologiques (NCBI, Ensembl, Galaxie…). Savoir faire les requêtages pertinents et efficaces, exploiter, trier, description des différents formats
3- Analyse de séquences (1,5hCM + 4,5H TD) : Alignement et comparaison de séquences avec une petite introduction à la phylogénie (dot plot, Blast …)
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S4 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
- Biologie cellulaire : Les enseignements porteront sur 4 thématiques majeures : 1) Le fonctionnement du cytosquelette cellulaire, 2) L’adhérence cellulaire, 3) le trafic des protéines, 4) l’introduction à la régulation du cycle cellulaire. Des méthodologies de biologie cellulaires seront également présentées : immunoprécipitation pour la mise en évidence d’interaction protéiques, vidéomicroscopie à fluorescence pour suivre la dynamique de distribution cellulaire, évaluation de l’importance de protéines d’intérêt dans un processus cellulaire par des stratégies permettant de moduler leur expression (ARN interférence, surexpression).
- Biologie moléculaire : Après avoir acquis au semestre 3 des connaissances concernant les mécanismes de transcription et traduction, nous aborderons la régulation de l'expression génique : régulation transcriptionnelle (répresseur, activateur) et atténuation chez les procaryotes, les bases des mécanismes de régulation de l'expression chez les eucaryotes.
Microbiologie 2
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE vise à élargir les connaissances acquises précédemment à différents secteurs de la microbiologie notamment en écologie microbienne.
Elle traitera des relations pathogènes, mais présentera également des exemples d'associations symbiotiques. Elle abordera les applications des microorganismes en biotechnologie. Elle décrira le mode d’action des antibiotiques et les phénomènes de résistance associés, ainsi que leur impact.
L'UE abordera la notion d'écologie virale en présentant la place et le rôle des virus dans les écosystèmes. Le cas des bactériophages sera traité plus spécifiquement et les mécanismes de résistance des bactéries à l'infection phagique seront détaillés. Les différents types d'infection virale chez les animaux seront présentés (infections aiguë et persistantes) et illustrés grâce à l'étude de la pathogenèse d'infections virales choisies.
Les connaissances sur les microorganismes seront élargies par l’étude des Archées et d’un organisme eucaryote modèle, la levure.
Les travaux pratiques porteront sur la réalisation d’un antibiogramme et son interprétation, et sur le titrage de bactériophages.
Techniques de Biochimie
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE s’inscrit dans la continuité de l’UE de Biochimie S3. Cette UE met davantage l’accent sur l’aspect pratique. Les principes des techniques usuelles de biochimie (techniques de séparation de protéines, techniques de dosage de protéines par spectrophotométrie, Western Blot/Elisa, …) seront traités en cours puis des expériences relatives à ces techniques seront réalisées en TP. Il s’agira d’interpréter et analyser les expériences proposées en TP.
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Physiologie des grandes fonctions
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de Physiologie de grandes fonctions (semestre 4) vise à décrire le rôle et les interactions des différents systèmes de l'organisme qui concourent à maintenir constant le milieu intérieur Acquisition des connaissances anatomo-fonctionnelles des systèmes cardiovasculaire, respiratoire, digestif et rénal et de leurs contrôles nerveux et hormonaux. Comprendre l’action conjuguée de ces grands systèmes à travers des exemples de physiologie intégrative et de pathologies : insuffisances respiratoires et cardiaques ; hémorragie ; exposition aux environnements extrêmes.
Projet Personnel et Professionnel
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie métabolique
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire va permettre aux étudiants d’approfondir leurs compétences acquises en « biochimie S3 ». Elle va leur permettre d’appréhender le métabolisme cellulaire par:
-la compréhension de la bioénergétique afin d’étudier les processus par lesquelles les cellules vivantes véhiculent, transmettent, utilisent, accumulent et libèrent de l’énergie;
-l’étude du catabolisme et de l’anabolisme des glucides, lipides, nucléotides, acides aminés ainsi que des interactions métaboliques entre ces voies.
- la description de pathologies métaboliques.
Génétique 1
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Dans ce cours d’introduction à l’analyse génétique, les objectifs sont de connaître les termes, les principes, les concepts et les méthodes utilisés en génétique formelle, ainsi que leurs champs d’application notamment en génétique humaine et médicale. Ce cours couvre la génétique de la transmission (mendélienne ou non mendélienne), la génétique quantitative et des notions de génétique des populations. Tout au long du cours, des liens sont étroitement établis entre génétique classique et génétique moléculaire.
Biologie Cellulaire et Moléculaire 2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S3 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
Partie Biologie moléculaire : Les bases moléculaires et structurales des acides nucléiques seront développées et approfondies pour comprendre les propriétés physicochimiques des acides nucléiques, qui ouvrent diverses perspectives d’applications technologiques, et les mécanismes moléculaires des principales étapes de la Biologie Moléculaire, comme la réplication de l’ADN, la transcription de gènes en ARNm et la traduction de ceux-ci en protéines. Ces étapes, illustrées par les évidences expérimentales déduites de diverses études historiques, seront étudiées en profondeur chez les procaryotes. Des comparaisons avec les eucaryotes seront par la suite également discutées. Les mécanismes moléculaires des réparations de l’ADN seront également décrits et développés.
Partie Biologie cellulaire : Seront abordés les concepts majeurs de la formation de complexe protéique membranaires et cytosolique particulièrement dans le contexte des voies de signalisation cellulaire. Les notions de ligands, récepteurs, protéines échafaudage, protéines enzymatiques de signalisation, seconds messagers intracellulaires, cinétiques de réponses seront présentés. Les techniques de biochimie et de biologie cellulaire permettant de mettre en évidence la présence et la localisation de protéines dans des cellules et tissus seront exposées.
Bases de la physiologie végétale
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de la variabilité 1
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de l’UE (max 10 lignes):
Cette UE a pour objectif de faire comprendre comment mesurer la variation en biologie et comment elle peut être représentée. Elle se base sur des exemples concrets tirés de disciplines variées de la biologie (écologie, biologie du développement, évolution, génétique, physiologie) et donne les outils statistiques pour mesurer cette variation et les méthodes graphiques pour la représenter. Les notions statistiques d'échantillonnage, d’inférence, de distribution, de tendance centrale, de dispersion, fonction de répartition, de paramètres, d’intervalle de confiance et de dépendance entre variables pour différents types de variables (binomiales, discrètes, continues) sont explicitées à l’aide de TD basés sur des problèmes biologiques.
Compétences visées par l’UE (cf référentiel de compétences):
- Outils analytiques descriptifs en biologie, introduction aux biostatistiques par le biais de l’analyse des patrons biologiques
Microbiologie 1
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE permet d’acquérir les bases fondamentales de la microbiologie. Elle détaillera les structures des microorganismes, procaryotes et eucaryotes, et des virus. Elle donnera un aperçu de la diversité de ces microorganismes et décrira leur mode de multiplication.
Pour les bactéries, les types trophiques et les facteurs influençant la croissance seront développés, ainsi que l’étude de la croissance en milieu non renouvelé. La génétique et les transferts horizontaux entre bactéries seront abordés.
Quelques microorganismes eucaryotes seront étudiés: habitat, modes de vie, rôle écologique ou parasitisme ainsi que leur mode de développement.
En virologie, les principaux cycles de multiplication des virus seront détaillés, les modes de transmission et la notion de pathogénèse virale seront abordées. Le principe de la vaccination anti-virale et des traitements antiviraux seront présentés et illustrés à l'aide d'exemples concrets.
Le principe de la vaccination anti-virale et des traitements antiviraux seront présentés et illustrés à l'aide d'exemples concrets.
Les travaux pratiques permettront l’initiation aux techniques de manipulations stériles des microorganismes, au comptage des bactéries et à la conjugaison.
Bases de la physiologie Animale et d'Immunologie
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ce module doit permettre aux étudiants d'acquérir :
Les notions de bases en Physiologie : Concept d'homéostasie ; niveaux d’organisation du corps humain ; compartiments du Milieu Intérieur ; étude du système endocrine ; équilibres acido-basique et hydro-minéral ; études anatomique et fonctionnelle du système nerveux central et périphérique.
Les notions de bases en Immunologie :
Présentation générale du système immunitaire ; étude des lymphocytes T et B, des cellules présentatrices d'antigène ; étude de l'immunité antimicrobienne et du complément.
Biochimie S3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire permet aux étudiants de consolider les bases de la biochimie acquises en L1 en abordant cette discipline par une étude transversale d’enzymes impliquées dans le métabolisme cellulaire, notamment la glycolyse. Plusieurs domaines de la biochimie seront traités : Les bases de l’enzymologie michaelienne, la description des réactions métaboliques mises en œuvre lors de la glycolyse. Enfin, l’aspect technique sera abordé par la présentation et l’analyse des techniques permettant de mesurer une activité enzymatique, de purifier, de quantifier et de détecter des protéines.
Chimie pour les biologistes 2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description* : Cette seconde unité d’enseignement de chimie générale vise à consolider et approfondir l’étude des réactions en solution aqueuse, notamment celles qui implique la formation de complexe métallique. Les principes de la thermodynamique seront présentés et appliquées à l’étude des équilibres chimiques d’intérêt biologique. Plutôt que de faire une présentation utilisant un formalisme mathématique qui nécessiterait un volume horaire bien plus conséquent, il sera demandé à l’étudiant de comprendre le sens physique de ces principes et des principales fonctions thermodynamique et de les applications à des systèmes chimiques, souvent d’intérêt biologique. Il sera notamment présenter les potentiels de membrane au repos et l’utilisation des diagrammes potentiel pH en biologie.
Les étudiants travailleront en amont de certains cours et travaux dirigés des documents de cours (écrits et audios) permettant à ce que les enseignements en présentiel en cours et en TD puissent leur permettre d’être pleinement acteurs de la formation, de comprendre les notions présentées ainsi que les compétences à acquérir.
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biophysique des fluides
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Alimentation-Nutrition-Santé
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Chimie du vivant
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Comportement animal - Ethologie
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX HAV415V
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
BioInfo
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
1- Base du linux (1,5h CM + 3hTD) : Les commandes de bases pour naviguer sous linux et comprendre la logique de ce langage. Petits exercices d’extractions d’informations en bash/shell. Élément repris pour l’analyse des fichiers d’alignement.
2- Base de données (3h CM + 4,5hTD): connaitre les principales base de données bibliographiques et biologiques (NCBI, Ensembl, Galaxie…). Savoir faire les requêtages pertinents et efficaces, exploiter, trier, description des différents formats
3- Analyse de séquences (1,5hCM + 4,5H TD) : Alignement et comparaison de séquences avec une petite introduction à la phylogénie (dot plot, Blast …)
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S4 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
- Biologie cellulaire : Les enseignements porteront sur 4 thématiques majeures : 1) Le fonctionnement du cytosquelette cellulaire, 2) L’adhérence cellulaire, 3) le trafic des protéines, 4) l’introduction à la régulation du cycle cellulaire. Des méthodologies de biologie cellulaires seront également présentées : immunoprécipitation pour la mise en évidence d’interaction protéiques, vidéomicroscopie à fluorescence pour suivre la dynamique de distribution cellulaire, évaluation de l’importance de protéines d’intérêt dans un processus cellulaire par des stratégies permettant de moduler leur expression (ARN interférence, surexpression).
- Biologie moléculaire : Après avoir acquis au semestre 3 des connaissances concernant les mécanismes de transcription et traduction, nous aborderons la régulation de l'expression génique : régulation transcriptionnelle (répresseur, activateur) et atténuation chez les procaryotes, les bases des mécanismes de régulation de l'expression chez les eucaryotes.
Biomolécules végétales: Diversité et Applications
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Connaître les grandes familles de molécules végétales et leurs propriétés, les voies de biosynthèse de ces molécules, les mécanismes de la régulation de ces biosynthèses dans la plante et les microorganismes. Dans ce module les grandes familles de molécules issues du métabolisme secondaire des plantes (terpènes, flavonoïdes, alcaloïdes, saponines) sont étudiées à travers leur biosynthèse dans la plante et la différenciation de structures ou groupes de cellules spécialisées. Sur la base des ces connaissances des approches biotechnologiques destinées à l'ingénierie métabolique sont présentées. Le rôle de ces molécules pour la vie de la plante est discuté ainsi que leurs propriétés utilisées par l’industrie en tant que colorants, arômes, parfum, médicament, biocarburants. L'utilisation de polymères naturels pour la fabrication de matériaux industriels est abordée (pâte à papier, caoutchouc, plastiques) et les filières de production sont décrites. Connaître les grandes familles de molécules végétales et leurs propriétés, les voies de biosynthèse de ces molécules, les mécanismes de la régulation de ces biosynthèses dans la plante reste un enjeu majeur pour le développement de la bioraffinerie en Europe.
Mots clés : métabolisme secondaire, ingénierie métabolique, valorisation des biomolécules, différenciation cellulaire et métabolique, régulation du métabolisme secondaire.
Informations additionnelles :
Visites de 2 plateformes analytiques sont prévues sur le pôle de Montpellier (durée 1h30 chacune)
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Physiologie des grandes fonctions
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de Physiologie de grandes fonctions (semestre 4) vise à décrire le rôle et les interactions des différents systèmes de l'organisme qui concourent à maintenir constant le milieu intérieur Acquisition des connaissances anatomo-fonctionnelles des systèmes cardiovasculaire, respiratoire, digestif et rénal et de leurs contrôles nerveux et hormonaux. Comprendre l’action conjuguée de ces grands systèmes à travers des exemples de physiologie intégrative et de pathologies : insuffisances respiratoires et cardiaques ; hémorragie ; exposition aux environnements extrêmes.
Projet Personnel et Professionnel
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie métabolique
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire va permettre aux étudiants d’approfondir leurs compétences acquises en « biochimie S3 ». Elle va leur permettre d’appréhender le métabolisme cellulaire par:
-la compréhension de la bioénergétique afin d’étudier les processus par lesquelles les cellules vivantes véhiculent, transmettent, utilisent, accumulent et libèrent de l’énergie;
-l’étude du catabolisme et de l’anabolisme des glucides, lipides, nucléotides, acides aminés ainsi que des interactions métaboliques entre ces voies.
- la description de pathologies métaboliques.
Génétique 1
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Dans ce cours d’introduction à l’analyse génétique, les objectifs sont de connaître les termes, les principes, les concepts et les méthodes utilisés en génétique formelle, ainsi que leurs champs d’application notamment en génétique humaine et médicale. Ce cours couvre la génétique de la transmission (mendélienne ou non mendélienne), la génétique quantitative et des notions de génétique des populations. Tout au long du cours, des liens sont étroitement établis entre génétique classique et génétique moléculaire.
Interactions Symbiotiques et Pathogènes des Plantes
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les plantes interagissent avec une multitude de microorganismes de leur environnement. Ces microorganismes agissent seuls ou en communauté. Ils peuvent avoir des effets négatifs ou positifs sur les plantes, leur croissance, leur nutrition, leur santé. Dans ce module, nous présenterons les différentes formes que peuvent prendre ces interactions biotiques (symbioses, parasitismes-pathogénicité) en nous appuyant sur des modèles biologiques populaires (symbioses mycorrhizienne ou fixatrice d’azote, maladies causées par différents microorganismes). Ce sera également l’occasion de présenter des concepts émergents dans le domaine comme le microbiome ou l’holobionte.
CHOIX HAV418V
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
BioInfo
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
1- Base du linux (1,5h CM + 3hTD) : Les commandes de bases pour naviguer sous linux et comprendre la logique de ce langage. Petits exercices d’extractions d’informations en bash/shell. Élément repris pour l’analyse des fichiers d’alignement.
2- Base de données (3h CM + 4,5hTD): connaitre les principales base de données bibliographiques et biologiques (NCBI, Ensembl, Galaxie…). Savoir faire les requêtages pertinents et efficaces, exploiter, trier, description des différents formats
3- Analyse de séquences (1,5hCM + 4,5H TD) : Alignement et comparaison de séquences avec une petite introduction à la phylogénie (dot plot, Blast …)
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S4 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
- Biologie cellulaire : Les enseignements porteront sur 4 thématiques majeures : 1) Le fonctionnement du cytosquelette cellulaire, 2) L’adhérence cellulaire, 3) le trafic des protéines, 4) l’introduction à la régulation du cycle cellulaire. Des méthodologies de biologie cellulaires seront également présentées : immunoprécipitation pour la mise en évidence d’interaction protéiques, vidéomicroscopie à fluorescence pour suivre la dynamique de distribution cellulaire, évaluation de l’importance de protéines d’intérêt dans un processus cellulaire par des stratégies permettant de moduler leur expression (ARN interférence, surexpression).
- Biologie moléculaire : Après avoir acquis au semestre 3 des connaissances concernant les mécanismes de transcription et traduction, nous aborderons la régulation de l'expression génique : régulation transcriptionnelle (répresseur, activateur) et atténuation chez les procaryotes, les bases des mécanismes de régulation de l'expression chez les eucaryotes.
Microbiologie 2
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE vise à élargir les connaissances acquises précédemment à différents secteurs de la microbiologie notamment en écologie microbienne.
Elle traitera des relations pathogènes, mais présentera également des exemples d'associations symbiotiques. Elle abordera les applications des microorganismes en biotechnologie. Elle décrira le mode d’action des antibiotiques et les phénomènes de résistance associés, ainsi que leur impact.
L'UE abordera la notion d'écologie virale en présentant la place et le rôle des virus dans les écosystèmes. Le cas des bactériophages sera traité plus spécifiquement et les mécanismes de résistance des bactéries à l'infection phagique seront détaillés. Les différents types d'infection virale chez les animaux seront présentés (infections aiguë et persistantes) et illustrés grâce à l'étude de la pathogenèse d'infections virales choisies.
Les connaissances sur les microorganismes seront élargies par l’étude des Archées et d’un organisme eucaryote modèle, la levure.
Les travaux pratiques porteront sur la réalisation d’un antibiogramme et son interprétation, et sur le titrage de bactériophages.
Biomolécules végétales: Diversité et Applications
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Connaître les grandes familles de molécules végétales et leurs propriétés, les voies de biosynthèse de ces molécules, les mécanismes de la régulation de ces biosynthèses dans la plante et les microorganismes. Dans ce module les grandes familles de molécules issues du métabolisme secondaire des plantes (terpènes, flavonoïdes, alcaloïdes, saponines) sont étudiées à travers leur biosynthèse dans la plante et la différenciation de structures ou groupes de cellules spécialisées. Sur la base des ces connaissances des approches biotechnologiques destinées à l'ingénierie métabolique sont présentées. Le rôle de ces molécules pour la vie de la plante est discuté ainsi que leurs propriétés utilisées par l’industrie en tant que colorants, arômes, parfum, médicament, biocarburants. L'utilisation de polymères naturels pour la fabrication de matériaux industriels est abordée (pâte à papier, caoutchouc, plastiques) et les filières de production sont décrites. Connaître les grandes familles de molécules végétales et leurs propriétés, les voies de biosynthèse de ces molécules, les mécanismes de la régulation de ces biosynthèses dans la plante reste un enjeu majeur pour le développement de la bioraffinerie en Europe.
Mots clés : métabolisme secondaire, ingénierie métabolique, valorisation des biomolécules, différenciation cellulaire et métabolique, régulation du métabolisme secondaire.
Informations additionnelles :
Visites de 2 plateformes analytiques sont prévues sur le pôle de Montpellier (durée 1h30 chacune)
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Physiologie des grandes fonctions
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de Physiologie de grandes fonctions (semestre 4) vise à décrire le rôle et les interactions des différents systèmes de l'organisme qui concourent à maintenir constant le milieu intérieur Acquisition des connaissances anatomo-fonctionnelles des systèmes cardiovasculaire, respiratoire, digestif et rénal et de leurs contrôles nerveux et hormonaux. Comprendre l’action conjuguée de ces grands systèmes à travers des exemples de physiologie intégrative et de pathologies : insuffisances respiratoires et cardiaques ; hémorragie ; exposition aux environnements extrêmes.
Projet Personnel et Professionnel
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie métabolique
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire va permettre aux étudiants d’approfondir leurs compétences acquises en « biochimie S3 ». Elle va leur permettre d’appréhender le métabolisme cellulaire par:
-la compréhension de la bioénergétique afin d’étudier les processus par lesquelles les cellules vivantes véhiculent, transmettent, utilisent, accumulent et libèrent de l’énergie;
-l’étude du catabolisme et de l’anabolisme des glucides, lipides, nucléotides, acides aminés ainsi que des interactions métaboliques entre ces voies.
- la description de pathologies métaboliques.
Génétique 1
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Dans ce cours d’introduction à l’analyse génétique, les objectifs sont de connaître les termes, les principes, les concepts et les méthodes utilisés en génétique formelle, ainsi que leurs champs d’application notamment en génétique humaine et médicale. Ce cours couvre la génétique de la transmission (mendélienne ou non mendélienne), la génétique quantitative et des notions de génétique des populations. Tout au long du cours, des liens sont étroitement établis entre génétique classique et génétique moléculaire.
S3L2SVBE
ECTS
30 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ecologie expérimentale et démarche scientifique
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est un enseignement pratique de construction d’une expérimentation en écologie scientifique : construction d’un protocole, mise en place et suivi de l’expérience, analyse de données, compte-rendus oral et écrit.
Bases de la physiologie végétale
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est une UE transversale de L2 SV visant à donner aux étudiants en Biologie des bases de connaissances fondamentales sur le fonctionnement des plantes permettant de comprendre les enjeux actuels des Agro-sciences végétales.
Les notions de base de Physiologie / Biologie Fonctionnelle des Plantes suivantes seront étudiées :
approches expérimentales essentielles: transgénèse végétale, génétique directe et inverse
bases de l’autotrophie
mécanismes à la base des grandes étapes du développement d’une angiosperme : fonctionnement des méristèmes, transition florale, fécondation.
l’auxine, une hormone majeure pour le développement des plantes et leur réponse à l’environnement abiotique
Les séances de Travaux Pratiques permettront aux étudiants de manipuler la régulation de la nutrition hydrique des plantes et d’analyser leur nutrition minérale à l’aide de différents dosages biochimiques (photométrie de flamme, spectrophotométrie).
Description de la variabilité 1
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de l’UE (max 10 lignes):
Cette UE a pour objectif de faire comprendre comment mesurer la variation en biologie et comment elle peut être représentée. Elle se base sur des exemples concrets tirés de disciplines variées de la biologie (écologie, biologie du développement, évolution, génétique, physiologie) et donne les outils statistiques pour mesurer cette variation et les méthodes graphiques pour la représenter. Les notions statistiques d'échantillonnage, d’inférence, de distribution, de tendance centrale, de dispersion, fonction de répartition, de paramètres, d’intervalle de confiance et de dépendance entre variables pour différents types de variables (binomiales, discrètes, continues) sont explicitées à l’aide de TD basés sur des problèmes biologiques.
Compétences visées par l’UE (cf référentiel de compétences):
- Outils analytiques descriptifs en biologie, introduction aux biostatistiques par le biais de l’analyse des patrons biologiques
Description de la variabilité 2
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est l’application concrète complémentaire de l’UE Description de la variabilité 1 (HAV312B).
La construction et l’analyse de jeux de données est réalisée à l’aide de TP dans le logiciel R faisant un parallèle avec les TD, ainsi que l’obtention de graphique et paramètres numériques permettant de caractériser les échantillons et leur variabilité.
Compétences visées par l’UE (cf référentiel de compétences):
- Outils analytiques descriptifs en biologie, introduction aux biostatistiques par le biais de l’analyse des patrons biologiques
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ecologie fondamentale: concepts et méthodes
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est une introduction aux concepts généraux de l’écologie scientifique : niveaux d’organisation, mesures et conservation de la biodiversité, biogéographie, facteurs biotiques et abiotiques de répartition et de dynamique de la biodiversité. Elle permet aussi d’appréhender les méthodes utilisées en écologie scientifique : intérêt de l’expérimentation, réflexion sur la construction d’un protocole, analyse de données, compte-rendus oral et écrit d’une expérience
Ecologie, diversité, et évolution des Champignons
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette unité d’enseignement a pour objet l’exploration du règne fongique, dans ses dimensions biologique, écologique et évolutive. A l’aide d’un ensemble de cours magistraux, auxquels sont adossés des séances de travaux en groupe (Td et TP), les étudiants se familiariseront avec ces organismes, leurs spécificités biologiques (notamment au regard de leur reproduction) et leurs rôles dans le fonctionnement de écosystèmes terrestres. Par ailleurs, la place des champignons dans les sociétés humaines (alimentation et médecine notamment) sera explorée dans le cadre de cette UE qui vise aussi à analyser les liens entre biodiversité et sociétés humaines.
Bases de biologie végétale
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE aborde les notions théoriques de biologie végétale, en utilisant comme modèle le groupe des Spermatophytes. Elle vise à définir les notions et le vocabulaire spécifique de la morphologie, de l’anatomie, de la reproduction et des cycles biologiques.
Diversité et évolution des métazoaires actuels et passés N1
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Volume horaire
0h
L’UE s’intéresse à décrire les caractéristiques morpho-anatomiques des plans d’organisation majeurs des métazoaires rencontrés dans les faunes actuelles et passées, ainsi qu’à expliquer leur origine et leur dynamique d’apparition. Elle développe ainsi une vision des organismes basée sur la paléontologie et la zoologie. Elle abordera principalement l’origine des métazoaires et les principales divisions que sont les diploblastiques et les triploblastiques ainsi que des notions de base relatives au positionnement et aux relations phylogénétiques entre taxons (mono- et paraphylie, convergence évolutive…). Elle est classiquement divisée en cours magistraux, travaux dirigés qui viseront principalement à illustrer et étayer des aspects liés à la biodiversité des taxons et en travaux pratiques dans des séances visant à l’acquisition de compétences, notamment et obligatoirement en dissection.
Physiologie animale comparée
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Objectifs de l’UE : Etude comparative des grandes fonctions physiologiques chez les animaux en relation avec leur environnement. Etude des structures et des fonctions à divers niveaux d’intégration, de l’organisme à la molécule.
Modèles abordés: mammifères en comparaison avec d’autres modèles de vertébrés (téléostéens….) et d’invertébrés (insectes, crustacés, mollusques,…).
Description : Cette UE abordera certaines grandes fonctions physiologiques (respiration, nutrition, excrétion et régulation hydro-minérale) ainsi que des bases en immunologie et les systèmes de régulation (système nerveux et communication chimique). En plus de cours magistraux, les étudiants travailleront en groupes sur divers thèmes proposés par les enseignants. Ils présenteront les sujets sous forme d’exposés et synthétiserons les points clés à retenir sous forme d’un résumé écrit. Des TP et un TD seront également proposés pour illustrer les cours.
Bases de la physiologie végétale
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est une UE transversale de L2 SV visant à donner aux étudiants en Biologie des bases de connaissances fondamentales sur le fonctionnement des plantes permettant de comprendre les enjeux actuels des Agro-sciences végétales.
Les notions de base de Physiologie / Biologie Fonctionnelle des Plantes suivantes seront étudiées :
approches expérimentales essentielles: transgénèse végétale, génétique directe et inverse
bases de l’autotrophie
mécanismes à la base des grandes étapes du développement d’une angiosperme : fonctionnement des méristèmes, transition florale, fécondation.
l’auxine, une hormone majeure pour le développement des plantes et leur réponse à l’environnement abiotique
Les séances de Travaux Pratiques permettront aux étudiants de manipuler la régulation de la nutrition hydrique des plantes et d’analyser leur nutrition minérale à l’aide de différents dosages biochimiques (photométrie de flamme, spectrophotométrie).
Description de la variabilité 1
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de l’UE (max 10 lignes):
Cette UE a pour objectif de faire comprendre comment mesurer la variation en biologie et comment elle peut être représentée. Elle se base sur des exemples concrets tirés de disciplines variées de la biologie (écologie, biologie du développement, évolution, génétique, physiologie) et donne les outils statistiques pour mesurer cette variation et les méthodes graphiques pour la représenter. Les notions statistiques d'échantillonnage, d’inférence, de distribution, de tendance centrale, de dispersion, fonction de répartition, de paramètres, d’intervalle de confiance et de dépendance entre variables pour différents types de variables (binomiales, discrètes, continues) sont explicitées à l’aide de TD basés sur des problèmes biologiques.
Compétences visées par l’UE (cf référentiel de compétences):
- Outils analytiques descriptifs en biologie, introduction aux biostatistiques par le biais de l’analyse des patrons biologiques
Géologie sédimentaire, tectonique et cartographie
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE rassemble trois disciplines complémentaires et fondamentales des sciences de la Terre : la sédimentologie, la tectonique et la cartographie. Les différents types de roches sédimentaires y seront enseignés en détail afin d’interpréter leur contexte de formation et les processus associés. Les objets de tectonique ductile et cassante seront aussi abordés aux différentes échelles afin d’établir leur contexte de formation notamment en terme de régime de contraintes. Des travaux pratiques sur échantillons seront réalisés en parallèle afin de permettre aux étudiants de développer leur sens de l’observation et du dessin et de mettre à profit les riches collections disponibles au département. Une initiation à la lecture et au travail sur carte géologique sera enfin réalisée (schéma, coupe), mettant en application les notions de sédimentologie et de tectonique précédemment acquises. Cette UE devra permettre aux étudiants de définir les grandes lignes de l’histoire géologique d’une région donnée.
Volumes horaires:
- CM : 12
- TD : 3
- TP : 21
Description de la variabilité 2
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est l’application concrète complémentaire de l’UE Description de la variabilité 1 (HAV312B).
La construction et l’analyse de jeux de données est réalisée à l’aide de TP dans le logiciel R faisant un parallèle avec les TD, ainsi que l’obtention de graphique et paramètres numériques permettant de caractériser les échantillons et leur variabilité.
Compétences visées par l’UE (cf référentiel de compétences):
- Outils analytiques descriptifs en biologie, introduction aux biostatistiques par le biais de l’analyse des patrons biologiques
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ecologie fondamentale: concepts et méthodes
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est une introduction aux concepts généraux de l’écologie scientifique : niveaux d’organisation, mesures et conservation de la biodiversité, biogéographie, facteurs biotiques et abiotiques de répartition et de dynamique de la biodiversité. Elle permet aussi d’appréhender les méthodes utilisées en écologie scientifique : intérêt de l’expérimentation, réflexion sur la construction d’un protocole, analyse de données, compte-rendus oral et écrit d’une expérience
Ecologie, diversité, et évolution des Champignons
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette unité d’enseignement a pour objet l’exploration du règne fongique, dans ses dimensions biologique, écologique et évolutive. A l’aide d’un ensemble de cours magistraux, auxquels sont adossés des séances de travaux en groupe (Td et TP), les étudiants se familiariseront avec ces organismes, leurs spécificités biologiques (notamment au regard de leur reproduction) et leurs rôles dans le fonctionnement de écosystèmes terrestres. Par ailleurs, la place des champignons dans les sociétés humaines (alimentation et médecine notamment) sera explorée dans le cadre de cette UE qui vise aussi à analyser les liens entre biodiversité et sociétés humaines.
Bases de biologie végétale
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE aborde les notions théoriques de biologie végétale, en utilisant comme modèle le groupe des Spermatophytes. Elle vise à définir les notions et le vocabulaire spécifique de la morphologie, de l’anatomie, de la reproduction et des cycles biologiques.
Diversité et évolution des métazoaires actuels et passés N1
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Volume horaire
0h
L’UE s’intéresse à décrire les caractéristiques morpho-anatomiques des plans d’organisation majeurs des métazoaires rencontrés dans les faunes actuelles et passées, ainsi qu’à expliquer leur origine et leur dynamique d’apparition. Elle développe ainsi une vision des organismes basée sur la paléontologie et la zoologie. Elle abordera principalement l’origine des métazoaires et les principales divisions que sont les diploblastiques et les triploblastiques ainsi que des notions de base relatives au positionnement et aux relations phylogénétiques entre taxons (mono- et paraphylie, convergence évolutive…). Elle est classiquement divisée en cours magistraux, travaux dirigés qui viseront principalement à illustrer et étayer des aspects liés à la biodiversité des taxons et en travaux pratiques dans des séances visant à l’acquisition de compétences, notamment et obligatoirement en dissection.
Physiologie animale comparée
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Objectifs de l’UE : Etude comparative des grandes fonctions physiologiques chez les animaux en relation avec leur environnement. Etude des structures et des fonctions à divers niveaux d’intégration, de l’organisme à la molécule.
Modèles abordés: mammifères en comparaison avec d’autres modèles de vertébrés (téléostéens….) et d’invertébrés (insectes, crustacés, mollusques,…).
Description : Cette UE abordera certaines grandes fonctions physiologiques (respiration, nutrition, excrétion et régulation hydro-minérale) ainsi que des bases en immunologie et les systèmes de régulation (système nerveux et communication chimique). En plus de cours magistraux, les étudiants travailleront en groupes sur divers thèmes proposés par les enseignants. Ils présenteront les sujets sous forme d’exposés et synthétiserons les points clés à retenir sous forme d’un résumé écrit. Des TP et un TD seront également proposés pour illustrer les cours.
S4L2SVBE
ECTS
30 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Diversité et évolution des métazoaires actuels et passés N2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE prolonge une UE de L2 S3 s’intéressant à décrire les caractéristiques morpho-anatomiques des plans d’organisation majeurs des métazoaires rencontrés dans les faunes actuelles et passées, ainsi qu’à expliquer leur origine et leur dynamique d’apparition à travers l’acquisition de compétences en paléontologie et en zoologie. En S4, celle-ci explorera principalement les subdivisions majeures au sein des organismes protostomiens que sont les lophotrochozoaires (annélides mollusques, brachiopodes,…) et les ecdysozoaires (arthropodes, nématodes,…), tout en soulignant leurs relations phylogénétiques que leurs importances ou impacts socio-économiques. L’UE est classiquement divisée en cours magistraux, travaux dirigés qui viseront principalement à illustrer et étayer des aspects liés à la biodiversité des taxons et en travaux pratiques dans des séances visant à l’acquisition de compétences, notamment et obligatoirement à travers la réalisation de certaines dissections.
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Du génotype au phénotype
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Dans ce cours, les étudiants pourront connaître les liens entre le patrimoine génétique d'un individu et la mise en place de sa morphologie, sa physiologie, et son mode de vie. On s'attachera à comprendre les liens entre l'information portée par le génome et le cycle de vie de l'organisme considéré, en passant par les caractéristiques cellulaires correspondant à l'expression de l'information génétique. Ces données seront replacées dans un cadre évolutif et permettront d'éclairer quelques transitions évolutives majeures, en particulier chez les métazoaires.
Ecologie fonctionnelle
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE d’écologie fonctionnelle vise à apporter des bases solides sur le fonctionnement des écosystèmes terrestres, et en particulier sur le rôle joué par les organismes vivants dans les flux de matière au sein de ceux-ci. Les principaux processus abordés sont la production primaire, les relations de consommation et en particulier d’herbivorie, et le processus de décomposition et de transformation de la matière organique du sol. Pour chacun de ces processus, une attention particulière est portée sur (1) le lien entre les stratégies des organismes et leur fonction dans l’écosystème, et (2) le fait de baser la présentation des concepts sur des constats de terrain, mettant en avant des caractéristiques des organismes ou de l’écosystème auxquelles les étudiants pourraient être confrontés lors de sortie de terrain.
Cette UE s’insère ainsi entre une présentation plus large de l’écologie au S1 (HLBE304) et amène des notions nécessaires à l’UE de L3 d’écologie des communautés.
L’accent est mis sur des aspects pratiques, au travers notamment d’une série de travaux pratiques par groupe, où une hypothèse simple mais scientifiquement pertinente sera testée expérimentalement grâce à un protocole adéquate.
Quantification de l'aléa
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est la continuité naturelle de l’UE “Description de la variabilité” présentée en S3. Elle a pour objectif de fournir les concepts et les méthodes sur lesquels reposent les biostatistiques modernes, à savoir la quantification du hasard, dont l’enjeu est omniprésent dans les sciences du vivant. Cette UE constituera une introduction aux statistiques inférentielles : tests paramétriques et non paramétriques, régression linéaire, analyse de variance. Une attention particulière sera apportée aux conditions d’applications de ces méthodes de même qu’aux notions d’erreurs de type I et II, de puissance, de réplication, d'intervalle de confiance. Chaque notion sera illustrée d'analyses de données biologiques réelles et diversifiées, participant de la culture biostatistique utile pour former l’esprit critique vis-à-vis des résultats scientifiques. Des travaux pratiques sous R permettront, outre une formation à ce langage de référence et aux outils statistiques qui y sont implémentés, de comprendre ce qui aura été vu en cours mise en application des méthodes présentées.
Projet Personnel et Professionnel
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Matériaux de la Terre
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE a pour objectif d’introduire les concepts et outils permettant d’observer et de décrire les minéraux et les roches magmatiques et métamorphiques et de comprendre leur genèse. Les enseignements débuteront par une introduction aux concepts de la minéralogie (cristallographie, cristallochimie) et aux outils nécessaires pour identifier les minéraux constitutifs des roches magmatiques et métamorphiques. Vous étudierez ensuite la structure et nature du manteau ainsi que les processus mis en jeu depuis la formation des magmas jusqu’à l’éruption des roches magmatiques: processus de fusion partielle, cristallisation, assimilation crustale, mélange magmatique. Vous apprendrez à distinguer les différentes séries magmatiques par leur compositions chimiques et propriétés physiques. Le lien entre les processus éruptifs, aléas et risques volcaniques sera également abordé. Dans une troisième partie, nous introduirons les principales variables (pression, température, temps) et les différents contextes géodynamiques du métamorphisme. Nous verrons les différents faciès métamorphiques, les structures et textures des roches métamorphiques, et vous apprendrez à reconnaître les réactions minérales et à les interpréter en terme d’évolution métamorphique.
L’étude couplée des roches magmatiques et métamorphiques permettra d’avoir les bases pour appréhender les problématiques liées à la géodynamique de la Terre interne, aux cycles géochimiques, aux ressources minérales…
Histoire des végétaux et des environnements naturels
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE aborde l’histoire des végétaux, d’une part de façon diachronique, en étudiant chacune des grandes périodes géologiques (Paléozoïque, Mésozoïque, Cénozoïque), et d’autre part, de manière transversale, en approfondissant certaines méthodes d’étude des paléoenvironnements (macroflores, palynologie, climat, géochimie, biomécanique...).
Après un CM d’introduction, les CM présentent d’une part, l’histoire des végétaux par grande période géologique (CM2-3 : Paléozoïque ; CM4-5 : Mésozoïque ; CM6-8 : Cénozoïque ) et d’autre part, des approches transversales (CM9-10 : Géochimie isotopique ; CM11-12 : Biomécanique).
Les TP illustrent, sur la base de l’étude d’enregistrements fossiles, des exemples de reconstitution paléoenvironnementale : TP1, Macroflore Paléozoïque (Graissessac) ; TP2-3, Macroflore Pléistocène ancien (Bernasso) ; TP4, Pollen Pléistocène récent (La Gourre) ; TP5, Géochimie Holocène.
Ecophysiologie des Organismes Aquatiques
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est de comprendre les mécanismes mis en jeu par les organismes pour faire face aux contraintes de l’environnement aquatique. A partir de modèles animaux (mollusques, crustacés, poissons) et végétaux (macro-et microalgues, angiospermes aquatiques), cette UE traitera les différentes dimensions de la biologie adaptative des organismes, allant des capacités d’acclimatation et d’adaptation aux changements, jusqu’aux limites physiologiques et à l’optimisation des traits phénotypiques en fonctions des contraintes du milieu. Cette UE vise à étudier :
- les grands concepts et approches en écophysiologie ;
- les réponses écophysiologiques (de l’expression d’un gène à la performance d’un organisme et à son comportement) en prenant comme exemples divers écosystèmes aquatiques (intertidaux, estuariens, polaires, cavernicoles et abyssaux) ;
- l’intégration des relations structure-fonction dans un contexte environnemental donné.
Sur le plan pratique, cette UE permettra d’étudier le fonctionnement des organismes par des mesures physiologiques simples et d’apprendre à mettre en place des expérimentations. Des présentations d’articles scientifiques choisit par les enseignants complèteront les connaissances acquis en cours.
Eucaryotes Parasites
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE présente la Biologie des Organismes eucaryotes parasites en prenant en compte leur diversité. On traitera donc aussi bien d’unicellulaires que de vertébrés.
Outre les aspects physiologiques, anatomiques et morphologiques, une grande place sera faite à la description de leurs cycles de vie nécessitant impérativement une phase de transmission à un hôte obligatoire.
Spécialisation naturaliste 1
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L'objectif est de transmettre aux étudiants des connaissances sur la biologie, l’écologie et l’évolution de trois groupes taxonomiques en question. Au-delà de l’identification des espèces (qui sera largement abordée), cette UE traitera de l’évolution et de la systématique du groupe taxonomique en question, de l’écologie fondamentale (écologie évolutive, fonctionnelle), de l’écologie appliquée (conservation), de la physiologie, de la législation ainsi que les méthodes d’étude et d’identification.
Après un cours d’introduction général, 2 axes de travail seront proposés en parallèle. L’un portera sur la flore méditerranéenne, l’autre sur la faune (amphibien-reptiles et oiseaux).
Flore
Le pourtour méditerranéen français regroupe plus des 2/3 de la richesse floristique de France métropolitaine. Cette UE est une initiation à cette exceptionnelle diversité et aux mécanismes sous-jacents. Elle est construite afin de permettre aux étudiants 1. de décrire une plante de façon à dégager les caractères utiles à l’identification et 2. d’utiliser différents outils de détermination et d’en comprendre les forces et les limites. L’enseignement intégrera des approches pédagogiques innovantes, en couplant l’utilisation d’outil traditionnels (flore papier) et numériques (FloreNum, PlantNet), afin de permettre un apprentissage adapté aux connaissances de l’étudiant (du débutant à l’amateur éclairé). L’identification des espèces constituera une base pour étudier leur biologie, leur écologie et aborder les notions d’évolution et de phylogénie. Pour cela, des ateliers seront menées en parallèles des séances de TP : 1. construction d’une classification morphologique à comparer avec les classifications classiques (morphologiques et phylogénétiques), 2. introduction à l’écologie des espèces à travers d’une approche par habitat, et 3. étude diachronique de la biologie du développement par le suivi de croissance d’espèces sauvages plantées en condition contrôlées.
Animaux
L’objectif est pour l’étudiant est d’acquérir/approfondir un ensemble de connaissances sur la biologie des oiseaux, des amphibiens et des reptiles, qui constituent des modèles de choix en écologie fondamentale (éthologie, écologie évolutive, écologie fonctionnelle), écologie appliquée (biologie de la conservation) et éducation à l’environnement / enseignement. Au-delà de l’identification des espèces, cet axe de travail traitera de l’évolution et de la systématique de ces taxa, leur physiologie, leur particularités écologiques et comportementales.
Chaque groupe (Faune - Flore) aura à sa disposition 12 heures de sortie de terrain (dont la moitié sera commune aux deux groupes) à réaliser selon des modalités à définir (4 sorties d’une 1/2 journée, ou 2 sorties longues d’une journée). Les TPs pourront être mis en place sur des sites de l’université (campus de la fac - terrain expérience du Labex CEMEB au CEFE - Jardin Botanique) propices à l’étude des différents organismes.
Notion transversale
L’UE est organisée autour d’une notion commune aux deux groupes de TP qui à travers une classe renversée, permettra de partir des espèces observées pour dégager des concepts centraux en biologie de la conservation. Au S4, ce sera la distribution (chorologie) et la notion de rareté à différentes échelles spatiales qui seront abordées. Ces notions viendront en appui de questions méthodologiques portant notamment sur l’estimation de l’abondance des organismes. Pour cela, les étudiants présentent en fin de séquence un taxon de leur choix, parmi ceux proposés dans l’UE, qui illustre la notion de distribution.
Bases de biologie et de physiologie de la conservation
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le but de l’UE est de faire le lien entre d’un côté des connaissances de biologie et de physiologie et de l’autre avec la démographie et l’évolution des populations. Cette approche vise à poser les premiers jalons de la biologie de la conservation, en donnant des éléments visant à prédire comment les organismes et populations animales et végétales répondent aux changements des écosystèmes et aux sources de stress.
Formes pédagogiques :
Travaux dirigés sous forme de présentation et discussion de données scientifiques ou sous forme « inversée » avec interventions de petits groupes, projets par groupes en autonomie, analyses de cas concrets de restauration ;
TD1 : présentation de l’UE : concepts, activités, formes pédagogiques. Etablissement du programme des TD inversés
TD2 : L’écophysiologie et la physiologie environnementale (définitions) ; études de cas (espèces invasives, réintroductions, aménagements écologiques)
TD3 : Analyses des conséquences occasionnées par des pollutions majeures (marines et terrestres), ingénierie écologique, outils de biosurveillance passive et active.
TD4 à 16 : Sous forme « inversée » (étudiants en position « active », compléments par l’enseignant), série d’interventions visant à mettre en place
- les liens entre d’une part biologie et stratégie de vie et d’autre part traits d’histoire de vie, en prenant plusieurs exemples caractéristiques (espèces animales, végétales, espèces généralistes/spécialisées, espèces rares – types de rareté – ou répandues voir invasives) ;
- la construction de la démographie d’une population
- les modifications de la démographie d’une population sous l’effet de différentes perturbations, notamment les perturbations à long terme touchant la capacité de la population à évoluer.
Deux séances de TD (3h au total) : analyses de différentes stratégies de conservation et de biosurveillance en prenant en compte des connaissances en physiologie des organismes ainsi que les particularités écologiques et comportementales. Recherche & analyse de documents, synthèse et restitution des études à l’oral / débat
TP : analyses écophysiologiques végétales, analyses écophysiologiques animales avec des approches non invasives (comportement, analyses physiologique et bioénergétiques).
Modélisation du vivant : théorie
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Diversité des végétaux
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE aborde les différents groupes de végétaux (« algues », « cryptogames », Spermatophytes), en précisant pour chacun d’eux leur position et leur nature phylogénétique (groupe mono- ou paraphylétique), leur origine et leurs spécificités sur les plans morpho-anatomique, reproducteur et écologique.
4 CM présentent les différents groupes de végétaux : CM1, diversité des « algues » ; CM2, cycles biologiques des « algues » ; CM3, « cryptogames » ; CM4, Spermatophytes.
6 TD abordent des notions transversales sur la base d’exercices réalisés à l’oral ou à l’écrit : TD1, Cycles biologiques ; TD2, Endosymbiose ; TD3, Interactions ; TD4, Adaptation ; TD5, Polyploïdie ; TD6, Phylogénie.
6 TP illustrent les notions abordées en CM et TD avec du matériel vivant : TP1, « algues »1 ; TP2, « algues »2 ; TP3, « bryophytes » ; TP4, « ptéridophytes » ; TP5, Gymnospermes, appareil végétatif ; TP6, Gymnospermes, reproduction.
Biologie Cellulaire et Moléculaire 2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S3 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
Partie Biologie moléculaire : Les bases moléculaires et structurales des acides nucléiques seront développées et approfondies pour comprendre les propriétés physicochimiques des acides nucléiques, qui ouvrent diverses perspectives d’applications technologiques, et les mécanismes moléculaires des principales étapes de la Biologie Moléculaire, comme la réplication de l’ADN, la transcription de gènes en ARNm et la traduction de ceux-ci en protéines. Ces étapes, illustrées par les évidences expérimentales déduites de diverses études historiques, seront étudiées en profondeur chez les procaryotes. Des comparaisons avec les eucaryotes seront par la suite également discutées. Les mécanismes moléculaires des réparations de l’ADN seront également décrits et développés.
Partie Biologie cellulaire : Seront abordés les concepts majeurs de la formation de complexe protéique membranaires et cytosolique particulièrement dans le contexte des voies de signalisation cellulaire. Les notions de ligands, récepteurs, protéines échafaudage, protéines enzymatiques de signalisation, seconds messagers intracellulaires, cinétiques de réponses seront présentés. Les techniques de biochimie et de biologie cellulaire permettant de mettre en évidence la présence et la localisation de protéines dans des cellules et tissus seront exposées.
Bases de la physiologie végétale
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est une UE transversale de L2 SV visant à donner aux étudiants en Biologie des bases de connaissances fondamentales sur le fonctionnement des plantes permettant de comprendre les enjeux actuels des Agro-sciences végétales.
Les notions de base de Physiologie / Biologie Fonctionnelle des Plantes suivantes seront étudiées :
approches expérimentales essentielles: transgénèse végétale, génétique directe et inverse
bases de l’autotrophie
mécanismes à la base des grandes étapes du développement d’une angiosperme : fonctionnement des méristèmes, transition florale, fécondation.
l’auxine, une hormone majeure pour le développement des plantes et leur réponse à l’environnement abiotique
Les séances de Travaux Pratiques permettront aux étudiants de manipuler la régulation de la nutrition hydrique des plantes et d’analyser leur nutrition minérale à l’aide de différents dosages biochimiques (photométrie de flamme, spectrophotométrie).
Description de la variabilité 1
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de l’UE (max 10 lignes):
Cette UE a pour objectif de faire comprendre comment mesurer la variation en biologie et comment elle peut être représentée. Elle se base sur des exemples concrets tirés de disciplines variées de la biologie (écologie, biologie du développement, évolution, génétique, physiologie) et donne les outils statistiques pour mesurer cette variation et les méthodes graphiques pour la représenter. Les notions statistiques d'échantillonnage, d’inférence, de distribution, de tendance centrale, de dispersion, fonction de répartition, de paramètres, d’intervalle de confiance et de dépendance entre variables pour différents types de variables (binomiales, discrètes, continues) sont explicitées à l’aide de TD basés sur des problèmes biologiques.
Compétences visées par l’UE (cf référentiel de compétences):
- Outils analytiques descriptifs en biologie, introduction aux biostatistiques par le biais de l’analyse des patrons biologiques
Microbiologie 1
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE permet d’acquérir les bases fondamentales de la microbiologie. Elle détaillera les structures des microorganismes, procaryotes et eucaryotes, et des virus. Elle donnera un aperçu de la diversité de ces microorganismes et décrira leur mode de multiplication.
Pour les bactéries, les types trophiques et les facteurs influençant la croissance seront développés, ainsi que l’étude de la croissance en milieu non renouvelé. La génétique et les transferts horizontaux entre bactéries seront abordés.
Quelques microorganismes eucaryotes seront étudiés: habitat, modes de vie, rôle écologique ou parasitisme ainsi que leur mode de développement.
En virologie, les principaux cycles de multiplication des virus seront détaillés, les modes de transmission et la notion de pathogénèse virale seront abordées. Le principe de la vaccination anti-virale et des traitements antiviraux seront présentés et illustrés à l'aide d'exemples concrets.
Le principe de la vaccination anti-virale et des traitements antiviraux seront présentés et illustrés à l'aide d'exemples concrets.
Les travaux pratiques permettront l’initiation aux techniques de manipulations stériles des microorganismes, au comptage des bactéries et à la conjugaison.
Bases de la physiologie Animale et d'Immunologie
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Ce module doit permettre aux étudiants d'acquérir :
Les notions de bases en Physiologie : Concept d'homéostasie ; niveaux d’organisation du corps humain ; compartiments du Milieu Intérieur ; étude du système endocrine ; équilibres acido-basique et hydro-minéral ; études anatomique et fonctionnelle du système nerveux central et périphérique.
Les notions de bases en Immunologie :
Présentation générale du système immunitaire ; étude des lymphocytes T et B, des cellules présentatrices d'antigène ; étude de l'immunité antimicrobienne et du complément.
Biochimie S3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire permet aux étudiants de consolider les bases de la biochimie acquises en L1 en abordant cette discipline par une étude transversale d’enzymes impliquées dans le métabolisme cellulaire, notamment la glycolyse. Plusieurs domaines de la biochimie seront traités : Les bases de l’enzymologie michaelienne, la description des réactions métaboliques mises en œuvre lors de la glycolyse. Enfin, l’aspect technique sera abordé par la présentation et l’analyse des techniques permettant de mesurer une activité enzymatique, de purifier, de quantifier et de détecter des protéines.
CHOIX1
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biophysique des fluides
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La première partie (environ 1/3) du module abordera les processus (biologiques) ayant une évolution temporelle décrite par une loi exponentielle (croissance ou décroissance).
La radioactivité sera abordée, comme illustration d’un tel processus, et pour ses applications au domaine biologie-santé-environnement (datation, traçage, …).
La seconde partie (environ 2/3) du module introduira les notions de fluide et de pression, et présentera les lois de l’hydrostatique (loi fondamentale de la statique des fluides, théorème d’Archimède).
La dynamique des fluides sera introduite, avec notamment les notions d’écoulements, de viscosité, de sédimentation et de centrifugation, en lien avec le secteur Biologie-Santé.
Liste des Chapitres du module :
- Variations exponentielles
- Radioactivité (décroissance radioactive, activité)
- Les fluides : définition, propriétés, notion de pression
- Hydrostatique : loi fondamentale de la statique des fluides, théorème d’Archimède.
- Eléments d’hydrodynamique : écoulements, théorème de Bernouilli
- Viscosité ; Sédimentation et centrifugation
Alimentation-Nutrition-Santé
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Dans un contexte où la nutrition est devenue le centre d’intérêt d’un public de plus en plus large, l’objectif de cette UE est la mise en place de repères de consommation alimentaire avec une démarche scientifique.
Cette UE propose de découvrir les bases de l’alimentation et de la nutrition en passant par la description des nutriments (protéines, glucides, lipides, fibres, vitamines et minéraux), des besoins nutritionnels et des différents groupes d’aliments. Seront aussi abordés certains procédés et technologies alimentaires.
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est proposée aux étudiants de L2 Sciences de la Vie souhaitant aborder ou approfondir comment les biotechnologies peuvent contribuer à répondre aux enjeux actuels et à venir de la production durable des ressources agricoles et agro-alimentaires.
L’homme utilise les propriétés des organismes photosynthétiques et des microorganismes pour l’obtention et la transformation de multiples ressources et services : produits alimentaires pour l’homme ou les animaux d’élevage, molécules thérapeutiques, matériaux de construction, … Cette utilisation est dépendante des conditions naturelles et son bilan est susceptible d’impacter en retour l’environnement, par exemple via le prélèvement ou la détérioration de ressources limitées et/ou non renouvelables (l’eau, le sol, …). Il est donc important, pour que cette production de ressources soit durable, que son organisation (notion d’agronomie) intègre la connaissance de ces impacts et s’appuie sur la compréhension des propriétés des végétaux et des microorganismes pour répondre à ces enjeux. Le développement et l’utilisation de nouvelles biotechnologies dans les domaines de la génétique appliquée et de la physiologie des plantes, de l’utilisation des microorganismes, et des interactions favorables ou défavorables entre ces microorganismes et les végétaux participent grandement à ces stratégies d’agronomie durable.
Chimie du vivant
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Comportement animal - Ethologie
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le but de cette unité d’enseignement est d’appréhender le comportement animal de façon intégrative, à la lumière des quatre ‘why’ de Tinbergen : depuis son ontogenèse, ses causes neurobiologiques jusqu’à son évolution et ses fonctions biologiques. Outre des apports historiques, conceptuels et méthodologiques, les étudiants seront accompagnés de manière à appréhender la diversité des traits impliqués ainsi que la diversité des approches et des questionnements scientifiques associés. Cette UE permettra ainsi de mettre en lumière, au travers de différents exemples, la diversité des disciplines étudiant le comportement animal : Neurosciences, Ethologie, Ecologie Comportementale et permettra d’éclairer les étudiants pour la poursuite de leur cursus vers les filières appropriées Physiologie Animale et Neurosciences/ Biologie Evolutive et Ecologie/ Autres….
Chimie pour les biologistes 2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette seconde unité d’enseignement de chimie générale vise à consolider et approfondir l’étude des réactions en solution aqueuse, notamment celles qui implique la formation de complexe métallique. Les principes de la thermodynamique seront présentés et appliquées à l’étude des équilibres chimiques d’intérêt biologique. Plutôt que de faire une présentation utilisant un formalisme mathématique qui nécessiterait un volume horaire bien plus conséquent, il sera demandé à l’étudiant de comprendre le sens physique de ces principes et des principales fonctions thermodynamique et de les applications à des systèmes chimiques, souvent d’intérêt biologique. Il sera notamment présenter les potentiels de membrane au repos et l’utilisation des diagrammes potentiel pH en biologie.
Les étudiants travailleront en amont de certains cours et travaux dirigés des documents de cours (écrits et audios) permettant à ce que les enseignements en présentiel en cours et en TD puissent leur permettre d’être pleinement acteurs de la formation, de comprendre les notions présentées ainsi que les compétences à acquérir.
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Techniques de Biochimie
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE s’inscrit dans la continuité de l’UE de Biochimie S3. Cette UE met davantage l’accent sur l’aspect pratique. Les principes des techniques usuelles de biochimie (techniques de séparation de protéines, techniques de dosage de protéines par spectrophotométrie, Western Blot/Elisa, …) seront traités en cours puis des expériences relatives à ces techniques seront réalisées en TP. Il s’agira d’interpréter et analyser les expériences proposées en TP.
Santé : Les grands enjeux
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Il s’agit d’une UE de culture générale qui traitera de nombreux sujets d’actualité liés à la santé humaine. Cette UE abordera sous forme de mini séminaires de 1h30 des thématiques très variées, sous une approche à la fois pragmatique et critique. Les nombreux intervenants de cette UE apporteront leurs expertises sur des sujets tel que l’immunité, la biologie moléculaire, le cancer, l’alimentation, le diagnostic, la vaccination, la bioéthique, l’écologie, les neurosciences, les maladies émergentes ou les traitements thérapeutiques d’aujourd’hui et de demain. Chaque intervention aura non seulement pour objectif d’apporter des connaissances de pointes et d’engager une analyse critique de leurs sujets, mais aussi de guider les étudiants à rechercher et à filtrer les informations scientifiques afin de lutter contre la désinformation. Sur les grands enjeux de la santé humaine du XXI siècle, nous aborderons les vraies questions, les fausses polémiques, ainsi que les solutions que nous pouvons y apporter.
Investigations biologiques
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est dédiée aux marqueurs biologiques. C'est une pré-introduction aux techniques détection et de diagnostic. Il traite de différents aspects du biomarquage :
Les marqueurs moléculaires / techniques de l'identification par analyse génomique en médecine et agronomie.
1) Notion de polymorphisme et technique de détection: La RFLP / ER-sondes nucléiques
2) Les marqueurs RFLP et les autres marqueurs génétiques : SNP, STR.
3) Recherche de nouveaux marqueurs moléculaires : criblage différentiel de banques d'ADNc / banques soustractives / Transcriptomique
4) Les autres analyses génomiques du polymorphisme : AFLP / empreinte ADN.
Techniques d'identification en agro-alimentaire par les techniques immunologiques
1) Notions de base en techniques immunologiques
2) Les réactions d'agglutination
3) Méthodes de dosage immuno-enzymatiques
Études d'exemples d'application en agroalimentaire :
- étude du kit de diagnostic de la rhizominanie de la betterave (ELISA sandwich)
- dosage de l'ochratoxine A dans les céréales (ELISA compétitif)
- évaluation de la fraicheur du poisson par dosage de l'histamine (ELISA compétitif)
Identification biochimique de marqueurs protéiques et autres (métabolites)
1) Bases de la chromatographie et la caractérisation physique d’un spectre (les interactions mise en jeu dans chaque cas et les solvants permettant de les mettre en œuvre).
2) Chromatographie d'affinité
2.1) Principe de ce type d'analyse
2.2) Recherche du meilleur Tag (étiquette) pour la préparation d'un gel spécifique.
2.3) Leur utilité pour les différents champs d’investigation en recherche.
3) Etude des interactions proteine-protéine, protéine-ADN et autres…
4) HPLC et la FPLC et chromatographie Phase Gazeuse.
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
BioInfo
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
1- Base du linux (1,5h CM + 3hTD) : Les commandes de bases pour naviguer sous linux et comprendre la logique de ce langage. Petits exercices d’extractions d’informations en bash/shell. Élément repris pour l’analyse des fichiers d’alignement.
2- Base de données (3h CM + 4,5hTD): connaitre les principales base de données bibliographiques et biologiques (NCBI, Ensembl, Galaxie…). Savoir faire les requêtages pertinents et efficaces, exploiter, trier, description des différents formats
3- Analyse de séquences (1,5hCM + 4,5H TD) : Alignement et comparaison de séquences avec une petite introduction à la phylogénie (dot plot, Blast …)
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S4 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
- Biologie cellulaire : Les enseignements porteront sur 4 thématiques majeures : 1) Le fonctionnement du cytosquelette cellulaire, 2) L’adhérence cellulaire, 3) le trafic des protéines, 4) l’introduction à la régulation du cycle cellulaire. Des méthodologies de biologie cellulaires seront également présentées : immunoprécipitation pour la mise en évidence d’interaction protéiques, vidéomicroscopie à fluorescence pour suivre la dynamique de distribution cellulaire, évaluation de l’importance de protéines d’intérêt dans un processus cellulaire par des stratégies permettant de moduler leur expression (ARN interférence, surexpression).
- Biologie moléculaire : Après avoir acquis au semestre 3 des connaissances concernant les mécanismes de transcription et traduction, nous aborderons la régulation de l'expression génique : régulation transcriptionnelle (répresseur, activateur) et atténuation chez les procaryotes, les bases des mécanismes de régulation de l'expression chez les eucaryotes.
Microbiologie 2
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE vise à élargir les connaissances acquises précédemment à différents secteurs de la microbiologie notamment en écologie microbienne.
Elle traitera des relations pathogènes, mais présentera également des exemples d'associations symbiotiques. Elle abordera les applications des microorganismes en biotechnologie. Elle décrira le mode d’action des antibiotiques et les phénomènes de résistance associés, ainsi que leur impact.
L'UE abordera la notion d'écologie virale en présentant la place et le rôle des virus dans les écosystèmes. Le cas des bactériophages sera traité plus spécifiquement et les mécanismes de résistance des bactéries à l'infection phagique seront détaillés. Les différents types d'infection virale chez les animaux seront présentés (infections aiguë et persistantes) et illustrés grâce à l'étude de la pathogenèse d'infections virales choisies.
Les connaissances sur les microorganismes seront élargies par l’étude des Archées et d’un organisme eucaryote modèle, la levure.
Les travaux pratiques porteront sur la réalisation d’un antibiogramme et son interprétation, et sur le titrage de bactériophages.
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Physiologie des grandes fonctions
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de Physiologie de grandes fonctions (semestre 4) vise à décrire le rôle et les interactions des différents systèmes de l'organisme qui concourent à maintenir constant le milieu intérieur Acquisition des connaissances anatomo-fonctionnelles des systèmes cardiovasculaire, respiratoire, digestif et rénal et de leurs contrôles nerveux et hormonaux. Comprendre l’action conjuguée de ces grands systèmes à travers des exemples de physiologie intégrative et de pathologies : insuffisances respiratoires et cardiaques ; hémorragie ; exposition aux environnements extrêmes.
Projet Personnel et Professionnel
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie métabolique
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire va permettre aux étudiants d’approfondir leurs compétences acquises en « biochimie S3 ». Elle va leur permettre d’appréhender le métabolisme cellulaire par:
-la compréhension de la bioénergétique afin d’étudier les processus par lesquelles les cellules vivantes véhiculent, transmettent, utilisent, accumulent et libèrent de l’énergie;
-l’étude du catabolisme et de l’anabolisme des glucides, lipides, nucléotides, acides aminés ainsi que des interactions métaboliques entre ces voies.
- la description de pathologies métaboliques.
Génétique 1
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Dans ce cours d’introduction à l’analyse génétique, les objectifs sont de connaître les termes, les principes, les concepts et les méthodes utilisés en génétique formelle, ainsi que leurs champs d’application notamment en génétique humaine et médicale. Ce cours couvre la génétique de la transmission (mendélienne ou non mendélienne), la génétique quantitative et des notions de génétique des populations. Tout au long du cours, des liens sont étroitement établis entre génétique classique et génétique moléculaire.
CHOIX HAV425V
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
BioInfo
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
1- Base du linux (1,5h CM + 3hTD) : Les commandes de bases pour naviguer sous linux et comprendre la logique de ce langage. Petits exercices d’extractions d’informations en bash/shell. Élément repris pour l’analyse des fichiers d’alignement.
2- Base de données (3h CM + 4,5hTD): connaitre les principales base de données bibliographiques et biologiques (NCBI, Ensembl, Galaxie…). Savoir faire les requêtages pertinents et efficaces, exploiter, trier, description des différents formats
3- Analyse de séquences (1,5hCM + 4,5H TD) : Alignement et comparaison de séquences avec une petite introduction à la phylogénie (dot plot, Blast …)
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S4 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
- Biologie cellulaire : Les enseignements porteront sur 4 thématiques majeures : 1) Le fonctionnement du cytosquelette cellulaire, 2) L’adhérence cellulaire, 3) le trafic des protéines, 4) l’introduction à la régulation du cycle cellulaire. Des méthodologies de biologie cellulaires seront également présentées : immunoprécipitation pour la mise en évidence d’interaction protéiques, vidéomicroscopie à fluorescence pour suivre la dynamique de distribution cellulaire, évaluation de l’importance de protéines d’intérêt dans un processus cellulaire par des stratégies permettant de moduler leur expression (ARN interférence, surexpression).
- Biologie moléculaire : Après avoir acquis au semestre 3 des connaissances concernant les mécanismes de transcription et traduction, nous aborderons la régulation de l'expression génique : régulation transcriptionnelle (répresseur, activateur) et atténuation chez les procaryotes, les bases des mécanismes de régulation de l'expression chez les eucaryotes.
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Santé : Les grands enjeux
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Il s’agit d’une UE de culture générale qui traitera de nombreux sujets d’actualité liés à la santé humaine. Cette UE abordera sous forme de mini séminaires de 1h30 des thématiques très variées, sous une approche à la fois pragmatique et critique. Les nombreux intervenants de cette UE apporteront leurs expertises sur des sujets tel que l’immunité, la biologie moléculaire, le cancer, l’alimentation, le diagnostic, la vaccination, la bioéthique, l’écologie, les neurosciences, les maladies émergentes ou les traitements thérapeutiques d’aujourd’hui et de demain. Chaque intervention aura non seulement pour objectif d’apporter des connaissances de pointes et d’engager une analyse critique de leurs sujets, mais aussi de guider les étudiants à rechercher et à filtrer les informations scientifiques afin de lutter contre la désinformation. Sur les grands enjeux de la santé humaine du XXI siècle, nous aborderons les vraies questions, les fausses polémiques, ainsi que les solutions que nous pouvons y apporter.
Physiologie des grandes fonctions
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de Physiologie de grandes fonctions (semestre 4) vise à décrire le rôle et les interactions des différents systèmes de l'organisme qui concourent à maintenir constant le milieu intérieur Acquisition des connaissances anatomo-fonctionnelles des systèmes cardiovasculaire, respiratoire, digestif et rénal et de leurs contrôles nerveux et hormonaux. Comprendre l’action conjuguée de ces grands systèmes à travers des exemples de physiologie intégrative et de pathologies : insuffisances respiratoires et cardiaques ; hémorragie ; exposition aux environnements extrêmes.
Projet Personnel et Professionnel
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Approfondissement de biologie cellulaire et moléculaire
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE se propose d’approfondir en petits groupes aux formats TD et TP les processus fondamentaux moléculaires et cellulaires vus dans les cours BMC2 et BMC3 en les abordant via des notions plus concrètes. Les enseignements se feront à partir de données réelles (résultats expérimentaux, articles scientifiques) pour expliquer simplement les principales approches scientifiques et apprendre à analyser et interpréter des résultats (Exemple 1 : montrer une interaction in cellulo par expression de protéines étiquetées dans des lignées cellulaires suivie d’immunoprécipitation et western-blot. Exemple 2 : principe de l’immunofluorescence, distribution intracellulaire d’un antigène. Exemple 3 : transcription et traduction in vitro et étude d’interaction par GST-pull down). Les TP illustreront quelques-unes de ces approches de base : culture cellulaire, construction de vecteurs d’expression, transfection, immunomarquages, microscopie à fluorescence.
Biochimie métabolique
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire va permettre aux étudiants d’approfondir leurs compétences acquises en « biochimie S3 ». Elle va leur permettre d’appréhender le métabolisme cellulaire par:
-la compréhension de la bioénergétique afin d’étudier les processus par lesquelles les cellules vivantes véhiculent, transmettent, utilisent, accumulent et libèrent de l’énergie;
-l’étude du catabolisme et de l’anabolisme des glucides, lipides, nucléotides, acides aminés ainsi que des interactions métaboliques entre ces voies.
- la description de pathologies métaboliques.
Génétique 1
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Dans ce cours d’introduction à l’analyse génétique, les objectifs sont de connaître les termes, les principes, les concepts et les méthodes utilisés en génétique formelle, ainsi que leurs champs d’application notamment en génétique humaine et médicale. Ce cours couvre la génétique de la transmission (mendélienne ou non mendélienne), la génétique quantitative et des notions de génétique des populations. Tout au long du cours, des liens sont étroitement établis entre génétique classique et génétique moléculaire.
CHOIX HAV427V
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
BioInfo
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
1- Base du linux (1,5h CM + 3hTD) : Les commandes de bases pour naviguer sous linux et comprendre la logique de ce langage. Petits exercices d’extractions d’informations en bash/shell. Élément repris pour l’analyse des fichiers d’alignement.
2- Base de données (3h CM + 4,5hTD): connaitre les principales base de données bibliographiques et biologiques (NCBI, Ensembl, Galaxie…). Savoir faire les requêtages pertinents et efficaces, exploiter, trier, description des différents formats
3- Analyse de séquences (1,5hCM + 4,5H TD) : Alignement et comparaison de séquences avec une petite introduction à la phylogénie (dot plot, Blast …)
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S4 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
- Biologie cellulaire : Les enseignements porteront sur 4 thématiques majeures : 1) Le fonctionnement du cytosquelette cellulaire, 2) L’adhérence cellulaire, 3) le trafic des protéines, 4) l’introduction à la régulation du cycle cellulaire. Des méthodologies de biologie cellulaires seront également présentées : immunoprécipitation pour la mise en évidence d’interaction protéiques, vidéomicroscopie à fluorescence pour suivre la dynamique de distribution cellulaire, évaluation de l’importance de protéines d’intérêt dans un processus cellulaire par des stratégies permettant de moduler leur expression (ARN interférence, surexpression).
- Biologie moléculaire : Après avoir acquis au semestre 3 des connaissances concernant les mécanismes de transcription et traduction, nous aborderons la régulation de l'expression génique : régulation transcriptionnelle (répresseur, activateur) et atténuation chez les procaryotes, les bases des mécanismes de régulation de l'expression chez les eucaryotes.
Techniques de Biochimie
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE s’inscrit dans la continuité de l’UE de Biochimie S3. Cette UE met davantage l’accent sur l’aspect pratique. Les principes des techniques usuelles de biochimie (techniques de séparation de protéines, techniques de dosage de protéines par spectrophotométrie, Western Blot/Elisa, …) seront traités en cours puis des expériences relatives à ces techniques seront réalisées en TP. Il s’agira d’interpréter et analyser les expériences proposées en TP.
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Physiologie des grandes fonctions
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de Physiologie de grandes fonctions (semestre 4) vise à décrire le rôle et les interactions des différents systèmes de l'organisme qui concourent à maintenir constant le milieu intérieur Acquisition des connaissances anatomo-fonctionnelles des systèmes cardiovasculaire, respiratoire, digestif et rénal et de leurs contrôles nerveux et hormonaux. Comprendre l’action conjuguée de ces grands systèmes à travers des exemples de physiologie intégrative et de pathologies : insuffisances respiratoires et cardiaques ; hémorragie ; exposition aux environnements extrêmes.
Projet Personnel et Professionnel
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Approfondissement de biologie cellulaire et moléculaire
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE se propose d’approfondir en petits groupes aux formats TD et TP les processus fondamentaux moléculaires et cellulaires vus dans les cours BMC2 et BMC3 en les abordant via des notions plus concrètes. Les enseignements se feront à partir de données réelles (résultats expérimentaux, articles scientifiques) pour expliquer simplement les principales approches scientifiques et apprendre à analyser et interpréter des résultats (Exemple 1 : montrer une interaction in cellulo par expression de protéines étiquetées dans des lignées cellulaires suivie d’immunoprécipitation et western-blot. Exemple 2 : principe de l’immunofluorescence, distribution intracellulaire d’un antigène. Exemple 3 : transcription et traduction in vitro et étude d’interaction par GST-pull down). Les TP illustreront quelques-unes de ces approches de base : culture cellulaire, construction de vecteurs d’expression, transfection, immunomarquages, microscopie à fluorescence.
Biochimie métabolique
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire va permettre aux étudiants d’approfondir leurs compétences acquises en « biochimie S3 ». Elle va leur permettre d’appréhender le métabolisme cellulaire par:
-la compréhension de la bioénergétique afin d’étudier les processus par lesquelles les cellules vivantes véhiculent, transmettent, utilisent, accumulent et libèrent de l’énergie;
-l’étude du catabolisme et de l’anabolisme des glucides, lipides, nucléotides, acides aminés ainsi que des interactions métaboliques entre ces voies.
- la description de pathologies métaboliques.
Génétique 1
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Dans ce cours d’introduction à l’analyse génétique, les objectifs sont de connaître les termes, les principes, les concepts et les méthodes utilisés en génétique formelle, ainsi que leurs champs d’application notamment en génétique humaine et médicale. Ce cours couvre la génétique de la transmission (mendélienne ou non mendélienne), la génétique quantitative et des notions de génétique des populations. Tout au long du cours, des liens sont étroitement établis entre génétique classique et génétique moléculaire.
Biologie Cellulaire et Moléculaire 2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S3 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
Partie Biologie moléculaire : Les bases moléculaires et structurales des acides nucléiques seront développées et approfondies pour comprendre les propriétés physicochimiques des acides nucléiques, qui ouvrent diverses perspectives d’applications technologiques, et les mécanismes moléculaires des principales étapes de la Biologie Moléculaire, comme la réplication de l’ADN, la transcription de gènes en ARNm et la traduction de ceux-ci en protéines. Ces étapes, illustrées par les évidences expérimentales déduites de diverses études historiques, seront étudiées en profondeur chez les procaryotes. Des comparaisons avec les eucaryotes seront par la suite également discutées. Les mécanismes moléculaires des réparations de l’ADN seront également décrits et développés.
Partie Biologie cellulaire : Seront abordés les concepts majeurs de la formation de complexe protéique membranaires et cytosolique particulièrement dans le contexte des voies de signalisation cellulaire. Les notions de ligands, récepteurs, protéines échafaudage, protéines enzymatiques de signalisation, seconds messagers intracellulaires, cinétiques de réponses seront présentés. Les techniques de biochimie et de biologie cellulaire permettant de mettre en évidence la présence et la localisation de protéines dans des cellules et tissus seront exposées.
Bases de la physiologie végétale
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est une UE transversale de L2 SV visant à donner aux étudiants en Biologie des bases de connaissances fondamentales sur le fonctionnement des plantes permettant de comprendre les enjeux actuels des Agro-sciences végétales.
Les notions de base de Physiologie / Biologie Fonctionnelle des Plantes suivantes seront étudiées :
approches expérimentales essentielles: transgénèse végétale, génétique directe et inverse
bases de l’autotrophie
mécanismes à la base des grandes étapes du développement d’une angiosperme : fonctionnement des méristèmes, transition florale, fécondation.
l’auxine, une hormone majeure pour le développement des plantes et leur réponse à l’environnement abiotique
Les séances de Travaux Pratiques permettront aux étudiants de manipuler la régulation de la nutrition hydrique des plantes et d’analyser leur nutrition minérale à l’aide de différents dosages biochimiques (photométrie de flamme, spectrophotométrie).
Description de la variabilité 1
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de l’UE (max 10 lignes):
Cette UE a pour objectif de faire comprendre comment mesurer la variation en biologie et comment elle peut être représentée. Elle se base sur des exemples concrets tirés de disciplines variées de la biologie (écologie, biologie du développement, évolution, génétique, physiologie) et donne les outils statistiques pour mesurer cette variation et les méthodes graphiques pour la représenter. Les notions statistiques d'échantillonnage, d’inférence, de distribution, de tendance centrale, de dispersion, fonction de répartition, de paramètres, d’intervalle de confiance et de dépendance entre variables pour différents types de variables (binomiales, discrètes, continues) sont explicitées à l’aide de TD basés sur des problèmes biologiques.
Compétences visées par l’UE (cf référentiel de compétences):
- Outils analytiques descriptifs en biologie, introduction aux biostatistiques par le biais de l’analyse des patrons biologiques
Microbiologie 1
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE permet d’acquérir les bases fondamentales de la microbiologie. Elle détaillera les structures des microorganismes, procaryotes et eucaryotes, et des virus. Elle donnera un aperçu de la diversité de ces microorganismes et décrira leur mode de multiplication.
Pour les bactéries, les types trophiques et les facteurs influençant la croissance seront développés, ainsi que l’étude de la croissance en milieu non renouvelé. La génétique et les transferts horizontaux entre bactéries seront abordés.
Quelques microorganismes eucaryotes seront étudiés: habitat, modes de vie, rôle écologique ou parasitisme ainsi que leur mode de développement.
En virologie, les principaux cycles de multiplication des virus seront détaillés, les modes de transmission et la notion de pathogénèse virale seront abordées. Le principe de la vaccination anti-virale et des traitements antiviraux seront présentés et illustrés à l'aide d'exemples concrets.
Le principe de la vaccination anti-virale et des traitements antiviraux seront présentés et illustrés à l'aide d'exemples concrets.
Les travaux pratiques permettront l’initiation aux techniques de manipulations stériles des microorganismes, au comptage des bactéries et à la conjugaison.
Bases de la physiologie Animale et d'Immunologie
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Ce module doit permettre aux étudiants d'acquérir :
Les notions de bases en Physiologie : Concept d'homéostasie ; niveaux d’organisation du corps humain ; compartiments du Milieu Intérieur ; étude du système endocrine ; équilibres acido-basique et hydro-minéral ; études anatomique et fonctionnelle du système nerveux central et périphérique.
Les notions de bases en Immunologie :
Présentation générale du système immunitaire ; étude des lymphocytes T et B, des cellules présentatrices d'antigène ; étude de l'immunité antimicrobienne et du complément.
Biochimie S3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire permet aux étudiants de consolider les bases de la biochimie acquises en L1 en abordant cette discipline par une étude transversale d’enzymes impliquées dans le métabolisme cellulaire, notamment la glycolyse. Plusieurs domaines de la biochimie seront traités : Les bases de l’enzymologie michaelienne, la description des réactions métaboliques mises en œuvre lors de la glycolyse. Enfin, l’aspect technique sera abordé par la présentation et l’analyse des techniques permettant de mesurer une activité enzymatique, de purifier, de quantifier et de détecter des protéines.
Chimie pour les biologistes 2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette seconde unité d’enseignement de chimie générale vise à consolider et approfondir l’étude des réactions en solution aqueuse, notamment celles qui implique la formation de complexe métallique. Les principes de la thermodynamique seront présentés et appliquées à l’étude des équilibres chimiques d’intérêt biologique. Plutôt que de faire une présentation utilisant un formalisme mathématique qui nécessiterait un volume horaire bien plus conséquent, il sera demandé à l’étudiant de comprendre le sens physique de ces principes et des principales fonctions thermodynamique et de les applications à des systèmes chimiques, souvent d’intérêt biologique. Il sera notamment présenter les potentiels de membrane au repos et l’utilisation des diagrammes potentiel pH en biologie.
Les étudiants travailleront en amont de certains cours et travaux dirigés des documents de cours (écrits et audios) permettant à ce que les enseignements en présentiel en cours et en TD puissent leur permettre d’être pleinement acteurs de la formation, de comprendre les notions présentées ainsi que les compétences à acquérir.
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biophysique des fluides
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La première partie (environ 1/3) du module abordera les processus (biologiques) ayant une évolution temporelle décrite par une loi exponentielle (croissance ou décroissance).
La radioactivité sera abordée, comme illustration d’un tel processus, et pour ses applications au domaine biologie-santé-environnement (datation, traçage, …).
La seconde partie (environ 2/3) du module introduira les notions de fluide et de pression, et présentera les lois de l’hydrostatique (loi fondamentale de la statique des fluides, théorème d’Archimède).
La dynamique des fluides sera introduite, avec notamment les notions d’écoulements, de viscosité, de sédimentation et de centrifugation, en lien avec le secteur Biologie-Santé.
Liste des Chapitres du module :
- Variations exponentielles
- Radioactivité (décroissance radioactive, activité)
- Les fluides : définition, propriétés, notion de pression
- Hydrostatique : loi fondamentale de la statique des fluides, théorème d’Archimède.
- Eléments d’hydrodynamique : écoulements, théorème de Bernouilli
- Viscosité ; Sédimentation et centrifugation
Alimentation-Nutrition-Santé
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Dans un contexte où la nutrition est devenue le centre d’intérêt d’un public de plus en plus large, l’objectif de cette UE est la mise en place de repères de consommation alimentaire avec une démarche scientifique.
Cette UE propose de découvrir les bases de l’alimentation et de la nutrition en passant par la description des nutriments (protéines, glucides, lipides, fibres, vitamines et minéraux), des besoins nutritionnels et des différents groupes d’aliments. Seront aussi abordés certains procédés et technologies alimentaires.
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est proposée aux étudiants de L2 Sciences de la Vie souhaitant aborder ou approfondir comment les biotechnologies peuvent contribuer à répondre aux enjeux actuels et à venir de la production durable des ressources agricoles et agro-alimentaires.
L’homme utilise les propriétés des organismes photosynthétiques et des microorganismes pour l’obtention et la transformation de multiples ressources et services : produits alimentaires pour l’homme ou les animaux d’élevage, molécules thérapeutiques, matériaux de construction, … Cette utilisation est dépendante des conditions naturelles et son bilan est susceptible d’impacter en retour l’environnement, par exemple via le prélèvement ou la détérioration de ressources limitées et/ou non renouvelables (l’eau, le sol, …). Il est donc important, pour que cette production de ressources soit durable, que son organisation (notion d’agronomie) intègre la connaissance de ces impacts et s’appuie sur la compréhension des propriétés des végétaux et des microorganismes pour répondre à ces enjeux. Le développement et l’utilisation de nouvelles biotechnologies dans les domaines de la génétique appliquée et de la physiologie des plantes, de l’utilisation des microorganismes, et des interactions favorables ou défavorables entre ces microorganismes et les végétaux participent grandement à ces stratégies d’agronomie durable.
Chimie du vivant
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Comportement animal - Ethologie
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le but de cette unité d’enseignement est d’appréhender le comportement animal de façon intégrative, à la lumière des quatre ‘why’ de Tinbergen : depuis son ontogenèse, ses causes neurobiologiques jusqu’à son évolution et ses fonctions biologiques. Outre des apports historiques, conceptuels et méthodologiques, les étudiants seront accompagnés de manière à appréhender la diversité des traits impliqués ainsi que la diversité des approches et des questionnements scientifiques associés. Cette UE permettra ainsi de mettre en lumière, au travers de différents exemples, la diversité des disciplines étudiant le comportement animal : Neurosciences, Ethologie, Ecologie Comportementale et permettra d’éclairer les étudiants pour la poursuite de leur cursus vers les filières appropriées Physiologie Animale et Neurosciences/ Biologie Evolutive et Ecologie/ Autres….
Concepts et outils de base en informatique: PIX
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Base informatique :
1- Information et données
Mener une recherche et une veille d’information (moteur de recherche, réseaux sociaux…)
Gérer des données (gestionnaire de fichier, bases de données…)
Traiter des données (tableur)
2- Communication et collaboration
Interagir (messagerie électronique, visio-conférence…)
Partager et publier (plateformes de partages, espace de forum et de commentaire…)
Collaborer dans un groupe (plateforme de travail collaboratif et partage de document…)
S’insérer dans le monde numérique (développer une présence publique sur le web…)
3- Création de contenu
Développer des documents textuels (traitement de texte, présentation…)
Développer des documents multimédia (capture et édition d’image/son/vidéo/animation…)
Adapter les documents à leur finalité (outils de conversion de format…)
Programmer (développement informatique simples, résoudre un problème logique…)
4- Protection et sécurité
Sécuriser l’environnement numérique (logiciels de protection, chiffrement…)
Protéger les données personnelles et la vie privée (paramètres de confidentialité…)
Protéger la santé, le bien-être et l’environnement
5- Environnement et numérique
Résoudre des problèmes techniques (configuraition et maintenance des logiciels…)
Construire un environnement numérique (système d’exploitation, installation de nouveaux logiciels…)
Biologie Cellulaire et Moléculaire 2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S3 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
Partie Biologie moléculaire : Les bases moléculaires et structurales des acides nucléiques seront développées et approfondies pour comprendre les propriétés physicochimiques des acides nucléiques, qui ouvrent diverses perspectives d’applications technologiques, et les mécanismes moléculaires des principales étapes de la Biologie Moléculaire, comme la réplication de l’ADN, la transcription de gènes en ARNm et la traduction de ceux-ci en protéines. Ces étapes, illustrées par les évidences expérimentales déduites de diverses études historiques, seront étudiées en profondeur chez les procaryotes. Des comparaisons avec les eucaryotes seront par la suite également discutées. Les mécanismes moléculaires des réparations de l’ADN seront également décrits et développés.
Partie Biologie cellulaire : Seront abordés les concepts majeurs de la formation de complexe protéique membranaires et cytosolique particulièrement dans le contexte des voies de signalisation cellulaire. Les notions de ligands, récepteurs, protéines échafaudage, protéines enzymatiques de signalisation, seconds messagers intracellulaires, cinétiques de réponses seront présentés. Les techniques de biochimie et de biologie cellulaire permettant de mettre en évidence la présence et la localisation de protéines dans des cellules et tissus seront exposées.
Bases de la physiologie végétale
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est une UE transversale de L2 SV visant à donner aux étudiants en Biologie des bases de connaissances fondamentales sur le fonctionnement des plantes permettant de comprendre les enjeux actuels des Agro-sciences végétales.
Les notions de base de Physiologie / Biologie Fonctionnelle des Plantes suivantes seront étudiées :
approches expérimentales essentielles: transgénèse végétale, génétique directe et inverse
bases de l’autotrophie
mécanismes à la base des grandes étapes du développement d’une angiosperme : fonctionnement des méristèmes, transition florale, fécondation.
l’auxine, une hormone majeure pour le développement des plantes et leur réponse à l’environnement abiotique
Les séances de Travaux Pratiques permettront aux étudiants de manipuler la régulation de la nutrition hydrique des plantes et d’analyser leur nutrition minérale à l’aide de différents dosages biochimiques (photométrie de flamme, spectrophotométrie).
Description de la variabilité 1
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de l’UE (max 10 lignes):
Cette UE a pour objectif de faire comprendre comment mesurer la variation en biologie et comment elle peut être représentée. Elle se base sur des exemples concrets tirés de disciplines variées de la biologie (écologie, biologie du développement, évolution, génétique, physiologie) et donne les outils statistiques pour mesurer cette variation et les méthodes graphiques pour la représenter. Les notions statistiques d'échantillonnage, d’inférence, de distribution, de tendance centrale, de dispersion, fonction de répartition, de paramètres, d’intervalle de confiance et de dépendance entre variables pour différents types de variables (binomiales, discrètes, continues) sont explicitées à l’aide de TD basés sur des problèmes biologiques.
Compétences visées par l’UE (cf référentiel de compétences):
- Outils analytiques descriptifs en biologie, introduction aux biostatistiques par le biais de l’analyse des patrons biologiques
Microbiologie 1
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE permet d’acquérir les bases fondamentales de la microbiologie. Elle détaillera les structures des microorganismes, procaryotes et eucaryotes, et des virus. Elle donnera un aperçu de la diversité de ces microorganismes et décrira leur mode de multiplication.
Pour les bactéries, les types trophiques et les facteurs influençant la croissance seront développés, ainsi que l’étude de la croissance en milieu non renouvelé. La génétique et les transferts horizontaux entre bactéries seront abordés.
Quelques microorganismes eucaryotes seront étudiés: habitat, modes de vie, rôle écologique ou parasitisme ainsi que leur mode de développement.
En virologie, les principaux cycles de multiplication des virus seront détaillés, les modes de transmission et la notion de pathogénèse virale seront abordées. Le principe de la vaccination anti-virale et des traitements antiviraux seront présentés et illustrés à l'aide d'exemples concrets.
Le principe de la vaccination anti-virale et des traitements antiviraux seront présentés et illustrés à l'aide d'exemples concrets.
Les travaux pratiques permettront l’initiation aux techniques de manipulations stériles des microorganismes, au comptage des bactéries et à la conjugaison.
Bases de la physiologie Animale et d'Immunologie
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Ce module doit permettre aux étudiants d'acquérir :
Les notions de bases en Physiologie : Concept d'homéostasie ; niveaux d’organisation du corps humain ; compartiments du Milieu Intérieur ; étude du système endocrine ; équilibres acido-basique et hydro-minéral ; études anatomique et fonctionnelle du système nerveux central et périphérique.
Les notions de bases en Immunologie :
Présentation générale du système immunitaire ; étude des lymphocytes T et B, des cellules présentatrices d'antigène ; étude de l'immunité antimicrobienne et du complément.
Biochimie S3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire permet aux étudiants de consolider les bases de la biochimie acquises en L1 en abordant cette discipline par une étude transversale d’enzymes impliquées dans le métabolisme cellulaire, notamment la glycolyse. Plusieurs domaines de la biochimie seront traités : Les bases de l’enzymologie michaelienne, la description des réactions métaboliques mises en œuvre lors de la glycolyse. Enfin, l’aspect technique sera abordé par la présentation et l’analyse des techniques permettant de mesurer une activité enzymatique, de purifier, de quantifier et de détecter des protéines.
Chimie pour les biologistes 2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette seconde unité d’enseignement de chimie générale vise à consolider et approfondir l’étude des réactions en solution aqueuse, notamment celles qui implique la formation de complexe métallique. Les principes de la thermodynamique seront présentés et appliquées à l’étude des équilibres chimiques d’intérêt biologique. Plutôt que de faire une présentation utilisant un formalisme mathématique qui nécessiterait un volume horaire bien plus conséquent, il sera demandé à l’étudiant de comprendre le sens physique de ces principes et des principales fonctions thermodynamique et de les applications à des systèmes chimiques, souvent d’intérêt biologique. Il sera notamment présenter les potentiels de membrane au repos et l’utilisation des diagrammes potentiel pH en biologie.
Les étudiants travailleront en amont de certains cours et travaux dirigés des documents de cours (écrits et audios) permettant à ce que les enseignements en présentiel en cours et en TD puissent leur permettre d’être pleinement acteurs de la formation, de comprendre les notions présentées ainsi que les compétences à acquérir.
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biophysique des fluides
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La première partie (environ 1/3) du module abordera les processus (biologiques) ayant une évolution temporelle décrite par une loi exponentielle (croissance ou décroissance).
La radioactivité sera abordée, comme illustration d’un tel processus, et pour ses applications au domaine biologie-santé-environnement (datation, traçage, …).
La seconde partie (environ 2/3) du module introduira les notions de fluide et de pression, et présentera les lois de l’hydrostatique (loi fondamentale de la statique des fluides, théorème d’Archimède).
La dynamique des fluides sera introduite, avec notamment les notions d’écoulements, de viscosité, de sédimentation et de centrifugation, en lien avec le secteur Biologie-Santé.
Liste des Chapitres du module :
- Variations exponentielles
- Radioactivité (décroissance radioactive, activité)
- Les fluides : définition, propriétés, notion de pression
- Hydrostatique : loi fondamentale de la statique des fluides, théorème d’Archimède.
- Eléments d’hydrodynamique : écoulements, théorème de Bernouilli
- Viscosité ; Sédimentation et centrifugation
Alimentation-Nutrition-Santé
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Dans un contexte où la nutrition est devenue le centre d’intérêt d’un public de plus en plus large, l’objectif de cette UE est la mise en place de repères de consommation alimentaire avec une démarche scientifique.
Cette UE propose de découvrir les bases de l’alimentation et de la nutrition en passant par la description des nutriments (protéines, glucides, lipides, fibres, vitamines et minéraux), des besoins nutritionnels et des différents groupes d’aliments. Seront aussi abordés certains procédés et technologies alimentaires.
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est proposée aux étudiants de L2 Sciences de la Vie souhaitant aborder ou approfondir comment les biotechnologies peuvent contribuer à répondre aux enjeux actuels et à venir de la production durable des ressources agricoles et agro-alimentaires.
L’homme utilise les propriétés des organismes photosynthétiques et des microorganismes pour l’obtention et la transformation de multiples ressources et services : produits alimentaires pour l’homme ou les animaux d’élevage, molécules thérapeutiques, matériaux de construction, … Cette utilisation est dépendante des conditions naturelles et son bilan est susceptible d’impacter en retour l’environnement, par exemple via le prélèvement ou la détérioration de ressources limitées et/ou non renouvelables (l’eau, le sol, …). Il est donc important, pour que cette production de ressources soit durable, que son organisation (notion d’agronomie) intègre la connaissance de ces impacts et s’appuie sur la compréhension des propriétés des végétaux et des microorganismes pour répondre à ces enjeux. Le développement et l’utilisation de nouvelles biotechnologies dans les domaines de la génétique appliquée et de la physiologie des plantes, de l’utilisation des microorganismes, et des interactions favorables ou défavorables entre ces microorganismes et les végétaux participent grandement à ces stratégies d’agronomie durable.
Chimie du vivant
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Comportement animal - Ethologie
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le but de cette unité d’enseignement est d’appréhender le comportement animal de façon intégrative, à la lumière des quatre ‘why’ de Tinbergen : depuis son ontogenèse, ses causes neurobiologiques jusqu’à son évolution et ses fonctions biologiques. Outre des apports historiques, conceptuels et méthodologiques, les étudiants seront accompagnés de manière à appréhender la diversité des traits impliqués ainsi que la diversité des approches et des questionnements scientifiques associés. Cette UE permettra ainsi de mettre en lumière, au travers de différents exemples, la diversité des disciplines étudiant le comportement animal : Neurosciences, Ethologie, Ecologie Comportementale et permettra d’éclairer les étudiants pour la poursuite de leur cursus vers les filières appropriées Physiologie Animale et Neurosciences/ Biologie Evolutive et Ecologie/ Autres….
Concepts et outils de base en informatique: PIX
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Base informatique :
1- Information et données
Mener une recherche et une veille d’information (moteur de recherche, réseaux sociaux…)
Gérer des données (gestionnaire de fichier, bases de données…)
Traiter des données (tableur)
2- Communication et collaboration
Interagir (messagerie électronique, visio-conférence…)
Partager et publier (plateformes de partages, espace de forum et de commentaire…)
Collaborer dans un groupe (plateforme de travail collaboratif et partage de document…)
S’insérer dans le monde numérique (développer une présence publique sur le web…)
3- Création de contenu
Développer des documents textuels (traitement de texte, présentation…)
Développer des documents multimédia (capture et édition d’image/son/vidéo/animation…)
Adapter les documents à leur finalité (outils de conversion de format…)
Programmer (développement informatique simples, résoudre un problème logique…)
4- Protection et sécurité
Sécuriser l’environnement numérique (logiciels de protection, chiffrement…)
Protéger les données personnelles et la vie privée (paramètres de confidentialité…)
Protéger la santé, le bien-être et l’environnement
5- Environnement et numérique
Résoudre des problèmes techniques (configuraition et maintenance des logiciels…)
Construire un environnement numérique (système d’exploitation, installation de nouveaux logiciels…)
CHOIX HAV401V
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
BioInfo
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
1- Base du linux (1,5h CM + 3hTD) : Les commandes de bases pour naviguer sous linux et comprendre la logique de ce langage. Petits exercices d’extractions d’informations en bash/shell. Élément repris pour l’analyse des fichiers d’alignement.
2- Base de données (3h CM + 4,5hTD): connaitre les principales base de données bibliographiques et biologiques (NCBI, Ensembl, Galaxie…). Savoir faire les requêtages pertinents et efficaces, exploiter, trier, description des différents formats
3- Analyse de séquences (1,5hCM + 4,5H TD) : Alignement et comparaison de séquences avec une petite introduction à la phylogénie (dot plot, Blast …)
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S4 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
- Biologie cellulaire : Les enseignements porteront sur 4 thématiques majeures : 1) Le fonctionnement du cytosquelette cellulaire, 2) L’adhérence cellulaire, 3) le trafic des protéines, 4) l’introduction à la régulation du cycle cellulaire. Des méthodologies de biologie cellulaires seront également présentées : immunoprécipitation pour la mise en évidence d’interaction protéiques, vidéomicroscopie à fluorescence pour suivre la dynamique de distribution cellulaire, évaluation de l’importance de protéines d’intérêt dans un processus cellulaire par des stratégies permettant de moduler leur expression (ARN interférence, surexpression).
- Biologie moléculaire : Après avoir acquis au semestre 3 des connaissances concernant les mécanismes de transcription et traduction, nous aborderons la régulation de l'expression génique : régulation transcriptionnelle (répresseur, activateur) et atténuation chez les procaryotes, les bases des mécanismes de régulation de l'expression chez les eucaryotes.
Microbiologie 2
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE vise à élargir les connaissances acquises précédemment à différents secteurs de la microbiologie notamment en écologie microbienne.
Elle traitera des relations pathogènes, mais présentera également des exemples d'associations symbiotiques. Elle abordera les applications des microorganismes en biotechnologie. Elle décrira le mode d’action des antibiotiques et les phénomènes de résistance associés, ainsi que leur impact.
L'UE abordera la notion d'écologie virale en présentant la place et le rôle des virus dans les écosystèmes. Le cas des bactériophages sera traité plus spécifiquement et les mécanismes de résistance des bactéries à l'infection phagique seront détaillés. Les différents types d'infection virale chez les animaux seront présentés (infections aiguë et persistantes) et illustrés grâce à l'étude de la pathogenèse d'infections virales choisies.
Les connaissances sur les microorganismes seront élargies par l’étude des Archées et d’un organisme eucaryote modèle, la levure.
Les travaux pratiques porteront sur la réalisation d’un antibiogramme et son interprétation, et sur le titrage de bactériophages.
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Physiologie des grandes fonctions
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de Physiologie de grandes fonctions (semestre 4) vise à décrire le rôle et les interactions des différents systèmes de l'organisme qui concourent à maintenir constant le milieu intérieur Acquisition des connaissances anatomo-fonctionnelles des systèmes cardiovasculaire, respiratoire, digestif et rénal et de leurs contrôles nerveux et hormonaux. Comprendre l’action conjuguée de ces grands systèmes à travers des exemples de physiologie intégrative et de pathologies : insuffisances respiratoires et cardiaques ; hémorragie ; exposition aux environnements extrêmes.
Projet Personnel et Professionnel
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Approfondissement de biologie cellulaire et moléculaire
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE se propose d’approfondir en petits groupes aux formats TD et TP les processus fondamentaux moléculaires et cellulaires vus dans les cours BMC2 et BMC3 en les abordant via des notions plus concrètes. Les enseignements se feront à partir de données réelles (résultats expérimentaux, articles scientifiques) pour expliquer simplement les principales approches scientifiques et apprendre à analyser et interpréter des résultats (Exemple 1 : montrer une interaction in cellulo par expression de protéines étiquetées dans des lignées cellulaires suivie d’immunoprécipitation et western-blot. Exemple 2 : principe de l’immunofluorescence, distribution intracellulaire d’un antigène. Exemple 3 : transcription et traduction in vitro et étude d’interaction par GST-pull down). Les TP illustreront quelques-unes de ces approches de base : culture cellulaire, construction de vecteurs d’expression, transfection, immunomarquages, microscopie à fluorescence.
Biochimie métabolique
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire va permettre aux étudiants d’approfondir leurs compétences acquises en « biochimie S3 ». Elle va leur permettre d’appréhender le métabolisme cellulaire par:
-la compréhension de la bioénergétique afin d’étudier les processus par lesquelles les cellules vivantes véhiculent, transmettent, utilisent, accumulent et libèrent de l’énergie;
-l’étude du catabolisme et de l’anabolisme des glucides, lipides, nucléotides, acides aminés ainsi que des interactions métaboliques entre ces voies.
- la description de pathologies métaboliques.
Génétique 1
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Dans ce cours d’introduction à l’analyse génétique, les objectifs sont de connaître les termes, les principes, les concepts et les méthodes utilisés en génétique formelle, ainsi que leurs champs d’application notamment en génétique humaine et médicale. Ce cours couvre la génétique de la transmission (mendélienne ou non mendélienne), la génétique quantitative et des notions de génétique des populations. Tout au long du cours, des liens sont étroitement établis entre génétique classique et génétique moléculaire.
CHOIX HAV415V
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
BioInfo
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
1- Base du linux (1,5h CM + 3hTD) : Les commandes de bases pour naviguer sous linux et comprendre la logique de ce langage. Petits exercices d’extractions d’informations en bash/shell. Élément repris pour l’analyse des fichiers d’alignement.
2- Base de données (3h CM + 4,5hTD): connaitre les principales base de données bibliographiques et biologiques (NCBI, Ensembl, Galaxie…). Savoir faire les requêtages pertinents et efficaces, exploiter, trier, description des différents formats
3- Analyse de séquences (1,5hCM + 4,5H TD) : Alignement et comparaison de séquences avec une petite introduction à la phylogénie (dot plot, Blast …)
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S4 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
- Biologie cellulaire : Les enseignements porteront sur 4 thématiques majeures : 1) Le fonctionnement du cytosquelette cellulaire, 2) L’adhérence cellulaire, 3) le trafic des protéines, 4) l’introduction à la régulation du cycle cellulaire. Des méthodologies de biologie cellulaires seront également présentées : immunoprécipitation pour la mise en évidence d’interaction protéiques, vidéomicroscopie à fluorescence pour suivre la dynamique de distribution cellulaire, évaluation de l’importance de protéines d’intérêt dans un processus cellulaire par des stratégies permettant de moduler leur expression (ARN interférence, surexpression).
- Biologie moléculaire : Après avoir acquis au semestre 3 des connaissances concernant les mécanismes de transcription et traduction, nous aborderons la régulation de l'expression génique : régulation transcriptionnelle (répresseur, activateur) et atténuation chez les procaryotes, les bases des mécanismes de régulation de l'expression chez les eucaryotes.
Microbiologie 2
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE vise à élargir les connaissances acquises précédemment à différents secteurs de la microbiologie notamment en écologie microbienne.
Elle traitera des relations pathogènes, mais présentera également des exemples d'associations symbiotiques. Elle abordera les applications des microorganismes en biotechnologie. Elle décrira le mode d’action des antibiotiques et les phénomènes de résistance associés, ainsi que leur impact.
L'UE abordera la notion d'écologie virale en présentant la place et le rôle des virus dans les écosystèmes. Le cas des bactériophages sera traité plus spécifiquement et les mécanismes de résistance des bactéries à l'infection phagique seront détaillés. Les différents types d'infection virale chez les animaux seront présentés (infections aiguë et persistantes) et illustrés grâce à l'étude de la pathogenèse d'infections virales choisies.
Les connaissances sur les microorganismes seront élargies par l’étude des Archées et d’un organisme eucaryote modèle, la levure.
Les travaux pratiques porteront sur la réalisation d’un antibiogramme et son interprétation, et sur le titrage de bactériophages.
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Physiologie des grandes fonctions
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de Physiologie de grandes fonctions (semestre 4) vise à décrire le rôle et les interactions des différents systèmes de l'organisme qui concourent à maintenir constant le milieu intérieur Acquisition des connaissances anatomo-fonctionnelles des systèmes cardiovasculaire, respiratoire, digestif et rénal et de leurs contrôles nerveux et hormonaux. Comprendre l’action conjuguée de ces grands systèmes à travers des exemples de physiologie intégrative et de pathologies : insuffisances respiratoires et cardiaques ; hémorragie ; exposition aux environnements extrêmes.
Projet Personnel et Professionnel
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie métabolique
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire va permettre aux étudiants d’approfondir leurs compétences acquises en « biochimie S3 ». Elle va leur permettre d’appréhender le métabolisme cellulaire par:
-la compréhension de la bioénergétique afin d’étudier les processus par lesquelles les cellules vivantes véhiculent, transmettent, utilisent, accumulent et libèrent de l’énergie;
-l’étude du catabolisme et de l’anabolisme des glucides, lipides, nucléotides, acides aminés ainsi que des interactions métaboliques entre ces voies.
- la description de pathologies métaboliques.
Génétique 1
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Dans ce cours d’introduction à l’analyse génétique, les objectifs sont de connaître les termes, les principes, les concepts et les méthodes utilisés en génétique formelle, ainsi que leurs champs d’application notamment en génétique humaine et médicale. Ce cours couvre la génétique de la transmission (mendélienne ou non mendélienne), la génétique quantitative et des notions de génétique des populations. Tout au long du cours, des liens sont étroitement établis entre génétique classique et génétique moléculaire.
Interactions Symbiotiques et Pathogènes des Plantes
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les plantes interagissent avec une multitude de microorganismes de leur environnement. Ces microorganismes agissent seuls ou en communauté. Ils peuvent avoir des effets négatifs ou positifs sur les plantes, leur croissance, leur nutrition, leur santé. Dans ce module, nous présenterons les différentes formes que peuvent prendre ces interactions biotiques (symbioses, parasitismes-pathogénicité) en nous appuyant sur des modèles biologiques populaires (symbioses mycorrhizienne ou fixatrice d’azote, maladies causées par différents microorganismes). Ce sera également l’occasion de présenter des concepts émergents dans le domaine comme le microbiome ou l’holobionte.
CHOIX HAV417V
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
BioInfo
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
1- Base du linux (1,5h CM + 3hTD) : Les commandes de bases pour naviguer sous linux et comprendre la logique de ce langage. Petits exercices d’extractions d’informations en bash/shell. Élément repris pour l’analyse des fichiers d’alignement.
2- Base de données (3h CM + 4,5hTD): connaitre les principales base de données bibliographiques et biologiques (NCBI, Ensembl, Galaxie…). Savoir faire les requêtages pertinents et efficaces, exploiter, trier, description des différents formats
3- Analyse de séquences (1,5hCM + 4,5H TD) : Alignement et comparaison de séquences avec une petite introduction à la phylogénie (dot plot, Blast …)
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S4 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
- Biologie cellulaire : Les enseignements porteront sur 4 thématiques majeures : 1) Le fonctionnement du cytosquelette cellulaire, 2) L’adhérence cellulaire, 3) le trafic des protéines, 4) l’introduction à la régulation du cycle cellulaire. Des méthodologies de biologie cellulaires seront également présentées : immunoprécipitation pour la mise en évidence d’interaction protéiques, vidéomicroscopie à fluorescence pour suivre la dynamique de distribution cellulaire, évaluation de l’importance de protéines d’intérêt dans un processus cellulaire par des stratégies permettant de moduler leur expression (ARN interférence, surexpression).
- Biologie moléculaire : Après avoir acquis au semestre 3 des connaissances concernant les mécanismes de transcription et traduction, nous aborderons la régulation de l'expression génique : régulation transcriptionnelle (répresseur, activateur) et atténuation chez les procaryotes, les bases des mécanismes de régulation de l'expression chez les eucaryotes.
Microbiologie 2
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE vise à élargir les connaissances acquises précédemment à différents secteurs de la microbiologie notamment en écologie microbienne.
Elle traitera des relations pathogènes, mais présentera également des exemples d'associations symbiotiques. Elle abordera les applications des microorganismes en biotechnologie. Elle décrira le mode d’action des antibiotiques et les phénomènes de résistance associés, ainsi que leur impact.
L'UE abordera la notion d'écologie virale en présentant la place et le rôle des virus dans les écosystèmes. Le cas des bactériophages sera traité plus spécifiquement et les mécanismes de résistance des bactéries à l'infection phagique seront détaillés. Les différents types d'infection virale chez les animaux seront présentés (infections aiguë et persistantes) et illustrés grâce à l'étude de la pathogenèse d'infections virales choisies.
Les connaissances sur les microorganismes seront élargies par l’étude des Archées et d’un organisme eucaryote modèle, la levure.
Les travaux pratiques porteront sur la réalisation d’un antibiogramme et son interprétation, et sur le titrage de bactériophages.
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Investigations biologiques
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est dédiée aux marqueurs biologiques. C'est une pré-introduction aux techniques détection et de diagnostic. Il traite de différents aspects du biomarquage :
Les marqueurs moléculaires / techniques de l'identification par analyse génomique en médecine et agronomie.
1) Notion de polymorphisme et technique de détection: La RFLP / ER-sondes nucléiques
2) Les marqueurs RFLP et les autres marqueurs génétiques : SNP, STR.
3) Recherche de nouveaux marqueurs moléculaires : criblage différentiel de banques d'ADNc / banques soustractives / Transcriptomique
4) Les autres analyses génomiques du polymorphisme : AFLP / empreinte ADN.
Techniques d'identification en agro-alimentaire par les techniques immunologiques
1) Notions de base en techniques immunologiques
2) Les réactions d'agglutination
3) Méthodes de dosage immuno-enzymatiques
Études d'exemples d'application en agroalimentaire :
- étude du kit de diagnostic de la rhizominanie de la betterave (ELISA sandwich)
- dosage de l'ochratoxine A dans les céréales (ELISA compétitif)
- évaluation de la fraicheur du poisson par dosage de l'histamine (ELISA compétitif)
Identification biochimique de marqueurs protéiques et autres (métabolites)
1) Bases de la chromatographie et la caractérisation physique d’un spectre (les interactions mise en jeu dans chaque cas et les solvants permettant de les mettre en œuvre).
2) Chromatographie d'affinité
2.1) Principe de ce type d'analyse
2.2) Recherche du meilleur Tag (étiquette) pour la préparation d'un gel spécifique.
2.3) Leur utilité pour les différents champs d’investigation en recherche.
3) Etude des interactions proteine-protéine, protéine-ADN et autres…
4) HPLC et la FPLC et chromatographie Phase Gazeuse.
Physiologie des grandes fonctions
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de Physiologie de grandes fonctions (semestre 4) vise à décrire le rôle et les interactions des différents systèmes de l'organisme qui concourent à maintenir constant le milieu intérieur Acquisition des connaissances anatomo-fonctionnelles des systèmes cardiovasculaire, respiratoire, digestif et rénal et de leurs contrôles nerveux et hormonaux. Comprendre l’action conjuguée de ces grands systèmes à travers des exemples de physiologie intégrative et de pathologies : insuffisances respiratoires et cardiaques ; hémorragie ; exposition aux environnements extrêmes.
Projet Personnel et Professionnel
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie métabolique
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire va permettre aux étudiants d’approfondir leurs compétences acquises en « biochimie S3 ». Elle va leur permettre d’appréhender le métabolisme cellulaire par:
-la compréhension de la bioénergétique afin d’étudier les processus par lesquelles les cellules vivantes véhiculent, transmettent, utilisent, accumulent et libèrent de l’énergie;
-l’étude du catabolisme et de l’anabolisme des glucides, lipides, nucléotides, acides aminés ainsi que des interactions métaboliques entre ces voies.
- la description de pathologies métaboliques.
Génétique 1
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Dans ce cours d’introduction à l’analyse génétique, les objectifs sont de connaître les termes, les principes, les concepts et les méthodes utilisés en génétique formelle, ainsi que leurs champs d’application notamment en génétique humaine et médicale. Ce cours couvre la génétique de la transmission (mendélienne ou non mendélienne), la génétique quantitative et des notions de génétique des populations. Tout au long du cours, des liens sont étroitement établis entre génétique classique et génétique moléculaire.
Biologie Cellulaire et Moléculaire 2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S3 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
Partie Biologie moléculaire : Les bases moléculaires et structurales des acides nucléiques seront développées et approfondies pour comprendre les propriétés physicochimiques des acides nucléiques, qui ouvrent diverses perspectives d’applications technologiques, et les mécanismes moléculaires des principales étapes de la Biologie Moléculaire, comme la réplication de l’ADN, la transcription de gènes en ARNm et la traduction de ceux-ci en protéines. Ces étapes, illustrées par les évidences expérimentales déduites de diverses études historiques, seront étudiées en profondeur chez les procaryotes. Des comparaisons avec les eucaryotes seront par la suite également discutées. Les mécanismes moléculaires des réparations de l’ADN seront également décrits et développés.
Partie Biologie cellulaire : Seront abordés les concepts majeurs de la formation de complexe protéique membranaires et cytosolique particulièrement dans le contexte des voies de signalisation cellulaire. Les notions de ligands, récepteurs, protéines échafaudage, protéines enzymatiques de signalisation, seconds messagers intracellulaires, cinétiques de réponses seront présentés. Les techniques de biochimie et de biologie cellulaire permettant de mettre en évidence la présence et la localisation de protéines dans des cellules et tissus seront exposées.
Bases de la physiologie végétale
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est une UE transversale de L2 SV visant à donner aux étudiants en Biologie des bases de connaissances fondamentales sur le fonctionnement des plantes permettant de comprendre les enjeux actuels des Agro-sciences végétales.
Les notions de base de Physiologie / Biologie Fonctionnelle des Plantes suivantes seront étudiées :
approches expérimentales essentielles: transgénèse végétale, génétique directe et inverse
bases de l’autotrophie
mécanismes à la base des grandes étapes du développement d’une angiosperme : fonctionnement des méristèmes, transition florale, fécondation.
l’auxine, une hormone majeure pour le développement des plantes et leur réponse à l’environnement abiotique
Les séances de Travaux Pratiques permettront aux étudiants de manipuler la régulation de la nutrition hydrique des plantes et d’analyser leur nutrition minérale à l’aide de différents dosages biochimiques (photométrie de flamme, spectrophotométrie).
Description de la variabilité 1
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de l’UE (max 10 lignes):
Cette UE a pour objectif de faire comprendre comment mesurer la variation en biologie et comment elle peut être représentée. Elle se base sur des exemples concrets tirés de disciplines variées de la biologie (écologie, biologie du développement, évolution, génétique, physiologie) et donne les outils statistiques pour mesurer cette variation et les méthodes graphiques pour la représenter. Les notions statistiques d'échantillonnage, d’inférence, de distribution, de tendance centrale, de dispersion, fonction de répartition, de paramètres, d’intervalle de confiance et de dépendance entre variables pour différents types de variables (binomiales, discrètes, continues) sont explicitées à l’aide de TD basés sur des problèmes biologiques.
Compétences visées par l’UE (cf référentiel de compétences):
- Outils analytiques descriptifs en biologie, introduction aux biostatistiques par le biais de l’analyse des patrons biologiques
Microbiologie 1
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE permet d’acquérir les bases fondamentales de la microbiologie. Elle détaillera les structures des microorganismes, procaryotes et eucaryotes, et des virus. Elle donnera un aperçu de la diversité de ces microorganismes et décrira leur mode de multiplication.
Pour les bactéries, les types trophiques et les facteurs influençant la croissance seront développés, ainsi que l’étude de la croissance en milieu non renouvelé. La génétique et les transferts horizontaux entre bactéries seront abordés.
Quelques microorganismes eucaryotes seront étudiés: habitat, modes de vie, rôle écologique ou parasitisme ainsi que leur mode de développement.
En virologie, les principaux cycles de multiplication des virus seront détaillés, les modes de transmission et la notion de pathogénèse virale seront abordées. Le principe de la vaccination anti-virale et des traitements antiviraux seront présentés et illustrés à l'aide d'exemples concrets.
Le principe de la vaccination anti-virale et des traitements antiviraux seront présentés et illustrés à l'aide d'exemples concrets.
Les travaux pratiques permettront l’initiation aux techniques de manipulations stériles des microorganismes, au comptage des bactéries et à la conjugaison.
Bases de la physiologie Animale et d'Immunologie
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Ce module doit permettre aux étudiants d'acquérir :
Les notions de bases en Physiologie : Concept d'homéostasie ; niveaux d’organisation du corps humain ; compartiments du Milieu Intérieur ; étude du système endocrine ; équilibres acido-basique et hydro-minéral ; études anatomique et fonctionnelle du système nerveux central et périphérique.
Les notions de bases en Immunologie :
Présentation générale du système immunitaire ; étude des lymphocytes T et B, des cellules présentatrices d'antigène ; étude de l'immunité antimicrobienne et du complément.
Biochimie S3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire permet aux étudiants de consolider les bases de la biochimie acquises en L1 en abordant cette discipline par une étude transversale d’enzymes impliquées dans le métabolisme cellulaire, notamment la glycolyse. Plusieurs domaines de la biochimie seront traités : Les bases de l’enzymologie michaelienne, la description des réactions métaboliques mises en œuvre lors de la glycolyse. Enfin, l’aspect technique sera abordé par la présentation et l’analyse des techniques permettant de mesurer une activité enzymatique, de purifier, de quantifier et de détecter des protéines.
Chimie pour les biologistes 2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette seconde unité d’enseignement de chimie générale vise à consolider et approfondir l’étude des réactions en solution aqueuse, notamment celles qui implique la formation de complexe métallique. Les principes de la thermodynamique seront présentés et appliquées à l’étude des équilibres chimiques d’intérêt biologique. Plutôt que de faire une présentation utilisant un formalisme mathématique qui nécessiterait un volume horaire bien plus conséquent, il sera demandé à l’étudiant de comprendre le sens physique de ces principes et des principales fonctions thermodynamique et de les applications à des systèmes chimiques, souvent d’intérêt biologique. Il sera notamment présenter les potentiels de membrane au repos et l’utilisation des diagrammes potentiel pH en biologie.
Les étudiants travailleront en amont de certains cours et travaux dirigés des documents de cours (écrits et audios) permettant à ce que les enseignements en présentiel en cours et en TD puissent leur permettre d’être pleinement acteurs de la formation, de comprendre les notions présentées ainsi que les compétences à acquérir.
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biophysique des fluides
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La première partie (environ 1/3) du module abordera les processus (biologiques) ayant une évolution temporelle décrite par une loi exponentielle (croissance ou décroissance).
La radioactivité sera abordée, comme illustration d’un tel processus, et pour ses applications au domaine biologie-santé-environnement (datation, traçage, …).
La seconde partie (environ 2/3) du module introduira les notions de fluide et de pression, et présentera les lois de l’hydrostatique (loi fondamentale de la statique des fluides, théorème d’Archimède).
La dynamique des fluides sera introduite, avec notamment les notions d’écoulements, de viscosité, de sédimentation et de centrifugation, en lien avec le secteur Biologie-Santé.
Liste des Chapitres du module :
- Variations exponentielles
- Radioactivité (décroissance radioactive, activité)
- Les fluides : définition, propriétés, notion de pression
- Hydrostatique : loi fondamentale de la statique des fluides, théorème d’Archimède.
- Eléments d’hydrodynamique : écoulements, théorème de Bernouilli
- Viscosité ; Sédimentation et centrifugation
Alimentation-Nutrition-Santé
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Dans un contexte où la nutrition est devenue le centre d’intérêt d’un public de plus en plus large, l’objectif de cette UE est la mise en place de repères de consommation alimentaire avec une démarche scientifique.
Cette UE propose de découvrir les bases de l’alimentation et de la nutrition en passant par la description des nutriments (protéines, glucides, lipides, fibres, vitamines et minéraux), des besoins nutritionnels et des différents groupes d’aliments. Seront aussi abordés certains procédés et technologies alimentaires.
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est proposée aux étudiants de L2 Sciences de la Vie souhaitant aborder ou approfondir comment les biotechnologies peuvent contribuer à répondre aux enjeux actuels et à venir de la production durable des ressources agricoles et agro-alimentaires.
L’homme utilise les propriétés des organismes photosynthétiques et des microorganismes pour l’obtention et la transformation de multiples ressources et services : produits alimentaires pour l’homme ou les animaux d’élevage, molécules thérapeutiques, matériaux de construction, … Cette utilisation est dépendante des conditions naturelles et son bilan est susceptible d’impacter en retour l’environnement, par exemple via le prélèvement ou la détérioration de ressources limitées et/ou non renouvelables (l’eau, le sol, …). Il est donc important, pour que cette production de ressources soit durable, que son organisation (notion d’agronomie) intègre la connaissance de ces impacts et s’appuie sur la compréhension des propriétés des végétaux et des microorganismes pour répondre à ces enjeux. Le développement et l’utilisation de nouvelles biotechnologies dans les domaines de la génétique appliquée et de la physiologie des plantes, de l’utilisation des microorganismes, et des interactions favorables ou défavorables entre ces microorganismes et les végétaux participent grandement à ces stratégies d’agronomie durable.
Chimie du vivant
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Comportement animal - Ethologie
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le but de cette unité d’enseignement est d’appréhender le comportement animal de façon intégrative, à la lumière des quatre ‘why’ de Tinbergen : depuis son ontogenèse, ses causes neurobiologiques jusqu’à son évolution et ses fonctions biologiques. Outre des apports historiques, conceptuels et méthodologiques, les étudiants seront accompagnés de manière à appréhender la diversité des traits impliqués ainsi que la diversité des approches et des questionnements scientifiques associés. Cette UE permettra ainsi de mettre en lumière, au travers de différents exemples, la diversité des disciplines étudiant le comportement animal : Neurosciences, Ethologie, Ecologie Comportementale et permettra d’éclairer les étudiants pour la poursuite de leur cursus vers les filières appropriées Physiologie Animale et Neurosciences/ Biologie Evolutive et Ecologie/ Autres….
Concepts et outils de base en informatique: PIX
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Base informatique :
1- Information et données
Mener une recherche et une veille d’information (moteur de recherche, réseaux sociaux…)
Gérer des données (gestionnaire de fichier, bases de données…)
Traiter des données (tableur)
2- Communication et collaboration
Interagir (messagerie électronique, visio-conférence…)
Partager et publier (plateformes de partages, espace de forum et de commentaire…)
Collaborer dans un groupe (plateforme de travail collaboratif et partage de document…)
S’insérer dans le monde numérique (développer une présence publique sur le web…)
3- Création de contenu
Développer des documents textuels (traitement de texte, présentation…)
Développer des documents multimédia (capture et édition d’image/son/vidéo/animation…)
Adapter les documents à leur finalité (outils de conversion de format…)
Programmer (développement informatique simples, résoudre un problème logique…)
4- Protection et sécurité
Sécuriser l’environnement numérique (logiciels de protection, chiffrement…)
Protéger les données personnelles et la vie privée (paramètres de confidentialité…)
Protéger la santé, le bien-être et l’environnement
5- Environnement et numérique
Résoudre des problèmes techniques (configuraition et maintenance des logiciels…)
Construire un environnement numérique (système d’exploitation, installation de nouveaux logiciels…)
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
BioInfo
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
1- Base du linux (1,5h CM + 3hTD) : Les commandes de bases pour naviguer sous linux et comprendre la logique de ce langage. Petits exercices d’extractions d’informations en bash/shell. Élément repris pour l’analyse des fichiers d’alignement.
2- Base de données (3h CM + 4,5hTD): connaitre les principales base de données bibliographiques et biologiques (NCBI, Ensembl, Galaxie…). Savoir faire les requêtages pertinents et efficaces, exploiter, trier, description des différents formats
3- Analyse de séquences (1,5hCM + 4,5H TD) : Alignement et comparaison de séquences avec une petite introduction à la phylogénie (dot plot, Blast …)
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S4 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
- Biologie cellulaire : Les enseignements porteront sur 4 thématiques majeures : 1) Le fonctionnement du cytosquelette cellulaire, 2) L’adhérence cellulaire, 3) le trafic des protéines, 4) l’introduction à la régulation du cycle cellulaire. Des méthodologies de biologie cellulaires seront également présentées : immunoprécipitation pour la mise en évidence d’interaction protéiques, vidéomicroscopie à fluorescence pour suivre la dynamique de distribution cellulaire, évaluation de l’importance de protéines d’intérêt dans un processus cellulaire par des stratégies permettant de moduler leur expression (ARN interférence, surexpression).
- Biologie moléculaire : Après avoir acquis au semestre 3 des connaissances concernant les mécanismes de transcription et traduction, nous aborderons la régulation de l'expression génique : régulation transcriptionnelle (répresseur, activateur) et atténuation chez les procaryotes, les bases des mécanismes de régulation de l'expression chez les eucaryotes.
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Physiologie des grandes fonctions
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de Physiologie de grandes fonctions (semestre 4) vise à décrire le rôle et les interactions des différents systèmes de l'organisme qui concourent à maintenir constant le milieu intérieur Acquisition des connaissances anatomo-fonctionnelles des systèmes cardiovasculaire, respiratoire, digestif et rénal et de leurs contrôles nerveux et hormonaux. Comprendre l’action conjuguée de ces grands systèmes à travers des exemples de physiologie intégrative et de pathologies : insuffisances respiratoires et cardiaques ; hémorragie ; exposition aux environnements extrêmes.
Projet Personnel et Professionnel
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie métabolique
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire va permettre aux étudiants d’approfondir leurs compétences acquises en « biochimie S3 ». Elle va leur permettre d’appréhender le métabolisme cellulaire par:
-la compréhension de la bioénergétique afin d’étudier les processus par lesquelles les cellules vivantes véhiculent, transmettent, utilisent, accumulent et libèrent de l’énergie;
-l’étude du catabolisme et de l’anabolisme des glucides, lipides, nucléotides, acides aminés ainsi que des interactions métaboliques entre ces voies.
- la description de pathologies métaboliques.
Génétique 1
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Dans ce cours d’introduction à l’analyse génétique, les objectifs sont de connaître les termes, les principes, les concepts et les méthodes utilisés en génétique formelle, ainsi que leurs champs d’application notamment en génétique humaine et médicale. Ce cours couvre la génétique de la transmission (mendélienne ou non mendélienne), la génétique quantitative et des notions de génétique des populations. Tout au long du cours, des liens sont étroitement établis entre génétique classique et génétique moléculaire.
Transfert membranaire
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE Tranferts membranaires (semestre 4) vise à décrire le rôle et les différents types de transferts membranaires. Seront traitées la perméabilité membranaire (i) à l'eau (osmose ; (mécanismes de transfert de l'eau; aquaporines); (ii) aux ions et solutés (facteurs affectant les échanges d'ions: électroneutralité et équilibre osmotique). Les transporteurs ; les canaux ioniques et non ioniques. Les maladies génétiques liées aux transferts: canalopathies et co-transportopathies.
Neurobiologie
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE « Neurobiologie » traite des connaissances de base du fonctionnement du système nerveux et de son organisation. Cette UE présente en CM l’anatomie du système nerveux central et précise les fonctions principales des différentes structures. Cette UE aborde aussi en CM la neurobiologie cellulaire où les fondamentaux de la physiologie du neurone sont traités. Les TD approfondissent certains points importants et proposent des exercices portant sur les CM
Biologie Cellulaire et Moléculaire 2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S3 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
Partie Biologie moléculaire : Les bases moléculaires et structurales des acides nucléiques seront développées et approfondies pour comprendre les propriétés physicochimiques des acides nucléiques, qui ouvrent diverses perspectives d’applications technologiques, et les mécanismes moléculaires des principales étapes de la Biologie Moléculaire, comme la réplication de l’ADN, la transcription de gènes en ARNm et la traduction de ceux-ci en protéines. Ces étapes, illustrées par les évidences expérimentales déduites de diverses études historiques, seront étudiées en profondeur chez les procaryotes. Des comparaisons avec les eucaryotes seront par la suite également discutées. Les mécanismes moléculaires des réparations de l’ADN seront également décrits et développés.
Partie Biologie cellulaire : Seront abordés les concepts majeurs de la formation de complexe protéique membranaires et cytosolique particulièrement dans le contexte des voies de signalisation cellulaire. Les notions de ligands, récepteurs, protéines échafaudage, protéines enzymatiques de signalisation, seconds messagers intracellulaires, cinétiques de réponses seront présentés. Les techniques de biochimie et de biologie cellulaire permettant de mettre en évidence la présence et la localisation de protéines dans des cellules et tissus seront exposées.
Bases de la physiologie végétale
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est une UE transversale de L2 SV visant à donner aux étudiants en Biologie des bases de connaissances fondamentales sur le fonctionnement des plantes permettant de comprendre les enjeux actuels des Agro-sciences végétales.
Les notions de base de Physiologie / Biologie Fonctionnelle des Plantes suivantes seront étudiées :
approches expérimentales essentielles: transgénèse végétale, génétique directe et inverse
bases de l’autotrophie
mécanismes à la base des grandes étapes du développement d’une angiosperme : fonctionnement des méristèmes, transition florale, fécondation.
l’auxine, une hormone majeure pour le développement des plantes et leur réponse à l’environnement abiotique
Les séances de Travaux Pratiques permettront aux étudiants de manipuler la régulation de la nutrition hydrique des plantes et d’analyser leur nutrition minérale à l’aide de différents dosages biochimiques (photométrie de flamme, spectrophotométrie).
Description de la variabilité 1
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Description de l’UE (max 10 lignes):
Cette UE a pour objectif de faire comprendre comment mesurer la variation en biologie et comment elle peut être représentée. Elle se base sur des exemples concrets tirés de disciplines variées de la biologie (écologie, biologie du développement, évolution, génétique, physiologie) et donne les outils statistiques pour mesurer cette variation et les méthodes graphiques pour la représenter. Les notions statistiques d'échantillonnage, d’inférence, de distribution, de tendance centrale, de dispersion, fonction de répartition, de paramètres, d’intervalle de confiance et de dépendance entre variables pour différents types de variables (binomiales, discrètes, continues) sont explicitées à l’aide de TD basés sur des problèmes biologiques.
Compétences visées par l’UE (cf référentiel de compétences):
- Outils analytiques descriptifs en biologie, introduction aux biostatistiques par le biais de l’analyse des patrons biologiques
Microbiologie 1
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE permet d’acquérir les bases fondamentales de la microbiologie. Elle détaillera les structures des microorganismes, procaryotes et eucaryotes, et des virus. Elle donnera un aperçu de la diversité de ces microorganismes et décrira leur mode de multiplication.
Pour les bactéries, les types trophiques et les facteurs influençant la croissance seront développés, ainsi que l’étude de la croissance en milieu non renouvelé. La génétique et les transferts horizontaux entre bactéries seront abordés.
Quelques microorganismes eucaryotes seront étudiés: habitat, modes de vie, rôle écologique ou parasitisme ainsi que leur mode de développement.
En virologie, les principaux cycles de multiplication des virus seront détaillés, les modes de transmission et la notion de pathogénèse virale seront abordées. Le principe de la vaccination anti-virale et des traitements antiviraux seront présentés et illustrés à l'aide d'exemples concrets.
Le principe de la vaccination anti-virale et des traitements antiviraux seront présentés et illustrés à l'aide d'exemples concrets.
Les travaux pratiques permettront l’initiation aux techniques de manipulations stériles des microorganismes, au comptage des bactéries et à la conjugaison.
Bases de la physiologie Animale et d'Immunologie
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Ce module doit permettre aux étudiants d'acquérir :
Les notions de bases en Physiologie : Concept d'homéostasie ; niveaux d’organisation du corps humain ; compartiments du Milieu Intérieur ; étude du système endocrine ; équilibres acido-basique et hydro-minéral ; études anatomique et fonctionnelle du système nerveux central et périphérique.
Les notions de bases en Immunologie :
Présentation générale du système immunitaire ; étude des lymphocytes T et B, des cellules présentatrices d'antigène ; étude de l'immunité antimicrobienne et du complément.
Biochimie S3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire permet aux étudiants de consolider les bases de la biochimie acquises en L1 en abordant cette discipline par une étude transversale d’enzymes impliquées dans le métabolisme cellulaire, notamment la glycolyse. Plusieurs domaines de la biochimie seront traités : Les bases de l’enzymologie michaelienne, la description des réactions métaboliques mises en œuvre lors de la glycolyse. Enfin, l’aspect technique sera abordé par la présentation et l’analyse des techniques permettant de mesurer une activité enzymatique, de purifier, de quantifier et de détecter des protéines.
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biophysique des fluides
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La première partie (environ 1/3) du module abordera les processus (biologiques) ayant une évolution temporelle décrite par une loi exponentielle (croissance ou décroissance).
La radioactivité sera abordée, comme illustration d’un tel processus, et pour ses applications au domaine biologie-santé-environnement (datation, traçage, …).
La seconde partie (environ 2/3) du module introduira les notions de fluide et de pression, et présentera les lois de l’hydrostatique (loi fondamentale de la statique des fluides, théorème d’Archimède).
La dynamique des fluides sera introduite, avec notamment les notions d’écoulements, de viscosité, de sédimentation et de centrifugation, en lien avec le secteur Biologie-Santé.
Liste des Chapitres du module :
- Variations exponentielles
- Radioactivité (décroissance radioactive, activité)
- Les fluides : définition, propriétés, notion de pression
- Hydrostatique : loi fondamentale de la statique des fluides, théorème d’Archimède.
- Eléments d’hydrodynamique : écoulements, théorème de Bernouilli
- Viscosité ; Sédimentation et centrifugation
Chimie Agro Véto
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette unité d’enseignement est une UE spécifique de la formation préparation aux concours B agro-Véto. Elle complète et termine les enseignements de chimie du L1 et du S3.
L’enseignement sera dédié à la correction d’annales de concours et à l’entrainement grâce à des colles régulières.
Seront donc enseignés en Cours et TD en parallèle :
En Chimie Organique
La chimie organique fonctionnelle selon l’avancée du programme de HAV310C
Les dérivés carbonylés, aldéhydes et cétones Partie 2
Les acides et dérivés d’acides
Quelques biomolécules (sucres, acides-aminés) et synthèses multi-étapes
Entrainements réguliers sur des sujets de concours
En chimie Physique et Générale
La thermodynamique chimique et la chimie physique selon l’avancée du programme HAV310C
Entraînement sur des sujets de type concours
- Cinétique chimique
- Les mécanismes réactionnels
Chimie des solutions
- Transfert d’électrons en phase aqueuse
- Complexes en solution aqueuse
CHOIX1
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Alimentation-Nutrition-Santé
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Dans un contexte où la nutrition est devenue le centre d’intérêt d’un public de plus en plus large, l’objectif de cette UE est la mise en place de repères de consommation alimentaire avec une démarche scientifique.
Cette UE propose de découvrir les bases de l’alimentation et de la nutrition en passant par la description des nutriments (protéines, glucides, lipides, fibres, vitamines et minéraux), des besoins nutritionnels et des différents groupes d’aliments. Seront aussi abordés certains procédés et technologies alimentaires.
Biotechnologies et défi de l'agronomie durable
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est proposée aux étudiants de L2 Sciences de la Vie souhaitant aborder ou approfondir comment les biotechnologies peuvent contribuer à répondre aux enjeux actuels et à venir de la production durable des ressources agricoles et agro-alimentaires.
L’homme utilise les propriétés des organismes photosynthétiques et des microorganismes pour l’obtention et la transformation de multiples ressources et services : produits alimentaires pour l’homme ou les animaux d’élevage, molécules thérapeutiques, matériaux de construction, … Cette utilisation est dépendante des conditions naturelles et son bilan est susceptible d’impacter en retour l’environnement, par exemple via le prélèvement ou la détérioration de ressources limitées et/ou non renouvelables (l’eau, le sol, …). Il est donc important, pour que cette production de ressources soit durable, que son organisation (notion d’agronomie) intègre la connaissance de ces impacts et s’appuie sur la compréhension des propriétés des végétaux et des microorganismes pour répondre à ces enjeux. Le développement et l’utilisation de nouvelles biotechnologies dans les domaines de la génétique appliquée et de la physiologie des plantes, de l’utilisation des microorganismes, et des interactions favorables ou défavorables entre ces microorganismes et les végétaux participent grandement à ces stratégies d’agronomie durable.
Chimie du vivant
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Comportement animal - Ethologie
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le but de cette unité d’enseignement est d’appréhender le comportement animal de façon intégrative, à la lumière des quatre ‘why’ de Tinbergen : depuis son ontogenèse, ses causes neurobiologiques jusqu’à son évolution et ses fonctions biologiques. Outre des apports historiques, conceptuels et méthodologiques, les étudiants seront accompagnés de manière à appréhender la diversité des traits impliqués ainsi que la diversité des approches et des questionnements scientifiques associés. Cette UE permettra ainsi de mettre en lumière, au travers de différents exemples, la diversité des disciplines étudiant le comportement animal : Neurosciences, Ethologie, Ecologie Comportementale et permettra d’éclairer les étudiants pour la poursuite de leur cursus vers les filières appropriées Physiologie Animale et Neurosciences/ Biologie Evolutive et Ecologie/ Autres….
BioInfo
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
1- Base du linux (1,5h CM + 3hTD) : Les commandes de bases pour naviguer sous linux et comprendre la logique de ce langage. Petits exercices d’extractions d’informations en bash/shell. Élément repris pour l’analyse des fichiers d’alignement.
2- Base de données (3h CM + 4,5hTD): connaitre les principales base de données bibliographiques et biologiques (NCBI, Ensembl, Galaxie…). Savoir faire les requêtages pertinents et efficaces, exploiter, trier, description des différents formats
3- Analyse de séquences (1,5hCM + 4,5H TD) : Alignement et comparaison de séquences avec une petite introduction à la phylogénie (dot plot, Blast …)
Biologie Cellulaire et Moléculaire 3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S4 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
- Biologie cellulaire : Les enseignements porteront sur 4 thématiques majeures : 1) Le fonctionnement du cytosquelette cellulaire, 2) L’adhérence cellulaire, 3) le trafic des protéines, 4) l’introduction à la régulation du cycle cellulaire. Des méthodologies de biologie cellulaires seront également présentées : immunoprécipitation pour la mise en évidence d’interaction protéiques, vidéomicroscopie à fluorescence pour suivre la dynamique de distribution cellulaire, évaluation de l’importance de protéines d’intérêt dans un processus cellulaire par des stratégies permettant de moduler leur expression (ARN interférence, surexpression).
- Biologie moléculaire : Après avoir acquis au semestre 3 des connaissances concernant les mécanismes de transcription et traduction, nous aborderons la régulation de l'expression génique : régulation transcriptionnelle (répresseur, activateur) et atténuation chez les procaryotes, les bases des mécanismes de régulation de l'expression chez les eucaryotes.
Préparation entretien concours
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est destinée aux étudiants de L2 Sciences de la Vie préparant le concours B d’entrée dans les écoles nationales d’agronomie et vétérinaires (Parcours Prépa Concours Agro Véto). Ce concours comporte une épreuve orale d’entretien avec le jury de 30 minutes, comptant pour moitié dans la note d’admission. Cette épreuve correspond à un entretien de recrutement, durant lequel l’étudiant doit convaincre le jury de la maturité de son projet professionnel et de la cohérence de son parcours de formation pour réaliser ce projet.
Cette UE a pour objectif la préparation de ce type d’entretien de recrutement (le contenu et la forme) en guidant la réflexion et le travail des étudiants sur
- l’argumentaire sur le projet professionnel d’une part, leur formation, leurs aptitudes et leurs aspirations d’autre part, et la cohérence entre ces deux volets
- la transmission de cet argumentaire à l’écrit par un CV adapté
- la présentation claire, synthétique et organisée de cet argumentaire à l’oral (première partie de l’entretien)
- la réponse aux questions du jury
Préparation oral Sciences et Sociétés
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les sciences et les techniques sont, plus que jamais, au cœur de nos sociétés. Nombre d’entre elles sont sources d’enjeux sur le plan éthique, sociétal et économique. Certaines constituent de gros enjeux sociétaux tant sur le plan santé (OGM, pesticides, cellules souches…) que sur le plan environnemental (perte de la biodiversité, changement climatique).
Nous nous appuierons sur des articles publiés dans des quotidiens, des hebdomadaires relatifs à des questions scientifiques avec enjeux sociétaux. Le but est dans un premier temps de présenter l’article et la thématique en jeu, le positionnement de l’auteur. Dans un second temps, par l’ouverture d’un débat, il s’agit de développer ses capacités d’argumentation, ses capacités d’écoute et de respect des divers points de vue. Cette UE permet aux étudiant.e.s de se préparer, également, à l’épreuve Science & Société du concours B PCAV
Introduction à l'évolution
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est d’appréhender les processus évolutifs, à la fois aux échelles micro- et macro-évolutives.
En se basant sur des exemples, des manipulations et de la modélisation accessible, les enseignements viseront à présenter de façon concrète et quantitative les effets des 4 forces évolutives opérant à l’échelle des individus et des populations (mutation, migration, sélection et dérive). L’intégration de ces processus micro-évolutifs à des échelles de temps plus grandes (par ex. différenciation entre lignées, spéciation) sera ensuite abordée. Pour finir, l’UE comprendra une initiation aux outils de phylogénie (lecture et construction d’arbres) permettant d’étudier les évènements macro-évolutifs (diversification, extinction) et retracer des changements d’états de caractères notamment en y intégrant des données fossiles.
Physiologie des grandes fonctions
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de Physiologie de grandes fonctions (semestre 4) vise à décrire le rôle et les interactions des différents systèmes de l'organisme qui concourent à maintenir constant le milieu intérieur Acquisition des connaissances anatomo-fonctionnelles des systèmes cardiovasculaire, respiratoire, digestif et rénal et de leurs contrôles nerveux et hormonaux. Comprendre l’action conjuguée de ces grands systèmes à travers des exemples de physiologie intégrative et de pathologies : insuffisances respiratoires et cardiaques ; hémorragie ; exposition aux environnements extrêmes.
Projet Personnel et Professionnel
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie métabolique
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire va permettre aux étudiants d’approfondir leurs compétences acquises en « biochimie S3 ». Elle va leur permettre d’appréhender le métabolisme cellulaire par:
-la compréhension de la bioénergétique afin d’étudier les processus par lesquelles les cellules vivantes véhiculent, transmettent, utilisent, accumulent et libèrent de l’énergie;
-l’étude du catabolisme et de l’anabolisme des glucides, lipides, nucléotides, acides aminés ainsi que des interactions métaboliques entre ces voies.
- la description de pathologies métaboliques.
Entrainement épreuve écrite de chimie
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette unité d’enseignement est une UE spécifique de la formation préparation aux concours B agro-Véto. Elle complète et termine les enseignements de chimie du L1 et du S3.
L’enseignement sera dédié à la correction d’annales de concours et à l’entrainement grâce à des colles régulières.
Seront donc enseignés en Cours et TD en parallèle :
En Chimie Organique
La chimie organique fonctionnelle selon l’avancée du programme de HAV310C
Les dérivés carbonylés, aldéhydes et cétones Partie 2
Les acides et dérivés d’acides
Quelques biomolécules (sucres, acides-aminés) et synthèses multi-étapes
Entrainements réguliers sur des sujets de concours
En chimie Physique et Générale
La thermodynamique chimique et la chimie physique selon l’avancée du programme HAV310C
Entraînement sur des sujets de type concours
- Cinétique chimique
- Les mécanismes réactionnels
Chimie des solutions
- Transfert d’électrons en phase aqueuse
- Complexes en solution aqueuse
Génétique 1
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Dans ce cours d’introduction à l’analyse génétique, les objectifs sont de connaître les termes, les principes, les concepts et les méthodes utilisés en génétique formelle, ainsi que leurs champs d’application notamment en génétique humaine et médicale. Ce cours couvre la génétique de la transmission (mendélienne ou non mendélienne), la génétique quantitative et des notions de génétique des populations. Tout au long du cours, des liens sont étroitement établis entre génétique classique et génétique moléculaire.
Classification et diversité en APP
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ecologie générale en APP
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie fonctionnelle des Animaux en APP
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biochimie métabolique en APP
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S3 en APP
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie fonctionnelle des Plantes en APP
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Statistiques et variabilité en APP
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Evolution en APP
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S4 en APP
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Interactions en Biologie en APP
ECTS
14 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Pré-professionalisation 2 en Biologie
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Statistiques et modélisation en APP
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Regroupement cohérent 1 UE Scientifiques Semestre 3
Composante
Faculté de pharmacie
Biologie Cellulaire et Moléculaire 2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S3 permet aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire acquises en L1.
Partie Biologie moléculaire : Les bases moléculaires et structurales des acides nucléiques seront développées et approfondies pour comprendre les propriétés physicochimiques des acides nucléiques, qui ouvrent diverses perspectives d’applications technologiques, et les mécanismes moléculaires des principales étapes de la Biologie Moléculaire, comme la réplication de l’ADN, la transcription de gènes en ARNm et la traduction de ceux-ci en protéines. Ces étapes, illustrées par les évidences expérimentales déduites de diverses études historiques, seront étudiées en profondeur chez les procaryotes. Des comparaisons avec les eucaryotes seront par la suite également discutées. Les mécanismes moléculaires des réparations de l’ADN seront également décrits et développés.
Partie Biologie cellulaire : Seront abordés les concepts majeurs de la formation de complexe protéique membranaires et cytosolique particulièrement dans le contexte des voies de signalisation cellulaire. Les notions de ligands, récepteurs, protéines échafaudage, protéines enzymatiques de signalisation, seconds messagers intracellulaires, cinétiques de réponses seront présentés. Les techniques de biochimie et de biologie cellulaire permettant de mettre en évidence la présence et la localisation de protéines dans des cellules et tissus seront exposées.
Modélisation des systèmes physicochimiques
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Modélisation des systèmes physicochimiques EC/CC
Composante
Faculté de pharmacie
Modélisation des systèmes physicochimiques Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Programmation VBA
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Microbiologie 1
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE permet d’acquérir les bases fondamentales de la microbiologie. Elle détaillera les structures des microorganismes, procaryotes et eucaryotes, et des virus. Elle donnera un aperçu de la diversité de ces microorganismes et décrira leur mode de multiplication.
Pour les bactéries, les types trophiques et les facteurs influençant la croissance seront développés, ainsi que l’étude de la croissance en milieu non renouvelé. La génétique et les transferts horizontaux entre bactéries seront abordés.
Quelques microorganismes eucaryotes seront étudiés: habitat, modes de vie, rôle écologique ou parasitisme ainsi que leur mode de développement.
En virologie, les principaux cycles de multiplication des virus seront détaillés, les modes de transmission et la notion de pathogénèse virale seront abordées. Le principe de la vaccination anti-virale et des traitements antiviraux seront présentés et illustrés à l'aide d'exemples concrets.
Le principe de la vaccination anti-virale et des traitements antiviraux seront présentés et illustrés à l'aide d'exemples concrets.
Les travaux pratiques permettront l’initiation aux techniques de manipulations stériles des microorganismes, au comptage des bactéries et à la conjugaison.
Biochimie S3
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire permet aux étudiants de consolider les bases de la biochimie acquises en L1 en abordant cette discipline par une étude transversale d’enzymes impliquées dans le métabolisme cellulaire, notamment la glycolyse. Plusieurs domaines de la biochimie seront traités : Les bases de l’enzymologie michaelienne, la description des réactions métaboliques mises en œuvre lors de la glycolyse. Enfin, l’aspect technique sera abordé par la présentation et l’analyse des techniques permettant de mesurer une activité enzymatique, de purifier, de quantifier et de détecter des protéines.
Chimie pour les biologistes 2
Niveau d'étude
BAC +2
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette seconde unité d’enseignement de chimie générale vise à consolider et approfondir l’étude des réactions en solution aqueuse, notamment celles qui implique la formation de complexe métallique. Les principes de la thermodynamique seront présentés et appliquées à l’étude des équilibres chimiques d’intérêt biologique. Plutôt que de faire une présentation utilisant un formalisme mathématique qui nécessiterait un volume horaire bien plus conséquent, il sera demandé à l’étudiant de comprendre le sens physique de ces principes et des principales fonctions thermodynamique et de les applications à des systèmes chimiques, souvent d’intérêt biologique. Il sera notamment présenter les potentiels de membrane au repos et l’utilisation des diagrammes potentiel pH en biologie.
Les étudiants travailleront en amont de certains cours et travaux dirigés des documents de cours (écrits et audios) permettant à ce que les enseignements en présentiel en cours et en TD puissent leur permettre d’être pleinement acteurs de la formation, de comprendre les notions présentées ainsi que les compétences à acquérir.
Immunologie-Hématologie
ECTS
3,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Hématologie CR TP sur moodle
Composante
Faculté de pharmacie
Hématologie Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Immunologie Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Immunologie CR TD Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Bases de Pharmacologie
ECTS
1,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Bases de Pharmacologie Oral/Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Bases de Pharmacologie Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Bases de Physiologie humaine
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Bases de Physiologie Humaine Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Bases de Physiologie Humaine TP
Composante
Faculté de pharmacie
Regroupement cohérent 3 UE Transversales, lingui. Semestre 3
Composante
Faculté de pharmacie
PEC
ECTS
1,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Anglais S3
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Regroupement cohérent 3 UE Transversales, lingui. Semestre 4
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Communication et Culture générale en anglais
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Généralités en industrie Pharmaceutique et Qualité
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Généralités industrie pharmaceutique
Composante
Faculté de pharmacie
LV2
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
LV2 - Allemand
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
LV2 - Autre langue
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
LV2 - Espagnol
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Regroupement cohérent 2 UE Scientifiques Semestre 4
ECTS
24 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Pratiques en Biologie clinique
ECTS
3,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Biochimie Clinique
Composante
Faculté de pharmacie
Biophysique pharmaceutique
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Biophysiques pharmaceutiques EC
Composante
Faculté de pharmacie
Biophysiques pharmaceutiques TP Compte-rendus
Composante
Faculté de pharmacie
Biocellulaire et Biomol et Ingénierie santé
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Biocellulaire/Biomol Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Biocellulaire/ Biomol Projet/CC
Composante
Faculté de pharmacie
Approches physico-chimiques de substances pharmaceutiques
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Approches physico-chimiques substances pharmaceu. Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Approche physico-chimiques substances pharmaceutiques TP
Composante
Faculté de pharmacie
Biochimie métabolique
Niveau d'étude
BAC +2
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire va permettre aux étudiants d’approfondir leurs compétences acquises en « biochimie S3 ». Elle va leur permettre d’appréhender le métabolisme cellulaire par:
-la compréhension de la bioénergétique afin d’étudier les processus par lesquelles les cellules vivantes véhiculent, transmettent, utilisent, accumulent et libèrent de l’énergie;
-l’étude du catabolisme et de l’anabolisme des glucides, lipides, nucléotides, acides aminés ainsi que des interactions métaboliques entre ces voies.
- la description de pathologies métaboliques.
Statistiques et Ingénierie santé
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Statistiques et Ingénierie Santé Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Statistiques et Ingéniérie Santé TP ou Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Biochimie Structurale
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cet enseignement offre un approfondissement en biochimie structurale des biomolécules, plus particulièrement des protéines et des acides nucléiques.
Les notions de base et la nomenclature utilisées pour l’analyse des structures 3D des protéines y sont brièvement reprises (diagramme de Ramachandran, motif et domaine structuraux, repliement, famille, superfamille, etc……). Ces notions sont complétées par l’étude de la stabilité et de la dynamique des biomolécules.
La classification structurale des protéines est détaillée en fonction des 4 principaux types de repliement. Les relations structure-fonction sont illustrées à l’aide d’exemples de protéines. Les spécificités des structures des protéines membranaires (protéines intégrales, protéines liées à la membrane) sont abordées.
Les principaux outils de modélisation et de prédiction de structures secondaires et tertiaires sont présentés.
Les différentes structures et fonctions des acides nucléiques sont étudiées. Les complexes protéine-acide nucléiques sont décrits d’un point de vie structural (principaux motifs de reconnaissance, …) et les notions de spécificité de reconnaissance sont détaillées.
Cet enseignement est illustré en travaux dirigés. Ces travaux consistent à se familiariser avec les principales bases de données utilisées en biologie structurale ainsi qu’avec le logiciel PyMol pour l’analyse des structures 3D.
Réglementation / Législation
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L'UE a pour objectif d'amener les étudiants à comprendre la tripartite entre sécurité - législation - outils de détection. L'activité humaine répond aux besoins d'accroissement, de bien-être et de santé des populations nécessite la surveillance des pratiques industrielles. Des règles de niveaux limites de polluants et autres impliques des limites acceptables qu'il faut être en mesure de quantifier.
L'UE aborde les lois européennes de la sécurité des aliments qui impliquent des démarches pragmatiques pour la mise en conformité aux lois des industries: le système normatif. L'étudiant de biologie qui sera amené vers les différents secteurs d'activité, de l'agronomie à la santé doivent obligatoirement connaitre les bases fondamentales de la gestion qualité.
Immunologie (de la réponse aux infect° aux maladies auto-im)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette EU se place comme la suite logique de l’UE de S4 (Base de la physiologie et de l’immunologie) et se propose d’approfondir les connaissances en immunologie fondamentale, appliquée et clinique. Nous aborderons aussi les notions d’immunologie « non conventionnelles » et nous développerons les stratégies d’immunothérapies innovantes. Cette UE abordera l’ensemble des thématiques liée à l’immunologie moderne et sera fortement orienté vers les aspects cliniques de cette discipline.
Mots clés
Immunologie fondamentale, Immunité anti infectieuse, Immunothérapie, vaccination, Auto-immunité, Déficits immunitaires, Immunité anti cancéreuse, Immunité non conventionnelle
Anglais S5
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Approches innovantes en ingénierie métabolique
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Dans cette UE les étudiants pratiquent par groupe une recherche bibliographique sur un choix de plantes médicinales lors de travaux dirigés tuteurés afin d'identifier les biomolécules de la plante pouvant avoir des propriétés biologiques, voire pharmacologiques. Chaque groupe à partir de documents qui leur seront fournis identifient, proposent et mettent en oeuvre en travaux pratiques un protocole d'extraction et un protocole de test d'activité biologique simple permettant de tester l'activité biostatique, antibiotique ou antioxydante des molécules ciblées. La démarche de veille bibliographique et les résultats obtenus en travaux pratiques et leurs analyses et interprétation seront discutés lors d’une séance de présentation de poster qui donnera lieu à une évaluation.
Biologie Moléculaire
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La biologie moléculaire est à la fois un fascinant sujet d'étude en soi, mais elle fournit également aux autres disciplines de la biologie (biologie cellulaire, génétique, physiologie...) des outils fantastiques de modification et de quantification des gènes et de leurs produits.
L'UE approfondit la connaissance des mécanismes de l'organisation, du maintien, de la réplication et de l'expression (transcription, modifications post-transcriptionnelles, traduction) des génomes eucaryotes.
En particulier, seront explorées les propriétés des macromolécules porteuses d'information (ADN, ARN, protéines), et comment les transactions entre elles expliquent le fonctionnement des cellules eucaryotes et leur adaptation à l'environnement et au développement des organismes.
En parallèle, les principales techniques permettant de suivre ou modifier l'expression des gènes, ou d'étudier les mécanismes de cette expression, seront exposées en cours et approfondies en TD par l'analyse de résultats.
Ainsi, les TD abordent ces sujets sous forme (1) d'exercices amenant les étudiants à vérifier leur compréhension des savoirs décrits plus haut, et (2) d'expériences extraites d'articles scientifiques à analyser. Ainsi, les bases du raisonnement scientifique, et de l'analyse critique de résultats seront acquises et / ou approfondies.
Introduction aux Nano-biotechnologies
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Ce cours introduit les notions de base des nano-biotechnologies dédiées au diagnostic et à la détection.
1- Introduction aux biocapteurs et systèmes embarqués
Les différents types de capteurs électrochimiques (conductimétrie, potentiométrie et ampérométrie) : - Les biocapteurs de l'électrode de Clark au glucomètre par ampérométrie. - Le potentiostat: système simple de mesure normalisée
- Les transistors : semi-conducteurs
- les nanotubes ou fils de carbone, silicium, graphène, …
- La mesure d'impédance
2- Introduction au biomimétisme
- L'autoassemblage de structure sphérique ; les virus, la ferritine, les dendrimères
- L'autoassemblage de monocouches
3- Chimie organique fonctionnelle
- Rappel chimie organique de L1
- Biomolécules (fonctions impliquées, carbonylée, amines, alcools, thiols)
- Structures
- Notion de base de la fonctionnalisation
- Réaction d'oxydo-réduction
Biotechnologie S5
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette unité d’enseignement aborde les différentes catégories de biotechnologies selon leur domaine d'application :
- Les biotechnologies végétales concernent l’agro-alimentaire et regroupent une série de technologies utilisant l’organisme des plantes et leurs cellules pour produire et transformer des produits alimentaires, des biomatériaux et de l’énergie mais aussi des protéines recombinantes à visée thérapeutiques
- Les biotechnologies animales concernent les domaines de la santé, du médicament, du diagnostic, de l'ingénierie tissulaire ainsi que le développement de procédés génétiques ou moléculaires ayant une finalité thérapeutique.
- Les biotechnologies microbiennes concernent l’utilisation de micro-organismes (virus ou bactéries) et leur culture au sein de l’industrie agro-alimentaire/pharmaceutique ou encore leur intérêt dans la protection de l’environnement.
L’enseignement proposé aux étudiants de la Licence 3 Sciences de la Vie est de leur permettre de découvrir ou d’approfondir leurs connaissances théoriques sur les différentes biotechnologies ainsi que de maitriser les outils/applications associés.
Histoire de la biologie et bioéthique
Niveau d'étude
BAC +3
Composante
Faculté des Sciences
Le but principal de ce module sera de mieux faire comprendre les grands concepts de la biologie moderne, au travers de l’histoire de leur élaboration. En d’autre terme, d’analyser le cheminement intellectuel ainsi que les approches expérimentales et théoriques qui ont conduit à leur édification. A titre d’exemple, nous analyserons comment la recherche d’une classification « naturelle » a conduit Jean-Baptiste Monet de Lamarck et Charles Darwin à poser les bases de la biologie évolutive ou encore, comment le concept d’« unité de plan d’organisation » chez Etienne Geoffroy Saint Hilaire est à l’origine de la paléontologie évolutive, de la biologie du développement et de l’évolution/développement (Evo/Devo).
Dans le cadre des aspects bioéthiques seront abordés les problèmes de la dérive d’un concept (de la craniologie à l’eugénisme) ou encore les cas de « Georges Cuvier » et « Trophim Lyssenko » lorsque l’idéologie religieuse ou politique s’immisce dans les sciences.
Enfin, la philosophie biologique nous amènera à discuter de l’intérêt des modèles en biologie et de la « fin du tout génétique » (de Lamarck à l’épigénétique en passant par l’épigénèse).
L’ensemble du module se fera via des cours magistraux à l’occasion desquels seront aussi analysés et discutés quelques textes fondateurs de la biologie moderne.
Travaux Pratiques de Biologie Moléculaire
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de TP de biologie moléculaire vise à rendre autonomes les étudiants face à un protocole de biologie moléculaire et à les initier à la recherche pilotée par hypothèses. Les étudiants auront 6 jours pour répondre à une problématique biologique qui leur sera proposée. Ils pourront ainsi mettre en pratique, en conditions de laboratoire, une partie des techniques abordées dans leurs enseignements théoriques pour mieux les appréhender.
Ingénierie Moléculaire
Niveau d'étude
BAC +3
Composante
Faculté des Sciences
Dans le cadre de cette UE les étudiants apprendront les principes expérimentaux basés sur la manipulation des acides nucléiques. Les CM seront articulés autour de deux axes majeurs :
- Mise en place d’outils moléculaires (clonage, analyse des acides nucléiques, vectorologie) ii. Leurs applications (expression de protéines recombinantes, banque génomique, transgénèse, système CRISPR/CAS9 etc…) et réflexion sur la notion d’éthique en biologie.
Les TD se composeront de :
- Analyses d’articles présentant des problématiques à résoudre avec les acquis du cours. Les thématiques choisies feront, autant que possible, référence aux UE parallèles de la L3. Ses articles seront présentés par les étudiants sous forme d’exposés oraux par groupes de 3 à 4 étudiants à l’ensemble de la classe.
- Séances réservées à l’utilisation d’outils basiques de bioinformatique en salle informatique.
Outils moléculaires dédiés à la détection et au diagnostic
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L'enseignement a pour objectif de faire une revue des techniques moléculaires de l'identification permettant d'insister sur les biomarqueurs, les avancées sur les dernières générations de biomarqueurs et membranes sélectives ainsi que sur les nouvelles instrumentations.
Techniques de diagnostic moléculaire / approches massives.
Biosynthèse des récepteurs aux Ag des lymphocytes B et lymphocytes T
Réactions antigène-anticorps
Techniques immunologiques
Principe du FACS
Protéomique , 2D, LC-MS, MS-MS. Dégradome…
Biocapteurs et instrumentation
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L'enseignement apporte un approfondissement sur la conception de biocapteurs. Il commence à donner les notions générales de la chimie de greffage pour la fonctionnalisation des supports. Enfin, une introduction à la microfluidique amènera les étudiants à concevoir l'instrumentation. Cet enseignement sera essentiellement une mise en pratique avec une véritable recherche bibliographique devant permettre à l'étudiant de travailler sur son propre projet de développement instrumental.
Projet ou stage
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les modalités de cet UE sont adaptées spécifiquement aux différents parcours du L3. Néanmoins, les objectifs sont communs : donner aux étudiants un aperçu du monde professionnel lié à la recherche en sciences de la vie.
L’étudiant se verra proposé un stage court en laboratoire/entreprise ou un projet tuteuré avec un tuteur travaillant dans un laboratoire ou entreprise associé avec la biologie.
Virologie
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L'UE a pour objectif l’acquisition de connaissances de virologie fondamentale et appliquée, en privilégiant une vision intégrative de la discipline. Elle présentera les spécificités des interactions hôte-virus et la physiopathologie d'infections virales chez différents types d'hôtes (vertébrés/insectes/plantes). Elle abordera des aspects d'écologie virale, d'émergence et de risques associés pour la santé humaine et animale. Enfin, l'UE présentera les méthodes d'études utilisées en recherche, les outils de détection et de diagnostic virologiques, et les applications des virus en biotechnologies.
L’UE sera dispensée sous forme de cours magistraux, de travaux dirigés (analyses d'articles scientifiques d'actualité et présentations orales) et de travaux pratiques illustrant les enseignements magistraux et dirigés (amplification et purification de virus et quantification à l'aide de techniques de référence).
Biochimie Structurale
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cet enseignement offre un approfondissement en biochimie structurale des biomolécules, plus particulièrement des protéines et des acides nucléiques.
Les notions de base et la nomenclature utilisées pour l’analyse des structures 3D des protéines y sont brièvement reprises (diagramme de Ramachandran, motif et domaine structuraux, repliement, famille, superfamille, etc……). Ces notions sont complétées par l’étude de la stabilité et de la dynamique des biomolécules.
La classification structurale des protéines est détaillée en fonction des 4 principaux types de repliement. Les relations structure-fonction sont illustrées à l’aide d’exemples de protéines. Les spécificités des structures des protéines membranaires (protéines intégrales, protéines liées à la membrane) sont abordées.
Les principaux outils de modélisation et de prédiction de structures secondaires et tertiaires sont présentés.
Les différentes structures et fonctions des acides nucléiques sont étudiées. Les complexes protéine-acide nucléiques sont décrits d’un point de vie structural (principaux motifs de reconnaissance, …) et les notions de spécificité de reconnaissance sont détaillées.
Cet enseignement est illustré en travaux dirigés. Ces travaux consistent à se familiariser avec les principales bases de données utilisées en biologie structurale ainsi qu’avec le logiciel PyMol pour l’analyse des structures 3D.
Enzymologie
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cet enseignement fournit les connaissances fondamentales en enzymologie formelle et structurale.
- Le premier volet de ce cours traite de la cinétique formelle (étude des vitesses de réaction, détermination de l’ordre d’une réaction, équilibre et cinétique, réaction réversible et équilibrée). Les aspects expérimentaux sont présentés en parallèle (détermination des constantes cinétiques par spectrophotométrie, fluorescence, radioactivité, dosages immuno.,…).
- Le deuxième volet du cours concerne l’étude des cinétiques enzymatiques mono-substrat.
Définition d’une enzyme, catalyseur. Nomenclature des enzymes (E.C)
Cinétique michaelienne. Equation de Michaelis-Menten. Définition des paramètres enzymatiques, KM, vitesse maximale, constante catalytique, turn-over. Différentes représentations graphiques (Lineweaer-Burk, Eadie-Hofstee).
Les différents types d’inhibition sont également étudiés (compétitive, incompétitive, non compétitive, mixte) ainsi que leur représentation graphique.
Détermination de la constance d’inhibition. Les inhibiteurs irréversibles.
Vitesse de la réaction. Loi d’Arrhénius.
- Le troisième volet s’attache à décrire les cinétiques enzymatiques pluri-substrats d’un point de vue formel. Avec complexe ternaire. Mécanisme aléatoire ou ordonné.
Sans complexe ternaire. Mécanisme Ping-Pong, Theorell-Chance. Représentation de Cleland.
Détermination graphique.
- La quatrième partie concerne les liaisons à l’équilibre et l’allostérie.
Liaison Récepteur-Ligand / Enzyme-Substrat. Détermination de la constante de dissociation (ou d’association). Liaison spécifique et non-spécifique.
Démonstration et représentation graphique de Scatchard. Récepteurs (ou enzymes) allostériques. Enzyme non michaelienne. Notion de coopérativité. Coopérativité positive, négative. Nombre de Hill, graphe de Hill.
Les modèles de régulation allostérique sont présentés. Allostérie. Modèles de coopérativité, concerté (Monod-Wyman-Changeux), séquentiel (Koshland-Nemethy-Filmer). Rôle des effecteurs, activateur ou inhibiteur. Exemple de l’hémoglobine et de la fixation d’oxygène.
- La cinquième partie du cours met en relation les structures d’enzyme et leur fonction à l’aide de plusieurs exemples. Description des structures 3D et des mécanismes catalytiques de l’acétylcholine estérase, de protéases et de la nucléoside diphosphate kinase. Notion de triade catalytique, poche de liaison, etc…
Techniques de communication et Anglais Scientifique
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cet UE décrit la méthodologie suivie par les chercheurs en sciences de la vie afin de communiquer les résultats de leurs expériences, autant à l’écrit qu’à l’oral. L’anglais étant la langue commune des chercheurs internationaux, une grande partie de ce cours est enseigné dans cette langue.
La communication écrite est traitée à travers l’étude de la structuration (macro) d’un article de recherche ainsi que par une étude du processus de publication dans les journaux scientifiques. Plusieurs éléments de la structuration écrite (micro) sont examinés afin de comprendre les différences entre l’anglais scientifique et l’anglais littéraire : clarté, cohésion, cohérence.
Ces études sont complétées par un projet tuteuré durant le semestre pendant lequel les étudiants sont amenés à analyser un article de recherche récemment publié dans la littérature scientifique et de le retranscrire sous forme de présentation orale (conférence) en anglais.
Anglais S5
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Moléculaire
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La biologie moléculaire est à la fois un fascinant sujet d'étude en soi, mais elle fournit également aux autres disciplines de la biologie (biologie cellulaire, génétique, physiologie...) des outils fantastiques de modification et de quantification des gènes et de leurs produits.
L'UE approfondit la connaissance des mécanismes de l'organisation, du maintien, de la réplication et de l'expression (transcription, modifications post-transcriptionnelles, traduction) des génomes eucaryotes.
En particulier, seront explorées les propriétés des macromolécules porteuses d'information (ADN, ARN, protéines), et comment les transactions entre elles expliquent le fonctionnement des cellules eucaryotes et leur adaptation à l'environnement et au développement des organismes.
En parallèle, les principales techniques permettant de suivre ou modifier l'expression des gènes, ou d'étudier les mécanismes de cette expression, seront exposées en cours et approfondies en TD par l'analyse de résultats.
Ainsi, les TD abordent ces sujets sous forme (1) d'exercices amenant les étudiants à vérifier leur compréhension des savoirs décrits plus haut, et (2) d'expériences extraites d'articles scientifiques à analyser. Ainsi, les bases du raisonnement scientifique, et de l'analyse critique de résultats seront acquises et / ou approfondies.
Génétique fonctionnelle
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La génétique fonctionnelle vise à mieux comprendre les relations entre le génotype et le phénotype. Ce cours intègre les différents aspects de l’analyse de la fonction des gènes et des génomes à l’échelle du génome entier par des approches in vivo, ainsi que la régulation transcriptionnelle et la régulation de l’expression des génomes eucaryotes. Le cours est illustré par des exemples concrets en génétique du développement dans des contextes physiologiques et pathologiques.
Métabolisme Cellulaire Intégré
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE permet aux étudiant(e)s d’approfondir leurs connaissances du métabolisme. Cette UE permet d’appréhender une vision globale du métabolisme humain. Elle insistera sur les liens entre les différentes voies métaboliques. D’autre part elle montrera comme les différents tissus communiquent pour maintenir une homéostasie énergétique globale. Des dérégulations de ce métabolisme à l’origine de certaines pathologies seront présentées.
Biologie Structurale et Interactions
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE s’inscrit dans la continuité de l’UE de Biochimie Structurale en S5. Les étudiant vont apprendre les concepts de base des différentes approches utilisées pour la caractérisation structurale multi-échelle ainsi que l’analyse des interactions macromoléculaires. Les avantages et limitations de l’ensemble des outils seront mis en avant afin que les étudiants puissent comprendre la complémentarité de ces outils et savoir les utiliser d’une manière intégrative pour répondre à une question biologique donnée.
Les TD seront un mélange d’application d’analyse structurale en utilisant des outils de visualisation (type Pymol) ainsi que des analyses d’articles où on utilise une combinaison des approches étudiées en CM. Les étudiants devront par la suite conceptualiser leur propre projet d’expériences pour répondre à une problématique donnée.
Mathématiques pour la biologie
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le cours aborde de manière synthétique les notions nécessaires pour la modélisation mathématique en biologie. L’accent est mis sur les systèmes dynamiques linéaires et non-linéaires, en dimension un et deux. Le cours commence par des notions essentielles d’algèbre linéaire : matrices, systèmes d’équations linéaires, interprétation géométrique des solutions de ces systèmes en tant que vecteurs et sous-espaces (droite, plan, etc.). La théorie des vecteurs et valeurs propres des matrices est introduite en relation avec les systèmes dynamiques linéaires. Pour les systèmes dynamiques non-linéaires, on présente la théorie qualitative des équations différentielles (attracteurs, portrait de phases, isoclines de niveau zéro), en tant qu’alternative au calcul, souvent compliqué, des solutions. Le TD traite un grand nombre de modèles biologiques utilisés en écologie, épidémiologie, oncologie, et biologie des systèmes.
Travaux Pratiques de Biochimie
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE permet aux étudiants de consolider et d’approfondir la gestion pratique de nombreuses données expérimentales obtenues sur une semaine de travaux pratiques en période bloquée (5 journées consécutives). Ces données sont obtenues suite à l’élaboration de nombreux protocoles différents, en gardant à l’esprit d’assurer au mieux la bonne reproductibilité des préparations réalisées et d’avoir la meilleure rapidité d’exécution dans la préparation, la réalisation et l’analyse des différentes expériences. Une large autonomie dans la mise en place des protocoles sera encouragée, permettant à terme maîtrise et autonomie expérimentales. Ces travaux pratiques permettent également la gestion du travail en groupe (en binôme ou en trinôme selon les capacités d’accueil et les effectifs) et l’écriture d’un rapport consignant au mieux les protocoles réalisés, toutes les données expérimentales obtenues et leurs analyses afin de déterminer un large ensemble de paramètres biochimiques. Une part conséquente de l’évaluation reposera sur la capacité des étudiants à générer, gérer, exploiter et analyser avec la plus grande rigueur des données expérimentales brutes.
Ingénierie Moléculaire
Niveau d'étude
BAC +3
Composante
Faculté des Sciences
Dans le cadre de cette UE les étudiants apprendront les principes expérimentaux basés sur la manipulation des acides nucléiques. Les CM seront articulés autour de deux axes majeurs :
- Mise en place d’outils moléculaires (clonage, analyse des acides nucléiques, vectorologie) ii. Leurs applications (expression de protéines recombinantes, banque génomique, transgénèse, système CRISPR/CAS9 etc…) et réflexion sur la notion d’éthique en biologie.
Les TD se composeront de :
- Analyses d’articles présentant des problématiques à résoudre avec les acquis du cours. Les thématiques choisies feront, autant que possible, référence aux UE parallèles de la L3. Ses articles seront présentés par les étudiants sous forme d’exposés oraux par groupes de 3 à 4 étudiants à l’ensemble de la classe.
- Séances réservées à l’utilisation d’outils basiques de bioinformatique en salle informatique.
Biologie Cellulaire avancée 2: Concepts clés
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE se propose, aux formats CM et TD, de compléter les notions de biologie cellulaire vues en L2 en BCM2 et BCM3 par le biais de l’étude de situations physiologiques et pathologiques comme les cancers.
Ces enseignements initieront les étudiants à l’importance de la recherche d’un modèle d’étude (lignées cellulaires ou organismes pour étude in vivo (drosophile, C. elegans, Zebrafish) adapté pour répondre à une question et mettre en évidence un mécanisme moléculaire.
Les TD permettront la manipulation de concepts avancés de biologie cellulaire en lien avec la connaissance des méthodologies les plus couramment utilisées en biologie cellulaire comme la cytométrie de flux, les techniques avancées de microscopie à fluorescence et de microscopie électronique, de protéomique ainsi que la connaissance des modèles expérimentaux tels que les cellules en culture, les modèles animaux génétiquement modifiés ou non (C. elegans, zebrafish, souris transgéniques, KO, KI…)
Biologie des systèmes
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La biologie des systèmes offre la possibilité d’avoir une compréhension du fonctionnement des organismes vivants à différents échelles de leur organisation. Ce cours abordera surtout l’échelle subcellulaire. A cette échelle, les modèles de la biologie des systèmes intègrent plusieurs niveaux d’interaction provenant du transcriptome, protéome, métabolome. Les prédictions des modèles in silico peuvent être utilisées en recherche biomédicale pour comprendre les maladies multi-factorielles et optimiser des traitements médicamenteux, en bioingénierie pour synthétiser des génomes avec des propriétés et fonctions optimisées (biologie synthétique), ainsi que pour guider la recherche fondamentale sur les principes du fonctionnement du vivant. Le cours comporte une partie théorique (cours et TD sur la modélisation des réseaux de gènes, de signalisation et métaboliques) et une partie pratique (TP informatiques utilisant le logiciel Matlab).
Projet ou stage
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les modalités de cet UE sont adaptées spécifiquement aux différents parcours du L3. Néanmoins, les objectifs sont communs : donner aux étudiants un aperçu du monde professionnel lié à la recherche en sciences de la vie.
L’étudiant se verra proposé un stage court en laboratoire/entreprise ou un projet tuteuré avec un tuteur travaillant dans un laboratoire ou entreprise associé avec la biologie.
CHOIX1
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
BioInformatique appliquée à la biologie des plantes
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La bioinformatique est une discipline au carrefour de l'informatique, des mathématiques et des sciences de la vie. Elle repose notamment sur l'utilisation et le développement d'outils informatiques permettant d'analyser des données biologiques massives. A terme ces mégadonnées peuvent être organisées au sein de base de données interrogeables en ligne pour qu'un utilisateur puisse extraire des données pertinentes à une problématique biologique.
L'Unité d’Enseignement « Bioinformatique appliquée à la biologie de la plantes » a pour but de sensibiliser les étudiants à l'utilisation de bases de données et de proposer une première approche de l’exploration de données au travers du logiciel R.
La quasi-totalité des enseignements se feront sous la forme de cas pratiques en salle informatique en sous-groupe d'étudiants.
Dans une première partie, les étudiants apprendront les rudiments du langage informatique R permettant d'organiser et nettoyer leurs données brutes afin de les rendre pleinement exploitables pour des analyses ultérieures. Puis, ils devront apprendre à proposer des représentations graphiques explicites à partir de données biologiques. Une attention particulière sera donnée à la rédaction de scripts réutilisables et au choix des graphiques associés aux calculs en fonction de la question biologique.
Dans une seconde partie, les étudiants exploiteront des bases de données généralistes comme NCBI ou exclusivement consacrées à la plante modèle Arabidopsis (TAIR) pour réaliser des fouilles de données.
Approches innovantes en ingénierie métabolique
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Dans cette UE les étudiants pratiquent par groupe une recherche bibliographique sur un choix de plantes médicinales lors de travaux dirigés tuteurés afin d'identifier les biomolécules de la plante pouvant avoir des propriétés biologiques, voire pharmacologiques. Chaque groupe à partir de documents qui leur seront fournis identifient, proposent et mettent en oeuvre en travaux pratiques un protocole d'extraction et un protocole de test d'activité biologique simple permettant de tester l'activité biostatique, antibiotique ou antioxydante des molécules ciblées. La démarche de veille bibliographique et les résultats obtenus en travaux pratiques et leurs analyses et interprétation seront discutés lors d’une séance de présentation de poster qui donnera lieu à une évaluation.
Développement des plantes
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
7 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est un module de spécialisation en Biologie Fonctionnelle des Plantes abordant les mécanismes à la base des grandes étapes de développement des plantes.
Elle s'appuie sur les connaissances provenant principalement de la plante modèle Arabidopsis thaliana et aborde d’un point de vue moléculaire, cellulaire et physiologique, les notions suivantes :
- Rôles et fonctionnement des principales phytohormones.
- Développement des gamètes mâles et femelles, fécondation.
- Développement de l’embryon, de la graine et du fruit.
- Fonctionnement des méristèmes racinaires et caulinaires (végétatif et floral).
- Architecture de la fleur.
- Mécanismes de développement adaptatif en réponse à des facteurs abiotiques : lumière, gravité, froid.
Certains aspects du développement seront également analysés dans une perspective évolutive en étudiant le rôle de gènes de développement dans la diversification et l’évolution de processus développementaux chez les plantes terrestres (évolution du système racinaire, de l'architecture florale, ...).
Techniques de communication et Anglais Scientifique
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cet UE décrit la méthodologie suivie par les chercheurs en sciences de la vie afin de communiquer les résultats de leurs expériences, autant à l’écrit qu’à l’oral. L’anglais étant la langue commune des chercheurs internationaux, une grande partie de ce cours est enseigné dans cette langue.
La communication écrite est traitée à travers l’étude de la structuration (macro) d’un article de recherche ainsi que par une étude du processus de publication dans les journaux scientifiques. Plusieurs éléments de la structuration écrite (micro) sont examinés afin de comprendre les différences entre l’anglais scientifique et l’anglais littéraire : clarté, cohésion, cohérence.
Ces études sont complétées par un projet tuteuré durant le semestre pendant lequel les étudiants sont amenés à analyser un article de recherche récemment publié dans la littérature scientifique et de le retranscrire sous forme de présentation orale (conférence) en anglais.
Anglais S5
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Moléculaire
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La biologie moléculaire est à la fois un fascinant sujet d'étude en soi, mais elle fournit également aux autres disciplines de la biologie (biologie cellulaire, génétique, physiologie...) des outils fantastiques de modification et de quantification des gènes et de leurs produits.
L'UE approfondit la connaissance des mécanismes de l'organisation, du maintien, de la réplication et de l'expression (transcription, modifications post-transcriptionnelles, traduction) des génomes eucaryotes.
En particulier, seront explorées les propriétés des macromolécules porteuses d'information (ADN, ARN, protéines), et comment les transactions entre elles expliquent le fonctionnement des cellules eucaryotes et leur adaptation à l'environnement et au développement des organismes.
En parallèle, les principales techniques permettant de suivre ou modifier l'expression des gènes, ou d'étudier les mécanismes de cette expression, seront exposées en cours et approfondies en TD par l'analyse de résultats.
Ainsi, les TD abordent ces sujets sous forme (1) d'exercices amenant les étudiants à vérifier leur compréhension des savoirs décrits plus haut, et (2) d'expériences extraites d'articles scientifiques à analyser. Ainsi, les bases du raisonnement scientifique, et de l'analyse critique de résultats seront acquises et / ou approfondies.
Biotechnologie S5
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette unité d’enseignement aborde les différentes catégories de biotechnologies selon leur domaine d'application :
- Les biotechnologies végétales concernent l’agro-alimentaire et regroupent une série de technologies utilisant l’organisme des plantes et leurs cellules pour produire et transformer des produits alimentaires, des biomatériaux et de l’énergie mais aussi des protéines recombinantes à visée thérapeutiques
- Les biotechnologies animales concernent les domaines de la santé, du médicament, du diagnostic, de l'ingénierie tissulaire ainsi que le développement de procédés génétiques ou moléculaires ayant une finalité thérapeutique.
- Les biotechnologies microbiennes concernent l’utilisation de micro-organismes (virus ou bactéries) et leur culture au sein de l’industrie agro-alimentaire/pharmaceutique ou encore leur intérêt dans la protection de l’environnement.
L’enseignement proposé aux étudiants de la Licence 3 Sciences de la Vie est de leur permettre de découvrir ou d’approfondir leurs connaissances théoriques sur les différentes biotechnologies ainsi que de maitriser les outils/applications associés.
Génétique fonctionnelle
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La génétique fonctionnelle vise à mieux comprendre les relations entre le génotype et le phénotype. Ce cours intègre les différents aspects de l’analyse de la fonction des gènes et des génomes à l’échelle du génome entier par des approches in vivo, ainsi que la régulation transcriptionnelle et la régulation de l’expression des génomes eucaryotes. Le cours est illustré par des exemples concrets en génétique du développement dans des contextes physiologiques et pathologiques.
Bases de l’agroécologie
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Après avoir défini l’agriculture intensive et analyser ses risques / bénéfices, ce module permettra aux étudiants de réfléchir sur les différents pistes possibles pour faire évoluer l’agriculture dans une démarche d’agroécologie. Des exemples comme les Biopesticides, l’intensification écologique, la gestion des sols seront développés. Une visite d’entreprise œuvrant pour une agriculture durable est aussi organisée. Le site visité varie d’une année en fonction des souhaits des étudiants et de la disponibilité des entreprises. Exemple de visites effectuées dans le cadre de ce module : Bayer, Vilmorin, Geves, CTIFL, sudExpé…
Licenciales.
Les étudiants seront amenés à présenter un projet ou une création d’entreprise développant des propositions innovantes pour faire évoluer les pratiques culturales, ou tout autre utilisation de produits végétaux afin de réduire l’impact environnemental.
Autotrophie
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
8 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE présente les grandes fonctions de nutrition carbonée, minérale et hydrique de la plante qui assurent son autotrophie (la production de sa biomasse). Elle donnera les bases nécessaires à la compréhension des mécanismes fondamentaux d’absorption, de distribution et d’assimilation des nutriments. L’UE comportera deux grandes parties, l’une dédiée à la nutrition minérale et l’autre à la nutrition carbonée.
Après un rappel des propriétés des membranes et des parois végétales et des concepts du transport transmembranaire, la partie de l’UE dédiée à la nutrition minérale enseignera les mécanismes d’absorption et de circulation de l’eau, d’absorption racinaire, de compartimentation subcellulaire et de distribution des minéraux, ainsi que le métabolisme assimilateur de l’azote.
Le chapitre dédié à la nutrition carbonée présentera le fonctionnement du chloroplaste dans la cellule végétale, la photosynthèse (capture d’énergie lumineuse et synthèse des premiers composés carbonés), la production de composés organiques et leur allocation dans la plante.
Stage vert
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
10 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est un module de découverte de la recherche scientifique en Agro-Sciences végétales fondamentales ou appliquées. L’étudiant doit faire un stage de 10 semaines ou plus (pouvant se continuer sur l’été) dans un laboratoire de recherche (CNRS, INRAE, IRD, CIRAD), dans un organisme de recherche appliquée tel que le GEVES, CTIFL, SudExpe, Serfel, IFV ou dans une entreprise privée comme Staphyt, AgroXp, Vilmorin. Les terrains de stage sont nombreux sur le site Montpelliérain dans ce domaine.
C’est un module d’insertion dans le monde professionnel permettant de rentrer en relation avec les acteurs du monde des Agro-Sciences végétales donnant à l’étudiant l’opportunité:
- d’appliquer les techniques apprises dans les différents UE du cursus de Licence parcours BiPAgro.
- de se confronter au milieu professionnel
- de murir son propre projet professionnel et d’enrichir son CV
L’étudiant rédige un mémoire qu’il soutient devant un jury composé d’enseignants-chercheurs, de chercheurs et/ou technicien / ingénieur de terrain.
Génie génétique végétal
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Dans cette UE les étudiants approfondissent leurs connaissances sur les différentes méthodes de la transgenèse végétale utilisant des vecteurs biologiques, chimiques ou physiques, leur acceptabilité et leurs applications dans des domaines aussi variés que l’amélioration des plantes, la production de biomolécules ou de protéines recombinantes thérapeutiques. En travaux dirigés, les étudiants sont amenés à se documenter, réfléchir, argumenter et débattre sur la transgénèse et ses alternatives à travers un scénario touchant à l’amélioration des plantes. En travaux pratique les étudiants s’impliquent dans l’amélioration d’un protocole visant l’obtention de chevelus racinaires en utilisant les connaissances qu’ils auront acquis en cours.
Projet ou stage
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les modalités de cet UE sont adaptées spécifiquement aux différents parcours du L3. Néanmoins, les objectifs sont communs : donner aux étudiants un aperçu du monde professionnel lié à la recherche en sciences de la vie.
L’étudiant se verra proposé un stage court en laboratoire/entreprise ou un projet tuteuré avec un tuteur travaillant dans un laboratoire ou entreprise associé avec la biologie.
Projets tuteurés S5
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les étudiants vont devoir mener une analyse bibliographique sur une thématique de leur choix, validée par les responsables de l’UE. Sous le tutorat d’un enseignant-chercheur, les étudiants devront répondre à la problématique qu’ils se posent au travers d’une analyse de la bibliographie disponible. Ils devront faire l’état de l’art du domaine sur lequel ils travaillent, en identifier les zones d’incertitudes, de controverses, et les questions ouvertes restant à résoudre. Ils devront réaliser une véritable analyse scientifique critique de la bibliographie disponible, et ne pas se contenter d’un compte rendu de la bibliographie. Ils devront suivre les conventions de rédaction d’un article scientifique, impliquant la citation des sources, la synthèse d’informations par l’illustration, la problématisation et la synthèse des résultats scientifiques.
Ecologie évolutive
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE prolonge l'UE Base de l'évolution pour introduire les principaux concepts en écologie évolutive afin de comprendre et formaliser de façon simple les mécanismes évolutifs et écologiques qui façonnent la biodiversité à différentes échelles d'intégration.
Cette UE est conçue comme un ensemble cohérent où cours, TD et TP sont complémentaires. Les notions sont abordées par l’exemple puis formalisées à l’aide de modèles mathématiques, lesquels sont confrontés à l’expérience et à des données réelles.
Elle traitera de dynamique des populations (compétition intra- et interspécifique), de niche écologique et détaillera les mécanismes de l'évolution et leurs conséquences génétiques à l'échelle des populations: sélection naturelle (dont sélection sexuelle), influence des régimes de reproduction, dérive génétique. Les TD permettront aux étudiants de s'approprier la formalisation mathématique de notions vues en cours et leur modélisation informatique simple ainsi que des analyses de jeux de données. Les TP permettront la réalisation et l'analyse en groupes restreints de 2 expériences d'1 mois chacune (avec rédaction d'un rapport et présentation à l'oral) afin de développer la méthodologie et le raisonnement scientifique.
Bases génétiques de l'évolution
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE est organisé en cinq grands thèmes :
Thème 1 : Cartographie génétique et recombinaison. Notions de biologie moléculaire lié à l’expression des gènes, la réparation de l’ADN et les processus épigénétique.
Thème 2 : Introduction à l’évolution moléculaire : Mesure de l’intensité de la sélection dans la divergence génétique. Horloge moléculaire et variation des taux d’évolution crée par l’action de la selection naturelle. Théorie neutraliste de l’évolution.
Thème 3: Introduction à la génomique : composition et taille des génomes. Importance des éléments répétées. Notion de liaison génétique et d’effet local de la sélection. Influence de la démographie.
Thème 4 : Outils moléculaires pour la biodiversité : Barcoding, eDNA, metabarcoding. Taxonomie moléculaire. Les limites liés à l’hybridation. Les applications en conservation.
Thème 5 : Hérédité extranucléaire. Symbiose, parasitisme et co-evolution (intra-cellulaire : p.ex. Wolbachia). Notion de phénotype étendue.
CHOIX1
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Géologie des bassins sédimentaires
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Genèse, nature et devenir des dépôts dans les bassins sédimentaires.
Cycle de 15 cours / conférences/ débat et TP/TD
Contenu des Cours / TP / TD intégrés, (les bassins sédimentaires, l'altération des continents,
le transport du sédiment, les environnements détritiques et carbonatés, les facteurs qui agissent sur la sédimentation : Stratigraphie séquentielle, la diagenèse)
Organisation, développement et diversité des Spermatophytes
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE vise à offrir aux étudiants une approche intégrative de la morphologie, de l’anatomie et du développement des appareils végétatif et reproducteur des Spermatophytes, en se plaçant dans une perspective écologique, fonctionnelle et évolutive. Cette approche est mise en œuvre par les étudiants au travers d’un projet encadré, centré sur l’étude d’une plante modèle, avec prise en compte de la variabilité interindividuelle, des différents stades de développement, des conditions stationnelles et du type biologique.
Spécialisation naturaliste 2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La structure de cet enseignement est similaire à celle développée au S4. L'objectif est de transmettre aux étudiants des connaissances sur la biologie, l’écologie et l’évolution de trois groupes taxonomiques en question. Au-delà de l’identification des espèces (qui sera largement abordée), cette UE traitera de l’évolution et de la systématique du groupe taxonomique en question, de l’écologie fondamentale (écologie évolutive, fonctionnelle), de l’écologie appliquée (conservation), de la physiologie, de la législation ainsi que les méthodes d’étude et d’identification.
Après un cours d’introduction général, 2 axes de travail seront proposés en parallèle. L’un portera sur les cryptogames (algues, lichens, mousses et champignons), l’autre sur la faune (Chiroptères & Arthropodes).
Cryptogames
Ce volet a pour objectif de familiariser les étudiants avec les organismes extrêmement diversifiés que sont les bryophytes, phaeophytes et mycètes. Le principe est 1) d’approcher par une démarche naturaliste ces diversités peu connues, 2) de placer ces observations dans une perspective évolutive (aspects phylogénétiques), et 3) de lier les observations au rôle de ces organismes dans les écosystèmes terrestres et marins.
Le module abordera enfin des aspects de la vie quotidienne, économique ou citoyenne liés aux espèces (toxicologie, alimentation, médecine).
Faune
L’objectif est pour l’étudiant est d’acquérir/approfondir un ensemble de connaissances sur la biologie des arthropodes, et des chiroptères, qui constituent des groupes taxonomiques avec un grand engouement, autant d’un point de vue de des études en écologie fondamentale (éthologie, écologie évolutive, écologie fonctionnelle), en écologie appliquée (biologie de la conservation) et en éducation à l’environnement / enseignement. Au-delà de l’identification des espèces, cet axe de travail traitera de l’évolution et de la systématique de ces taxa, leur physiologie, leurs particularités écologiques et comportementales, leurs rôles dans les écosystèmes. L’enseignement intégrera des approches pédagogiques innovantes, en couplant l’utilisation d’outil traditionnels (reconnaissance visuelle) et modernes (identification acoustique par logiciel). Parmi les Arthropodes, les groupes particulièrement abordés seront les Coléoptères, les Lépidoptères, les Odonates et les Orthoptères qui représentent des ordres très diversifiés qui nous permettront au mieux d’aborder la notion d’espèce qui est centrale en biologie. L’identification des espèces constituera une base pour étudier leur biologie, leur écologie et aborder les notions d’évolution et de phylogénie.
Chaque groupe (Faune - Cryptogames) aura à sa disposition 12 heures de sortie de terrain (dont la moitié sera commune aux deux groupes) à réaliser selon des modalités à définir (4 sorties d’une 1/2 journée, ou 2 sorties longues d’une journée). Les TPs pourront être mis en place sur des sites de l’université (campus de la fac - terrain expérience du Labex CEMEB au CEFE - Jardin Botanique) propices à l’étude des différents organismes.
Notion transversale
L’UE est organisée autour d’une notion commune aux deux groupes de TP qui à travers une classe renversée, permettra de partir des espèces observées pour dégager des concepts centraux en biologie de la conservation. Au S5, ce sera la notion d’espèce (et des entités associées telle que les sous-espèces, hybrides, etc.) qui sera largement abordée, d’un point de vue théorique et pratique. Cette notion permettra d’aborder 1. les fondements et limites des différentes perspectives de l’espèce (morphologique, génétique, écologique), 2. les problèmes méthodologiques liés à l’identification des taxons sur le terrain et en laboratoire et 3. les problématiques que cela engendre du point de vue de la conservation des espèces. Pour cela, les étudiants présentent en fin de séquence un taxon, parmi ceux proposés dans l’UE, dont la détermination s’avère complexe.
Biologie du comportement animal
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le but de cette unité d’enseignement est d’appréhender le comportement animal de façon intégrative, à la lumière des quatre ‘why’ de Tinbergen, depuis son ontogenèse à son évolution: : depuis son ontogenèse, ses causes neurobiologiques jusqu’à son évolution et ses fonctions biologiques. Outre des apports historiques, conceptuels et méthodologiques, les étudiants seront accompagnés de manière à appréhender la diversité des traits impliqués ainsi que la diversité des approches et des questionnements scientifiques associés.
Ecotoxicologie
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’écotoxicologie concerne l'étude des effets des polluants sur les espèces vivantes ainsi que sur la structure et le fonctionnement des écosystèmes. Cette UE vise à mieux connaitre :
- les principaux types de polluants organiques et minéraux (historiques ou émergents), ainsi que leurs sources et les facteurs influençant leur devenir dans le milieu naturel et dans les organismes,
- les effets des polluants sur les micro- et macro-organismes à différents niveaux d’intégrations biologiques (molécule, individu, communautés),
- les méthodes d’évaluation des effets biologiques, de la qualité environnementale et du risque écotoxicologique dans le cadre réglementaire européen actuel,
- les procédés de bioremédiation à travers plusieurs études de cas.
Physiologie animale comparée des systèmes intégrés
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE proposée en L3S5 est l’acquisition de connaissances sur l’organisation, le développement et le fonctionnement de différents systèmes physiologiques chez les animaux. Plus spécifiquement, les fonctions de circulation, de thermorégulation, de régulation hormonale et d’intégration nerveuse seront abordées selon une approche comparative (exemples puisés chez différents groupes taxonomiques) et dans un contexte évolutif. Les questionnements en relation avec les aspects bioéthiques de l’expérimentation en physiologie animale seront également abordés.
Microorganismes
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette unité d'enseignement visera à aborder les éléments nécessaires à la compréhension du mode de vie des grands groupes d'organismes unicellulaires à la base du fonctionnement des écosystèmes (virus, bactéries, archées, et eucaryotes unicellulaires....). Les cours permettent d'aborder l'organisation biologique de chaque type d'organisme, les modalités de reproduction, la diversité, pour aboutir à des notions d'écologie. Nous aborderons le rôle de ces microorganismes dans le fonctionnement et la dynamique des écosystèmes, en considérant les interactions que ces organismes entretiennent avec les autres êtres vivants ( notion de « symbiose » dans toutes ses déclinaisons).
Les travaux pratiques permettront :
- la mise en œuvre de techniques permettant le dénombrement bactérien (CFU), l’identification d’une souche particulière à partir d’un échantillon de l’environnement
- la mise en évidence de la diversité du phytoplancton (algues unicellulaires) en milieu aquatique (eau douce)
- la mise en évidence de la spécificité d’interactions entre bactéries et bactériophages
Diversité et évolution des métazoaires actuels et passés N3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif majeur consiste à apprendre les bases de l’anatomie comparée des chordés, de manière à pouvoir les comparer et les classer, avant d’en retracer les étapes-clés de l’histoire évolutive. Les enseignements sont intégratifs en ce sens qu’ils font appel à la fois aux organismes actuels et au registre fossile, de manière à documenter l’histoire évolutive du clade dans son intégralité et sous tous ses aspects. Les approches anatomiques, biomécaniques, phylogénétiques, et écomorphologiques seront abordés en CM afin d’illustrer la diversité et les grandes caractéristiques des chordés. Les TPs (et TDs) permettront d’illustrer l’évolution de la diversité des téguments, du squelette, de la musculature, du système digestif et respiratoire sur de longues échelles de temps.
Modélisation des données biologiques
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est la continuité naturelle de l’UE “ Quantification de l’aléa ” (HAV424B) présentée en S4. Elle doit fournir les concepts de la construction de protocoles expérimentaux qui répondent à des questions biologiques et d’y associer des modèles appropriés de l’analyse de la variabilité. Une première partie sera consacrée à la construction de protocoles expérimentaux qui permettent de répondre à une multitude de questions dans les sciences du vivant, c’est-à-dire en prenant en compte l’inévitable dépendance des individus statistiques, telle l’apparentement, la structure spatiale ou temporelle des populations. Cette partie sera ainsi l’occasion d’aborder la notion de fluctuation, de réplication et pseudo-réplication, qui seront pris en compte dans les modèles construits dans la deuxième partie du cours. Cette deuxième partie s’appliquera à montrer le lien entre le protocole expérimental réalisé et la modélisation de la variabilité d’une variable réponse quantitative, via la construction de modèles incluant plusieurs variables qualitatives ou quantitatives. Une attention particulière sera portée aux conditions d’applications de ces méthodes, aux erreurs de type I et II, aux méthodes d’estimation des paramètres des modèles construits (incluant la vraisemblance) et à l’interprétation des paramètres estimés. Chaque notion sera illustrée par l'analyse de données biologiques réelles provenant de plusieurs thématiques, aidant ainsi les étudiants à découvrir non seulement les questions biologiques modernes et courantes mais également les outils développés pour y répondre. Des travaux pratiques sous R permettront de pouvoir réaliser en autonomie des analyses sur des cas biologiques publiés.
Anglais S5
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Evolutionary Ecology and its applications
ECTS
1 crédits
Composante
Faculté des Sciences
A travers 5 grands thèmes, nous ferons le lien entre les principes de l'évolution et de l'écologie évolutive vus dans les U.E. précédentes d'une manière fondamentale et des applications sociétales actuelles.
Ces 5 grands thèmes sont: l'évolution humaine, la conservation de la biodiversité, la domestication des espèces animales et végétales, la médecine évolutive, les grandes crises et perturbations planétaires
Deux séances sur la compréhension et la restitution orale d'articles scientifiques sont effectuées en liaison avec l'UE " Ecologie évolutive et ses applications".
Projets tuteurés S6
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Pour le semestre 6, les étudiants auront le choix entre 2 types de projets étudiants : (1) la mise en place d’un dispositif « Partenaires scientifiques pour la classe » (ASTEP) ou (2) le montage d’un protocole pour Acquisition et Traitement de Données (ATD). Pour le projet ASTEP, les étudiants réaliseront un projet de diffusion scientifique auprès de classe de maternelle ou de primaire de l’Hérault (thématiques scientifiques définies par les écoles partenaires). Les étudiants devront alors développer une ou des expériences à mener avec les classes, acquérir des données avec les élèves et diffuser les notions scientifiques auprès des élèves concernés. Pour le projet ATD, les étudiants devront proposer un protocole d’acquisition de données pour répondre à une question scientifique de leur choix. Ce protocole pourra être réalisé sur le terrain, en salle ou bien consister en une méta-analyse.
Diversité et phylogénie des Angiospermes
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE a pour objectif de proposer un panorama de la diversité des Angiospermes, approchée à la fois au travers du prisme des phylogénies les plus récentes proposées par l’Angiosperm Phylogeny Group (APG). Cette trame phylogénétique sera étayée tout au long de l’UE par l’observation concrète des caractères végétatifs et floraux d’une sélection de taxons répartis sur l’ensemble de la phylogénie, de façon à dégager les synapomorphies des principaux clades, les éventuelles homoplasies, ainsi que les adaptations (biologie florale, pollinisation, interactions trophiques, etc.)
Les étudiants appréhendent également la diversité des Angiospermes sous l’angle floristique, par la réalisation d’un herbier d’espèces en général méditerranéennes. Ils se familiarisent à cette occasion avec l’utilisation d’une flore et des outils numériques d’aide à la détermination (Pl@ntNet e-Flore de Tela Botanica, etc.).
Ecologie évolutive et ses applications
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
A travers 5 grands thèmes, nous ferons le lien entre les principes de l'évolution et de l'écologie évolutive vus dans les U.E. précédentes d'une manière fondamentale et des applications sociétales actuelles.
Ces 5 grands thèmes sont: l'évolution humaine, la conservation de la biodiversité, la domestication des espèces animales et végétales, la médecine évolutive, les grandes crises et perturbations planétaires.
Assemblages d'espèces du local au global
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les étudiants de licence générale de l’Université suivent différents enseignements d’introduction à l’écologie durant leurs deux premières années d’étude. Arrivés en L3, ils abordent plusieurs concepts fondamentaux d’adaptations des individus à l’environnement, et d’interactions entre espèces (Concepts en écologie évolutive HLBE503). En particulier, ils explorent les stratégies évolutives r/K, mettant en lien l’adaptation des cycles de vie aux régimes des perturbations des milieux naturels. Je propose d’inscrire l’étude des communautés en continuité de ces bases, afin d’illustrer le rôle des stratégies évolutives des espèces dans la formation des communautés. Cet enseignement reposera sur une séquence pédagogique composée de cours magistraux, de travaux dirigés et de travaux pratiques réalisés sous forme de projets de terrain.
Les cours magistraux présenteront à travers trois blocs les bases de l’écologie des communautés. Le premier concernera la définition d’une communauté, et abordera l’historique du développement de la discipline, à travers les perspectives de Gleason (1926) et Clements (1916). Le second bloc introduira les éléments de description des communautés, avec les notions de diversités (alpha, beta, gamma) et leurs différents indices. Enfin, un troisième bloc permettra d’amener les étudiants à réfléchir aux règles d’assemblages dans les communautés, à travers le rôle des stratégies évolutives r/K dans les successions, les notions de filtre environnemental et de limitation de similarité fonctionnelle.
Ces cours s’inscriront en parallèle d’une séquence de travaux dirigés qui sera organisée selon un schéma « production de données-analyse-interprétation ». Dans un premier temps, l’utilisation de jeu sérieux (serious game) permettra de produire des données en se basant sur des mécanismes écologiques simplifiés. Pour cela, plusieurs jeux sérieux permettant de simuler des communautés sont actuellement en développement. Ces données seront rassemblées par les étudiants, pour préparer leur analyse. Celle-ci se déroulera sous la forme d’un atelier de travail sur ordinateur (format workshop) afin de permettre aux étudiants de se familiariser avec les calculs d’indices de diversité. Enfin, un temps sera accordé à un retour vers la bibliographie afin de chercher si les patrons produits à travers la séquence ont une réalité biologique, et s’ils ont été observés dans la nature (travail autonome et rapport).
Une fois la séquence de TD passée, les étudiants démarreront la mise en place d’expériences d’écologie des communautés in situ grâce à une initiation à l’écologie de terrain, sous la forme de projets autonomes. Au sein de ce TP, un atelier permettant de tester les stratégies compétitive (C), tolérante au stress (S) et rudérale (R) de Grime (1988) à travers l’analyse des traits fonctionnels des plantes. Des méthodes simples ont été publiées récemment et permettent de placer des individus (a fortiori des communautés) sur le triangle de Grime (Pierce et al., 2017). La séquence commencera par une sortie terrain sur le campus : les étudiants choisiront deux milieux contrastés (pelouses, zone rudérale, bois, ancien mur) sur lesquels ils réaliseront un inventaire floristique. À la suite de celui-ci ils prélèveront plusieurs individus de chaque espèce, qu’ils rapporteront au laboratoire, afin d’en mesurer différents traits fonctionnels. Une fois les mesures faites, ils pourront calculer les différents indices liés à la stratégie CSR. La séquence se conclura par la rédaction d’un rapport et une présentation orale. D’autres ateliers sont en cours de développement.
CHOIX1
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Méthodes de terrain en écologie
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE correspondra en une mise en situation à laquelle les étudiants devront répondre. L’équipe pédagogique de l’UE représentera les directions de bureaux d’études qui sont chargés de réaliser des études d’impacts à la suite d’un projet d’aménagement.
Les étudiants joueront les rôles des experts des bureaux d’étude et devront mener à bien des analyses sur la zone du projet. Ils devront fournir un rapport de leur étude d’impact dans lequel ils auront identifié les enjeux écologiques qu’ils auront classés selon leur importance. Ils devront aussi venir présenter leur études à l’oral.
L’UE s’articulera autour de 6 séances de TD de 2h en début du semestre au cours desquelles les points suivants seront abordés :
TD1 : Présentation de l’UE, présentation de ce qu’est une étude d’impact et des attendus d’une telle étude (cette partie sera effectuée par un ou une professionnelle dont le métier est justement de vérifier les études d’impact), présentation des statuts des zones étudiés : ZNIEFF, Natura 2000.
TD2 à 6 : Présentation des méthodes d’analyse pour différents groupes d’organismes (végétaux, arthropodes, herpétofaunes, avifaune et chiroptères, faune du sol…).
Pour la reste de l’UE, les étudiants devront proposer des protocoles d’études permettant d’estimer les impacts que pourrait avoir le projet envisagé. Les protocoles mis en place devront permettre d’évaluer au plus près les impacts et les études devront budgétiser leurs interventions. Ils disposeront ensuite de séances sur le terrain pour mettre en place leur protocole, récupérer des données pour ensuite les analyser. L’équipe pédagogique tutorera les groupes afin de les aiguiller dans leur travail. Ils rédigeront un mémoire à partir d’un cahier des charges qui aura été fourni par l’équipe pédagogique. Ce livrable devra être appuyer par des données de terrain et des données issues de la bibliographie. Ils viendront défendre leur dossier devant l’équipe pédagogique lors d’un oral.
Plusieurs zones d’étude pour réaliser le travail ont été ciblés dans Montpellier : Campus du Triolet, Fleuve Mosson, Parc de la Vallet, Centre de Montpellier, Parc Méric, Rives du Lez, Garrigues de la Lauze…
Conservation de la biodiversité : éthiques, menaces, restauration
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE est une première approche des Sciences de la conservation selon les points de vue des différents acteurs :
- approche scientifique : approche fondamentale et pratique de la conservation et de la restauration des populations et des communautés
- approche sociétale : rôle du scientifique dans la gestion des espèces et des milieux écologiques, et interactions avec les autres acteurs de la conservation (gestionnaires, acteurs locaux)
- approche éthique : réflexion sur les valeurs de la biodiversité (quantifiables, préférentielles, normatives) et leurs applications selon différents modèles, replacés dans un contexte historique (principalement les services écosystémiques et le développement durable)
Modélisation du vivant : applications
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE d’ouverture capitalisera sur les outils mathématiques rencontrés tout au cours de la licence et particulièrement au cours de l’UE Modélisation du vivant : théorie (option du S4), afin d'opérer un tour d'horizon des différentes approches et techniques de modélisation du vivant. Toutes les grandes familles de modèles mathématiques seront abordées : statiques (problèmes d'optimisation, théorie des jeux) comme dynamiques (extensions des systèmes vus en S4, introduction aux processus stochastiques). Les exemples d'applications de ces modèles seront diversifiés, balayant de nombreux systèmes biologiques ainsi que les différents niveaux d'organisation (modèles métaboliques, épidémiologiques, de méta-communautés...). Une attention particulière sera accordée aux aspect épistémologiques (apports de la modélisation à la construction des théories en sciences du vivant) et pratiques (identifiabilité, calibration, et sensibilité paramétriques d'une part, implémentation numérique/simulations d'autre part). Elle sera enfin l’occasion pour les étudiants de se familiariser avec les thématiques de recherche comportant de la modélisation, développées dans le bassin montpelliérain.
Projet naturaliste
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE se structure selon une approche de type inventaire professionnel au cours duquel les étudiants seront mis en situation réelle pour mettre en valeur leur compétences naturalistes. Celle-ci consistera en une étude de terrain, avec principalement du volume d'encadrement terrain à travers des SPS pour le suivi projet. En cela, elle s'inscrit dans la logique de l’ex-CMI (Opus 4).
Huit groupes de 5 étudiants travailleront à l’inventaire d’un taxon spécifique dans le cadre d’une problématique scientifique clairement identifiée. La zone d’étude sera différente d’une année sur l’autre, et sera choisie par l'équipe pédagogique en fonction des opportunités de collaboration avec des organismes intéressés par la démarche proposée. Les organismes pressentis sont :
- le Conservatoire des Espaces Naturels de Languedoc Roussillon
- le Zoo du Lunaret, gestionnaire de la réserve du Lez
- la métropole de Montpellier
La restitution consistera en un livrable commun à toute la classe, incluant une hiérarchisation des enjeux de conservation. Les organismes gestionnaires des zones étudiées seront conviés aux restitutions.
Paléoécologie et biostratigraphie
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le but de cette UE est d'acquérir, renforcer et synthétiser des notions et des connaissances en paléontologie évolutive, en sédimentologie et en paléoécologie, pour les appliquer au monde fossile. Mises en commun, ces notions fournissent les clés pour inférer le contexte stratigraphique et les environnements passés dans lesquels vivaient les organismes éteints.
CHOIX2
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Architecture et morphogénèse de la plante entière
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Initier les étudiants à une approche intégrée de la plante par l’étude des caractères morpho-anatomiques des tiges et des racines. Leur faire découvrir la construction coordonnée spatio-temporelle des architectures racinaire et caulinaire au travers d’adaptations d’espèces méditerranéennes et tropicales. Les structures reproductrices ainsi que la diversité des types biologiques seront également prises en compte. Cette UE se positionne comme une préparation à la poursuite en Master BE parcours BioGET et s’appuie sur le milieu naturel et des infrastructures locales et régionales (Serre Amazonienne, Villa Thuret, Jardin Château La Pérouse).
Ecologie aquatique
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cet enseignement représente une introduction à l'écologie des écosystèmes d'eaux douces continentaux et des écosystèmes marins, ainsi qu'à des milieux d'interfaces entre ces deux compartiments que sont les mangroves, les estuaires et les deltas. Ils seront abordés à la fois du point de vue de leur structure et du point de vue de leur fonctionnement en insistant à la fois sur leurs points communs et sur leurs différences, et sur les facteurs abiotiques et biotiques qui régissent l'organisation des communautés d'organismes qui les peuplent.
Ils doivent permettre d'acquérir une vue d'ensemble sur ces écosystèmes ou hydrosystèmes et sur leur fonctionnement à diverses échelles.
La première partie de l'UE est dédiée entièrement à des enseignements théoriques, la seconde regroupe des séances introductives aux sorties de terrain, les sorties elles-mêmes et les séances de TP dans lesquelles sont analysées et mises en commun les données récoltées sur le terrain.
Introduction à l’écologie moléculaire
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les outils moléculaires font partie intégrante d’études visant à décrire et à caractériser la biodiversité. L’UE visera à présenter diverses approches moléculaires (barcoding, metabarcoding et ADN environnemental, etc.) permettant (1) de décrire, caractériser et quantifier cette diversité à des niveaux intra- ou interspécifiques, des populations ou des écosystèmes, et (2) de présenter leurs domaines d’application à différentes échelles de temps et d’espace. L’UE intégrera des aspects pratiques visant à s’initier, mettre en œuvre ces techniques, analyser les données qui en résultent et en rendre compte. Les travaux de groupes en interaction avec des chercheurs et enseignants-chercheurs seront privilégiés.
Phylogénie des mammifères
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Un des buts de cette UE est de synthétiser des notions et des connaissances acquises en biologie animale (anatomie, systématique) et en écologie pour décrire et comprendre la morphologie et l'évolution des morphologies des vertébrés. En plus de traiter des groupes actuels, cette UE s’intéressera fortement aux groupes fossiles éteints, notamment à leur apport dans la compréhension des différentes adaptations éco-morphologiques (ex. acquisition ou retour à la vie aquatique, acquisition du vol) qui ont marqué l’histoire évolutive des clades.
Cette UE vise également à fournir des bases théoriques et pratiques en phylogénie (cladistique) pour retracer l'évolution d’un clade (méthodes de distances, de parcimonie et de vraisemblance), aussi bien sur des caractères moléculaires ou phénotypiques (actuel et fossile).
Adaptations au Parasitisme
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les adaptations au mode de vie « parasitaire » sont étudiées sur l’ensemble des organismes parasites (virus, bactéries, eucaryotes) en incluant différentes échelles d’analyse « des molécules aux populations ».
Ainsi la coévolution entre hôtes et parasites sera ainsi envisagée du point de vue des dialogues moléculaires et cellulaires hôte – parasite (immunité- échappement – exploitation des ressources hôtes…) mais aussi des structures morpho-anatomiques impliquées dans l’adaptation au site infra- hôte ou dans la survie dans le milieu extérieur, enfin du point de vue des adaptations comportementales pour la rencontre avec l’hôte (favorisation) .
Outils et méthodes de reconstruction des paléoenvironnements
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
ORPAL est une UE d’écologie en APP (1/3 terrain et 2/3 TP en laboratoire). S’appuyant sur des concepts et des méthodes de l’Ecologie, cette UE a pour objectif la découverte de l’écologie historique (étude des interactions entre l’Homme et son environnement sur des périodes chronologiques variables) et des applications principales en paléoécologie, depuis la définition de la problématique, l’échantillonnage sur le terrain, l’acquisition des données jusqu’à l’interprétation et la rédaction d’un article scientifique (voir https://biologie-ecologie.com/exemples-travaux/). Cette UE est un préalable théorique et expérimental intéressant, aux parcours ACCES, CEPAGE, PALEONTOLOGIE, ECOSYSTEMES ou BIOGET.
CHOIX3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX4
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Météorologie, climatologie et cycle de l'eau
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
- différence météo/climat
- structure de l’atmosphère, bilan radiatif, effet de serre, circulation des vents, dépressions/anticyclones, cyclones tropicaux, tornades
- circulation océanique générale (Munk, courants principaux, Conveyor Belt)
- distribution géographique et définition des climats
- changement climatique actuel
- cycle de l'eau global, bilan hydrologique, bilan hydrique, bilan d'énergie au-dessus d'une parcelle cultivée pour estimer l'évapotranspiration
Météorologie/climatologie/environnement
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Volume horaire
16,5h
Comprendre la météo et savoir utiliser la climato pour un écologue / naturaliste.
- les modalités de mesures du climat, les indices du bioclimat ;
- TP sur ordi : données climato, archives modernes (siècle), oscillations et tendances ;
- rappels météo, paramètres dominants : des grands biomes au topoclimat ;
- climat moyen vs évènements extrêmes, leurs rôle et impacts sur la biodiversité ;
- TP travail de groupe (restitution) : thématiques régionales, présentation orale partagée ;
- changements climatique passés et futurs, leurs impacts sur la biodiversité.
Communication en science
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
A l’issue de cet enseignement, les étudiants auront acquis les connaissances de base indispensables pour préparer et réaliser correctement une opération de communication scientifique adaptée à un public cible et cela aussi bien à l’oral qu’à l’écrit. Ils seront aussi capables de concevoir du matériel pédagogique et des ateliers de sensibilisation pour le grand public.
Montage de projet Educatif dispositif UniverlaCité
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les universités sont souvent perçues comme des lieux inaccessibles pour une grande partie de la société. Dans le cadre du dispositif UniverlaCité, qui a pour objectif de faire vivre l’Université dans les quartiers prioritaires, les étudiants élaboreront des ateliers scientifiques destinés à un public scolaire de REP.
L’UE offrira l’opportunité aux étudiants de :
1- partager leurs propres expériences et valoriser leurs connaissances acquises à l’Université dans un souci de répondre le mieux possible aux besoins du contexte sociétal.
2- révéler et développer des compétences en termes de communication scientifique au travers de l’élaboration et de la réalisation de supports pédagogiques adaptés au public concerné.
L’UE se déroulera sous forme de TD et de suivi de projet (SPS) sur des thématiques définies au préalable. La situation socio-culturelle des zones urbaines sensibles sera abordée lors du premier TD. Ce premier TD servira aussi à poser les bases de l’UE, présenter en détails le dispositif UniverlaCité et à faire un présentation large de la médiation scientifique.
Les TDs suivants serviront de séances au cours desquels les étudiants, répartis en groupe, devront proposer des activités à mettre en place. Les contraintes qui leur seront données par l’équipe pédagogique seront : le public cible, la thématique (qui sera définie par l’équipe pédagogique et qui sera renouvelée chaque année) et la nécessité de proposer des activités ‘hors les murs’.
Sante´, environnement et changements globaux
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les grands enjeux de santé humaine et animale liés aux changements globaux c'est-à-dire :
- la dégradation des milieux naturels, induisant la perte de qualité des ressources naturelles (pollutions diverses) et la perte de biodiversité
- le changement climatique
- l’artificialisation des milieux de vie
- les nouveaux modes thérapeutiques
- la mondialisation des échanges
- l’uniformisation des modes de vie
Sciences et Société: histoire des sciences, éthique, esprit critique
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les sciences dans nos sociétés actuelles sont au cœur de très nombreux enjeux sur le plan éthique, économique et sociétal. Le but de cette UE est de faire réfléchir les étudiant-e-s sur leurs connaissances et pratiques par une approche historique de l’histoire de la construction des savoirs et par des réflexions sur les aspects bioéthiques des sciences, la place des chercheurs dans la société et les relations sciences et société. Il s'agit de sensibiliser les étudiant-e-s à la mise en œuvre d’arguments scientifiques en société et à débattre pour confronter des points de vue étayés de façon contradictoire, et de développer leur sens critique. C’est donc une UE d’ouverture, permettant de prendre de la hauteur de vue en gardant une démarche scientifique autrement dit "lever la tête du guidon".
- 7CM = 10.5h pour l'Histoire des Sciences, approche panhistorique et pangéographique
- 4 CM = 6h pour présenter les concepts de la bioéthique et de la démarche critique qui seront nécessaires pour les débats (méthodologie de la controverse, complexité, enjeux, arguments d’autorité)
- 2CM= 3h sur le rôle des scientifiques dans la société (approche historique et discussion sur les écueils possibles)
- 2TD= 3h sur les biais cognitifs, notions d’épistémologie, pièges du langage, et notion de preuve, grands types de raisonnements erronés
- 4 sessions de 2TD= 4x3h= 12h de débats sur des thèmes au cœur de controverses scientifiques et sociétales: OGM, Vaccination, Pharmacogénétique et tests génétiques, Perturbateurs endocriniens, Nourrir la planète, Défi démographique, Changement climatique, Transhumanisme, Clonage et procréation assistée, Expérimentation animale, Neuroscience et marketing, La lutte biologique, Nanotechnologies, ... On part d'un article de presse et les étudiants par groupe produisent une présentation (participe à l'évaluation) dont le but est de proposer une mise en contexte historique, présenter les points de vue antagonistes argumentés (arguments éthiques et scientifiques), puis animer un débat. Chaque session de débat (3h) aura un thème, des chercheurs ou EC seront invités pour participer au jury et proposer une synthèse à la fin.
Par groupe et sur la durée de l'UE, les étudiant-e-s produiront une synthèse bibliographique sur un thème de leur choix, avec un argumentaire construit, et illustré d'exemples soigneusement choisis, en replaçant le sujet dans une dimension d'histoire des sciences avec des considérations bioéthiques. L'idée n'est pas de juste faire l’histoire d’un sujet, mais au contraire d’insister sur les liens avec la progression des connaissances scientifiques et les questions éthiques posées.
Immunologie (de la réponse aux infect° aux maladies auto-im)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette EU se place comme la suite logique de l’UE de S4 (Base de la physiologie et de l’immunologie) et se propose d’approfondir les connaissances en immunologie fondamentale, appliquée et clinique. Nous aborderons aussi les notions d’immunologie « non conventionnelles » et nous développerons les stratégies d’immunothérapies innovantes. Cette UE abordera l’ensemble des thématiques liée à l’immunologie moderne et sera fortement orienté vers les aspects cliniques de cette discipline.
Mots clés
Immunologie fondamentale, Immunité anti infectieuse, Immunothérapie, vaccination, Auto-immunité, Déficits immunitaires, Immunité anti cancéreuse, Immunité non conventionnelle
Anglais S5
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Moléculaire
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La biologie moléculaire est à la fois un fascinant sujet d'étude en soi, mais elle fournit également aux autres disciplines de la biologie (biologie cellulaire, génétique, physiologie...) des outils fantastiques de modification et de quantification des gènes et de leurs produits.
L'UE approfondit la connaissance des mécanismes de l'organisation, du maintien, de la réplication et de l'expression (transcription, modifications post-transcriptionnelles, traduction) des génomes eucaryotes.
En particulier, seront explorées les propriétés des macromolécules porteuses d'information (ADN, ARN, protéines), et comment les transactions entre elles expliquent le fonctionnement des cellules eucaryotes et leur adaptation à l'environnement et au développement des organismes.
En parallèle, les principales techniques permettant de suivre ou modifier l'expression des gènes, ou d'étudier les mécanismes de cette expression, seront exposées en cours et approfondies en TD par l'analyse de résultats.
Ainsi, les TD abordent ces sujets sous forme (1) d'exercices amenant les étudiants à vérifier leur compréhension des savoirs décrits plus haut, et (2) d'expériences extraites d'articles scientifiques à analyser. Ainsi, les bases du raisonnement scientifique, et de l'analyse critique de résultats seront acquises et / ou approfondies.
Biotechnologie S5
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette unité d’enseignement aborde les différentes catégories de biotechnologies selon leur domaine d'application :
- Les biotechnologies végétales concernent l’agro-alimentaire et regroupent une série de technologies utilisant l’organisme des plantes et leurs cellules pour produire et transformer des produits alimentaires, des biomatériaux et de l’énergie mais aussi des protéines recombinantes à visée thérapeutiques
- Les biotechnologies animales concernent les domaines de la santé, du médicament, du diagnostic, de l'ingénierie tissulaire ainsi que le développement de procédés génétiques ou moléculaires ayant une finalité thérapeutique.
- Les biotechnologies microbiennes concernent l’utilisation de micro-organismes (virus ou bactéries) et leur culture au sein de l’industrie agro-alimentaire/pharmaceutique ou encore leur intérêt dans la protection de l’environnement.
L’enseignement proposé aux étudiants de la Licence 3 Sciences de la Vie est de leur permettre de découvrir ou d’approfondir leurs connaissances théoriques sur les différentes biotechnologies ainsi que de maitriser les outils/applications associés.
Microbiologie 3
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE vise à approfondir les connaissances en microbiologie pour les étudiants qui souhaitent poursuivre leurs études dans cette discipline.
Elle abordera la génétique moléculaire appliquée aux procaryotes (éléments génétiques mobiles et résistance, CRISPR, système à 2 composants, quorum sensing, transferts horizontaux…) et les spécificités du métabolisme bactérien.
Des bactéries à morphologie particulière seront présentées.
En virologie, la physiopathologie des infections virales, ainsi que la prévention et le contrôle des maladies virales seront présentés. Les mécanismes d'échappement au système immunitaire seront détaillés. Les mécanismes d'évolution des virus seront décrits et mis en relation avec l'émergence virale.
Le mode de vie parasitaire de certains microorganismes eucaryotes sera illustré par la description de leur développement intracellulaire obligatoire et les modifications de la cellule hôte induites par ces parasites.
L'UE abordera enfin la notion de microbiote et exposera les dernières données sur la nature du microbiote humain et son rôle sur la santé.
Métabolisme Cellulaire Intégré
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE permet aux étudiant(e)s d’approfondir leurs connaissances du métabolisme. Cette UE permet d’appréhender une vision globale du métabolisme humain. Elle insistera sur les liens entre les différentes voies métaboliques. D’autre part elle montrera comme les différents tissus communiquent pour maintenir une homéostasie énergétique globale. Des dérégulations de ce métabolisme à l’origine de certaines pathologies seront présentées.
Pédagogie et Didactique des Biotechnologies
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Il s'agit d’une UE d'initiation aux métiers d'enseignement des biotechnologies permettant de préparer le stage d’observation en lycée technologique du semestre 6. Cette UE permet d’aborder des notions qui seront développées aux étudiants de Master MEEF (Métiers de l’Enseignement, de l’Education et de la Formation) Biotechnologies préparant le CAPET Biotechnologies option Biochimie Génie Biologique. Cette UE couplée à celle du stage en lycée du semestre 6 permet aussi d’aider l’étudiant au choix de l’orientation professionnelle.
Au cours des séances de cours/TD, plusieurs questions concernant l’enseignement et l’apprentissage des sciences et des biotechnologies sont abordées :
- Quels sont les principes, les outils et les méthodes pédagogiques utilisés dans la voie technologique ?
- Comment concevoir un enseignement en STL-Biotechnologies et en STS ?
- Comment sont structurés les programmes et les référentiels ?
- Quelles sont les modalités de l’évaluation certificative en cycle terminal et en STS ?
- Comment fonctionne un lycée d’enseignement général et technologique ?
Infection & Immunité
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bactériologie :
Au travers divers exemples les étudiants pourront mieux appréhender la notion de pouvoir pathogène en relation avec la virulence des bactéries. Les moyens et les mécanismes utilisés pour manipuler les cellules de l’organisme au niveau des muqueuses afin de pénétrer dans le milieu intérieur, c'est-à-dire le pouvoir invasif, seront abordés ainsi que la perception des signaux environnementaux et l’intégration de ces signaux afin de coordonner la réponse des procaryotes de manière à ce qu’ils adoptent un comportement de groupe. La description de quelques exemples de toxines et modulines en relation avec la colonisation et/ou l’invasion permettra de mieux comprendre les différences de stratégies entre les pathogènes procaryotes. Enfin on abordera la notion de microbiote et son influence sur le fonctionnement de l’organisme ainsi que son implication sur le développement de certaines pathologies.
Immunologie :
La partie Immunologie aborde les grandes lignes du fonctionnement du système immunitaire au cours de l’infection. Ainsi de la mise en place et du déroulement de la réaction inflammatoire lors de la reconnaissance des signaux du non soi par l'immunité naturelle (PRR-PAMP) jusque aux mécanismes d'activation des cellules et les réponses cellulaires engendrées on pourra apprécier la diversité des possibilités offertes par les différents acteurs de l’immunité. De plus la séquence d’événements conduisant à l’orientation de la réponse immune et de l’acquisition d’une protection durable lors de la phase adaptative permettra de mieux comprendre la stratégie vaccinale. Enfin l'immunité de la muqueuse intestinale sera abordée dans le contexte de la relation entre l’hôte et le microbiote
Travaux Pratiques de Biologie Moléculaire
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de TP de biologie moléculaire vise à rendre autonomes les étudiants face à un protocole de biologie moléculaire et à les initier à la recherche pilotée par hypothèses. Les étudiants auront 6 jours pour répondre à une problématique biologique qui leur sera proposée. Ils pourront ainsi mettre en pratique, en conditions de laboratoire, une partie des techniques abordées dans leurs enseignements théoriques pour mieux les appréhender.
Ingénierie Moléculaire
Niveau d'étude
BAC +3
Composante
Faculté des Sciences
Dans le cadre de cette UE les étudiants apprendront les principes expérimentaux basés sur la manipulation des acides nucléiques. Les CM seront articulés autour de deux axes majeurs :
- Mise en place d’outils moléculaires (clonage, analyse des acides nucléiques, vectorologie) ii. Leurs applications (expression de protéines recombinantes, banque génomique, transgénèse, système CRISPR/CAS9 etc…) et réflexion sur la notion d’éthique en biologie.
Les TD se composeront de :
- Analyses d’articles présentant des problématiques à résoudre avec les acquis du cours. Les thématiques choisies feront, autant que possible, référence aux UE parallèles de la L3. Ses articles seront présentés par les étudiants sous forme d’exposés oraux par groupes de 3 à 4 étudiants à l’ensemble de la classe.
- Séances réservées à l’utilisation d’outils basiques de bioinformatique en salle informatique.
Outils moléculaires dédiés à la détection et au diagnostic
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L'enseignement a pour objectif de faire une revue des techniques moléculaires de l'identification permettant d'insister sur les biomarqueurs, les avancées sur les dernières générations de biomarqueurs et membranes sélectives ainsi que sur les nouvelles instrumentations.
Techniques de diagnostic moléculaire / approches massives.
Biosynthèse des récepteurs aux Ag des lymphocytes B et lymphocytes T
Réactions antigène-anticorps
Techniques immunologiques
Principe du FACS
Protéomique , 2D, LC-MS, MS-MS. Dégradome…
Génétique & Epigénétique
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
A partir d’un même génome, les différentes cellules constituant un organisme multicellulaire vont acquérir des devenirs cellulaires divers afin d’acquérir des fonctions cellulaires distinctes. Outre le génome, des régulations épigénétiques régissant le contrôle de l’expression du génome vont être cruciales dans l’établissement des phénotypes. L’objectif de ce cours est de transmettre les concepts et les méthodologies permettant l’étude de la transmission de l’information héréditaire via des mécanismes dits épigénétiques.
Stage d'observation en lycée technologique
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage d’observation en lycée en STL-Biotechnologies et/ou STS de biologie appliquée sous la responsabilité d'un enseignant tuteur pédagogique de Biochimie Génie Biologique. Cette UE qui fait suite à l’UE de Pédagogie et didactique des biotechnologies permet d’avoir un premier contact avec les réalités du métier d’enseignant. Cette UE permet d’aborder des notions au cours du stage qui seront développées aux étudiants de Master MEEF (Métiers de l’Enseignement, de l’Education et de la Formation) Biotechnologies préparant le CAPET Biotechnologies option Biochimie Génie Biologique. Cette UE couplée à celle du semestre 5 permet aussi d’aider l’étudiant à son orientation professionnelle.
Les éléments recueillis dans le cadre du stage et leurs traitements donnent lieu à un rapport écrit et soutenu oralement à la fin du semestre.
Virologie
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L'UE a pour objectif l’acquisition de connaissances de virologie fondamentale et appliquée, en privilégiant une vision intégrative de la discipline. Elle présentera les spécificités des interactions hôte-virus et la physiopathologie d'infections virales chez différents types d'hôtes (vertébrés/insectes/plantes). Elle abordera des aspects d'écologie virale, d'émergence et de risques associés pour la santé humaine et animale. Enfin, l'UE présentera les méthodes d'études utilisées en recherche, les outils de détection et de diagnostic virologiques, et les applications des virus en biotechnologies.
L’UE sera dispensée sous forme de cours magistraux, de travaux dirigés (analyses d'articles scientifiques d'actualité et présentations orales) et de travaux pratiques illustrant les enseignements magistraux et dirigés (amplification et purification de virus et quantification à l'aide de techniques de référence).
Biochimie Structurale
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cet enseignement offre un approfondissement en biochimie structurale des biomolécules, plus particulièrement des protéines et des acides nucléiques.
Les notions de base et la nomenclature utilisées pour l’analyse des structures 3D des protéines y sont brièvement reprises (diagramme de Ramachandran, motif et domaine structuraux, repliement, famille, superfamille, etc……). Ces notions sont complétées par l’étude de la stabilité et de la dynamique des biomolécules.
La classification structurale des protéines est détaillée en fonction des 4 principaux types de repliement. Les relations structure-fonction sont illustrées à l’aide d’exemples de protéines. Les spécificités des structures des protéines membranaires (protéines intégrales, protéines liées à la membrane) sont abordées.
Les principaux outils de modélisation et de prédiction de structures secondaires et tertiaires sont présentés.
Les différentes structures et fonctions des acides nucléiques sont étudiées. Les complexes protéine-acide nucléiques sont décrits d’un point de vie structural (principaux motifs de reconnaissance, …) et les notions de spécificité de reconnaissance sont détaillées.
Cet enseignement est illustré en travaux dirigés. Ces travaux consistent à se familiariser avec les principales bases de données utilisées en biologie structurale ainsi qu’avec le logiciel PyMol pour l’analyse des structures 3D.
Techniques de communication et Anglais Scientifique
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cet UE décrit la méthodologie suivie par les chercheurs en sciences de la vie afin de communiquer les résultats de leurs expériences, autant à l’écrit qu’à l’oral. L’anglais étant la langue commune des chercheurs internationaux, une grande partie de ce cours est enseigné dans cette langue.
La communication écrite est traitée à travers l’étude de la structuration (macro) d’un article de recherche ainsi que par une étude du processus de publication dans les journaux scientifiques. Plusieurs éléments de la structuration écrite (micro) sont examinés afin de comprendre les différences entre l’anglais scientifique et l’anglais littéraire : clarté, cohésion, cohérence.
Ces études sont complétées par un projet tuteuré durant le semestre pendant lequel les étudiants sont amenés à analyser un article de recherche récemment publié dans la littérature scientifique et de le retranscrire sous forme de présentation orale (conférence) en anglais.
Anglais S5
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Moléculaire
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La biologie moléculaire est à la fois un fascinant sujet d'étude en soi, mais elle fournit également aux autres disciplines de la biologie (biologie cellulaire, génétique, physiologie...) des outils fantastiques de modification et de quantification des gènes et de leurs produits.
L'UE approfondit la connaissance des mécanismes de l'organisation, du maintien, de la réplication et de l'expression (transcription, modifications post-transcriptionnelles, traduction) des génomes eucaryotes.
En particulier, seront explorées les propriétés des macromolécules porteuses d'information (ADN, ARN, protéines), et comment les transactions entre elles expliquent le fonctionnement des cellules eucaryotes et leur adaptation à l'environnement et au développement des organismes.
En parallèle, les principales techniques permettant de suivre ou modifier l'expression des gènes, ou d'étudier les mécanismes de cette expression, seront exposées en cours et approfondies en TD par l'analyse de résultats.
Ainsi, les TD abordent ces sujets sous forme (1) d'exercices amenant les étudiants à vérifier leur compréhension des savoirs décrits plus haut, et (2) d'expériences extraites d'articles scientifiques à analyser. Ainsi, les bases du raisonnement scientifique, et de l'analyse critique de résultats seront acquises et / ou approfondies.
Génétique fonctionnelle
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La génétique fonctionnelle vise à mieux comprendre les relations entre le génotype et le phénotype. Ce cours intègre les différents aspects de l’analyse de la fonction des gènes et des génomes à l’échelle du génome entier par des approches in vivo, ainsi que la régulation transcriptionnelle et la régulation de l’expression des génomes eucaryotes. Le cours est illustré par des exemples concrets en génétique du développement dans des contextes physiologiques et pathologiques.
Métabolisme Cellulaire Intégré
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE permet aux étudiant(e)s d’approfondir leurs connaissances du métabolisme. Cette UE permet d’appréhender une vision globale du métabolisme humain. Elle insistera sur les liens entre les différentes voies métaboliques. D’autre part elle montrera comme les différents tissus communiquent pour maintenir une homéostasie énergétique globale. Des dérégulations de ce métabolisme à l’origine de certaines pathologies seront présentées.
Biologie cellulaire avancée 1: Approches expérimentales
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire pour le parcours « Biologie Moléculaire et Cellulaire » se propose d’approfondir et compléter, essentiellement aux formats TD et TP, les processus fondamentaux moléculaires et cellulaires vus dans les cours BCM2, BCM3 et Approfondissement en biologie cellulaire et moléculaire en les abordant de façon plus approfondie. Ces enseignements se focaliseront sur les thématiques du trafic intracellulaire, de cycle cellulaire et de l’apoptose dans la continuité du cours BCM3.
Un travail de groupe sera réalisé en TD au cours duquel les étudiants devront analyser un article scientifique pour en faire un résumé structuré précisant le contexte de l’étude, la question scientifique précise posée par les auteurs les stratégies mises en place et les techniques utilisées pour y répondre. Ce travail a pour but de participer à la préparation des étudiants à la rédaction de leurs rapports de TER et stage en Master.
Les TD et les TP seront réalisés de manière intégrée sur les mêmes thématiques que celles abordées en CM. Les TD se feront en lien direct avec les TP. Les étudiants devront poser une question liée à un mécanisme cellulaire et, dans le respect de la démarche scientifique, proposeront une stratégie expérimentale permettant d’y répondre. Les TP permettront la mise en application de cette stratégie en intégrant des techniques de biochimie, de biologie moléculaire, de biologie cellulaire comme l’immunoblot, la culture cellulaire, l’immunomarquage, la microscopie à fluorescence. Les résultats obtenus seront analysés grâce aux techniques d’analyse d’image et à la bio-informatique.
Biologie du développement
Niveau d'étude
BAC +3
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE obligatoire de S6 explore les processus fondamentaux du développement embryonnaire.
Seront abordé toutes les grandes étapes de l’embryogénèse, tels que l’établissement des axes, la gastrulation, la neurulation, l’organogénèse, ainsi que les concepts de bases : induction, détermination, différentiation, morphogénèse, etc…
Le cours mettra l’accent sur une interprétation moléculaire et cellulaire des processus du développement, ainsi que sur l’importance d’une approche évolutive de l’embryogénèse.
Le cours fera donc systématiquement des liens entre ses différentes disciplines, ainsi qu’avec la matière enseignée dans les cours de génétiques.
Les CMs présenterons les grands principes en focalisant les deux modèles les mieux compris de développement chez les vertébrés (amphibien) et invertébrés (mouche), incluant aussi un aspect historique, alors que les TDs seront consacrés à l’aspect évolutifs (comparaison de différents modes de développement et compréhension de la logique des contraintes évolutives), ainsi que sur les approches expérimentales de la biologie développementale moléculaire et cellulaire moderne.
Travaux Pratiques de Biologie Moléculaire
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de TP de biologie moléculaire vise à rendre autonomes les étudiants face à un protocole de biologie moléculaire et à les initier à la recherche pilotée par hypothèses. Les étudiants auront 6 jours pour répondre à une problématique biologique qui leur sera proposée. Ils pourront ainsi mettre en pratique, en conditions de laboratoire, une partie des techniques abordées dans leurs enseignements théoriques pour mieux les appréhender.
Ingénierie Moléculaire
Niveau d'étude
BAC +3
Composante
Faculté des Sciences
Dans le cadre de cette UE les étudiants apprendront les principes expérimentaux basés sur la manipulation des acides nucléiques. Les CM seront articulés autour de deux axes majeurs :
- Mise en place d’outils moléculaires (clonage, analyse des acides nucléiques, vectorologie) ii. Leurs applications (expression de protéines recombinantes, banque génomique, transgénèse, système CRISPR/CAS9 etc…) et réflexion sur la notion d’éthique en biologie.
Les TD se composeront de :
- Analyses d’articles présentant des problématiques à résoudre avec les acquis du cours. Les thématiques choisies feront, autant que possible, référence aux UE parallèles de la L3. Ses articles seront présentés par les étudiants sous forme d’exposés oraux par groupes de 3 à 4 étudiants à l’ensemble de la classe.
- Séances réservées à l’utilisation d’outils basiques de bioinformatique en salle informatique.
Biologie Cellulaire avancée 2: Concepts clés
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE se propose, aux formats CM et TD, de compléter les notions de biologie cellulaire vues en L2 en BCM2 et BCM3 par le biais de l’étude de situations physiologiques et pathologiques comme les cancers.
Ces enseignements initieront les étudiants à l’importance de la recherche d’un modèle d’étude (lignées cellulaires ou organismes pour étude in vivo (drosophile, C. elegans, Zebrafish) adapté pour répondre à une question et mettre en évidence un mécanisme moléculaire.
Les TD permettront la manipulation de concepts avancés de biologie cellulaire en lien avec la connaissance des méthodologies les plus couramment utilisées en biologie cellulaire comme la cytométrie de flux, les techniques avancées de microscopie à fluorescence et de microscopie électronique, de protéomique ainsi que la connaissance des modèles expérimentaux tels que les cellules en culture, les modèles animaux génétiquement modifiés ou non (C. elegans, zebrafish, souris transgéniques, KO, KI…)
Génétique & Epigénétique
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
A partir d’un même génome, les différentes cellules constituant un organisme multicellulaire vont acquérir des devenirs cellulaires divers afin d’acquérir des fonctions cellulaires distinctes. Outre le génome, des régulations épigénétiques régissant le contrôle de l’expression du génome vont être cruciales dans l’établissement des phénotypes. L’objectif de ce cours est de transmettre les concepts et les méthodologies permettant l’étude de la transmission de l’information héréditaire via des mécanismes dits épigénétiques.
Projet ou stage
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les modalités de cet UE sont adaptées spécifiquement aux différents parcours du L3. Néanmoins, les objectifs sont communs : donner aux étudiants un aperçu du monde professionnel lié à la recherche en sciences de la vie.
L’étudiant se verra proposé un stage court en laboratoire/entreprise ou un projet tuteuré avec un tuteur travaillant dans un laboratoire ou entreprise associé avec la biologie.
Virologie
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L'UE a pour objectif l’acquisition de connaissances de virologie fondamentale et appliquée, en privilégiant une vision intégrative de la discipline. Elle présentera les spécificités des interactions hôte-virus et la physiopathologie d'infections virales chez différents types d'hôtes (vertébrés/insectes/plantes). Elle abordera des aspects d'écologie virale, d'émergence et de risques associés pour la santé humaine et animale. Enfin, l'UE présentera les méthodes d'études utilisées en recherche, les outils de détection et de diagnostic virologiques, et les applications des virus en biotechnologies.
L’UE sera dispensée sous forme de cours magistraux, de travaux dirigés (analyses d'articles scientifiques d'actualité et présentations orales) et de travaux pratiques illustrant les enseignements magistraux et dirigés (amplification et purification de virus et quantification à l'aide de techniques de référence).
Approche pratique de la Biodiversité bactérienne
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE de travaux pratiques vise à mettre en application les connaissances des étudiants en microbiologie et biologie moléculaire afin d’identifier des bactéries de l’environnement.
L’analyse quantitative et qualitative de la population bactérienne présente dans un échantillon de terre se fera classiquement en identifiant les espèces par les moyens de la bactériologie classique par étapes successives : 1) isolement de la flore bactérienne ; 2) diagnostic de famille et de genre à l’aide de milieux et tests conventionnels ; 3) diagnostic de l’espèce à l’aide de galeries API System.
Les techniques de la biologie moléculaire permettent désormais d’identifier les bactéries présentes dans un échantillon sans avoir besoin de recourir à leur culture. Cette approche nécessite l’accès à une plateforme de séquençage et sera également réalisée en Travaux Pratiques, ce qui permettra de comparer les deux approches. Les résultats de séquençage obtenus permettront une analyse bioinformatique du gène rrsA spécifiant l’ARN16S des bactéries isolées.
Techniques de communication et Anglais Scientifique
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cet UE décrit la méthodologie suivie par les chercheurs en sciences de la vie afin de communiquer les résultats de leurs expériences, autant à l’écrit qu’à l’oral. L’anglais étant la langue commune des chercheurs internationaux, une grande partie de ce cours est enseigné dans cette langue.
La communication écrite est traitée à travers l’étude de la structuration (macro) d’un article de recherche ainsi que par une étude du processus de publication dans les journaux scientifiques. Plusieurs éléments de la structuration écrite (micro) sont examinés afin de comprendre les différences entre l’anglais scientifique et l’anglais littéraire : clarté, cohésion, cohérence.
Ces études sont complétées par un projet tuteuré durant le semestre pendant lequel les étudiants sont amenés à analyser un article de recherche récemment publié dans la littérature scientifique et de le retranscrire sous forme de présentation orale (conférence) en anglais.
Immunologie (de la réponse aux infect° aux maladies auto-im)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette EU se place comme la suite logique de l’UE de S4 (Base de la physiologie et de l’immunologie) et se propose d’approfondir les connaissances en immunologie fondamentale, appliquée et clinique. Nous aborderons aussi les notions d’immunologie « non conventionnelles » et nous développerons les stratégies d’immunothérapies innovantes. Cette UE abordera l’ensemble des thématiques liée à l’immunologie moderne et sera fortement orienté vers les aspects cliniques de cette discipline.
Mots clés
Immunologie fondamentale, Immunité anti infectieuse, Immunothérapie, vaccination, Auto-immunité, Déficits immunitaires, Immunité anti cancéreuse, Immunité non conventionnelle
Anglais S5
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Biologie Moléculaire
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
La biologie moléculaire est à la fois un fascinant sujet d'étude en soi, mais elle fournit également aux autres disciplines de la biologie (biologie cellulaire, génétique, physiologie...) des outils fantastiques de modification et de quantification des gènes et de leurs produits.
L'UE approfondit la connaissance des mécanismes de l'organisation, du maintien, de la réplication et de l'expression (transcription, modifications post-transcriptionnelles, traduction) des génomes eucaryotes.
En particulier, seront explorées les propriétés des macromolécules porteuses d'information (ADN, ARN, protéines), et comment les transactions entre elles expliquent le fonctionnement des cellules eucaryotes et leur adaptation à l'environnement et au développement des organismes.
En parallèle, les principales techniques permettant de suivre ou modifier l'expression des gènes, ou d'étudier les mécanismes de cette expression, seront exposées en cours et approfondies en TD par l'analyse de résultats.
Ainsi, les TD abordent ces sujets sous forme (1) d'exercices amenant les étudiants à vérifier leur compréhension des savoirs décrits plus haut, et (2) d'expériences extraites d'articles scientifiques à analyser. Ainsi, les bases du raisonnement scientifique, et de l'analyse critique de résultats seront acquises et / ou approfondies.
Biotechnologie S5
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette unité d’enseignement aborde les différentes catégories de biotechnologies selon leur domaine d'application :
- Les biotechnologies végétales concernent l’agro-alimentaire et regroupent une série de technologies utilisant l’organisme des plantes et leurs cellules pour produire et transformer des produits alimentaires, des biomatériaux et de l’énergie mais aussi des protéines recombinantes à visée thérapeutiques
- Les biotechnologies animales concernent les domaines de la santé, du médicament, du diagnostic, de l'ingénierie tissulaire ainsi que le développement de procédés génétiques ou moléculaires ayant une finalité thérapeutique.
- Les biotechnologies microbiennes concernent l’utilisation de micro-organismes (virus ou bactéries) et leur culture au sein de l’industrie agro-alimentaire/pharmaceutique ou encore leur intérêt dans la protection de l’environnement.
L’enseignement proposé aux étudiants de la Licence 3 Sciences de la Vie est de leur permettre de découvrir ou d’approfondir leurs connaissances théoriques sur les différentes biotechnologies ainsi que de maitriser les outils/applications associés.
Microbiologie 3
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE vise à approfondir les connaissances en microbiologie pour les étudiants qui souhaitent poursuivre leurs études dans cette discipline.
Elle abordera la génétique moléculaire appliquée aux procaryotes (éléments génétiques mobiles et résistance, CRISPR, système à 2 composants, quorum sensing, transferts horizontaux…) et les spécificités du métabolisme bactérien.
Des bactéries à morphologie particulière seront présentées.
En virologie, la physiopathologie des infections virales, ainsi que la prévention et le contrôle des maladies virales seront présentés. Les mécanismes d'échappement au système immunitaire seront détaillés. Les mécanismes d'évolution des virus seront décrits et mis en relation avec l'émergence virale.
Le mode de vie parasitaire de certains microorganismes eucaryotes sera illustré par la description de leur développement intracellulaire obligatoire et les modifications de la cellule hôte induites par ces parasites.
L'UE abordera enfin la notion de microbiote et exposera les dernières données sur la nature du microbiote humain et son rôle sur la santé.
Infection & Immunité
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Bactériologie :
Au travers divers exemples les étudiants pourront mieux appréhender la notion de pouvoir pathogène en relation avec la virulence des bactéries. Les moyens et les mécanismes utilisés pour manipuler les cellules de l’organisme au niveau des muqueuses afin de pénétrer dans le milieu intérieur, c'est-à-dire le pouvoir invasif, seront abordés ainsi que la perception des signaux environnementaux et l’intégration de ces signaux afin de coordonner la réponse des procaryotes de manière à ce qu’ils adoptent un comportement de groupe. La description de quelques exemples de toxines et modulines en relation avec la colonisation et/ou l’invasion permettra de mieux comprendre les différences de stratégies entre les pathogènes procaryotes. Enfin on abordera la notion de microbiote et son influence sur le fonctionnement de l’organisme ainsi que son implication sur le développement de certaines pathologies.
Immunologie :
La partie Immunologie aborde les grandes lignes du fonctionnement du système immunitaire au cours de l’infection. Ainsi de la mise en place et du déroulement de la réaction inflammatoire lors de la reconnaissance des signaux du non soi par l'immunité naturelle (PRR-PAMP) jusque aux mécanismes d'activation des cellules et les réponses cellulaires engendrées on pourra apprécier la diversité des possibilités offertes par les différents acteurs de l’immunité. De plus la séquence d’événements conduisant à l’orientation de la réponse immune et de l’acquisition d’une protection durable lors de la phase adaptative permettra de mieux comprendre la stratégie vaccinale. Enfin l'immunité de la muqueuse intestinale sera abordée dans le contexte de la relation entre l’hôte et le microbiote
Histoire de la biologie et bioéthique
Niveau d'étude
BAC +3
Composante
Faculté des Sciences
Le but principal de ce module sera de mieux faire comprendre les grands concepts de la biologie moderne, au travers de l’histoire de leur élaboration. En d’autre terme, d’analyser le cheminement intellectuel ainsi que les approches expérimentales et théoriques qui ont conduit à leur édification. A titre d’exemple, nous analyserons comment la recherche d’une classification « naturelle » a conduit Jean-Baptiste Monet de Lamarck et Charles Darwin à poser les bases de la biologie évolutive ou encore, comment le concept d’« unité de plan d’organisation » chez Etienne Geoffroy Saint Hilaire est à l’origine de la paléontologie évolutive, de la biologie du développement et de l’évolution/développement (Evo/Devo).
Dans le cadre des aspects bioéthiques seront abordés les problèmes de la dérive d’un concept (de la craniologie à l’eugénisme) ou encore les cas de « Georges Cuvier » et « Trophim Lyssenko » lorsque l’idéologie religieuse ou politique s’immisce dans les sciences.
Enfin, la philosophie biologique nous amènera à discuter de l’intérêt des modèles en biologie et de la « fin du tout génétique » (de Lamarck à l’épigénétique en passant par l’épigénèse).
L’ensemble du module se fera via des cours magistraux à l’occasion desquels seront aussi analysés et discutés quelques textes fondateurs de la biologie moderne.
Travaux Pratiques de Biologie Moléculaire
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de TP de biologie moléculaire vise à rendre autonomes les étudiants face à un protocole de biologie moléculaire et à les initier à la recherche pilotée par hypothèses. Les étudiants auront 6 jours pour répondre à une problématique biologique qui leur sera proposée. Ils pourront ainsi mettre en pratique, en conditions de laboratoire, une partie des techniques abordées dans leurs enseignements théoriques pour mieux les appréhender.
Ecologie microbienne
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les enseignements dispensés concerneront les bases et principes d’application de l’écologie microbienne (biodiversité microbienne ; microorganismes cultivables/non cultivables ; grands groupes microbiens, principales fonctions microbiennes et cycles biogéochimiques, métabolismes microbiens dans l’environnement et applications environnementales, bases de l’écologie applicables aux microorganismes (interactions microbiennes, vie libre, compétition, collaboration, symbiose , parasitisme et leurs applications). Seront en particulier abordés à titre d’illustration
- les virus : notion d’émergence et de réémergence
-les vibrios, facteurs de virulence, adaptation à l’hôte et transfert horizontal
-les streptocoques, génomique comparative, réduction génomique, spécialisation
Les applications de l’écologie microbienne aux biotechnologies concerneront : la détection, production d’inocula, les bioproductions, la bioremediation, le traitement de l’eau sur des exemples concrets (mise au point d’outils de détection multpathogènes tenant compte de la mutation, production d’un exhausteur de gout par une corynebacterie du sol, applications de l’étude d’interactions microbiennes à la sélection d’arômes fromagers, indice de qualité d’un sol viticole…)
TP analyse de l’eau, principes, normes, applications : totaux 6h
TD/ travail personnel sur la base des résultats du TP : conception d’un modèle d’épuration de l’eau en situation réelle (données cadastrales, relevé topologique, charge en coliformes totaux fécaux streptocoques issus des TP, exposé des étudiants sur les différents types de (micro)stations d’épuration….) il s »agit de proposer une solution conceptuelle adaptée au cas de terrain.
Ingénierie Moléculaire
Niveau d'étude
BAC +3
Composante
Faculté des Sciences
Dans le cadre de cette UE les étudiants apprendront les principes expérimentaux basés sur la manipulation des acides nucléiques. Les CM seront articulés autour de deux axes majeurs :
- Mise en place d’outils moléculaires (clonage, analyse des acides nucléiques, vectorologie) ii. Leurs applications (expression de protéines recombinantes, banque génomique, transgénèse, système CRISPR/CAS9 etc…) et réflexion sur la notion d’éthique en biologie.
Les TD se composeront de :
- Analyses d’articles présentant des problématiques à résoudre avec les acquis du cours. Les thématiques choisies feront, autant que possible, référence aux UE parallèles de la L3. Ses articles seront présentés par les étudiants sous forme d’exposés oraux par groupes de 3 à 4 étudiants à l’ensemble de la classe.
- Séances réservées à l’utilisation d’outils basiques de bioinformatique en salle informatique.
Microbiologie des eucaryotes
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE vise à approfondir les connaissances sur les microorganismes eucaryotes et à explorer en particulier la diversité des unicellulaires eucaryotes à mode de vie libre ou parasitaire. Cette diversité sera étudiée non seulement d’un point de vue théorique mais aussi pratique. En effet, les spécificités de développement et de mode de vie de quatre microorganismes unicellulaires (amibe sociale Dictyostelium discoideum, cilié Tetrahymena, les parasites apicomplexa Toxoplasma gondii et Plasmodium falciparum) seront étudiés au cours de Travaux Pratiques et permettront d’illustrer des notions abordées en cours et en TD
Projet ou stage
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les modalités de cet UE sont adaptées spécifiquement aux différents parcours du L3. Néanmoins, les objectifs sont communs : donner aux étudiants un aperçu du monde professionnel lié à la recherche en sciences de la vie.
L’étudiant se verra proposé un stage court en laboratoire/entreprise ou un projet tuteuré avec un tuteur travaillant dans un laboratoire ou entreprise associé avec la biologie.
Virologie
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L'UE a pour objectif l’acquisition de connaissances de virologie fondamentale et appliquée, en privilégiant une vision intégrative de la discipline. Elle présentera les spécificités des interactions hôte-virus et la physiopathologie d'infections virales chez différents types d'hôtes (vertébrés/insectes/plantes). Elle abordera des aspects d'écologie virale, d'émergence et de risques associés pour la santé humaine et animale. Enfin, l'UE présentera les méthodes d'études utilisées en recherche, les outils de détection et de diagnostic virologiques, et les applications des virus en biotechnologies.
L’UE sera dispensée sous forme de cours magistraux, de travaux dirigés (analyses d'articles scientifiques d'actualité et présentations orales) et de travaux pratiques illustrant les enseignements magistraux et dirigés (amplification et purification de virus et quantification à l'aide de techniques de référence).
Techniques de communication et Anglais Scientifique
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cet UE décrit la méthodologie suivie par les chercheurs en sciences de la vie afin de communiquer les résultats de leurs expériences, autant à l’écrit qu’à l’oral. L’anglais étant la langue commune des chercheurs internationaux, une grande partie de ce cours est enseigné dans cette langue.
La communication écrite est traitée à travers l’étude de la structuration (macro) d’un article de recherche ainsi que par une étude du processus de publication dans les journaux scientifiques. Plusieurs éléments de la structuration écrite (micro) sont examinés afin de comprendre les différences entre l’anglais scientifique et l’anglais littéraire : clarté, cohésion, cohérence.
Ces études sont complétées par un projet tuteuré durant le semestre pendant lequel les étudiants sont amenés à analyser un article de recherche récemment publié dans la littérature scientifique et de le retranscrire sous forme de présentation orale (conférence) en anglais.
Travaux Pratiques de Physiologie Animale
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Au travers de séances de travaux pratiques, étude de différentes régulations physiologiques sur l'animal.
Acquisition de techniques opératoires chez le rat afin de déterminer le volume sanguin, la diurèse osmotique et perméabilité rénale, l'action de l'adrénaline et de l'insuline sur la glycémie, la clairance de l'inuline et les mécanismes de transport de glucose au travers de la paroi intestinale.
Etude du fonctionnement mécanique et électrique du coeur de grenouille.
Apprentissage de tous les éléments permettant de mener à bien le protocole de TP demandé afin d'obtenir des résultats et de construire un compte rendu.
Immunologie (de la réponse aux infect° aux maladies auto-im)
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette EU se place comme la suite logique de l’UE de S4 (Base de la physiologie et de l’immunologie) et se propose d’approfondir les connaissances en immunologie fondamentale, appliquée et clinique. Nous aborderons aussi les notions d’immunologie « non conventionnelles » et nous développerons les stratégies d’immunothérapies innovantes. Cette UE abordera l’ensemble des thématiques liée à l’immunologie moderne et sera fortement orienté vers les aspects cliniques de cette discipline.
Mots clés
Immunologie fondamentale, Immunité anti infectieuse, Immunothérapie, vaccination, Auto-immunité, Déficits immunitaires, Immunité anti cancéreuse, Immunité non conventionnelle
Physiologie Olfactive et Gustative
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Etude des systèmes olfactifs principal et secondaire :
Le système olfactif principal : stimuli, structures réceptrices, mécanisme de transduction, de codage de l'information olfactive et voies olfactives associées.
Le système olfactif secondaire : stimuli, structures réceptrices, mécanisme de transduction, de codage de l'information olfactive et voies olfactives associées.
Etude du système gustatif :
Le système gustatif : stimuli, structures réceptrices, mécanisme de transduction et voies gustatives associées.
Olfaction et cognition :
Etude des odeurs sur le comportement ; facteurs influençant la qualité de la sensation olfactive ; les dimensions caractéristiques des odeurs ; la classification comportementale des odeurs. Olfaction et cognition : mémoire des odeurs, attachement olfactif mère/enfant.
Gustation et comportement alimentaire :
Reflexe gusto-facial ; préférences et aversions alimentaires.
Anglais S5
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Neurobiologie Intégrée et Cognition
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’objectif de cette UE est une approche intégrée du fonctionnement du système nerveux faisant appel à plusieurs champs disciplinaires des Neurosciences (Neurodéveloppement, Neuroanatomie fonctionnelle Neuro-imagerie, Neurosciences cognitives) et ciblé sur les fonctions cérébrales complexes
Neurobiologie et Neurophysiologie Cellulaire
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE a pour objectif l’étude morpho-fonctionnelle des cellules du système nerveux (neurones, cellules gliales) à savoir, principalement : la description des mécanismes impliqués dans l’excitabilité neuronale (génération et propagation du potentiel d’action) et de la neurotransmission (mécanismes de libération et de synthèse des neurotransmetteurs et la structure et fonction des récepteurs de neurotransmetteur). Les concepts de plasticité synaptique sont également développés.
Physiologie Cardiaque
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de physiologie cardiovasculaire vise à décrire et acquérir les connaissances sur le fonctionnement du système cardiovasculaire de l’animal entier au moléculaire en passant par le cellulaire. Seront entre-autre étudiés la contraction cardiaque, la régulation de l’activité électrique cardiaque (électrocardiogramme et canaux ioniques), la régulation de la pression artérielle et baroréflexe, la régulation des fonctions cardiovasculaires par le système nerveux autonome.
Communication Cellulaire et Pharmacologie
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le mécanisme d’action des médicaments repose sur une interaction avec une structure cellulaire cible de l’organisme conduisant à la modulation de son fonctionnement. Ainsi, cette UE comporte 2 grands volets. Le 1er volet aura pour objectif de sensibiliser les étudiants sur les différents modes de communications cellulaires, les différents messagers chimiques, leurs cibles et leurs modes d’action. Le 2ieme volet aura pour objectif de donner aux étudiants les connaissances de base en Pharmacologie, c’est-à-dire comprendre le mode d’action des médicaments et leur devenir dans l’organisme. Pour cela, les concepts de pharmacodynamie (interaction ligand-récepteur, relation effet-dose) et de pharmacocinétique (ADME : absorption-distribution-métabolisme-excrétion) seront abordés. De plus, les cibles des médicaments, leur signalisation intracellulaire et leur indication thérapeutique seront abordés.
Neuropathologie
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE propose une introduction aux problématiques des principales maladies affectant le système nerveux, qu’elles soient neurologiques ou psychiatriques. Les pathologies sont traitées sous un angle multidisciplinaire allant du moléculaire aux symptômes. Ces connaissances de bases en neuropathologie serviront de socle aux champs de recherche abordés par la suite en Master
Pathologies Musculaires et Cardiaques
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’UE de pathologies musculaires et cardiaques vise, à partir des connaissances acquises au semestre précédent sur la physiologie cardiovasculaire, à comprendre les mécanismes moléculaires et cellulaires qui aboutissent à des pathologies cardiaques (divers troubles du rythme dont la fibrillation atriale, insuffisance cardiaque, …) et musculaire (myopathies, …).
Physiologie et Pathologie de la nutrition
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Le but de cette UE est d’acquérir des connaissances et des compétences scientifiques dans le domaine de la nutrition et plus précisément en lien avec des pathologies.
La Nutrition se définit comme étant la science qui analyse les rapports entre la nourriture et la santé. Les liens entre nutrition et santé sont de mieux en mieux connus et le risque de développer de nombreuses maladies - cancer, maladies cardiovasculaires, obésité ou encore de diabète de type 2 - peut être réduit en suivant les recommandations nutritionnelles nationales.
Fondées sur de multiples études scientifiques, ces recommandations évoluent en fonction des nouvelles connaissances. Il est encore difficile de décrire les mécanismes biologiques capables d’expliquer les effets complexes de la nutrition sur la santé.
De nombreuses études épidémiologiques ont permis d’établir qu’une alimentation suffisante, équilibrée et diversifiée est indispensable à la croissance, au maintien de l’immunité, à la fertilité ou encore à un vieillissement réussi (performances cognitives, entretien de la masse musculaire, lutte contre les infections).
Neurophysiologie Sensorielle et motricité
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté des Sciences
L’enseignement dispensée dans l’UE de Neurophysiologie sensorielle et motrice aborde d’une part, l’organisation anatomique et fonctionnelle des principaux systèmes sensoriels, vision, audition, somesthésie. D’autre part elle traite de la motricité et de son contrôle central à l’étage spinal et supra spinal : tronc cérébral, cortex moteur, cervelet et ganglion de la base.
Physiologie endocrinienne
Niveau d'étude
BAC +3
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Cette UE a pour objectif de donner à l'étudiant des connaissances et compétences fondamentales et approfondies sur la physiologie du système endocrinien. Par l’étude de l'organisation morphologique et fonctionnelle du système endocrinien, l’étudiant pourra appréhender la multitude des systèmes hormonaux (glandes endocrines, axe hypothalamo-hypophysaire, système reproducteur) et leurs rôles essentiels dans la réalisation des grandes fonctions physiologiques et de l’homéostasie.
Projet ou stage
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Les modalités de cet UE sont adaptées spécifiquement aux différents parcours du L3. Néanmoins, les objectifs sont communs : donner aux étudiants un aperçu du monde professionnel lié à la recherche en sciences de la vie.
L’étudiant se verra proposé un stage court en laboratoire/entreprise ou un projet tuteuré avec un tuteur travaillant dans un laboratoire ou entreprise associé avec la biologie.
Culture Générale APP
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX
ECTS
24 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Méthodologie en Environnement
ECTS
10 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Méthodologie en Biologie Mécanisme du Vivant
ECTS
10 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Spécialisation 1 en Environnement
ECTS
14 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Spécialisation 1 en Biologie Mécanisme du Vivant
ECTS
14 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Professionnalisation SV APP
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S5 en APP
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Projet multidisciplinaire APP
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Anglais S6 en APP
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté des Sciences
CHOIX
ECTS
22 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Spécialisation II en Environnement
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage/projet en Environnement
ECTS
16 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Stage/projet en Biologie Mécanisme du Vivant
ECTS
16 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Spécialisation II en Biologie Mécanisme du Vivant
ECTS
6 crédits
Composante
Faculté des Sciences
Regroupement Cohérent 1 Semestre 5
ECTS
20 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Biomatériaux et Polymères en santé
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Biomatériaux et Polymères en Santé Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Biomatériaux et Polymères en Santé TP
Composante
Faculté de pharmacie
Techniques instrumentales d'analyse de substances pharmaceut
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Techniques instrumentales d'analyse substances pharm. EC
Composante
Faculté de pharmacie
Techniques instrumentales d'analyse substan. pharmaTP+Ecrits
Composante
Faculté de pharmacie
Chimie Thérapeutique - Synthèse de peptides TC
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Chimie thérapeutique
Composante
Faculté de pharmacie
Chimie thérapeutique Ecrit/CC
Composante
Faculté de pharmacie
Chimie Thérapeutique Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Synthèse de peptides
Composante
Faculté de pharmacie
Pharmacologie - Pharmacocinétiques - Toxicologie
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Pharmacocinétique
Composante
Faculté de pharmacie
Pharmacologie Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Pharmacologie Ecrit/oral
Composante
Faculté de pharmacie
Regroupement Cohérent 2 UE Transversale linguistique Sem.5
ECTS
10 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Techniques de communication - PEC
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Techniques communication - PEC
Composante
Faculté de pharmacie
Envnmt technico-régle des industries de santé - La doc scien
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Environnement Technico-règlementaire des industries
Composante
Faculté de pharmacie
Documentation scientifique
Composante
Faculté de pharmacie
Langues vivantes Semes. 5
ECTS
4 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Langues vivantes Semestre 5
Composante
Faculté de pharmacie
Langues vivantes II Espagnol
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Langues vivantes II Allemand
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Langues vivantes II Autre langue
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Anglais
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Stage en entreprise
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Regroupement Cohérent 3 UE Scientifiques Semestre 6
ECTS
21,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Pharmacie galénique
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Pharmacie Galénique Ecrit (QCM+TP notés)
Composante
Faculté de pharmacie
Pharmacie galénique Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Phénomènes de surface
ECTS
3 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Phénomènes de surface TP Rapport et Oral
Composante
Faculté de pharmacie
Phénomènes de surface Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Ingénierie de l'environnement - Radiobiologie - Nutrition
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Nutrition santé Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Nutrition santé Ecrit/Oral
Composante
Faculté de pharmacie
Ingénierie environne.-Introduction Radiobiolo.-Nutri. Santé
Composante
Faculté de pharmacie
Ingénierie de l'environnement-Radiobiologie Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Ingénierie l'environnement-Radiobiologie-Nutri. Ecrit/Oral
Composante
Faculté de pharmacie
Génie biologique & cellulaire
ECTS
5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Génie Biologique et cellulaire TP, note implication/comporte
Composante
Faculté de pharmacie
Génie Biologique et cellulaire Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Méthodes pour l'analyse statistique de données pharmaceutiqu
ECTS
3,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Méthodes pour l'analyse statistique données pharmaceu. Quizz
Composante
Faculté de pharmacie
Méthodes pour l'analyse statistique données pharmaceu. Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Regroupement Cohérent 4 UE Transersales linguistiques Sem. 6
ECTS
6,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Management qualité-Marketing-Contrôle statistique de qualité
ECTS
2,5 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Marketing-Management Qualité-Contrôle statistiques Ecrit
Composante
Faculté de pharmacie
Management Qualité-Contrôle statistique de la qualité TD
Composante
Faculté de pharmacie
Langes vivantes Semestre 6
Composante
Faculté de pharmacie
Anglais
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Langes vivantes Choix Semestre 6
Composante
Faculté de pharmacie
Langues vivantes II Autre langue
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Langues vivantes II Espagnol
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Langues vivantes II Allemand
ECTS
2 crédits
Composante
Faculté de pharmacie
Admission
Conditions d'accès
Inscription possible avec un bac ou équivalent, ou dans le cadre d'une réorientation. Dans tous les cas, la candidature se fait via la plateforme Parcoursup. La capacité d'accueil hors redoublants est de 680 étudiant-e-s chaque année. Le nombre de dossiers reçus via Parcoursup dépasse les 5000 candidat-e-s.
Public cible
Pour une intégration en Licence 2, selon les parcours:
Inscription possible depuis une L1 portail SVSE obtenue à la FdS de l’Université de Montpellier, ou depuis une L1 équivalente obtenue hors des formations de la Faculté des Sciences de l’Université de Montpellier (ou équivalent enseignement supérieur: école préparatoire, éventuellement DUT, voire BTS). Pour l'ensemble des candidat-e-s, issu-e-s de la L1 SVSE, de formations conventionnées (CPGE ou PASS) ou extérieures à la FDS, la procédure d’inscription est réalisée via le portail e-candidat de la Faculté des Sciences.
L’acceptation n’est pas automatique : elle est décidée sur dossier par une commission pédagogique et dépend de la capacité d'accueil du parcours visé. La licence SV de l’Université de Montpellier est très attractive et dépasse largement ses capacités d'accueil en général.
Pour une intégration en Licence 3, selon les parcours:
Inscription automatique depuis une L2 SV du même parcours obtenue à la FdS de l’Université de Montpellier, ou possible depuis une L2 dans les domaines de formation du parcours visé obtenue hors des formations de la Faculté des Sciences de l’Université de Montpellier ou équivalent dans l’enseignement supérieur. La procédure d’inscription est réalisée via le portail e-candidat de la Faculté des Sciences.
L’acceptation n’est pas automatique : elle est décidée sur dossier par une commission pédagogique et dépend de la capacité d'accueil du parcours visé. La licence SV de l’Université de Montpellier est très attractive et dépasse largement ces capacités d'accueil en général.
Capacité d'accueil
160 étudiants pour le parcours BE
440 étudiants en L2 pour les parcours du département Bio-MV
420 étudiants en L3 pour les parcours du département Bio-MV
Pré-requis nécessaires
La licence sciences de la vie est accessible aux bacheliers ainsi qu’aux titulaires d’un DAEU B (diplôme d’accès aux études universitaires - option scientifique).
Pré-requis recommandés
Un bac général avec des options scientifiques est fortement recommandé pour avoir toutes ses chances de réussir. Pour les bacheliers sans options scientifiques ou les titulaires des bacs technologiques, une mise à niveau est conseillée.
Et après
Poursuites d'études
La grande majorité des étudiant-e-s s’orientent, selon les parcours choisis, vers les très nombreux masters professionnalisants ou masters de recherche en sciences de la vie, de la santé, des agrosciences et de l'environnement. Ils/elles peuvent aussi s'orienter vers des masters MEEF qui préparent aux concours de l’enseignement.
La formation permet par ailleurs l’intégration en écoles d’ingénieurs et la poursuite d’études dans le domaine médical ou pharmaceutique. Elle donne accès aux concours B d’admission dans les grandes écoles (ENSA : École nationale supérieure d’agronomie ; ENV : École nationale vétérinaire).
Poursuites d'études à l'étranger
Il est possible de faire une partie de ses études à l’étranger dans le cadre du programme ERASMUS et par divers autres programmes (par exemple ERASMUS-MUNDUS, BCI (Québec), etc.). Il faut pour cela s'y prendre à l'avance et bien préparer son dossier.
Passerelles et réorientation
Tout au long des trois années de licence, il existe de nombreuses passerelles depuis et vers d’autres parcours de licence et autres cursus (IUT, BTS, CPGE, écoles d’ingénieurs…). Des UE spécifiques permettent aussi de s'orienter vers les études de santé (médecine, pharmacie, kinésithérapie, odontologie, etc…), voir LAS.
Un parcours spécifique (PCAV) est proposé dès la L1 pour ceux/celles qui souhaitent préparer les concours des écoles d’ingénieurs (concours commun polytechnique, concours des écoles agronomiques et vétérinaires).
Des passerelles existent aussi en L3 vers les licences professionnelles (biotechnologies, productions végétales, produits de la santé et cosmétique, industries chimiques et pharmaceutique, santé).
Insertion professionnelle
Ceux/celles qui choisissent la voie professionnelle juste après leur diplôme se destinent principalement à des emplois dans le domaine de la recherche et développement (R&D), dans l'animation scientifique ou dans l'expertise naturaliste. Ex. dans l’industrie pharmaceutique ou agroalimentaire, ils/elles occupent les postes de chargé d’études, de biologiste, de chargé de mission qualité-sécurité; dans l'animation scientifique, des postes de chargé de mission auprès de musées, de parcs naturels départementaux ou régionaux, d'animateur/trice; ils/elles peuvent devenir des technicien-ne-s pour réaliser des études d'impact ou des recensements.
La licence SV donne également accès aux concours de la fonction publique d’état et territoriale (catégories B ou C).